릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 사용자 지정 시각화 프리셋 생성 및 공유 [2022-4]
• DNA/RNA를 표준 뉴클레오베이스로 변형하는 기능을 추가했습니다 [2022-4]
• ‘Plot Rigid/Relaxed’ 스캔의 다음 단계를 안내하는 새로운 워크플로 작업 메뉴 [2022-4]
• 새로운 2D sketcher  의 첫 번째 정식 릴리스 [2022-4]
• 문서에 ‘ Maestro 시작하기’ 동영상 시리즈 추가 [2022-4]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• 최신 버전의 KNIME(v4.6.1)이 포함되어 있습니다 [2022-4]
• 이제 ‘ Phase ’ 스크리닝 노드에서 일치 횟수를 제어할 수 있습니다 [2022-4]

LiveDesign 에서:

• 모델을 배포할 때 적합한 KNIME 프로토콜이 자동으로 선택되며, 해당 프로토콜의 최신 버전이 업로드됩니다 [2022-4]
• 계산 분배는 모델 관리자 페이지에서 제어됩니다 [2022-4]
• LiveDesign 관리자 페이지에서 모델 변경 사항을 기존 모델을 덮어쓸 때 유지할 수 있습니다 [2022-4]
• 모델을 이동, 아카이브 및 아카이브 해제하기 위한 새로운 관리 노드 [2022-4]

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• Windows에서 ‘ Protein Preparation Workflow ’ 인터페이스를 열 때 속도가 크게 향상되었습니다 [2022-4]
• 관련 없는 CCD 결합 할당 오류 알림을 제한하여 Protein Preparation Workflow 로그 파일의 정보량을 줄였습니다 [2022-4]
• 단백질 신뢰도 보고서는 제공된 .cv 파일에 TEST 회절 데이터가 없는 경우, 이를 실시간으로 생성하고 RSCC 값을 보고합니다 [2022-4]
• PROPKA를 (최신) 버전 3.4로 업데이트했습니다 [2022-4]

단백질 X선 구조 정밀화

• 결정학 전자 밀도 맵에서 리간드를 자동으로 피팅하기 위한 GlideXtal 명령줄 도구 소개 [2022-4]
• PrimeX 최소화 기능은 CIF 형식의 구조 인자를 사용할 수 있습니다 [2022-4]
• Phenix/OPLS에서 이제 crystal mates [2022-4]와 충돌하는 모든 엔티티를 제거할 수 있습니다.
• Phenix/OPLS는 표준 잔기 내 원자 결손에 대해 더 높은 내성을 보인다 [2022-4]

저온 전자현미경 모델 정제

• 저온 전자 밀도 맵에 리간드를 배치하기 위한 Beta GlideEM 인터페이스 [2022-4]
• GlideEM은 이제 gzip으로 압축된 (CCP4, MRC, MAP) 파일을 입력으로 지원합니다 [2022-4]

다중 서열 뷰어/편집기

• 단백질 패밀리 정렬 및 주석 부여 기능의 베타 버전 출시 [2022-4]
  • ‘기타 작업’에 위치한 ‘가족 기능 계산’이라는 새로운 카테고리
  • 메뉴를 통해 단백질 패밀리 정렬 및 주석 정보를 확인할 수 있습니다.
  • 키나제 및 GPCR 정렬을 지원합니다
  • GPCR 영역에 대한 주석 달기를 지원합니다
• 거리 정보를 표시하는 덴드로그램 마우스 오버 툴팁 [2022-4]

IFD-MD

• 막 결합형 IFD-MD 튜토리얼 [2022-4]
• 공유결합 리간드 IFD-MD 튜토리얼 [2022-4]

FEP+

• 정의되지 않은 입체화학적 중심이 도입될 때 사용자 친화적인 메시지를 표시 [2022-4]
• FEP+ 그룹 패널의 사용 편의성을 개선하여 양성자화 및 토토머 상태 앙상블을 관리함으로써, 보다 정확한 ΔΔG 예측을 가능하게 함 [2022-4]

일정한 pH 시뮬레이션 (베타)

• 사용자 친화적인 출력 형식을 통해 단백질 pKa 계산용 일정 pH 시뮬레이션의 사용 편의성 향상 [2022-4]

AutoQSAR

• DeepAutoQSAR에 리간드 특징 추출을 위한 MACCs 키 추가 [2022-4]
• DeepAutoQSAR 하이퍼파라미터 최적화에 ElasticNetCV 모델(강한 l1/l2 정규화 선형 회귀) 포함 [2022-4]
• 사용 편의성을 높인 새로운 DeepAutoQSAR 명령줄 유틸리티 [2022-4]

Desmond 분자동역학

• '궤적 플롯' 보기에서 단백질 잔기의 라마찬드란 플롯 [2022-4]

실험적 및 양자역학(QM) 기반의 pKa 예측

• pKa 의 값과 양성자화 의 상태를 신속하게 예측하기 위한 새로운 머신러닝 기반 애플리케이션인 Epik 7의 첫 번째 버전이 출시되었습니다 [2022-4]
  • Epik 7은 또한 pH에 따른 주별 인구 수를 나타내는 그래프를 생성할 수도 있습니다.

