릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 산점도와 히스토그램의 사용 편의성 개선:
  • “입력 작업” 및 “동기화 옵션” 메뉴 아이콘으로 간소화된 메뉴를 통해 여러 플롯과 히스토그램에 걸쳐 데이터 간의 관계를 확인하세요.
  • 문자열 및 부울 히스토그램에 대한 지원이 추가되었습니다.
• 히스토그램 패널에서 설정 보기와 데이터 테이블 보기 간을 손쉽게 전환할 수 있습니다.
• Workspace 타일을 정밀하게 제어하기 위해 열과 행의 수를 지정하세요.
• Jaguar 의 진동 운동 주파수 계산 결과에서 생성된 애니메이션 GIF 저장하기
• 향상된 극저온 전자현미경(Cryo-EM) 표면 성능:
  • 크라이오-EM 표면 파일 로딩 속도가 최대 2배 빨라졌습니다.
  • 등면 곡선 생성 및 조정 속도가 최대 5배 향상되었습니다.
• 더욱 간결하고 현대적인 미감을 살리며 다크 모드에 최적화되도록 개선된 툴바 디자인
• Maestro 프로젝트 형식을 버전 5로 업데이트했습니다:
  • 기존 26자 이상의 여러 글자로 구성된 체인 이름 지원
  • 이메일을 통해 손쉽게 공유할 수 있도록 설계된 압축된 .prjzip 파일
  • 버전 4 프로젝트를 열 때 버전 5로 자동 변환
  • 기본적으로 Maestro 프로젝트를 버전 5 형식으로 저장하며, 하위 호환성을 위해 버전 4 형식으로 저장할 수 있는 옵션이 제공됩니다.
• “PDBx/mmCIF (*.cif)” 및 “Small Molecule CIF (.cif)”라는 두 가지 새로운 CIF 파일 형식에 대한 지원이 추가되었습니다.
• 이제 macOS, Linux 및 Windows에서 LiveDesign 을 통해 로컬에서 Maestro 을 열 수 있습니다.
• 새롭게 단장한 시작 화면 및 아이콘 디자인: 현대적인 비주얼로 한층 더 세련된 느낌을 선사합니다

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• LiveDesign 관리자 노드는 ‘ LiveDesign ’ 연결 노드에서 사용자 자격 증명을 가져와 SSO 구성을 활성화할 수 있습니다.

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• Protein: 이제 ‘ Protein Preparation Workflow ’는 수소 결합 네트워크 최적화 단계에서 리간드의 Epik 상태를 기본적으로 고려합니다.

단백질 X선 구조 정밀화

• 새로운 sf2map.py 스크립트는 입력 구조와 구조 인자를 포함하는 cif 파일을 바탕으로 정렬된 X선 맵을 신속하게 생성합니다.

IFD-MD

• 히스티딘 타우토머 상태(HID, HIE)의 자동 샘플링을 위한 IFD-MD 업데이트: 유도적 적합 효과를 동시에 고려하여 수용체 토토머 의 상태를 규명하고 수용체 및 리간드의 구조를 예측

결합 부위 및 구조 분석

사이트맵

• 800 Å보다 큰 사이트를 분해하는 결합 모드를 자동으로 적용합니다3

혼합 용매 MD (MxMD)

• 사용자 정의 시각화 기능을 포함한 새로운 혼합 용매 분자동역학 (MxMD) 인터페이스를 통한 은닉 결합 부위 식별 기능 개선 (베타): MxMD 시뮬레이션을 설정하고 분석할 수 있는 새로운 인터페이스를 통해 단백질 표면의 후보 결합 부위를 더 명확하게 파악할 수 있습니다.

