릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• ‘속성 변경’, ‘하위 구조 개수’, ‘속성 추가’, ‘순차 인덱스 속성 추가’, ‘표준 분자 속성 추가’, ‘계산 다시 실행’ 및 ‘총 표면적’을 포함한 여러 프로젝트 테이블 대화 상자의 사용 편의성이 개선되었습니다.
• 닫기 버튼과 “검색 중” 표시를 추가하여 ‘찾기’ 도구 모음의 사용 편의성을 개선했습니다.

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• KNIME 범용 LiveDesign 프로토콜의 안정화 버전
• Epik 7을 활용한 pKa 예측을 위한 새로운 노드
• FEP+ 리더 노드에 AB-FEP 파일 지원 기능을 추가했습니다.

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• Protein Preparation Workflow 에서 ML 기반 Epik을 기본 설정으로 사용하여 리간드 이온화/토토머 상태 예측의 정확도 향상
• 누락된 루프를 채울 때 선택적으로 FASTA 파일을 통해 서열 정보를 제공할 수 있는 기능

다중 서열 뷰어/편집기

• 시퀀스 및 주석을 seqD 파일로 내보낼 수 있는 기능

결합 부위 및 구조 분석

Desmond 분자동역학

• 궤적 플롯에 ‘ 반경 분포 함수 (RDF)’ 분석기 추가

Hit Identification & 온라인 상영

리간드 준비

실험적 및 양자역학(QM) 기반의 pKa 예측

• 기본값으로 적용되는 새로운 기계 학습 기반 알고리즘을 통해 Macro-pKa 에 대한 경험적 보정의 정확도가 향상되었습니다.

Lead Optimization

FEP+

• FEP+ 의 기능 개선: 이제 패널에서 관리되는 궤적을 ‘ FEP+ ’ 항목 그룹 밖으로 이동하여 프로젝트 테이블에 유지할 수 있습니다.

단백질 FEP

• 이제 돌연변이 생성 시 사이드체인 배치에 있어 물 분자는 무시됩니다.

용해도 FEP

• 용해도 의 FEP를 기반으로 수화 자유 에너지를 계산하고, 혈액-뇌 장벽 투과도와의 유용한 상관관계를 도출하는 기능: 이제 ‘ 용해도 ’ FEP 패널의 ‘고급 옵션’에서 ‘수화 전용 모드’를 사용할 수 있습니다.

양자역학

• Jaguar 의 전이 검색에서 원자별로 서로 다른 기저 집합을 적용하기
• DFT 의 화학 이동 및 스핀-스핀 결합을 기반으로 NMR 스펙트럼을 예측하고 확인합니다.
• cc-pvXz 및 def2 기저 세트(QZ까지)를 포함한 높은 각운동량을 가진 분석 기저 세트에 대한 지원이 추가되었습니다.
• 복합 3c 함수식(HF-3c, PBEh-3c, HSE-3c, B97-3c, r2SCAN-3c, wB97X-3c)에 대한 지원이 추가되었습니다.

생물학적 제제 신약 개발

• 중복되거나 품질이 낮은 PDB 구조를 제외한 새로운 선별 항체 데이터베이스를 통해 항체 모델링의 정확도가 향상되었습니다.
• PIPER 단백질 도킹 결과에서 클러스터링되지 않은 원시 포즈 1,000개를 모두 내보내는 옵션
• ‘CDR 이식을 통한 항체 인간화’에서 이식된 모델의 중쇄 및 경쇄에 대한 인간화 비율(%)을 보고하십시오.
• 응결 프로필 이미지를 PNG 형식으로 내보내기
• 단백질 패치 계산에서 패치의 상세한 특성을 보고하기
• 돌연변이 설명과 에너지가 포함된 새로운 CSV 파일을 통해 잔기 스캐닝 결과에 대한 상세한 분석을 손쉽게 수행할 수 있습니다.

