版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 创建并分享自定义可视化预设 [2022-4]
• 新增了对将DNA/RNA突变为标准核苷酸的支持 [2022-4]
• 新的工作流操作菜单，用于指导“刚性/松弛扫描”的后续步骤 [2022-4]
• 新版 2D 草图绘制工具的首个完整版本 [2022-4]
• “Maestro 入门”视频系列已添加至文档 [2022-4]

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 包含最新版本的 KNIME（v4.6.1）[2022-4]
• 现在可以在Phase 的筛选 节点中控制匹配次数 [2022-4]

在LiveDesign 中：

• 在部署模型时，系统会自动选择合适的 KNIME 协议，并上传该协议的最新版本 [2022-4]
• 计算任务的分配由模型管理页面控制 [2022-4]
• 在覆盖现有模型时，可通过LiveDesign 管理页面所做的模型更改将被保留 [2022-4]
• 一个用于移动、归档和解压模型的新管理节点 [2022-4]

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 在 Windows 上打开“Protein Preparation Workflow ”界面时，速度显著提升 [2022-4]
• 通过限制无关的CCD键分配错误通知，减少了Protein Preparation Workflow 日志文件的冗余信息 [2022-4]
• 如果提供的 .cv 文件中没有 TEST 反射数据，则“蛋白质可靠性报告”将实时生成 TEST 反射，并报告 RSCC 值 [2022-4]
• 将 PROPKA 更新至（最新）3.4 版 [2022-4]

蛋白质的X射线结构精修

• GlideXtal 命令行工具简介：用于在晶体学电子密度图中自动进行配体拟合 [2022-4]
• PrimeX 最小化计算能够使用 CIF 格式的结构因子 [2022-4]
• 在 Phenix/OPLS 中，现在可以移除所有与晶体配对发生冲突的实体 [2022-4]
• Phenix/OPLS 在处理标准残基中的缺失原子时更具鲁棒性 [2022-4]

冷冻电镜模型精修

• Beta GlideEM 接口，用于将配体放置到冷冻电子显微镜密度图中 [2022-4]
• GlideEM 现支持将 gzip 压缩的 (CCP4、MRC、MAP) 文件作为输入 [2022-4]

多序列查看器/编辑器

• “蛋白质家族比对与注释”测试版发布 [2022-4]
  • 在“其他任务”中新增了一个名为“家庭特征计算”的类别
  • 该菜单显示了蛋白质家族的比对和注释
  • 支持激酶和GPCR的比对
  • 支持对GPCR区域进行注释
• 树状图悬停显示距离信息的工具提示 [2022-4]

IFD-MD

• 膜结合型IFD-MD教程 [2022-4]
• 共价配体 IFD-MD 教程 [2022-4]

FEP+

• 当引入未定义的立体化学中心时，显示用户友好的提示信息 [2022-4]
• 改进FEP+ 组面板的易用性，以管理质子化及互变异构态集合——从而获得更准确的ΔΔG预测 [2022-4]

恒定pH值模拟（Beta版）

• 通过友好输出提升恒定pH模拟在蛋白质pKa 计算中的易用性 [2022-4]

自动QSAR

• 在 DeepAutoQSAR 中添加了用于配体特征化的 MACCs 键 [2022-4]
• 在 DeepAutoQSAR 的超参数中加入 ElasticNetCV 模型（强 L1/L2 正则化线性回归）优化 [2022-4]
• 全新的 DeepAutoQSAR 命令行工具，使用更便捷 [2022-4]

Desmond 分子动力学 (MD)

• 在“轨迹图”视图中查看蛋白质残基的拉马钱德兰图 [2022-4]

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• Epik 7 正式发布，这是一款基于机器学习（ML） 的新型应用程序，用于快速预测pKa 的值和质子化状态 [2022-4]
  • Epik 7 还可以生成一张图，显示各州的人口数量与 pH 值的函数关系。

FEP（β型）的溶解度

• 显示以logS为单位的溶解度结果的选项 [2022-4]

量子力学(QM)

• 在TDDFT/TDA近似下计算激发态的ESP电荷 [2022-4]
• 在 Windows 上利用并行Jaguar 计算更快地完成计算 [2022-4]
• 新的工作流操作菜单，用于指导“刚性/松弛扫描”的后续步骤 [2022-4]
• 文档中收录了80多个Jaguar 输入文件示例 [2022-4]

半经验的量子力学(QM)

• GFN2-xTB 方法现已在“半经验模块”面板中提供 [2022-4]