용해도 FEP (베타)

• logS 단위로 ‘ 용해도 ’ 결과를 표시하는 옵션 [2022-4]

양자역학

• TDDFT/TDA 근사법 하에서 여기 상태에 대한 ESP 전하 계산 [2022-4]
• Windows에서 병렬 ‘ Jaguar ’ 계산을 통해 계산 시간을 단축하세요 [2022-4]
• ‘Plot Rigid/Relaxed’ 스캔의 다음 단계를 안내하는 새로운 워크플로 작업 메뉴 [2022-4]
• 문서에 수록된 ‘ Jaguar ’ 입력 파일 예시 80개 이상 [2022-4]

반경험적 양자역학

• Semiempirical Module 패널에서 GFN2-xTB 방법을 사용할 수 있게 되었습니다 [2022-4]

생물학적 제제 신약 개발

• 단백질 링커 설계를 개선하기 위해, 도메인 간 링커 설계를 위해 특별히 고안된 새로운 버전의 루프 데이터베이스로 업데이트되었습니다 [2022-4].
• 화학적 반응성 탐지 기능을 확대하기 위해, ‘반응성 잔기’ 인터페이스에 Asp 이성질화 패턴 및 유리 시스테인 탐지 기능이 추가되었습니다 [2022-4]
• 단백질 상호작용 분석을 실행하고 결과를 CSV 형식으로 내보낼 수 있는 새로운 명령줄 스크립트 [2022-4]
• Protein 표현자 인터페이스의 첫 번째 정식 버전이 출시되었으며, 이제 여러 구조가 포함된 .mae 및 .maegz 파일을 지원합니다 [2022-4]
• “새 서열 입력” 옵션 아래에 있는 항체 구조 예측 인터페이스에 서열을 복사하여 붙여넣기 [2022-4]
• 명령줄이나 Maestro 에서 실행할 때, ‘항체 구조 예측’의 일괄 상동성 모델링에 동일한 입력 CSV 파일 형식을 재사용합니다 [2022-4]
• 일괄 모델링 시 ‘글리칸 유지’ 옵션에 대한 지원을 추가했습니다 [2022-4]
• 디설파이드 설계용 시스테인 스캐닝 패널이 이제 원격 작업 제출을 지원하며, 이는 MD 궤적을 입력으로 사용하는 경우 등 대규모 작업을 실행할 때 유용합니다 [2022-4]
• ‘상호작용’ 범위 드롭다운 메뉴에 “항체-항원” 항목 추가 [2022-4]
• 문서에 ‘BioLuminate 시작하기’ 동영상 시리즈 추가 [2022-4]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

• Quantum ESPRESSO GUI: 선택한 원자 숨기기 옵션 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO GUI: 사용자 경험(UX) 향상을 위한 NEB UI 업그레이드 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 각 반복 단계에서 NEB mae 파일에 저장된 종점 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 사용자 지정 저장된 NEB 설정의 파일 크기 축소 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: GUI를 지원하는 자동 병렬화 활용 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 드라이버용 -save_failures 옵션 (명령줄) [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: qe2mae 도구의 -last_only 옵션을 사용하여 최종 구조만 저장하기 (명령줄) [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 입력 *.cfg 파일에서 HUBBARD 옵션 활성화 (명령줄) [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 장시간 AIMD 시뮬레이션을 위한 자동 재시작 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO: 셀 볼륨 이완 지원 [2022-4]

분자동역학

• 점도: ”,”는 아인슈타인-헬판드 분석 [2022-4]의 CSV 출력에서 구분자로 사용됩니다.

