릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 선택한 여러 뉴클레오티드를 동시에 변이시키기 [2023-1]
• 사용자 정의 세트 편집기 대화 상자에서 “핵산” 하위 구조를 빠르게 선택하기 [2023-1]
• 새로운 사용자 지정 프리셋 기능 [2023-1]
  • 선택한 프리셋만 추출하여 내보내기 옵션
  • “원소별 색상 지정(사슬명 탄소)” 옵션을 통한 제어 기능 확장
• “Maestro 에서 PyMOL로” 전환 기능 개선 [2023-1]
  • “ PyMOL로 보내기” 옵션을 ‘파일’ 메뉴로 이동하여 사용자가 더 쉽게 찾을 수 있도록 개선했습니다.
  • “ PyMOL로 보내기”에 궤적 데이터를 포함하는 옵션
• “이동 시 회전 중심 고정” 설정이 이제 기본적으로 활성화됩니다 [2023-1]
• 프로젝트 테이블 / 엔트리 리스트 개선 사항 [2023-1]
  • 더블 클릭 시 바로가기 행 항목의 원래 행으로 자동으로 스크롤합니다.
  • 포함된 항목 중 하나라도 다음에서 원자가 선택된 행을 선택합니다. Workspace
• ‘주석’ 토글을 사용하여 약리활성 기저 구조(pharmacophore) 특징 레이블 표시/숨기기 [2023-1]
• BioLuminate [2023-1]
  • 미리 정의된 선택 집합을 사용하여 CDR, Fab, Fv 등 항체 관련 세그먼트를 빠르게 선택하세요.
• 새로운 ‘진동’ 패널을 통해 분자 진동 정보를 확인하고, 분석하고, 공유하세요 [2023-1]
  • 사용하기 쉬운 재생 제어 기능과 Workspace
  • 진동 주파수 애니메이션의 프레임을 3D 구조물로 저장하기
  • 선택한 모드의 내보낸 동영상을 통해 동료들과 소통하세요

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• KNIME(v4.7) 지원 추가 [2023-1]
• '속성 추출' 노드의 안정성이 향상되어, 이제 새로운 속성을 포함하거나 제외할 수 있게 되었습니다 [2023-1]
• LigPrep 노드가 이제 Maestro  에서 내보낸 설정 파일을 읽을 수 있게 되었습니다 [2023-1]
• 새로운 Protein Preparation Workflow 노드 구성 패널은 Maestro의 [2023-1]과 동일합니다.
• LiveDesign 의 가져오기 및 내보내기 노드 개선 사항 [2023-1]
  • 리간드와 단백질을 넘어, 모든 2D/3D 구조를 ‘ LiveDesign ’에 일반 개체로 가져올 수 있습니다.
  • 분석을 위해 LiveReports 전체를 KNIME으로 가져오기

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• Small peptides (< 200 atoms) can now also optionally be capped [2023-1]

다중 서열 뷰어/편집기

• ‘단백질 패밀리 정렬’ 기능을 사용하여 모든 단백질 패밀리에 대해 사용자가 제공한 참조 세트와 새로운 서열을 정렬하고 주석을 달 수 있습니다 (베타) [2023-1]
• 핵산 사슬에 대한 상보 서열 및 역상보 서열 생성 [2023-1]

Desmond 분자동역학

• NVIDIA와의 협력을 통해 ns/day 처리량에서 최대 1.17배(17%)의 성능 향상을 달성했습니다. 소형에서 중형 규모의 시스템에서 최신 GPU를 사용하여 실행했을 때 가장 큰 속도 향상이 나타났습니다 [2023-1]

QM/MM (Qsite)

• 기본 최소화 기법을 절단 뉴턴법에서 공액 기울기법으로 변경함으로써 더 견고하고 신뢰할 수 있는 최소화 결과 도출 [2023-1]
• DFT-B3LYP-D3, DFT-M06-2X-D3, DFT-B3LYP-D3(BJ), DFT-M06-2X-D3(BJ), DFT-wB97X-D, DFT-B97-D3 등 분산 보정 함수들에 대한 지원을 추가했습니다 [2023-1]

AutoQSAR

AutoQSAR 및 DeepAutoQSAR

• 수치형 추가 특징을 정규화하여 값이 매우 크거나 작은 경우 네트워크 훈련 시 발생하는 불안정성을 제거한다 [2023-1]

Hit Identification & 온라인 상영

Shape 상영

• 명령줄에서 Shape GPU 계산을 손쉽게 다시 시작할 수 있습니다 [2023-1]

Lead Optimization

FEP+

• NVIDIA와의 협력을 통해 ‘ FEP+ ’의 일일 섭동 횟수에서 최대 1.4배에 달하는 상당한 성능 향상을 달성했습니다. 특히 코어 수가 많은 GPU와 소규모에서 중규모의 시스템에서 가장 큰 속도 향상이 관찰되었습니다 [2023-1].
• 그룹을 다룰 때의 인터페이스 사용 편의성을 개선했으며, 여기에는 맵에 값을 적용하는 방식도 포함됩니다 [2023-1]
• fep_groups.py 스크립트를 사용하여 Epik7으로 프로토머/타우토머/컨포머의 분포를 자동으로 계산하기 [2023-1]