生物制剂药物研发

• 为了改进蛋白质连接子设计，已将环数据库更新至一个专门用于域间连接子设计的新版本 [2022-4]
• 为了扩展化学责任检测功能，已在“反应性残基”界面中新增了Asp异构化模式和游离半胱氨酸检测功能 [2022-4]
• 用于运行蛋白质相互作用分析的新命令行脚本，支持将结果导出为csv格式 [2022-4]
• Protein Descriptors 接口的首个完整版本现已发布，该版本现支持包含多个结构的 .mae 和 .maegz 文件 [2022-4]
• 将序列复制并粘贴到抗体 结构预测 界面中“输入新序列”选项下 [2022-4]
• 在命令行或Maestro [2022-4] 运行时，可在抗体 结构预测 中对批量同源建模 操作重复使用相同的输入 CSV 文件格式。
• 在批量建模过程中，抗体 （结构预测 ）中新增了对“保留糖链”选项的支持 [2022-4]
• 用于二硫键设计的半胱氨酸扫描面板现已支持远程任务提交，这对于运行大型任务非常有用，例如当以分子动力学轨迹作为输入时 [2022-4]
• 在“相互作用范围”下拉菜单中添加了“抗体-Antigen” [2022-4]
• “BioLuminate 入门”视频系列已添加至文档 [2022-4]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

• Quantum ESPRESSO 图形用户界面：隐藏选定原子的选项 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO 图形用户界面：升级后的 NEB 用户界面，提升用户体验 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：每次迭代时为 NEB mae 文件保存的端点 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：自定义保存的 NEB 设置文件大小减小 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：支持图形用户界面的自动并行化应用 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：驱动程序的 -save_failures 选项（命令行）[2022-4]
• Quantum ESPRESSO：qe2mae 工具新增 -last_only 选项，仅保存最终结构 （命令行） [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：在输入文件 *.cfg 中启用 HUBBARD 选项（命令行）[2022-4]
• Quantum ESPRESSO：针对长时间AIMD模拟的自动重启功能 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：支持单元格体积松弛 [2022-4]

分子动力学 (MD)

• 粘度：“”，用作爱因斯坦-赫尔凡德分析中 CSV 输出的分隔符 [2022-4]

材料信息学

• 机器学习（ML） 属性：针对精选材料属性列表预先构建并经过验证的机器学习（ML） 模型 [2022-4]
• 分子描述符：半经验HOMO-LUMO能隙报告 [2022-4]
• 分子描述符：支持绘制分子轨道 [2022-4]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

• 支持使用Martini 力场计算Ewald和 [2022-4]
• CG FF Builder：新增将查看器数据导出为 CSV 的选项 [2022-4]
• CG FF Builder：支持使用现有轨迹 [2022-4]
• 将原子映射到粒子：可将输入结构中的选定原子映射到粒子 [2022-4]

渗透剂的装载模拟

• 渗透剂装载：对GCMC水模型的稳健处理 [2022-4]
• 渗透剂加载：输出结构的周期单元格可视化 [2022-4]

MSMaestro 用户界面

• 在Maestro 中调整了“轨迹分析”任务框的大小，以提升用户体验 [2022-4]

MSMaestro 构建程序和工具

• 复合物构建器：配体库的扩展 [2022-4]
• 无序系统：生成含有不同数量分子的单元的选项 [2022-4]
• Elemental Enumeration：任务已设置为加入队列，而非以交互方式运行 [2022-4]
• “操作单元格”：可在分数坐标的 -0.5 至 0.5 范围内进行平移 [2022-4]
• 单元格操作：支持在不重新输入FF的情况下更改晶格尺寸 [2022-4]
• 查询债券：将输出导出为 CSV 的选项 [2022-4]
• 半结晶聚合物：可选使用现有晶体（命令行） [2022-4]
• 半结晶聚合物：结晶度的报告百分比 [2022-4]
• 半结晶聚合物：加快基于聚合物模型的构建速度 [2022-4]

经典力学

• MD 多阶段：改进Martini 系统的时间步长估计方法 [2022-4]
• MD 多阶段：可将各阶段串联起来以提高速度 [2022-4]
• MD 多阶段：内置适用于 NVT 集合的Martini 松弛协议 [2022-4]
• MD 多阶段：仅将选定的分子写入轨迹的选项（命令行） [2022-4]
• 应力应变：每个新数据点生成时更新输出CSV文件 [2022-4]
• 热物理性质：支持 Parrinello-Rahman 压强计（命令行） [2022-4]