재료 정보학

• 머신러닝 속성: 선별된 재료 특성 목록에 대한 사전 구축 및 검증된 머신러닝 모델 [2022-4]
• 분자 표현자: 반경험적 HOMO-LUMO 갭에 관한 보고서 [2022-4]
• 분자 표현자: 분자 궤도 플로팅 지원 [2022-4]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

• Martini 력장 기반 Ewald 합에 대한 지원 [2022-4]
• CG FF Builder: 뷰어 데이터를 CSV로 내보내는 옵션 [2022-4]
• CG FF Builder: 기존 궤적 사용 지원 [2022-4]
• 원자-입자 매핑: 입력 구조에서 선택한 원자를 입자에 매핑하는 옵션 [2022-4]

침투제 주입 시뮬레이션

• 침투제 적재: GCMC 수문 모델의 견고한 처리 [2022-4]
• 침투제 적재: 출력 구조에 대한 주기적 단위 셀의 시각화 [2022-4]

MS Maestro 사용자 인터페이스

• Maestro 에서 사용자 경험을 개선하기 위해 ‘궤적 분석’ 작업 프레임의 크기를 조정했습니다 [2022-4]

MS Maestro 빌더 및 도구

• 복합체 생성기: 리간드 라이브러리 확장 [2022-4]
• 무질서한 시스템: 분자 수가 서로 다른 세포를 생성하는 옵션 [2022-4]
• Elemental Enumeration: 대화형으로 실행되는 대신 대기열에 추가되도록 설정된 작업 [2022-4]
• 셀 조작: 소수 좌표의 -0.5에서 0.5 범위 내에서 이동할 수 있는 옵션 [2022-4]
• 셀 조작: FF를 다시 입력하지 않고도 격자 치수 변경 지원 [2022-4]
• 쿼리 본드: 출력을 CSV로 내보내기 옵션 [2022-4]
• 반결정성 고분자: 기존 결정체 사용 옵션 (명령줄) [2022-4]
• 반결정성 고분자: 결정도 백분율 보고 [2022-4]
• 반결정성 고분자: 고분자 모델을 활용한 시뮬레이션 속도 향상 [2022-4]

고전 역학

• MD 다단계: Martini 시스템에 대한 시간 단계 추정법 개선 [2022-4]
• MD 다단계: 속도 향상을 위해 단계를 연결하는 옵션 [2022-4]
• MD 다단계 시뮬레이션: NVT 앙상블에 적합한 내장형 Martini 이완 프로토콜 [2022-4]
• MD Multistage: 선택한 분자만 궤적 파일에 기록하는 옵션 (명령줄) [2022-4]
• 응력-변형률: 새로운 데이터 포인트가 추가될 때마다 CSV 출력 파일 업데이트 [2022-4]
• 열물리적 특성: Parrinello-Rahman 바로스타트 지원 (명령줄) [2022-4]

양자역학

• Shape 밴드: 암시적 용매 추가/선택 옵션 [2022-4]
• 유기금속 구조형 탐색: QM 계산 후 콘포머를 선택할 수 있는 옵션 (명령줄) [2022-4]
• 유기금속 구조 탐색: 사용자 정의 MacroModel COM 파일 지원 (명령줄) [2022-4]
• 유기금속 구조 탐색: MOPAC 지원 (명령줄) [2022-4]

교육 콘텐츠

• ‘재료 과학 시작하기’ Maestro 동영상 시리즈가 문서에 추가되었습니다 [2022-4]
• ‘문서’ 및 ‘교육’ 웹페이지에서 모두 확인할 수 있는 빠른 참조 안내서 [2022-4]
• 새로운 튜토리얼: 증발 [2022-4]
• 새로운 튜토리얼: 머신러닝 속성 예측 [2022-4]
• 업데이트된 튜토리얼: 고분자 전해질 분석 [2022-4]
• 업데이트된 튜토리얼: 원자 전하 계산 [2022-4]
• 업데이트된 튜토리얼: 고체 및 표면에서의 반응성에 대한 활성화 에너지 [2022-4]
• 업데이트된 튜토리얼: 유기금속 착물 [2022-4]

