릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 수치 데이터를 바탕으로 사용자 정의가 가능한 히스토그램을 생성하고, 이 히스토그램은 다른 차트, 프로젝트 테이블 또는 Workspace
• T 세포 수용체에 대한 지원이 개선되었으며, 해당 주석이 구조 계층

힘장

• FEP+ 및 Desmond 모델의 정확도를 높이기 위한 유기 원자용 OPLS5 가변력장(polarizable force field)의 전체 버전 공개

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

LiveDesign 에서:

• 모델 입력 열에 관계없이 단일 범용 프로토콜을 사용할 수 있는 기능
• LiveDesign 연결 노드는 자격 증명을 워크플로에 저장하는 대신 세션에서 가져올 수 있습니다.
• LiveDesign 모델 입력으로 날짜형 열이 지원됩니다.

결합 부위 및 구조 분석

사이트맵

• 지정된 기준값보다 용량이 큰 사이트에 대해 압축 모드 활성화
• RNA용 SiteScore의 성능 향상을 위한 새로운 RNA 모드

Desmond 분자동역학

• 약물-표적 체류 시간을 파악하고 생체 내 효능, 안전성 프로파일 및 ADMET을 최적화하기 위한 새로운 ‘Unbinding Kinetics’ 워크플로우 (베타)
• SID 패널에서 할로겐 결합 분석하기
• SID 패널의 “비틀림(Torsion)” 탭에서 국부 변형 에너지를 확인합니다.

혼합 용매 MD (MxMD)

• prjzip 파일 내 출력 구조 및 데이터의 체계 개선

Hit Identification & 온라인 상영

• 기본적으로 도킹 실행별로 VSDB를 출력하여 Hit Analyzer에서 히트 결과의 시각화를 간소화합니다.
• 새로운 ‘WScore 빠른 모델 생성’ 패널(베타)을 통한 WScore 모델 생성 간소화

리간드 준비

타구 분석

• Hit Analyzer 패널에서 ‘ SMARTS ’ 기준으로 케모타입 필터링하기

FEP+

• ‘그룹’ 탭을 통해 ABFEP 시스템에서 pKa/tautomer/conformer 앙상블 관리 기능 개선
• Core-SMARTS 에서 원자 선택 시 더 이상 수소 원자를 명시적으로 선택할 필요가 없습니다.
• 개선된 사용자 인터페이스를 통해 더 직관적인 열 정렬이 가능해졌습니다.
• LiveDesign 로 내보내기 기능에 추가 필드가 포함되었습니다.
• 에지 분석에 이제 할로겐-단백질-리간드 상호작용이 포함됩니다.
• FEP+ 의 ‘패널’을 분석 목적으로 열 수 있도록, 계산 완료 시 워크플로 작업 메뉴(WAM)를 통해 안내된 액세스를 제공하는 기능 Maestro

단백질 FEP

• 고품질 단백질 변이체(베타)를 식별하기 위한 새로운 람다 역학(λD) 기반 단백질 잔기 돌연변이 FEP+
• “단백질 FEP” 및 “리간드 선택성을 위한 단백질 FEP” 패널에 대한 OPLS5 지원 확대

용해도 FEP

• 용해도 FEP 시뮬레이션에 대한 OPLS5 지원 확대

FEP 프로토콜 빌더

• FEP 프로토콜 빌더 패널의 기본값이 변경됨에 따라 계산 속도가 최대 35% 향상됩니다.

생물학적 제제 신약 개발

• mut-pred.py를 통해 명령줄에서 잔기 스캐닝을 사용하여 DNA/RNA 염기 돌연변이를 수행합니다.
• ‘단백질 상호작용 분석’ 패널에서 단백질과 DNA/RNA 간의 상호작용을 분석합니다.
• 비표준 잔기 라이브러리를 검색하여 가장 유사한 천연 아미노산 유사체를 찾으십시오.
• IMGT 또는 AHo 체계에 따라 T 세포 수용체(TCR) 구조에 자동으로 주석을 달고 번호를 매기십시오.
• 단백질 상호작용 분석에 포즈 뷰어 파일을 입력으로 사용