히트 발굴

액티브 러닝 응용 분야

• 머신러닝 평가 단계와 Glide 도킹 단계에서 ZeroMQ 모드를 사용하여 AL-Glide 및 Glide 에서 결과 도출 시간을 단축

Shape 상영

• 이제 ‘Quick Shape ’ 및 ‘1D Screening’ 명령어에 추가적인 유사도 정규화 방식이 제공됩니다. 기본값인 max{O(A,A), O(B,B)} 외에도 min{O(A,A), O(B,B)}, O(A,A), O(B,B)를 적용할 수 있으며, 여기서 O(A,B)는 리간드 A와 B 간의 중첩 정도를 의미합니다.
• Phase 의 약리표지 가설을 쿼리로 지정하여 Quick Shape 와 1D Screens를 실행하십시오.
• -limit 및 -NJOBS1D 옵션을 사용하여 Quick Shape 계산 속도를 향상시키고, 이를 통해 컴퓨팅 리소스를 보다 효율적으로 활용할 수 있습니다.

Glide

• 이전에 WScore로 알려졌던 ‘ Glide ’ WS 모드가 정식 출시되어, 리간드 우선순위를 지정함으로써 히트 농축 효율과 포즈 예측 정확도를 향상시킵니다.
  • 명시적인 물 에너지 역학을 활용하여 단백질-리간드 구조의 정확도를 높이고, 점수가 가장 높은 가상 히트 후보군에서 실험적으로 비활성인 화합물을 줄인다

Lead Optimization

FEP+

• FEP Edge 분석에 도입된 새로운 ‘잔기별 에너지 분해(Per-Residue Energy Decomposition)’ 기능을 통해 수용체-리간드 상호작용에 대한 더 깊은 통찰력을 얻으세요.
• ‘상관도 플롯(FEP+)’ 인터페이스에서 정확도, 특이도, 재현율, 정밀도, F1 점수, 코헨의 K, 켄달의 T와 같은 일반적인 지표를 포함한 분류 행렬을 사용하여 범주형 분석을 수행합니다.
• FEP+ 패널에서 ABFEP 계산 시 화합물이 생략되는 이유를 확인하세요.

단백질 FEP+

• 단백질 FEP+ 잔기 스캐닝(람다 동역학 포함)의 정식 출시
  • 워크플로가 이제 ‘ FEP+ ’ 패널에 불러올 FMP 아카이브를 생성합니다.
  • 웹 서비스 지원

FEP+ 프로토콜 빌더

• OPLS4 또는 OPLS5 힘장을 사용하여 실행할 수 있는 기능
• 더 많은 잔기 양성자화 의 상태 샘플링에 대한 지원을 추가했습니다.
• 액티브 러닝 를 건너뛰고 프로토콜 매개변수 공간에 대한 철저한 탐색을 수행하는 새로운 옵션

양자역학

• 암시적 용매 계산에서의 반환 용매화 엔트로피
  수치적 주파수 계산을 위한 distributed_frequencies.py 워크플로우
• NMR 계산에서 동위원소 11B에 대한 지원을 추가했습니다.
• 암시적 용매 모델 SMD에 이제 기울기와 주파수 정보가 추가되었습니다.
• E-sol은 이제 신속한 용매화 에너지 계산을 위한 CPCM-X 암시적 용매화 방법을 지원합니다(명령행에서만 사용 가능).

반경험적 양자역학

• 고급 용매 모델인 CPCM-X를 사용하는 xTB를 버전 6.7.1로 업데이트했습니다.

거대고리 화합물

• macrocycle.py에서 소분자 고리화 반응을 위한 사전 정의된 링커 목록이 5개에서 22개로 확대되었습니다.
• 문헌에서 가장 흔히 보고된 4가지에서 21가지로 확장된 펩타이드 고리화용 측쇄 브리지 목록
• SMILES 문자열로 구성된 CSV 파일을 통해 macrocyclize.py의 스페이서를 제어합니다.
• tug_align 스크립트 및 리간드 정렬 패널에서 매크로사이클 정렬의 재현성 및 성능 개선
• 매크로사이클 샘플링 스크립트는 선택적으로 매크로사이클의 이성질체만 출력할 수 있습니다.
• peptide_cyclize.py 스크립트를 사용하여 명령줄에서 서열을 기반으로 순환 펩타이드를 손쉽게 생성할 수 있습니다.

