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抗体 设计

合理设计高效、安全且易于开发的单克隆抗体

抗体 设计

基于结构的抗体设计能力

采用传统的IgG格式或其他格式

直接根据序列构建可靠的抗体三维结构模型

  • 利用一种完全引导的同源建模 工作流程(该流程集成了de novoCDR环构象预测功能)来预测抗体 的结构
  • 执行批量同源建模 操作,以加快父序列及其变体的模型构建速度
  • 利用结构表征预测工具对抗体 序列进行建模和分级,从而识别并优先处理有前景的线索

优化、合理化及人性化抗体

  • 通过CDR嫁接结合靶向残基突变来生成人源化抗体
  • 评估所得构造中“人性”所占的比例

理解并预测抗体 与抗原之间的相互作用

  • 通过集合蛋白质-蛋白质方法预测抗体-抗原复合物的结构分子对接
  • 提高实验性表位图谱数据(例如突变分析或质谱分析)的分辨率,使其从肽水平细化至残基水平
  • 通过快速蛋白质-蛋白质相互作用,识别抗体 与抗原之间的有利相互作用分子对接
  • 通过一个易于使用的图形用户界面,对预测的蛋白质-蛋白质相互作用进行探究和分析

通过尽早发现潜在责任来降低开发风险

  • 利用结构表征预测工具对抗体 序列进行建模和分级,从而识别并优先处理有前景的线索
  • 突出显示可能发生翻译后修饰和化学反应的表面位点
  • 利用计算蛋白质表面分析方法检测潜在的聚集热点

通过计算机模拟设计抗体

  • 准确预测残基替换对结合亲和力 、选择性 以及热稳定性的影响
  • 利用 Residue ScanFEP+ 结合 lambda 动力学快速识别高质量蛋白质变体
  • 利用蛋白质突变(FEP+ )优化抗体 候选分子的筛选,其准确度可将实验测定的相对自由能再现至约1 kcal/mol的精度
  • 利用易于实施的计算工作流程,进行多参数优化 ,例如同时针对稳定性、亲和力 、交叉反应性、聚集倾向以及翻译后修饰风险进行优化
 

利用Schrödinger的尖端软件设计高质量的生物制剂

BioLuminate


用于……的建模环境生物制剂发现

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协作式数字生物制剂设计与发现实验室

精选课程《计算抗体 工程导论》课程

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网络研讨会

了解Schrödinger 技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。

利用新型计算设计方法优化生物制剂的蛋白质稳定性

通过计算建模加速抗体 药物研发

抗体 以计算建模为指导的人性化

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

利用大分子姿态过滤和MM-GBSA残基扫描对蛋白质-蛋白质对接姿态进行过滤和验证

确定蛋白质-蛋白质分子对接 中的哪些构象符合关于蛋白质-蛋白质界面的实验观察结果。

生命科学 教程

抗体 结构预测 以及使用 BioLuminate 进行可视化

预测抗体 的结构,分析结构质量,并对预测的结构进行必要的精修。

生命科学 教程

利用BioLuminate为抗体 结构赋予“人性”

通过CDR嫁接和残基突变,使抗体 的结构更具生物活性。

生命科学 教程

抗体 – Antigen分子对接 与 PIPER

使用PIPER将抗体 与抗原结构进行对接,以获得抗体-抗原复合物。

生命科学 教程

利用MM-GBSA残基扫描提高抗体 的稳定性 /亲和力

在抗原-抗体 复合物中进行MM-GBSA残基扫描以提高稳定性/亲和力 。

生命科学 文档

OPLS4 和 OPLS5 力场

力场是化学体系势能的模型——它是一组用于模拟该体系势能的函数和参数,从而计算作用于每个粒子上的力。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成式 蛋白结构预测 解决方案,将同源建模 和折叠识别功能整合到单一解决方案中。

生命科学 文档

FEP+

利用基于物理理论 自由能微扰 技术对蛋白质-配体结合进行计算预测,其准确度可与实验方法媲美。

生命科学 文档

Desmond

利用基于GPU的高性能分子动力学(分子动力学 (MD) , MD)引擎对生物系统进行模拟。

生命科学 文档

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Schrödinger 生物制剂发现 的综合建模平台。

主要产品

进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。

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面向……的综合建模平台生物制剂发现

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Prime

一种用于精确测定蛋白质的强大且创新的解决方案结构预测

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一款最先进的蛋白质-蛋白质分子对接 程序

Desmond

高性能的分子动力学 (MD) (MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

出版物

浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。

生命科学 出版物

基于结构的浓缩抗体 溶液中辅料对粘度影响的计算

生命科学 出版物

利用结构生物信息学和一种靶向P-环的单克隆抗体,发现了人类KRAS G13D基因中的新型可成药位点抗体

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利用自由能微扰 计算对蛋白质-蛋白质复合物突变的相对结合能进行稳健预测

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针对T细胞恶性肿瘤中TRBC1和TRBC2的结构导向免疫疗法工程化

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预测建模 利用人工神经网络研究单克隆抗体 溶液的浓度依赖性粘度行为

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基于序列的粘度预测,用于快速抗体 工程

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区分临床抗体与抗体库抗体:一种基于计算的开发可行性评估途径

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用于生物制剂定量结构-性质关系预测的描述符集

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高地运动会:基于氨基酸序列预测单克隆抗体生物物理和药物特性的基准测试

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一种通过主要组织相容性复合体I新抗原呈递靶向突变型β-catenin的工程化抗体 片段

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