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• 패널에서 소인수 분해 불가능한 k-점의 개수를 확인하십시오.
• Quantum ESPRESSO 7.3.1로 업그레이드하세요
• 전기장 평가를 더 신속하게 수행하여 포논 계산을 가속화
• 프로젝트 표에 기재된 힘 및 응력 정보
• GIPAW 단계에 대한 추가 대각화 알고리즘 옵션 (명령줄)
• NEB 계산을 위해 드라이버 호스트와 서브잡 호스트를 별도로 설정할 수 있는 옵션
• 고체 NMR 뷰어: 원소 선택을 위한 개선된 사용자 인터페이스

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

제품: MS Transport

• 확산: 비직사방정계 시스템에 대한 입력 지원

재료 정보학  

제품: MS Informatics

• Formulation ML: ‘ 머신러닝 ’ 속성 예측 결과를 다음과 같이 사용할 수 있는 옵션 표현자
• 제형 ML: DeepAutoQSAR 예측 결과를 다음으로 사용할 수 있는 옵션 표현자
• 머신러닝 속성: 기존 모델에 대한 업데이트
• 머신러닝 속성: S1-T1 에너지 갭 예측
• 머신러닝 속성: 수용액 예측 용해도
• 머신러닝 속성: 각 용매별로 구분된 출력 항목

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• Coarse-Grained Force Field Builder: 소산 입자 역학(DPD)을 위한 자동 매핑
• Coarse-Grained Force Field Builder: CG 매핑의 시각화 workspace

반응성

제품: MS 반응성

• 나노리액터: MD 궤적의 프레임이 제품 목록에 추가되었습니다
• 나노반응기: 다중 상태(예: 싱글렛-트리플렛) 반응 지원
• 나노리액터: 뷰어에 표시된 로드된 구조체 수
• 나노반응기: 뷰어에서 반응물(빨간색)과 생성물(파란색)이 함께 표시된 그래프
• 나노반응기: 표준 출력에 포함될 반응물 구조
• 반응 워크플로: AutoTS 출력을 입력으로 지원

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

• 미세동역학 모델링: 반응 및 참여 종의 이름 변경 지원
• 미세동역학 모델링: 기체/용질 종에 대한 분자량 자동 할당
• 미세동역학 모델링: 반응 유형에 기반한 충돌 계수의 자동 할당

MS Maestro 빌더 및 도구

• 솔베이트 시스템: 내장된 대이온을 통해 시스템을 중화시키는 옵션

고전 역학

• MD의 장벽 전위: NPT 앙상블에 대한 지원
• 탄성 상수: 뷰어 패널 재설정 옵션
• 메타 워크플로우: 궤적 기반 자유 부피 분석 지원
• 질서 매개변수: 비중심 질서 매개변수를 계산하는 옵션
• 고분자 가교: 장벽 전위 사용 옵션
• 고분자 사슬 분석: 원자 수가 40개 미만인 분자에 대한 지원

양자역학

• 흡착 에너지: PBC를 적용한 계에서 원자 위치를 제약하는 옵션
• 광전자 필름 특성: 전이 쌍극자 모멘트 배향 및 싱글렛 여기 에너지 전달(SEET) 계산을 포괄하는 워크플로우 솔루션

교육 콘텐츠

생명과학

• 새로운 튜토리얼: MD 궤적 분석 입문 ( Desmond
• 새로운 튜토리얼: MM-GBSA를 이용한 도킹된 리간드의 재점수 산출
• 업데이트된 튜토리얼: 목표 유연성 이해 및 시각화
• 업데이트된 튜토리얼: 다음을 사용하지 않고 단백질 유연성 근사화하기 분자동역학

재료 과학

• 새로운 튜토리얼: 싱글렛 여기 에너지 전달
• 새로운 튜토리얼: FEP 용해도
• 새로운 튜토리얼: 유전적 최적화
• 새로운 튜토리얼: All-Atom을 이용한 판테놀의 피부 흡착 분자동역학
• 업데이트된 튜토리얼: ‘ 분자동역학 ’ 시뮬레이션에 장벽 전위 적용하기
• 업데이트된 튜토리얼: 자동화된 소산성 입자 역학(DPD) 매개변수화
• 업데이트된 튜토리얼: 자동화된 반응 워크플로우를 활용한 비대칭 촉매 설계
• 업데이트된 튜토리얼: 머신러닝 속성 예측
• 업데이트된 튜토리얼: 고분자의 가교 반응

