作为公司范围内的休整与充电计划的一部分,Schrödinger 全球所有办事处将于8月17日至21日当周暂停办公。在此期间,我们的响应将有所限制,敬请谅解。Scientific和技术支持 团队成员仅会处理紧急支持问题。

Prime

一种用于精确测定蛋白质的强大且创新的解决方案结构预测

Prime

概述

Prime 是一款功能全面的集成式 蛋白质结构预测 解决方案,将同源建模 和折叠识别功能整合到单一解决方案中。Prime 配备了一个直观的分步界面,通过为流程的每个阶段提供有用的默认设置,引导用户完成结构预测 的工作流程。

案例研究与网络研讨会

了解Schrödinger 技术如何被用于解决现实世界中的研究难题。

生命科学 网络研讨会

利用Schrödinger 套件,利用冷冻电镜结构数据推动药物研发

在药物发现领域,蛋白质结构的相关性和价值与其合理优化分子性质的能力直接相关。

生命科学 网络研讨会

抗体 以计算建模为指导的人性化

生命科学 网络研讨会

生物制药设计 | BioLuminate

在本期培训中,我们将演示BioLuminate生物制药设计工作流程,其中包括

生命科学 白皮书

CovDock

生命科学 白皮书

大环化合物

生命科学 白皮书

诱导契合分子对接 问题的新解决方案:IFD-MD如何快速、可靠地预测准确的配体结合

生命科学 白皮书

介绍一种用于高效、自动化大环设计的新型计算机辅助工作流程

生命科学 网络研讨会

降解剂 双功能设计计算工作流

生命科学 网络研讨会

“按需设计酶:基于结构的酶建模方法”

概述了如何利用Schrödinger 技术,通过基于结构的理性设计来优化酶。

核心能力

对通过X射线晶体学、核磁共振(NMR)或冷冻电镜(Cryo-EM)获得的实验结构进行精修,以获得准确且详细的起点,供后续模拟使用
在没有实验结构的情况下,从序列准确预测蛋白质结构,以获得高质量的模型 
预测并优化侧链位置,以构建完整的全原子蛋白质模型。 
预测膜的通透性及构象大环化合物
使用 MM-GBSA 快速计算目标能量系统
借助直观的分步界面,引导用户完成整个工作流程,从而结构预测 
在序列同源性较低或为零的情况下,构建骨干模型以用于早期结构研究或功能注释
快速筛选数千种蛋白质突变,并与FEP+ 紧密集成,从而能够针对蛋白质优化 进行准确而全面的筛选 级联分析。

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

肽环化

通过命令行界面使用 macrocyclize.py 脚本对肽进行环化,并使用 Prime MM-GBSA 对环化后的结构进行排序。

生命科学 教程

抗体 结构预测 以及使用 BioLuminate 进行可视化

预测抗体 的结构,分析结构质量,并对预测的结构进行必要的精修。

生命科学 教程

生成三元复合结构,以实现靶向蛋白降解剂的理性设计

生成并评估靶点-PROTAC(蛋白降解靶向嵌合体)-连接酶复合物的结构,以便构建连接子优化 。

生命科学 文档

Prime

一款完全集成式 蛋白结构预测 解决方案,将同源建模 和折叠识别功能整合到单一解决方案中。

生命科学 教程

使用 GlideXtal 和 Phenix/OPLS 优化蛋白-配体晶体结构

使用 GlideXtal 在晶体结构中重新对接并优化配体构象。

生命科学 教程

使用 MM-GBSA 对被截断的配体进行重新评分

优化结合姿态,并对一项小型虚拟筛选的结果进行重新评分。

生命科学 教程

在不使用……的情况下近似蛋白质柔性分子动力学 (MD)

在Glide 中软化势能,并运行诱导契合(分子对接 )以处理侧链构象 的变化和环结构优化。

生命科学 教程

二硫键工程

进行半胱氨酸扫描,以识别可突变为半胱氨酸的残基,从而提高热稳定性并促进结晶。

生命科学 教程

利用……进行药物研发大环化合物

采样、分子对接 以及先导化合物 优化 来自大环化合物 。

生命科学 教程

小分子膜通透性

预测一系列小分子的膜通透性。

相关产品

进一步了解可用于推进您研究项目的相关计算技术。

IFD-MD

针对新型化学物质,对靶点和非靶点进行精确的配体结合模式预测

FEP+

用于药物发现的高性能自由能计算

膜通透性

基于物理理论 用于快速、准确预测被动膜通透性的解决方案

PrimeX

用于精确蛋白质晶体生成的综合解决方案结构优化

出版物

浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。

材料科学 出版物

基于味觉的从蘑菇Amaropostia stiptica中分离苦味化合物,可激活人类苦味受体中的一类

材料科学 出版物

利用分子动力学 (MD) 模拟和自由能分析评估类药物化合物与猴痘病毒VP39蛋白的结合潜能及稳定性

生命科学 出版物

利用FEP增强来解决化学生物学中机器学习(ML) 的数据匮乏问题

材料科学 出版物

透明椒草(Peperomia pellucida)中的植物化学物质针对特定金属蛋白酶靶点的皮肤抗衰老潜力:基于计算机模拟的研究

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一种用于体外评估单克隆抗体中蛋氨酸氧化风险的新方法:对双层模型的改进

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靶点-蛋白质结构预测 中的模板关系及其对热稳定性计算准确性的影响

生命科学 出版物

用于生物制剂定量结构-性质关系预测的描述符集

生命科学 出版物

利用……准确预测残基突变引起的蛋白质热力学稳定性变化自由能微扰

生命科学 出版物

一种可靠且精确的蛋白质-配体结合中诱导契合分子对接 问题求解方案

生命科学 出版物

一种通过主要组织相容性复合体I新抗原呈递靶向突变型β-catenin的工程化抗体 片段

培训与资源

在线认证课程

通过分子建模 的实践性在线课程,提升您的技能水平。这些可自主安排学习进度的课程涵盖了广泛的科学主题,并提供Schrödinger 软件的使用权限及技术支持。

教程

了解如何将Schrödinger 软件的技术和最佳实践应用于您的项目,以确保项目成功。查找培训资源、教程、快速入门指南、视频等内容。