IFD-MD
针对新型化学物质，对靶点和非靶点进行精确的配体结合模式预测
为基于结构的设计开辟新途径，以应对更广泛的目标和非目标物质
IFD-MD 是一种强大的 GPU 加速解决方案，用于预测受体-配体结合构象，其准确度接近实验方法，但成本更低且周转时间更短。将 IFD-MD 与FEP+ 结合用于模型验证，可构建一套完整的计算机模拟方法，从而基于同源模型、AlphaFold 结构或与非相关化学物质结合的实验结构，生成高精度的基于结构的药物设计 。
IFD-MD 在配体结合模式预测中的优势
无需等待获得实验结构，即可加快项目进度
在不等待新化学系列实验晶体结构确定的情况下，推进基于结构的设计工作
了解并降低离岸靶点 业务的风险
无需针对已知与化学物质结合的靶点 启动新的结晶程序
适用于多种检查方式
从非共价配体到共价配体，以及大环化合物
优化膜蛋白靶点
结合位点 中包含显式水分子，膜区域中包含显式脂质分子
工作原理
将水分子对结合的影响作为IFD-MD评分函数的重要组成部分纳入其中
检测并惩罚由非天然配体构象引起的极性基团脱溶剂化现象
利用共识模式构建模型，以帮助解释常见的非特异性脱靶效应可能带来的风险
精选
文档与教程
了解常见问题的解答，并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。
出版物
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