LiveDesign

2024-3 버전의 새로운 기능

• LiveDesign 프로젝트에 32,000개 이상의 열이 있는 경우 Maestro 에서 LiveDesign 으로의 업로드가 실패할 수 있었으나, 이제는 열 수와 관계없이 성공적으로 완료됩니다.
• 값이 많은 열이 포함된 LiveReport에는 LiveReport 상단에 빨간색 오차 막대가 표시되었으나, 이제는 더 이상 빨간색 오차 막대가 표시되지 않습니다.
• 로그아웃 후 다시 로그인하면 ‘LiveReport’ 탭이 사라지곤 했으나, 이제는 다시 로그인하면 정상적으로 표시됩니다.
• AI/ML을 활용한 분자 특성 신속 예측을 위한 새로운 ‘LiveDesign ’ 학습 모듈: 다음을 위한 확장성이 뛰어난 자동화된 AI/ML 파이프라인을 구현합니다. 약물 설계
  • * ‘LiveDesign ’ 학습은 이제 ‘ LiveDesign ML’로 불립니다.
• AutoDesigner Core Design을 활용한 고속 스캐폴드 및 R-그룹 설계:혁신적인 코어와 R-그룹(s)를 동시에 자동생성 및 최적화
• ‘데이터 및 열’ 트리에서 게시된 자유 형식 열과 수식 열을 삭제합니다.
• 생물제제:
  • 서열 뷰어에서의 서열-활성도 관계:
    • 뷰어에서 LR의 정량적 열을 추가할 수 있는 기능
    • 잔기 변화와 활성 데이터를 히트맵과 연관 지어 분석하십시오.
  • CSV를 통해 Biologics 데이터를 가져오려고 할 때 선택지가 하나밖에 없었는데, 현재 “CSV를 단일 엔티티로 가져오기” 옵션이 표시되지 않습니다.
  • 3D 비주얼라이저의 계층 구조 패널을 통한 ‘ 구조 계층 ’ 로딩 및 항목 선택 성능이 개선되었습니다.
  • 계층 구조에서 항목을 두 번 클릭하면 3D 시각화 도구 workspace 에서 해당 선택 항목으로 확대됩니다.
  • 시퀀스 뷰어에서 갭 페널티를 설정하여 더 유용한 정렬 결과를 생성하세요
• 랜딩 페이지:
  • 랜딩 페이지가 이제 특정 URL로 연결되며, 브라우저에서 랜딩 페이지를 즐겨찾기에 추가할 수 있게 되었습니다.
  • 랜딩 페이지 리소스 페이지에서 리소스와 파일을 다운로드하세요
• 스프레드시트 보기:
  • 셀 수가 100만 개를 초과하는 LiveReports에는 이제 성능 저하가 발생할 수 있음을 사용자에게 알리는 경고 메시지가 표시됩니다.
  • 이제 엔티티 이미지에 마우스를 올리면 이미지가 확대되지 않으며, 엔티티 이미지 오른쪽에 나타나는 돋보기 버튼을 클릭하여 확대할 수 있습니다.
• 관리자 패널의 ‘사용자 상세 정보’ 페이지에는 이제 라이선스가 없는 사용자 이름이 전체 드롭다운 목록에 표시되지 않는다는 경고가 표시됩니다. LiveDesign
• 이제 모델에서 날짜 및 날짜/시간 반환을 지원합니다.
• 이제 Forms Matrix 위젯은 셀 크기가 작을 때 자유 형식 열 셀에 대해 더 넓은 편집 영역을 표시합니다.