양자역학

• 스펙트럼 플롯 인터페이스에서 스펙트럼을 손쉽게 숨기거나 다시 표시할 수 있습니다 [2023-1]
• rSCAN, r2SCAN 및 r2SCAN-D3(BJ) DFT 함수 지원 추가 [2023-1]
• 34개의 D4 분산 보정 함수식에 대한 지원을 추가했습니다 [2023-1]

반경험적 양자역학

• 반경험적 인터페이스에 대한 계산 엔진을 MOPAC7.1에서 MOPAC2016으로 전환 [2023-1]

의약화학 설계

리간드 설계 도구

• 두 수용체 중 하나에만 접근 가능한 결합 부위 부피를 시각화하고, 두 수용체 중 하나(베타)에만 잘 도킹 되는 리간드를 식별함으로써 리간드 선택성을 설계 [2023-1]

생물학적 제제 신약 개발

• CDR 이식 워크플로우를 사용하여 항체 인간화 과정에서 여러 잔기의 동시 역돌연변이 수행 [2023-1]
• 사전 정의된 선택 집합을 사용하여 CDR, Fab, Fv 등 항체 관련 세그먼트를 빠르게 선택합니다 [2023-1]
• ‘Residue Scanning’에서 데이터를 구조에 연결하면, ‘ Workspace ’에서 잔기를 선택할 때 ‘Residue Scanning’ 테이블의 잔기도 함께 선택됩니다 [2023-1]
• ‘Crosslink Protein’ 인터페이스는 그 용도를 더 정확하게 반영하기 위해 ‘Protein Linker Design’으로 명칭이 변경되었습니다. 또한 이제 도메인 내 링커를 구축하기 위한 것과 도메인 간 링커를 구축하기 위한 것, 두 가지 루프 라이브러리 데이터베이스를 선택할 수 있게 되었습니다 [2023-1].

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• Quantum ESPRESSO: NEB 워크플로의 확장성 및 다용도성 향상 [2023-1]
• Quantum ESPRESSO: RISM-3D 지원 (명령줄) [2023-1]
• Quantum ESPRESSO: 전이 상태를 구하기 위한 다이머 방법 (명령줄) [2023-1]
• Quantum ESPRESSO: 니글리 축소 적용 옵션 (명령줄) [2023-1]

재료 정보학

제품: MS Informatics

• 머신러닝 물성: 특정 압력 범위에서의 비등점 예측 [2023-1]
• 머신러닝 속성: 최대 10개까지 선택한 항목에 대한 대화형 예측 [2023-1]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• 궤적 뷰어의 CG 시스템 로딩 속도 개선 [2023-1]
• CG FF Builder: *.log 파일에서 밀도 감소 불일치에 대한 경고 [2023-1]
• CG FF Builder: 각도가 0인 힘 상수 지원 [2023-1]
• CG FF 과제: 밀도 감소 및 컷오프 거리 설정을 위한 UI 개선 [2023-1]
• CG FF 과제: FF 파일로부터 축소 밀도 데이터 채우기 기능 지원 [2023-1]
• CG FF 과제: 반지름 차이가 큰 CG 파티클에 대한 경고 [2023-1]

분자동역학

제품: Desmond

• NVIDIA와의 협력을 통해 ns/day 처리량에서 최대 1.17배(17%)의 성능 향상을 달성했습니다. 소형에서 중형 규모의 시스템에서 최신 GPU를 사용하여 실행했을 때 가장 큰 속도 향상이 나타났습니다 [2023-1]

MS Maestro 사용자 인터페이스

• ASL “내부/외부” 평가를 고려한 주기적 경계 조건 [2023-1]

MS Maestro 빌더 및 도구

• 셀 조작: 원점 이동 옵션 [2023-1]
• 메타 워크플로우: 서로 연결된 여러 워크플로우를 구축하고 실행하기 위한 모듈 [2023-1]
• 폴리머: Mark Head 및 Tail로 표시된 단량체에 대한 지원 (명령줄) [2023-1]
• 채권 조회: 패널에서 행별로 선택된 채권을 확대 표시 [2023-1]
• 구조화된 액체: 내장 지질 목록 확대 [2023-1]

고전 역학

• Droplet: 주어진 기판 위에서 물방울의 접촉각을 예측하는 모듈 [2023-1]
• 증발: 분자동역학  를 이용한 증발 시뮬레이션 워크플로우 모듈 [2023-1]
• 분자 침착: 반복당 MD 요청을 1회로 제한 [2023-1]
• MD 준비: 힘장을 기반으로 DPD 시스템을 확장하는 옵션 [2023-1]
• MD 준비: Martini 2.x에 대한 추가 후처리(명령줄) [2023-1]