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• 누지드 탄성 밴드(NEB) 계산을 위한 수렴 모니터
• 유전율 계산 워크플로우 (명령줄)
• 포논 계산의 병렬 처리에 대한 지원 (명령줄)
• 포논 밀도 상태(DOS)에 대해 동역학 행렬로부터 개별 주파수를 표시하는 옵션
• LDA+U에 대한 허바드 U 포텐셜을 이용한 포논 계산 지원
• 기존 AIMD 궤적에 대한 평균 제곱 변위 분석 지원

재료 정보학

제품: MS Informatics

• DeepAutoQSAR: ‘재료 정보학’ 아래의 ‘작업’ 메뉴에서 접근할 수 있습니다.
• 제형 ML: 화학 제형을 활용한 기계 학습 기반 물성 예측
• 머신러닝 부동산: 개량된 ‘ 머신러닝 ’ 모델들
• MD 표현자: 다음 식으로 계산된 결합 에너지, 각도 에너지, 비틀림 에너지 및 반데르발스 에너지 표현자
• MD 표현자: MD 시뮬레이션 프로토콜을 통한 효율성 향상

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• CG FF Builder: 유전율에 의한 암시적 전하 평가
• 자동 DPD 매핑: 다중 이온화 상태 지원 (명령줄)
• 자동화된 DPD 매핑: 매핑에 사용할 수 있는 사전 정의된 패턴 지원 (명령줄)
• CGFF 파일(*.json)의 정보를 다른 CGFF 파일에 포함시키는 기능 지원

반응성

제품: MS 반응성

• Schrödinger 나노리액터: AIMD 및 반경험적 양자역학(xTB) 기법을 기반으로 한 화학 반응 탐색 및 분석 모듈
• 자동 반응 워크플로: 사용자 정의 반응 속도 및_Keq 계산 속도 향상

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

• 화학 반응 속도의 미세동역학적 모델링을 위한 워크플로우 모듈

MS Maestro 빌더 및 도구

• 복합체 열거: 두 개의 리간드 라이브러리를 입력으로 사용하는 기능 지원
• 복합 열거: 고유 리간드의 개수를 지정하는 옵션
• 선택한 원자 이동: 선택한 원자를 회전하거나 평행 이동할 수 있는 ‘ Workspace ’ 도구

고전 역학

• 고분자 가교: 특정 화학 구조의 형성을 차단하는 옵션
• 분자 증착: 흡착질 설정 및 시뮬레이션 프로토콜 제어 기능이 개선된 UI 업데이트

양자역학

• TST 비율: 대기열에 추가된 작업

교육 콘텐츠

생명과학

• 새로운 튜토리얼: Quick Shape 와 Hit Analyzer를 활용한 초대형 라이브러리의 리간드 기반 스크리닝
• 새로운 튜토리얼: 합의 기반 IFD-MD를 활용한 일반적인 ADMET 문제점 해소 설계
• 새로운 튜토리얼: MD 시뮬레이션 입문 Desmond
• 업데이트된 튜토리얼: 다음을 이용한 구조 기반 가상 스크리닝 Glide

재료 과학

• 새로운 튜토리얼: 미세동역학 모델링
• 새로운 튜토리얼: 제형 설정을 위한 ‘ 머신러닝 ’
• 새로운 튜토리얼: 나노반응기
• 새로운 튜토리얼: 후각 단백질의 수용체 결합 모델링
• 새로운 튜토리얼: Martini 힘장을 활용한 ‘ Coarse-Grained ’ 스킨 모델 제작
• 업데이트된 튜토리얼: 고체 및 표면에서의 반응성에 대한 활성화 에너지
• 업데이트된 튜토리얼: 분자 증착

