PrimeX
정확한 단백질 결정 구조 정밀화를 위한 종합 패키지
개요
PrimeX는 단백질 결정 구조 정밀화를 용이하게 해주는 첨단 도구로, 다른 단백질 정밀화 프로그램에서 산출된 구조보다 계산 화학 응용 분야에 더 적합한 정확한 구조를 산출합니다.
기존의 단백질 결정학은 고에너지 접촉과 수소 원자 결손으로 인해 후속 모델링 단계에서 문제를 야기합니다. PrimeX는 단백질 기하 구조를 OPLS-AA에 맞춰 제한하고, 정제 과정에서 수소 원자를 추가하며, 구조 정확도를 높이기 위해 비결합 상호작용을 개선함으로써 이러한 문제를 해결합니다.
주요 역량
루프 생성 및 정교화
검증된 Prime 단백질 모델링 프로그램의 기술을 활용하고 전자 밀도 피팅을 기반으로 하여, 최대 40개 아미노산 잔기로 구성된 루프를 생성합니다.
리간드 배치
Glide 도킹 프로그램의 기술을 활용하여 리간드 및 기타 소분자를 전자 밀도 내에 배치하며, 이 프로그램은 리간드-수용체 도킹 분야에서 뛰어난 정확도를 입증한 바 있습니다.
정확한 전원자 힘장
최첨단 계산 기술을 활용하여 OPLS-AA 힘장을 적용함으로써, 모든 계산 시뮬레이션에 즉시 사용할 수 있는 정밀한 단백질 구조를 도출합니다.
고급 정제 기법
상호 공간 정밀화를 위한 시뮬레이션 어닐링 기능을 제공합니다.
최소화기의 선택
성능과 정확도를 최적화하기 위해 공액 기울기법, 절단 뉴턴법, 준뉴턴법(LBFGS)을 제공합니다.
자동 매개변수 생성
사용자의 개입 없이 리간드 및 기타 소분자, 그리고 변형된 잔기에 대한 매개변수를 자동으로 생성합니다.
수소의 처리
OPLS-AA 힘장에 규정된 물리화학적 원리에 따라 정제 과정에서 포함되는 수소 원자를 자동으로 추가합니다.
사용하기 쉬움
Maestro 에는 직관적인 사용자 인터페이스가 통합되어 있으며, 프로젝트 테이블에서 정제 통계 데이터를 단계별로 체계적으로 정리할 수 있고, 대화형 테이블과 그래프를 통해 단백질 구조의 기하학적 특성을 편리하게 분석할 수 있습니다.
고급 계산 제어 기능
명령줄 입력은 물론 파이썬을 활용한 스크립팅도 지원하여, 제어 기능을 강화하고 작업을 사용자 정의할 수 있습니다.
문서 및 튜토리얼
Schrödinger의 소프트웨어 사용과 관련된 자주 묻는 질문에 대한 답변을 확인하고, 모범 사례를 알아보세요.
간행물
관련 응용 분야에서 ‘ Schrödinger ’ 기술을 활용한 동료 심사를 거친 논문 목록을 살펴보세요.
교육 및 자료
온라인 자격증 과정
실습 중심의 온라인 ‘ 분자모델링 ’ 과정을 통해 여러분의 역량을 한 단계 높여보세요. 이 자기 주도형 과정은 다양한 과학 주제를 다루며, ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어 이용 권한과 지원 서비스가 포함되어 있습니다.
튜토리얼
프로젝트의 성공을 위해 ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어의 기술과 모범 사례를 활용하는 방법을 알아보세요. 교육 자료, 튜토리얼, 빠른 시작 가이드, 동영상 등을 확인해 보세요.
기타 리소스