PrimeX
一套用于精确蛋白质晶体结构分析的综合解决方案结构优化
概述
PrimeX 是一款用于辅助蛋白质晶体结构优化 的先进工具，其生成的精确结构比其他蛋白质精修程序生成的结构更适合用于计算化学应用。
传统的蛋白质晶体学由于存在高能接触和缺失的氢原子，给下游建模带来了问题。PrimeX 通过将蛋白质几何结构约束为 OPLS-AA 模型、在精修过程中添加氢原子，以及改进非键相互作用来解决这些问题，从而提高结构精度。
核心能力
循环的构建与优化
利用经过充分验证的 Prime 蛋白质建模程序中的技术，并在电子密度拟合的指导下，构建长度不超过 40 个残基的环结构。
配体定位
利用Glide 分子对接 项目中的技术，将配体和其他小分子置于电子密度中；该技术在配体-受体分子对接 方面已展现出卓越的精度。
精确的全原子力场
利用OPLS-AA力场结合最先进的计算技术，对蛋白质结构进行精修，使其能够立即用于各种计算模拟。
高级优化技术
为倒易空间精修提供模拟退火算法。
极小值解的选择
提供共轭梯度法、截断牛顿法和准牛顿法（LBFGS），以优化性能和精度。
参数自动生成
可自动生成配体和其他小分子的参数，以及修饰残基的参数，无需用户干预。
氢的处理
自动添加氢原子，这些氢原子将在精修过程中根据OPLS-AA力场规定的物理化学原理被纳入模型。
易于使用
直观的用户界面将集成式 整合到Maestro 中，在“项目表”中按步骤组织了精修统计数据，并可通过交互式表格和图表方便地分析蛋白质结构几何信息。
高级计算控件
支持命令行输入以及使用 Python 编写脚本，从而提供更强的控制力和可自定义的操作。
文档与教程
了解常见问题的解答，并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。
出版物
浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。