PrimeX
タンパク質結晶構造の正確な構造 による精密化のための包括的なパッケージ
概要
PrimeXは、タンパク質結晶構造 の精製を容易にする高度なツールであり、他のタンパク質精製プログラムで生成される構造よりも、計算化学の応用に適した正確な構造を生成します。
従来のタンパク質結晶構造解析では、高エネルギーの接触や水素原子の欠落により、下流のモデリングにおいて課題が生じます。PrimeXは、タンパク質の幾何構造をOPLS-AAに拘束し、精製過程で水素原子を追加し、非結合相互作用を改善することで、構造 の精度向上を図り、これらの課題に対処しています。
主な機能
ループの構築と改良
実績のあるPrimeタンパク質モデリングプログラムの技術を活用し、電子密度フィッティングに基づいて、最大40～残基 の長さのループを構築します。
リガンド 配置
Glide ドッキングプログラムの技術を用いて、リガンドやその他の低分子を電子密度内に配置します。このプログラムは、リガンド-受容体 におけるドッキングにおいて、優れた精度を発揮しています。
高精度な全原子力場
OPLS-AA力場と最先端の計算技術を駆使し、あらゆる計算シミュレーションに即座に利用できるタンパク質構造を精緻化します。
高度な精製技術
逆空間の精密化のためのシミュレーテッド・アニーリング機能を提供します。
最小化関数の選択
性能と精度を最適化するために、共役勾配法、切り捨てニュートン法、および準ニュートン法（LBFGS）を提供しています。
パラメータの自動生成
リガンドやその他の低分子、および修飾された残基 のパラメータを、ユーザーの操作を必要とせずに自動的に生成します。
水素の処理
水素原子を自動的に追加します。これらは、OPLS-AA力場が規定する物理化学的ルールに従って、精製処理の過程で組み込まれます。
使いやすい
Maestro には直感的なユーザーインターフェースが組み込まれており、プロジェクトテーブルでは精製統計データが段階的に整理され、インタラクティブなテーブルやプロットを通じてタンパク質構造 の幾何構造を便利に解析することができます。
高度な計算制御
コマンドラインからの入力に加え、Pythonによるスクリプト作成も可能であり、これにより制御性を高め、操作をカスタマイズできます。
ドキュメントとチュートリアル
Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。
出版物
関連する応用分野において、Schrödinger 技術を採用した査読付き論文の一覧をご覧ください。