수정된 사항

• 스프레드시트에서 매개변수화 모델에 대한 여러 입력값이 동시에 변경되면 LiveReports에 빨간색 오류 막대가 표시되었으나, 이제 LiveReport가 정상적으로 로드됩니다.
• 이미지가 포함된 모델 열의 셀을 클릭하면 이전에는 브라우저에 두 개의 탭(이미지가 표시된 탭 하나와 빈 탭 하나)이 열렸지만, 이제는 이미지가 표시된 탭 하나만 열립니다.
• LiveReports에서는 가끔 필터 설정이 사라지고 필터 패널이 비어 있는 상태로 표시되곤 했지만, 이제는 더 이상 필터 설정이 사라지지 않습니다.
• 단일 로그인(SSO) ID 제공자 내에서 사용자의 역할을 변경하더라도, 사용자가 LiveDesign 에서 로그아웃했다가 다시 로그인할 때는 해당 역할이 업데이트되지 않았으나, 이제는 사용자가 LiveDesign 에서 로그아웃했다가 다시 로그인하면 역할 변경 사항이 올바르게 적용됩니다.
• 관리자 패널에서 매개변수화 모델(예: 제목 또는 폴더)을 변경한 후 ‘저장’ 버튼을 클릭해도 변경 사항이 저장되지 않던 문제가 해결되어, 이제 매개변수화 모델이 정상적으로 저장되고 업데이트됩니다.
• “고정된” 프로토콜 매개변수의 변경 사항은 종속 모델이나 매개변수화 모델에 전달되지만, 이로 인해 해당 모델이 손상되지는 않습니다.
• ‘수식 하위 구조 검색’ 기능은 일치하는 하위 구조가 여러 개 있는 경우에도 일치 건수를 1건으로 잘못 표시했으나, 이제 하위 구조의 총 일치 건수를 올바르게 표시합니다.
• 보관된 프로젝트와 이름이 동일한 새 프로젝트를 추가할 때 이전에는 알기 어려운 오류 메시지가 표시되었으나, 이제는 사용자에게 다른 이름을 선택하라는 명확한 메시지가 표시됩니다.
• 여러 개의 LiveReport가 열려 있을 때, 왼쪽 패널을 열면 활성화된 LiveReport 탭이 사라지곤 했으나, 이제는 활성화된 LiveReport 탭이 계속 표시됩니다.
• 새로 생성된 모델은 프로토콜에 정의된 ‘모델 재계산’ 옵션을 상속받지 못하고 기본적으로 ‘자동’ 옵션으로 설정되었으나, 이제 모델이 프로토콜에 정의된 옵션을 올바르게 상속받게 되었습니다.
• 관리자 패널에서 열 이름이 변경된 매개변수화 모델의 경우, 해당 모델이 LiveReports에 추가될 때 이전의 원래 열 이름이 표시되었으나, 이제는 업데이트된 열 이름이 올바르게 표시됩니다.
• ‘필터’ 패널과 ‘고급 검색’ 패널의 사용자 인터페이스가 통합되었습니다.
• LiveReport 선택기에서 열 너비를 변경했을 때 열 머리글이 열 내용과 정렬이 어긋났으나, 현재는 머리글이 계속 정렬된 상태로 유지됩니다.
• 'Global' 프로젝트의 템플릿이 업데이트되고 덮어쓰여질 때마다 '(Global)' 접두사가 반복적으로 표시되곤 했으나, 이제는 'Global' 프로젝트의 템플릿이 업데이트되고 덮어쓰여진 후에도 '(Global)' 접두사가 단 하나만 표시됩니다.
• Maestro 3D 열의 이름이 변경되었을 때 LiveDesign 에서 3D 결과를 가져오지 못했으나, 이제는 열 이름과 관계없이 모든 3D 데이터를 올바르게 가져옵니다.
• LiveDesign 이전에는 데이터베이스 잠금으로 인해 가끔씩 멈추곤 했지만, 이제는 더 이상 멈추지 않습니다
• 메인 스프레드시트에서 모델 첨부 파일(예: Glide 모델의 LID)을 열면 이미지가 표시되지 않던 문제가 해결되어 이제 이미지가 정상적으로 표시됩니다.
• 고정된 행을 필터링하면 메인 스프레드시트의 첫 번째 행에 깜빡이는 사각형이 표시되던 현상이 사라졌으며, 이제 해당 행의 데이터가 올바르게 표시됩니다.
• 표시할 프로젝트가 많을 경우, 프로젝트 선택기가 5초의 지연 후 나타났으나, 이제는 프로젝트 선택기가 즉시 나타납니다.
• 서열 뷰어는 비자연 아미노산에 대해 때때로 잘못된 색상과 툴팁을 표시하곤 했으나, 이제는 올바른 정보를 표시합니다.
• 시퀀스 뷰어에서 잔류물 위에 마우스를 올리면 뷰어가 맨 위로 스크롤되었는데, 이제는 스크롤 위치가 그대로 유지되고 변경되지 않습니다.
• 플롯 툴팁은 화면에 고정된 후에는 드래그하여 이동할 수 없었으나, 이제 고정 후에도 새로운 위치로 드래그할 수 있습니다.
• 모델이 실제로는 성공적으로 실행되었음에도 불구하고 LiveReport에서 모델 결과가 가끔 ‘실패’로 표시되곤 했으나, 이제 LiveReport에 모델 결과가 올바르게 표시됩니다.