데 노보 디자인

AutoDesigner – R-그룹 Design

• 사용자가 제공한 화합물 집합과의 유사성을 기준으로 생성된 아이디어를 점수화하는 새로운 AutoDesigner 유사성 기능을 통해 유사한 리간드 탐색을 강화하세요.
• 해당 경로에 사용할 수 있는 모든 구성 요소를 활용하여 시작 리간드의 모든 경로를 철저히 열거하는 PathFinder 기능을 추가했습니다.
• 추가적인 출력을 생성하기 위해 최종 출력 집합에 대한 재귀적 트리밍 기능을 추가했습니다.
• 워크플로우의 각 단계에서 생성된 화합물의 수에 대한 개요를 포함하여 로깅 기능이 개선되었습니다.

AutoDesigner – 핵심 설계

• 워크플로우의 각 단계에서 생성된 화합물의 수에 대한 개요를 포함하여 로깅 기능이 개선되었습니다.

생물학적 제제 신약 개발

• 단백질 표현자 를 활용한 자동화된 머신러닝 모델 구축을 통해 단백질 특성을 예측하기: AutoQSAR 분석을 활용하여 생물학적 제제의 특성 예측을 위한 AI/ML 모델을 학습, 검증 및 적용하기
• CDR, 알파/베타 사슬 등 TCR 영역에 빠르게 접근할 수 있도록 미리 정의된 선택 집합

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스

• ‘Phonon DOS 뷰어’에 보고된 포논 의존적 유전 특성
• NMR 계산을 위한 워크플로우 작업 메뉴(WAM)
• DFT-D3를 이용한 포논 계산 지원
• 개선된 세포 이완 프로토콜
• Schrödinger- 호환되는 Quantum ESPRESSO 릴리스는 GitHub에서 확인할 수 있습니다.
• 분산 포논 계산 지원
• 구성 파일(명령줄)을 통해 오류 발생 후 최대 재시도 횟수 제어
• QM 수렴 모니터에서 유지되는 초기 매개변수 및 제약 조건

KMC 차지 모빌리티

제품: MS Mobility

• KMC 전하 이동도 계산: 견고한 양자역학 수렴을 통한 속도 향상 (명령줄)

재료 정보학

제품: MS Informatics

• ML 모델 설계: 하이퍼파라미터 튜닝에 활용할 수 있는 단계 수 증가
• 모델 학습: 하이퍼파라미터 튜닝 단계를 훈련 시간으로 대체하는 옵션
• ML 모델 구축: 특징 중요도 분석을 통한 원자별 기여도 시각화
• 머신러닝 속성: 기존 모델에 대한 업데이트
• 머신러닝 속성: 분자 고체의 녹는점 예측
• 머신러닝 특성: 분자의 비수성 용해도 예측

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

제품: MS CG

• 자동화된 CG 매핑: 거대 분자 매핑 속도 향상
• 자동화된 CG 매핑: 보고된 입자 유형 및 발생 횟수

침투제 주입 시뮬레이션

제품: 침투제 주입(PL)

• 침투제 주입: 기존 수분과 추가된 수분의 구분

반응성

제품: MS 반응성

• 나노반응기: 바이어스 전위의 폭을 설정하는 옵션
• 반응 워크플로: 프로젝트 테이블에 비조화 영점 에너지(ZPE) 추가됨
• 반응 워크플로: 링 내 사이트에 대한 열거 기능 지원
• 반응 워크플로: 열거를 통해 스왑 단편을 자동화하는 옵션
• 반응 워크플로: 설정 단계에서 반응 다이어그램 미리 보기