量子力学(QM)

• 波段Shape ：添加/选择隐性溶剂的选项 [2022-4]
• 有机金属构象 搜索：在量子力学计算后选择构象的选项（命令行）[2022-4]
• 有机金属构象 搜索：支持自定义 MacroModel COM 文件（命令行）[2022-4]
• 有机金属构象 搜索：支持 MOPAC（命令行）[2022-4]

教育内容

• “材料科学入门”Maestro 视频系列已添加至文档 [2022-4]
• “快速参考表”可在“文档”和“培训”网页上获取 [2022-4]
• 新教程：蒸发 [2022-4]
• 新教程：机器学习（ML） 属性预测 [2022-4]
• 更新版教程：聚合物电解质分析 [2022-4]
• 更新版教程：原子电荷的计算 [2022-4]
• 更新版教程：固体及表面反应活性的活化能 [2022-4]
• 更新版教程：有机金属配合物 [2022-4]

LiveDesign

LiveDesign 2022-4 的新功能

• 登录次数受许可证限制的约束：当可用席位已分配完毕后，尝试登录的用户将被拒绝访问LiveDesign
• 管理员可以强制注销用户：可以通过撤销用户被分配的角色，或指定特定的用户名来强制注销用户
• 文件导入确认函：当文件存在错误时，将收到有关文件导入的反馈，以及如何更正这些错误的说明
• Sketcher 的改进:
  • 隐式模式草图工具：通过直接点击选择工具和绘图工具，可在编辑复合体与选择复合体的子集之间快速切换
  • 将鼠标悬停在原子上，然后按下键盘上的退格键即可删除该原子
• 在管理面板中将协议的参数设置为“设置默认值”后，所有现有模型的参数都会被更改为“设置为固定值”
• LigandDesigner 中的相互作用表面：查看相互作用表面，以确定结合口袋内的可用生长空间
• 从电子表格中复制单个化合物时，可以采用Mol v3000格式进行复制：通过服务器级设置，允许将单个分子以“扩展SMILES ”或“Mol v3000”格式进行复制。若一次性选择并复制多个化合物，则将采用SMILES 格式进行复制。
• 自由格式列的下拉列表选项可以重新排序：编辑自由格式列的定义即可重新排序下拉列表选项
• 用户界面改进
  • 在“磁贴视图”中，屏幕上可显示更多磁贴，且该视图的磁贴大小限制要小得多
  • 在电子表格单元格中查看更多数据；电子表格单元格内的“还有更多……”提示信息已被渐变效果取代，以表明该单元格中还有更多数据
  • 用户可以通过按住 Ctrl 键并单击，在 3D 可视化器中轻松显示其他 3D 模型的结果。
  • 如果电子表格中启用了立体化学标签，导出的化合物结构图现在将包含这些标签。

已修复的内容

• 当单元格中同时包含空值和数值或字符串值时，现在可以对模型列进行排序和筛选。排序时将使用该单元格中的第一个非空值。
• 即使更改了条件顺序，包含多个“自由格式”列条件的高级搜索仍会返回相同的结果
• 在主电子表格中点击复合图像时，不再显示大型原子标签
• 项目管理员可以编辑其项目中的所有公式
• 即使切换到另一个图表或另一个 LiveReport，可视化面板中已固定的图表工具提示仍会重新显示
• 已删除的 LiveReports 无法通过直接访问该 LiveReport 的 URL 重新打开
• 在表单中，当视图大小发生变化时，固定的图表工具提示会更新连接线
• 将多个值粘贴到“筛选器”中时，系统会再次尝试自动识别分隔符，或者提供一个选项供您选择用于分隔值的分隔符。
• “LiveReport 管理器”对话框不再会因显示水平滚动条而遮挡最后一个 LiveReport
• 连接点以及来自R基团分解的碳原子的键角现在显示为小于180度的角度，而之前它们显示为180度的角度。
• 包含 3D 模型返回值的 LiveReports 在打开后不再显示红色错误条
• Commons-text 已升级以修复安全漏洞 CVE-2022-42889
• 该 3D 可视化工具利用客户端计算机上的高性能 GPU 来避免崩溃
• 在 LiveReport 中，当公式中使用的列被隐藏时，公式结果将不再从电子表格中消失
• “匹配分子对”工具不再无法解析以扩展SMILES 格式表示的手性化合物
• 在管理面板中更新并保存模型时，错误信息不再会零星出现