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肽类发现

利用基于计算的结构方法设计肽类药物

肽类发现
背景图案

探索计算辅助肽设计带来的优势

大规模地对初始天然肽进行枚举并拓展创意

探索向标准和非标准氨基酸的突变、定制主链修饰以及多种环化反应,以合成具有所需性质的新型天然肽或肽类似物。

探索构象 的风景

预测三维结构,计算结构各异的构象的相对结合自由能,并选择最合理的结合模式。

预测肽的关键性质

通过促进具有所需性能及相关理化特性(如膜通透性和溶解度)的肽结构的设计与优化 ,指导肽的发现。

理解肽与靶点 之间的相互作用

运用专业的分子对接 工具、分子动力学 (MD) 以及先进的自由能微扰 计算方法,以接近实验水平的精度预测结合能力亲和力 、选择性 、热稳定性以及 pH 依赖性。

 

利用Schrödinger的尖端软件设计高质量的生物制剂

BioLuminate


用于……的建模环境生物制剂发现

LiveDesign


协作式数字生物制剂设计与发现实验室

出版物

浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。

生命科学 出版物

α-锥毒素LvIA第11位点的基本残基通过静电机制影响α3β2型和α3β4型烟碱受体之间的选择性 亚型

生命科学 出版物

基于结构的蛋白质-蛋白质相互作用位点的评估及其成药性分类

生命科学 出版物

具有双重PCSK9/HMG-CoAR抑制活性的羽扇豆肽P5类似物的计算设计与生物学评价

生命科学 出版物

生长抑素受体在配体识别方面的可塑性

生命科学 出版物

通过精确的自由能计算,可以预测针对烟碱型乙酰胆碱受体的锥螺毒素中增强效力及选择性 的突变

生命科学 出版物

可通过精确的自由能计算预测针对电压门控钠通道NaV1.7的门控调节毒素的增强活性突变

生命科学 出版物

离子通道上肽类毒素结合位点的水热力学

生命科学 出版物

用于治疗应用的大环化合物 的自动化设计:从小分子到肽和蛋白质

生命科学 出版物

通过全面的计算和生物物理表征推进治疗性蛋白质的发现与开发

生命科学 出版物

多颗粒蛋白结构域肽可与前猫hepsin D结合,并在体外比前颗粒蛋白更有效地刺激其酶活性

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

学习路径:环肽建模

关于药物发现中环肽 所用工具和工作流的系统性概述。

生命科学 教程

处理非标准氨基酸

设计非标准氨基酸(NSAAs),将这些非标准氨基酸添加到数据库中,运行并分析包含所设计非标准氨基酸的MM-GBSA残基扫描。

生命科学 教程

准备环肽 并将其与参考结构对齐

使用LigPrep 准备用于建模的环肽 ,并使用tug_align脚本将其与参考结构对齐。

生命科学 教程

肽环化

通过命令行界面使用 macrocyclize.py 脚本对肽进行环化,并使用 Prime MM-GBSA 对环化后的结构进行排序。

生命科学 文档

LiveDesign ML

一款LiveDesign 插件,可在LiveDesign 中提供一套高度自动化的系统,用于部署监督学习建模管道。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成式 蛋白结构预测 解决方案,将同源建模 和折叠识别功能整合到单一解决方案中。

生命科学 文档

FEP+

利用基于物理理论 自由能微扰 技术对蛋白质-配体结合进行计算预测,其准确度可与实验方法媲美。

生命科学 文档

力场构建器

通过针对一组分子的量子力学计算进行拟合,自定义 OPLS4 或 OPLS5 力场中未明确包含的扭转矩。

生命科学 文档

Desmond

利用基于GPU的高性能分子动力学(分子动力学 (MD) , MD)引擎对生物系统进行模拟。

生命科学 文档

BioLuminate

Schrödinger 生物制剂发现 的综合建模平台。

主要产品

进一步了解可用于推进您研究项目的关键计算技术。

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面向……的综合建模平台生物制剂发现

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Prime

一种用于精确测定蛋白质的强大且创新的解决方案结构预测

MacroModel

功能多样、功能齐全的分子建模 程序

Glide

业界领先的配体-受体分子对接 解决方案

PIPER

一款最先进的蛋白质-蛋白质分子对接 程序

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

满足您组织需求的软件和服务

软件平台

利用一个功能全面且易于使用的平台,部署用于分子建模 、设计和协作的数字化药物发现工作流。

模特服务

利用Schrödinger的大规模计算专业知识和技术,推动您的项目顺利通过药物发现过程中的关键阶段。

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