마이크로키네틱스

제품: MS Microkinetics

• 미세동역학 모델링: 다단계 MKM 분석 지원
• 마이크로키네틱 모델링: 뷰어 패널에서 그래프 확대 기능 지원
• 미세동역학 모델링: 최대 적분 시간 단계의 기본값 증가

MS Maestro 빌더 및 도구

• 흡착 열거: 원자 인덱스를 통한 반응성 원자 선택 지원
• 불규칙한 시스템: 탭 및 대화 상자 옵션을 재구성한 개선된 UI
• 무질서한 시스템: ‘얽힌 사슬’ 옵션을 사용하여 선택한 분자를 강체로 유지하는 기능 지원
• 메타 워크플로우: 반경 분포 함수 분석 지원
• 나노입자: 질량 중심이 입자 내부에 있는 분자만 포함하도록 하는 옵션

고전 역학

• MD의 장벽 전위: 입력 구조에서 장벽을 제거하는 옵션
• 드롭렛: 드롭렛 생성 시 무작위 시드 입력 지원
• Droplet: 무작위 초기 속도 지원
• 증발: 플롯할 프로필을 완전히 제어할 수 있도록 지원
• 증발: 배리어 전위 적용 지원
• 증발: 기판의 COM으로부터의 거리를 기준으로 증발 구역을 설정하는 옵션
• 증발: 대규모 입력 구조에 대한 로딩 속도 개선
• MD 다단계 시뮬레이션: 사다리형 고분자를 위한 개선된 이완 프로토콜
• DPD 입자에 대한 기본 시간 간격 조정
• 원자 수준 및 분자 수준( coarse-grained ) 시스템에 대해 온도 조절기 및 기압 조절기 설정이 자동으로 설정됩니다.
• 응력-변형률: 법선 평균 응력을 그래프로 표시하는 옵션
• 열물리적 특성: *.ene 파일 반환 옵션 (명령줄)
• 궤적 밀도 분석: *.csv 파일 출력

양자역학

• 흡착 에너지: 에너지 단위로 kcal/mol과 kJ/mol 중 하나를 선택할 수 있는 옵션
• 흡착 에너지: 모든 출력 항목이 프로젝트 표에 하위 그룹으로 포함됨
• 흡착 에너지: 유효한 입력 흡착물에 대한 견고한 검출 알고리즘
• 흡착 에너지: Quantum ESPRESSO 구성 파일의 로딩 옵션 지원
• 광전자 필름의 특성: 분자 굴절률 예측
• 광전자 필름의 특성: 시스템 간 교차율 및 역 시스템 간 교차율 예측
• 광전자 필름의 특성: 대형 입력 구조물을 위한 개선된 적재 절차

교육 콘텐츠

생명과학

• 새로운 튜토리얼: 일정한 pH 조건 하에서의 단백질 pKa 예측 분자동역학
• 업데이트된 튜토리얼: HSP90 리간드의 Glide WS 평가

재료 과학

• 새로운 튜토리얼: 싱글렛-트리플렛 계간 교차 속도
• 새로운 튜토리얼: 니트로사민의 생성 및 분해 모델링
• 새로운 튜토리얼: 원자층 증착
• 새로운 튜토리얼: 원소 열거
• 새로운 빠른 참조 자료: 굴절률
• 업데이트된 튜토리얼: 다단계 양자역학 워크플로우 소개

문서 내용

• 재료 과학 응용 분야에 대한 솔루션을 탐색하고 사용자의 관심사에 가장 적합한 솔루션을 찾아볼 수 있는 새로운 문서 페이지
• 각 패널의 도움말 항목에 표시된 패널 이미지