LiveDesign

2024-1 버전의 새로운 기능

• 제한 없는 프로젝트 데이터의 접근 권한 제한: 해당 프로젝트 내에서 제한 없는 프로젝트 및 ‘Global’ 프로젝트의 화합물, 데이터 및 모델에 접근할 수 없도록 프로젝트를 구성합니다.
• 타일 보기를 PowerPoint로 내보내기:
  • 타일에 대해 정의된 필드는 내보내기 시 자동으로 선택됩니다.
  • 타일 내 필드의 순서는 내보낸 PPTX 파일에서 생성된 순서와 일치합니다.
  • 각 슬라이드에 표시할 타일 수(1~8개)를 선택하세요.
  • SMILES 가 포함된 ‘복합 구조’ 행은 더 이상 포함되지 않습니다.
• 양식 개선 사항
  • 글꼴 스타일, 배경색 및 글꼴 정렬을 사용하여 Matrix 위젯의 텍스트 레이블 셀 스타일을 변경합니다.
  • 이제 매트릭스 위젯은 다양한 화면 해상도에 맞춰 크기가 자동으로 약간 조정됩니다(최소 열 너비는 75픽셀, 최대 너비는 210픽셀까지).
  • 매트릭스 위젯에서 부울 자유 형식 열 셀에 더 작고 사용하기 편한 버튼이 표시됩니다.
• 랜딩 페이지 개선
  • 새로운 ‘프로젝트 리소스’ 페이지에 주요 프레젠테이션, 메모 또는 문서에 대한 하이퍼링크를 추가하여 프로젝트 관련 자료를 한곳에 모아두세요.
  • 랜딩 페이지의 ‘화합물’ 페이지에서 화합물을 ‘즐겨찾기’로 지정하세요. 즐겨찾기로 지정된 화합물은 ‘프로젝트 개요’ 페이지에서 확인할 수 있습니다.
• 어세이 툴팁 구성어세이 :어세이 의 툴팁에 표시될 메타데이터를 별, 열별 또는 LiveReport별로 구성합니다.
  • 관리자 패널에서 전체 분석 또는 특정 평가 지표에 대한 패턴 매칭 규칙을 정의하여, 모든 프로젝트 중에서 표시될 메타데이터를 제어할 수 있습니다.
  • 어세이의 열 메뉴를 통해 LiveReport 전용 메타데이터 표시 여부를 설정합니다.
  • LDClient를 통해 어세이 툴팁에 표시될 메타데이터를 구성합니다.
• 3D 시각화 도구 개선 사항
  • 단위 셀 상자는 3D로 렌더링할 수 있습니다. workspace
  • 이헤드럴 각도 변경 버튼이 ‘더 보기’ 드롭다운 메뉴에서 ‘리간드 디자이너 편집’ 메인 도구 모음으로 이동되었습니다.
  • 3D 창에서 “X”를 클릭하면 “편집 완료” 버튼을 클릭했을 때와 마찬가지로 패널을 숨기는 대신 Ligand Designer가 종료됩니다.
  • Ligand Designer에 표시되는 포즈 이름은 명시적 Ligand Designer 모델의 경우, Ligand Designer 구성에서 업로드된 참조 파일의 이름입니다.
• 복합 행 개선 사항
  • 엔티티 그룹화 도구에서 새 엔티티를 생성하거나 기존 엔티티를 복제합니다.
  • 엔티티 그룹화 도구 테이블에서 엔티티(또는 엔티티 그룹)를 드래그 앤 드롭하여 관계에서 해당 항목을 제거하거나, 테이블 내에서 항목을 한 위치에서 다른 위치로 드래그 앤 드롭할 수 있습니다.
  • 엔티티 관계 메타데이터 열을 생성합니다. ‘데이터 및 열’ 트리에서 엔티티 관계 메타데이터 열을 나열하고, LiveReport에 엔티티 관계 메타데이터 열을 추가한 다음 LiveReport에서 메타데이터 값을 확인합니다.
  • ‘엔티티 그룹화’ 도구에서 복합 메타데이터 열을 추가하여 새 엔티티의 메타데이터를 편집합니다.
• 관리자 패널 내의 ‘작업’ 페이지에서 이제 작업 수에 제한 없이 작업을 강제 종료할 수 있습니다.
• LDClient 파이썬에서 ‘ 어세이 ’ 메타데이터 가져오기 API
• 이제 일반 엔티티 실험의 가져오기 작업이 완료되면 알림이 표시되며, 여기에는 가져오기 요약으로 연결되는 링크가 포함됩니다.
• 지연 시간을 줄이기 위해, 사용자가 직접 실행하는 작업(예: 필터링 및 R-그룹 분해)이 고급 검색의 자동 업데이트와 같은 백그라운드 활동보다 더 높은 우선순위를 갖게 되었습니다.

