计算抗体工程导论

计算抗体工程导论


利用 BioLuminate 基于结构的工作流程,评估和改善抗体药物的稳定性、亲和力及“人体适用性”

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模块
5
时长
5周 / 约20小时完成
级别
简介
成本
非学生用户需支付 575 美元
学生/博士后 150 美元
课程时间安排
报名课程时,您可以选择自己希望的开始和结束日期。在该时间段内,您可以异步访问课程,并根据自己的时间安排进行学习。

概述

计算分子建模工具已在抗体开发中证明其有效性,并在整个抗体发现行业中的应用日益广泛。当今的抗体工程师在职业生涯中将频繁接触分子建模,因此对相关工具和方法具备基础性的理解至关重要。

本课程非常适合希望通过获得证书和徽章来提升职业能力、丰富简历的人士。

  • 亲身体验施罗丁格公司业界领先的BioLuminate软件
  • 通过学习可直接应用于当前项目的研究方法,为您的研究计划开个好头
  • 学习从抗体结构预测到可开发性分析等各类主题
  • 独立完成一项案例研究,以证明已掌握课程内容
  • 您可以获得施罗丁格教育团队专家对课程作业及课程相关问题的评审和反馈
  • 在课程期间,您可以根据自己的时间安排,在方便的时候自主学习课程材料。

 

本课程提供基于网页的薛定谔软件(Schrödinger)的使用权限,并配备了课程所需的许可和计算资源:

要求
  • 一台配备可靠高速互联网连接(8 Mbps 或更高)的计算机
  • 鼠标和/或外接显示器(推荐但非必需)
  • 熟悉蛋白质结构、化合物效力、分子量和pKa等概念
认证
  • 由薛定谔课程负责人签署的证书
  • 一枚可以发布到社交媒体(例如领英)上的徽章
背景图案

您将学到什么

BioLuminate 界面

了解如何使用业界领先的生物制剂建模界面。运行建模工作流无需编写代码或脚本

基于结构和序列的建模 

抗体结构预测、处理从PDB导入的抗体结构、结构可靠性分析、序列比对以及序列注释

抗体建模工作流程

可开发性分析、人源化、计算突变和抗体-抗原对接的最佳实践

将工作流应用于项目

在一项开放式案例研究中运用您的技能,针对靶向IFNGR1的抗体提出多种方案。

模块

第1模块
3小时

引言与概述

视频
视频
  • 课程概述
  • 计算抗体工程导论
  • Schrödinger 工具的工作流简介
作业
作业

用于疾病治疗的治疗性抗体的研发

结束检查点
模块结束检查点
第2模块
3小时

BioLuminate 中的基本任务和工作流

视频教程
视频教程
  • 入门指南
  • 导入、选择、包含和设置结构样式
  • 介绍工作区切换、结构层次和测量
  • 重命名链并操作项目表
作业
作业

抗体特征分析的计算开发指南

结束检查点
模块结束检查点
第3模块
4小时

探索用于基于结构和基于序列设计的工具箱

视频教程
视频教程
  • 蛋白质制备工作流程及可靠性分析
  • 抗体结构预测与精修
  • 蛋白质相互作用分析
  • 多重序列查看器/编辑器简介(第1、2部分)
作业
作业

结合同源建模、基于能量的精修和环预测来确定抗体结构

结束检查点
模块结束检查点
第4模块
5小时

抗体建模案例研究

作业
作业

通过工程化改造人单克隆抗体的表面性质,可防止其在体内发生自聚并被快速清除

视频教程
视频教程
  • 蛋白质表面分析——寻找聚集热点
  • 抗体的人源化和反向突变
  • 蛋白质-蛋白质对接与分析
  • 残留物扫描
结束检查点
模块结束检查点
第5模块
5小时

最终案例研究

视频
视频

最终案例研究简介

教程
教程
  • 分析A6-IFNGR1相互作用位点
  • 丙氨酸扫描
  • IFNGR1的同源序列分析
  • 通过残基扫描提高对IFNGR1的亲和力
作业
作业

期末作业

课程结业
课程结业与证书

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我们自豪地支持新一代科学家,并致力于为资源有限的人士提供机会。无论您是学生、博士后还是行业科学家,都可以了解我们在线认证课程的资助方案,并立即报名!

