構造 予測とターゲット イネーブルメント
高精度な構造 ベースの設計を実現する、ターゲット のタンパク質解析機能を活用しましょう
現在、構造生物学の分野では革命的な変化が起きており、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）やAlphaFoldなどの技術の進歩により、あらゆるタンパク質クラスにおいて利用可能な構造データが急速に増加しています。しかし、ドッキングや自由エネルギー摂動などの物理ベースのシミュレーションでこれらのモデルを活用するには、大幅な精緻化と、リガンド による正確な配置が不可欠です。
Schrödingerタンパク質モデルの精製、リガンド の配置、および結合部位解析のための包括的なソリューションスイートにより、構造 を基盤とした設計において、より幅広いターゲットを開拓することが可能になります。
機能
幅広い出発点から、設計に直ちに活用できる構造体を生成するためのソリューション
厳密な構造 に基づく設計を実現するため、オンターゲットとオフターゲットの両方を有効にする
高分解能の構造
構造 を用いた設計に向けた、高解像度のX線結晶構造または低温電子顕微鏡（cryo-EM）構造を準備する
物理ベースのシミュレーションに適した、高品質な全原子タンパク質モデルを迅速かつ確実に構築する
既存の構造における新規リガンドの結合様式を、実験値に近い精度で予測する
各シリーズごとに実験的な構造 を取得することなく、競合物質の結合様式を把握できる
低解像度の構造
低分解能X線結晶構造または低温電子顕微鏡（クライオEM）構造の精緻化と検証
一般的な構造上の問題を修正し、信頼性の高い全原子タンパク質モデルを構築する
クラス最高の力場を用いて、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）構造など、密度が不明確な領域にリガンドをドッキングさせ、不確実性を解消する
低解像度のモデルを完全な全原子表現に変換するための補因子と溶媒を指定する
いいえ構造
相同タンパク質の配列から構造を作成・検証するか、または利用可能なAlphaFoldの構造を活用する
ゲノムデータの力を活用し、医薬品開発に関連する標的のホモロジーモデルを簡単に作成する
テンプレートに基づくホモロジーモデルやAlphaFold構造に、リガンドを確実かつ正確にドッキングする
既知のSARおよび高精度なインシリコ結合親和性アッセイを用いて、構造モデルを定量的に検証する
事例紹介とウェビナー
Schrödinger の技術が、現実の研究課題の解決にどのように活用されているかをご覧ください。
注目のサービス
ターゲット イネーブルメント サービス
将来的なFEP+ 自由エネルギー計算に向けて、お客様が関心をお持ちのタンパク質ターゲット の準備をお手伝いいたします。既知のSAR（構造活性相関）を持つ実験的なX線構造、あるいは不完全なクライオEM構造やAlphaFold構造から開始します。Schrödinger の科学者たちは、独自の技術と専門知識を駆使して、タンパク質-リガンド 複合体をモデリングおよび検証し、予測精度の高い構造 に基づく設計手法を実現します。
ドキュメントとチュートリアル
Schrödingerのソフトウェアに関するよくある質問への回答や、その活用におけるベストプラクティスをご確認ください。
主力製品
研究プロジェクトを前進させるために活用できる主要な計算技術について、詳しくご覧ください。
出版物
関連する応用分野において、Schrödinger 技術を採用した査読付き論文の一覧をご覧ください。