수정된 사항

• 일반 엔티티
  • 중복된 열 헤더가 포함된 일반 엔티티 실험 파일을 가져올 때 경고 메시지가 표시됩니다.
  • LDClient를 통해 일반 엔티티를 가져올 때, 특정 파일을 사용하여 엔티티를 업데이트하려는 요청이 있으면 가져오기가 실패했으나, 이제는 가져오기가 성공적으로 수행됩니다.
  • 일반 엔티티용으로 가져온 실험은 데이터 및 열 트리 내의 ‘실험 분석법’ 폴더에 표시됩니다.
  • 이제 ‘엔티티 그룹화’ 도구를 통해 수만 개의 행을 빠르게 불러올 수 있으며, 도구 내 작업의 성능도 향상되었습니다.
  • 타일 보기에서 일반 엔티티 메타데이터 툴팁이 이제 올바르게 표시됩니다.
  • 이제 타일 보기에서 일반 엔티티의 파일 아이콘이 올바르게 표시됩니다.
  • 이전에는 일반 엔티티에 대한 실험 결과를 가져올 때, 가져오기가 성공적으로 완료된 경우에도 불필요한 오류 메시지 대화 상자가 표시되었으나, 이제는 더 이상 해당 오류 대화 상자가 표시되지 않습니다.
  • 엔티티 열 메뉴의 “텍스트로 표시” 옵션을 사용하면 일반 엔티티의 아이콘이 왜곡되어 표시되던 문제가 해결되어, 이제 빈 값이 올바르게 표시됩니다.
  • 이전에는 LiveReports를 CSV 및 XLS로 내보낼 때 Lot 속성에 값이 설정된 일반 엔티티가 내보내지지 않았으나, 이제 해당 엔티티와 값이 올바르게 내보내집니다.
  • 이전에는 ‘가져오기’ 패널 내의 ‘파일 관리’ 버튼을 클릭하면 ‘파일 가져오기’ 대화 상자가 열렸으나, 이제는 ‘파일 관리’ 대화 상자가 열립니다.
  • LR을 전환할 때 엔티티 뱅크와 관계 테이블이 현재 LR과 동기화됩니다.
• 모델
  • Taskengine은 모델을 실행할 때 가끔 슈뢰딩거 스위트를 찾지 못하는 경우가 있었으나, 이제는 슈뢰딩거 스위트를 올바르게 찾아 마운트합니다.
  • PyMOL 모델에 의해 생성된 세션 파일(.pse) 중 리간드 주변이 잘리지 않았던 파일들이 이제 성공적으로 잘려져 파일 크기가 줄어들고 3D 시각화 도구에서의 로딩 속도가 빨라졌습니다.
  • 네트워크 연결 문제로 인해 오랫동안 실행된 모델 작업의 결과가 가끔 LiveDesign 으로 가져오기에 실패하곤 했으나, 이제는 성공적으로 가져오게 되었습니다.
  • LiveDesign 일부 모델 작업이 TaskEngine 대기열에서 ‘제출됨(Submitted)’ 상태로 너무 오래 머물러 있을 경우, 해당 작업들을 잘못 “실패(Failed)”로 판정했으나, 이제 ‘ LiveDesign ’가 작업을 올바르게 실행하고 결과를 가져옵니다.
  • 3D 모델 열에는 가끔 빈 셀이 표시되곤 했는데, 이제는 항상 “3D 사용 불가”, “실패” 또는 메탄 아이콘 중 하나가 표시됩니다.
  • LiveReport에서 보류 중인 셀은 관리자 패널에서 작업을 강제 종료하더라도 계속 깜빡였지만, 이제 해당 셀은 작업이 강제 종료되었음을 올바르게 표시합니다.
  • 모델에서 ${LIVEDESIGN_URL} 매크로를 사용하면 LiveDesign 에 연결하는 데 실패했으나, 이제는 다음 주소에 성공적으로 연결됩니다. LiveDesign