LiveDesign

LiveDesign 2022-4의 새로운 기능

• 로그인 횟수는 라이선스 제한에 따라 제한됩니다. 사용 가능한 좌석 수가 모두 할당된 후 로그인을 시도하는 사용자는 다음의 접근이 거부됩니다. LiveDesign
• 관리자는 사용자를 강제 로그아웃시킬 수 있습니다: 사용자에게 할당된 역할을 제거하거나 특정 사용자 이름을 지정하여 사용자를 강제 로그아웃시킬 수 있습니다.
• 파일 가져오기 확인서: 파일에 오류가 포함된 경우 파일 가져오기에 대한 피드백과 오류 수정 방법을 안내받습니다.
• Sketcher 개선 사항:
  • 암시적 모드 스케쳐: 선택 도구와 그리기 도구를 직접 클릭하여 화합물 편집과 화합물의 일부 선택 사이를 빠르게 전환할 수 있습니다.
  • 원자 위에 마우스를 올린 상태에서 키보드의 백스페이스 키를 눌러 원자를 삭제합니다.
• 관리자 패널에서 프로토콜의 매개변수를 “기본값 설정”으로 설정하면, 기존 모든 모델의 매개변수가 “고정값 설정”으로 변경됩니다.
• LigandDesigner 내 상호작용 표면: 상호작용 표면을 확인하여 내부의 사용 가능한 성장 공간을 파악할 수 있습니다. 결합 포켓
• 스프레드시트에서 단일 화합물을 복사할 때는 Mol v3000 형식으로 복사할 수 있습니다. 서버 전체 설정에 따라 단일 분자를 Extended SMILES 또는 Mol v3000 형식으로 복사할 수 있습니다. 여러 화합물을 한 번에 선택하여 복사하면 SMILES 형식으로 화합물이 복사됩니다.
• 자유 형식 열의 선택 목록 항목 순서를 변경할 수 있습니다: 자유 형식 열 정의를 편집하면 선택 목록 항목의 순서를 변경할 수 있습니다.
• UI 개선 사항
  • 타일 크기 제한이 훨씬 더 작은 ‘타일 보기’에서 화면에 더 많은 타일을 표시할 수 있습니다.
  • 스프레드시트 셀에서 더 많은 데이터를 볼 수 있습니다. 스프레드시트 셀 내의 “더 보기…” 메시지가 그라데이션 효과로 대체되어, 해당 셀에 추가 데이터가 있음을 나타냅니다.
  • 사용자는 Ctrl 키를 누른 상태에서 클릭하여 3D 시각화 도구에서 추가 3D 모델의 결과를 손쉽게 표시할 수 있습니다.
  • 이제 스프레드시트에서 해당 기능이 활성화되어 있는 경우, 내보낸 화합물 구조 이미지에 입체화학 표기가 포함됩니다.

수정된 사항

• 이제 셀에 공백 값과 숫자 또는 문자열 값이 모두 포함된 경우에도 모델 열을 정렬하고 필터링할 수 있습니다. 정렬 시에는 해당 셀에서 첫 번째 비어 있지 않은 값이 사용됩니다.
• 여러 개의 자유 형식 열 조건을 사용하는 고급 검색의 경우, 조건의 순서를 변경하더라도 동일한 결과가 반환됩니다.
• 복합 이미지에서 메인 스프레드시트 내에서 해당 이미지를 클릭해도 더 이상 큰 원자 레이블이 표시되지 않습니다.
• 프로젝트 관리자는 해당 프로젝트 내의 모든 수식을 편집할 수 있습니다.
• 시각화 패널에서 고정된 플롯 툴팁은 다른 플롯이나 다른 LiveReport로 전환한 후에도 다시 나타납니다.
• 삭제된 LiveReport는 해당 LiveReport의 URL로 직접 이동하여 다시 열 수 없습니다.
• 양식에서 고정된 플롯 툴팁은 보기 크기가 조정될 때 연결선을 업데이트합니다.
• ‘필터’에 여러 값을 붙여 넣으면, 앞서와 마찬가지로 구분 기호를 자동으로 식별하거나 값을 구분할 구분 기호를 선택할 수 있는 옵션이 표시됩니다.
• ‘LiveReport 관리자’ 대화 상자에서 마지막 LiveReport가 가로 스크롤 막대로 가려지지 않게 되었습니다.
• R-그룹 의 분해 결과에서 나타나는 결합점 및 탄소 원자의 결합 각도가 이전에는 180도로 표시되었으나, 이제는 180도 미만의 각도로 표시됩니다.
• 3D 모델 반환 데이터가 포함된 LiveReports는 열었을 때 더 이상 빨간색 오류 막대가 표시되지 않습니다.
• Commons-text가 보안 취약점 CVE-2022-42889를 해결하기 위해 업데이트되었습니다.
• 이 3D 시각화 프로그램은 클라이언트 컴퓨터에 탑재된 고성능 GPU를 활용하여 프로그램 충돌을 방지합니다.
• LiveReport에서 수식에 사용된 열을 숨기더라도 스프레드시트에서 수식 결과가 더 이상 사라지지 않습니다.
• ‘매칭된 분자 쌍’ 도구가 더 이상 확장된 ‘ SMILES ’ 형식으로 표현된 키랄 화합물을 구문 분석하는 데 실패하지 않습니다.
• 관리자 패널에서 모델을 업데이트하고 저장할 때 더 이상 오류 메시지가 산발적으로 나타나지 않습니다.