校友心声

“施罗丁格的《计算抗体工程导论》课程非常适合希望更深入了解计算机辅助抗体设计和结构导向工程的分子生物学家。”
布拉德·施米尔(Brad Schmier),博士——CymbaX创始人兼首席执行官
布拉德·施米尔,博士,CymbaX创始人兼首席执行官
“最后一项案例研究作业特别有趣,而且我从老师给的反馈中收获颇丰。”
海蒂·亨德里克森——拉斐特学院化学系副教授
海蒂·亨德里克森,拉斐特学院化学系教授
“文本和视频教学材料条理清晰,便于学员学习……课程结束时,我掌握了相关技能,并深入了解了如何利用计算工具来促进我的研究。”
阿德博瓦莱·阿拉德——贝勒医学院研究生研究助理
阿德博瓦莱·阿拉德贝勒医学院研究生研究助理
“作为一名受过专业训练的结构生物学家,我在计算化学方面的经验十分有限,但这门课程为我提供了足够的基础知识,使我能够轻松使用该软件,并立即将其应用到我的工作中。”
盖尔·郭,布罗德研究所研究科学家
“这门课程极大地帮助我巩固了在基因工程和抗体设计领域的专业知识。它提供了许多有用的工具,既可用于进行相关分析,也能将抗体-抗原分子可视化。”
刘玉航,Leveragen Inc.高级数据科学家
“这门课程为我们提供了一个非常好的入门机会,让我们了解了一款可在工程项目中使用的强大软件。”
亚历克斯·金纳,Autolus 副总监
“作为一名抗体工程专业的博士生,本课程所传授的知识将对我攻读博士学位以及未来的职业生涯大有裨益。”
阿迪莎·赫拉特,奥里昂公司研究助理

通过课程徽章和证书,展示你新掌握的技能

当您完成我们提供的分子建模课程,并准备将所学知识分享给同事和雇主时,可以在您的 LinkedIn 个人资料中展示您的证书和徽章。

常见问题

在线课程的费用是多少?

课程价格因课程类型和学员类别而异。对于希望参加这些课程的学生,我们提供以下学生专享价格:入门课程150美元,材料科学课程套餐305美元,高级课程870美元。对于商业学员,入门课程价格为575美元,高级课程及课程套餐价格为1435美元。

课程什么时候开始?

课程以期为单位进行,每期为期3至6周,在此期间,学员可访问课程内容并使用相关软件。您可以在各课程页面上查看课程期次及开课日期。

讲座是什么时候?

课程开始后,所有课程均为异步进行,您可以根据自己的时间安排,随时观看自主学习的视频、教程并完成作业。

我该如何支付这门课程的费用?

有兴趣的参与者可通过完成注册并使用信用卡支付通道进行即时报名来支付课程费用。请注意,您必须使用信用卡支付,因为我们不接受借记卡。此外,我们可根据要求提供采购订单,如需此选项,请发送电子邮件至 online-learning@schrodinger.com。如果您对课程付款方式有任何疑问,请访问我们的“付款方式”页面。

如何在注册前预览课程?
是否有面向学生的奖学金机会?

施罗丁格致力于为资源有限的学生提供支持。施罗丁格的使命是通过革新药物和材料的发现方式,改善人类健康和生活质量。施罗丁格自豪地支持新一代科学家。我们设立了一项奖学金计划,面向能够证明有经济困难并获得学术导师支持声明的全日制学生或博士后研究人员。 如果您符合我们的奖学金计划申请条件,请填写申请表!

课程结束后,学习资料还能继续使用吗?

虽然课程结束时将无法再访问该软件,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后随时查阅。其他资料,例如视频、测验以及软件访问权限,仅在课程期间内可用。

我需要使用该软件才能参加这门课程吗?我需要另外购买该软件吗?

在课程期间,您将能够使用Maestro、Bioluminate、Materials Science Maestro和/或LiveDesign的网络版(具体取决于课程内容)。您无需单独购买任何软件的使用权限。虽然课程结束时软件使用权限将终止,但课程中的部分资料(幻灯片、论文和教程)可供下载,以便您在课程结束后查阅。 其他材料,例如视频、测验以及软件使用权限,仅在课程期间内有效。请注意,Schrödinger软件仅限用于与课程相关的目的。

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