• 3D 시각화 도구
  • 3D 시각화 도구의 ‘사용자 지정 스타일 재설정’ 버튼이 단백질에 적용된 일부 스타일 옵션을 재설정하지 못했으나, 이제는 선택된 원자를 포함하여 모든 스타일을 올바르게 재설정합니다.
  • 3D 시각화 도구에서 적용된 스타일이 이제 3D 시각화 도구를 팝아웃 모드로 전환한 후에도 표시됩니다.
  • 도킹 대기열이 비어 있을 때, ‘Ligand Designer’ 세션에 더 이상 대기 중인 도킹 작업이 없다는 메시지가 표시되지 않습니다.
  • 3D 시각화 도구 내에서 리간드와 단백질에 적용된 색상 변경 사항이 모두 저장되지는 않았으나, 이제 색상 변경 사항이 올바르게 저장됩니다.
• 줄거리
  • ‘그래프’의 ‘툴팁 구성’ 대화 상자에서 툴팁 변경 사항을 취소한 후에도 ‘표시되는 필드’ 섹션에 열이 잘못 표시되던 문제가 수정되어, 이제 ‘표시되는 필드’ 섹션 내에 열이 올바르게 표시됩니다.
  • 히스토그램 그래프 내의 색상 세그먼트 순서는 이제 다음과 같은 순서로 표시됩니다. 범주형 색상 지정 규칙은 ‘색상 지정 규칙’ 대화 상자에서 정의된 규칙의 순서를 따릅니다. 그라데이션 및 수치형 색상 지정 규칙은 빈의 순서를 따르며, 이는 수치 정렬 순서에 기반합니다.
  • 이전에는 긴 엔티티 ID가 플롯 툴팁에서 넘쳐나곤 했으나, 이제는 플롯 툴팁 내에서 줄바꿈이 이루어집니다.
  • 데이터가 많은 차트는 다음 형식으로 SVG 파일을 내보낼 수 있습니다. Firefox
  • 박스 플롯에서 이제 이상치 데이터 포인트 주위에 테두리가 표시됩니다.
  • 박스 플롯 내에서 상자를 선택하면 중앙값 선이 숨겨졌지만, 이제는 선택 여부와 관계없이 중앙값 선이 항상 표시됩니다.
  • 플롯 툴팁을 설정하는 대화 상자에서 이제 ‘표시된 필드’ 섹션 내 툴팁에 열이 올바르게 표시됩니다.
  • 지터 배너는 범례 앞에 표시되며, 서로 겹치지 않습니다.
• 필터
  • 드롭다운 목록은 이전에는 필터가 적용된 후 LiveReport에 표시되던 옵션만 나열했으나, 이제는 LiveReport의 모든 옵션(필터링되어 제외된 옵션 포함)을 나열합니다.
  • 이제 수치 필터는 최대 1e-9의 정밀도를 표시합니다.
• LiveReport 하단부의 선택 탐색 인터페이스에 이제 해당 복합체의 기본 ID가 표시됩니다.
• 이전에는 LiveReport 내에 일반 엔티티가 없더라도 LiveReport 하단에 “표시된 엔티티”라고 표시되었으나, 이제는 “표시된 복합체”로 변경되었습니다.
• 부울 연산자 Freeform columns 가 이제 다음에서 체크 표시와 X 아이콘을 올바르게 표시합니다. Firefox
• 이전에는 서브스트럭처 및 유사도 검색 기능이 LiveDesign에서 지정한 검색 결과의 절대 최대 반환 수를 사용했으나, 이제는 시스템에서 설정 가능한 결과 최대 반환 수에 대한 기본값을 올바르게 적용합니다.