양자역학

• 복소수 열거: 복소수 안정성 분석에서 비금속 중심 원자에 대한 지원 [2023-1]
• 매크로 pKa: 타우토머 생성 시 ‘ 코스 ’에서 활성 원자를 지정하는 옵션 [2023-1]

교육 콘텐츠

• 새로운 튜토리얼: 메타 워크플로우 [2023-1]
• 새로운 튜토리얼: 물방울 접촉 해석 [2023-1]
• 새로운 튜토리얼: 액체 전해질의 성질: 1부 [2023-1]
• 새로운 튜토리얼: 액체 전해질의 성질: 2부 [2023-1]

LiveDesign

2023-1 버전의 새로운 기능

• 프로젝트 개요 랜딩 페이지:랜딩 페이지 요약 정보 보기
• 수직형 칸반만: 단일 선택 목록 자유 형식 열을 사용하여 칸반 보기를 생성합니다.
• 양식
  • ‘복합 이미지’ 위젯에서 키보드 단축키를 사용하여 한 복합 이미지에서 다른 복합 이미지로 이동할 수 있습니다.
  • 각 위젯에 대해 독립적인 열 너비를 정의합니다.
• 일반 엔티티:모든 화학 물질, 생물학적 물질 또는 물질에 대한 실험 데이터 및 로트 정보를 어떤 형식으로든 저장
• 새로움 기존 기능의 개선 사항, 예를 들어:
  • 산점도에서 회귀 방정식 확인하기
  • 관리자는 사용자에게 할당된 역할을 제거하거나 특정 사용자 이름을 지정하여 사용자를 로그아웃시킬 수 있습니다.
  • 구조 처리기를 사용하여 단일 강화된 입체화학적 AND 그룹을 제거하면, 이제 해당 입체 중심이 ‘미정의’로 정의되는데, 이전에는 이를 절대 입체 중심으로 정의했었습니다.
  • 하위 구조 필터링에서 고급 원자 쿼리 기능 사용
• 성능 개선
  • SAR 분석 작업은 비동기적으로 수행되며 완료하는 데 걸리는 시간이 더 짧습니다.
  • 대형 단백질을 볼 때 3D 시각화 도구의 반응 속도가 더 빠릅니다.

수정된 사항

• 이전에는 단일 값을 반환하던 모델의 경우, 이제 다른 열과 정렬되지 않은 상태로 전체 결과가 표시됩니다.
• 이 3D 시각화 프로그램은 클라이언트 컴퓨터에 탑재된 고성능 GPU를 활용하여 프로그램 충돌을 방지합니다.
• ID 검색창에 여러 값을 붙여넣으면, 값을 구분하는 구분 기호를 자동으로 식별하거나 구분 기호를 선택할 수 있는 옵션을 표시합니다.
• 이제 ‘ 어세이 ’ 열이 ‘일치하는 분자 쌍’ 분석에 포함됩니다.
• ‘필터’에 여러 값을 붙여 넣으면, 값을 구분하는 구분 기호를 자동으로 식별하거나 구분 기호를 선택할 수 있는 옵션이 표시됩니다.
• 파일 가져오기 영수증에는 SD 파일 구문 분석 오류에 대한 스크롤 막대가 표시됩니다.
• 양식에서 고정된 플롯 툴팁은 보기 크기가 조정될 때 연결선을 업데이트합니다.
• 파일 가져오기 확인 화면에 이제 SD 파일의 제목 행에 있는 ID가 표시됩니다.
• 이제 그래프의 오버레이 선이 그래프 전체 크기까지 확장됩니다.
• 플롯 인터페이스를 통해 생성된 R-그룹, 스캐폴드 및 문자열 열에 대해 자동으로 생성된 색상 지정 규칙이 이제 플롯에 표시됩니다.
• 고정된 툴팁이 이제 박스 플롯에서 올바른 데이터 포인트를 가리킵니다.
• 이제 레이더 차트의 범례에서 차트 내 ‘범위 초과(Out of Range)’ 항목 위에 마우스를 올리면, 어떤 화합물 ID가 범위 밖인지 확인할 수 있습니다.
• 다중 매개변수 최적화 열 대화 상자에서 권한이 없는 사용자가 정의를 편집할 수 있는 것처럼 보였으나, 제출된 수정 내용은 저장되지 않았습니다. 이제 해당 대화 상자에서는 권한이 없는 사용자에게 모든 필드가 비활성화된 상태로 표시됩니다.
• LiveReports를 읽기 전용으로 설정하면 사용자가 타일 보기를 더 이상 구성할 수 없습니다.
• 선 그래프에서는 더 이상 R-그룹을 그래프 범례에 ‘ SMILES ’ 문자열로 표시하지 않고, 대신 이미지를 표시합니다.
• 좁은 위젯이 많이 포함된 양식은 이제 양식을 편집할 때 오류가 더 이상 표시되지 않습니다.
• 드래그하여 여러 히스토그램 막대를 선택하면 해당 구간 내의 모든 화합물이 선택됩니다.