• Reaction 열거형 또는 R-그룹 열거형의 열을 포함하는 LiveReport가 이제 더 빠르게 열립니다.
• 복합체가 대규모 LiveReports에 추가될 때 가끔 일시적으로 사라지곤 했으나, 이제는 LiveReport에서 정상적으로 계속 표시됩니다.
• 자동 업데이트 기능이 포함된 고급 검색을 지원하는 LiveReports는 더 이상 필요 이상으로 보고서를 업데이트하려고 시도하지 않습니다. 이전에는 이러한 업데이트 시도가 사용자 활동(예: R-그룹 분해 및 필터)과 충돌하여 작업 속도를 저하시키곤 했습니다.
• 모델 옵션을 선택 목록으로 정의했을 때 ‘매개변수화 모델’ 대화 상자 내에서 드롭다운 옵션이 완전히 표시되지 않았으나, 이제 드롭다운 옵션이 올바르게 표시됩니다.
• 이제LiveReport에서 여러 화합물 선택 항목을 전환하거나 MMP 도구를 사용할 때 ‘일치하는 분자 쌍(Matched Molecular Pair)’ 도구가 정상적으로 작동합니다.
• 사용자 이름은 더 이상 대소문자를 구분하지 않으며, 대소문자가 다른 사용자 이름은 중복으로 처리됩니다.
• 이제 LDClient는 인증에 토큰을 사용할 때 LiveReport를 CSV로 성공적으로 내보낼 수 있습니다.
• 칸반 위젯에서 이제 기존 화합물에 적용되었으나, 자유 형식 열 구성에서 제거되어 새로운 화합물에는 적용할 수 없는 픽리스트 자유 형식 열 값이 올바르게 표시됩니다.
• 복합 행 부모를 선택하고 모델을 재계산하면 이전에는 모든 자식 항목에 대한 재계산이 트리거되었으나, 이제는 선택한 부모에 대해서만 모델이 재계산됩니다.
• 게시되지 않은 열이 포함된 매트릭스 위젯이 있는 LiveReport를 복제해도 매트릭스 위젯이 더 이상 오류가 있는 것처럼 표시되지 않습니다.
• 이제 스케쳐에서 화합물의 배향 정보는 다음의 경우에 저장됩니다: LiveReport에 화합물을 추가할 때, R-그룹 분해에서 ‘ 스캐폴드 ’을 사용할 때, 화합물 정렬을 위해 ‘ 스캐폴드 ’을 사용할 때, 그리고 열거에서 화합물을 사용할 때
• 랜딩 페이지의 ‘최근 추가된 화합물’에 대한 날짜 범위 필터가 이제 올바르게 표시됩니다.
• Ligand Designer 세션이 더 이상 ‘로딩’ 상태에서 멈춰 있지 않습니다.
• 이제 ‘열을 매개변수로 사용하는’ 모델은 입력 열이 “Ligand” 또는 “Protein” 유형이 아닌 “Other” 유형으로 태그된 3D 열일 경우, 각 입력을 별도의 행으로 나열한 올바른 형식의 CSV 파일을 제공합니다.
• 히트맵에서 선택된 화합물은 녹색으로 강조 표시됩니다.
• 관리자 패널의 ‘모델 작업’ 페이지에서 이제 작업 출력 결과에서 예측 열이 누락되었는지 여부를 알려줍니다.
• 표시할 프로젝트가 많을 경우, 프로젝트 선택기가 5초의 지연 후 나타났으나, 이제는 프로젝트 선택기가 즉시 나타납니다.
• SDF 내보내기 용량은 20MB로 제한되었으나, 현재는 4GB로 제한됩니다.
• LiveDesign 이전에는 데이터베이스 잠금으로 인해 가끔씩 멈추곤 했지만, 이제는 더 이상 멈추지 않습니다