LiveDesign

2024-4 버전의 새로운 기능

• 생물학적 제제 SAR 시각화: 시퀀스 뷰어 도구에서 시퀀스 차이점과 함께 특성을 확인하고, 강조 표시하며, 분석할 수 있습니다.
• 리간드 설계 도구
  • 관리자 패널을 통해 ‘리간드 디자이너 구성’에 여러 오버레이를 업로드하고, 디자인 세션 중에 오버레이를 활성화하거나 비활성화할 수 있습니다.
  • 편집을 마친 후 리간드의 이름을 변경하고, “자세 예측” 기능을 사용하여 반복적인 설계 변경 사항을 추적하고 관리합니다.
• R-그룹 열거: 계산된 속성을 기준으로 출력 결과값 필터링
• LiveDesign 학습: 랜딩 페이지 내에서 ‘ LiveDesign ’ 학습 대시보드를 확인하세요

  • * ‘LiveDesign ’ 학습은 이제 ‘ LiveDesign ML’로 불립니다.

• 라이브 리포트 관리
  • LiveReport 선택기에서 LiveReports의 행, 열 및 셀 수 확인하기
  • 업데이트된 ‘LiveReport 만들기’ 대화 상자에서 LiveReport를 생성할 때 읽기 전용 또는 숨김으로 설정하기
  • 다음 메뉴 항목들이 “LiveReport 편집…” 메뉴로 통합되었습니다: 이름 변경, 폴더로 이동, 읽기 전용으로 설정 및 편집 가능으로 설정, 숨김 설정 및 표시 설정
  • 관리자는 읽기 전용 LiveReports를 편집 가능한 상태로 변경할 수 있습니다.
  • LiveReport 하단부의 링크를 클릭하고 대화 상자에서 화합물 ID를 선택하여 특정 화합물 집합을 표시합니다.
• 문서
  • LiveDesign 의 ‘?’ 버튼은 이제 Schrödinger 플랫폼의 다른 부분과 마찬가지로 온라인 문서로 연결됩니다. 사용자는 Schrödinger 웹 계정에 로그인하라는 안내를 받게 되며, 이메일로 전송된 인증 코드를 통해 계정이 확인됩니다. 웹 계정이 없는 경우, 새로 가입해야 합니다.
• 양식 스프레드시트, 테이블 및 ID 위젯의 값을 클립보드에 복사합니다.
• LiveReport에서 구성 요소 열을 추가할 때 ‘MPO 생성’ 대화 상자에서 열 이름을 검색하고 필터링합니다.
• 3D 셀 내의 링크를 클릭하면 3D 일반 엔티티 및 명시적 리간드 디자이너가 실행되어 3D 구조를 볼 수 있습니다. Maestro
• 반응 열거(reaction enumeration), R-그룹 열거, 파일 업로드, Maestro 업로드 및 LDClient 업로드가 완료된 후 LiveReport에 엔티티가 더 빠르게 표시됩니다.
• FFC 열을 검색하는 LDClient의 ` API ` 메서드인 “get_freefrom_column_by_id”에는 이제 FFC가 마지막으로 업데이트된 타임스탬프에 해당하는 long 값을 포함하는 “updated_at” 필드가 포함됩니다.
• 랜딩 페이지: 화합물 페이지에서 최근 공개된 실험 데이터를 확인하세요

수정된 사항

• 고급 검색에서 ID를 검색하여 엔티티를 추가할 때, 이전에는 응답이 없는 대화 상자가 표시되었으나, 이제는 ID 입력이 가능한 대화 상자가 표시됩니다.
• 복잡한 필터는 이전에 붙여넣은 생물학적 서열을 인식하지 못해 해당 서열에 대한 필터링에 실패했으나, 이제는 붙여넣은 생물학적 서열을 인식합니다.
• 랜딩 페이지에서 템플릿을 사용하여 LiveReport를 생성할 때, 새로 생성된 LiveReport가 열리지 않던 문제가 수정되어 이제 LiveReport가 새 브라우저 탭에서 열립니다.
• 엔티티가 여러 프로젝트로 가져온 경우, 그중 하나의 프로젝트에서 해당 엔티티를 삭제하면 해당 프로젝트에서만 사라집니다. 이제 CSV, ZIP 및 FASTA를 통해 여러 엔티티를 가져올 때 ‘파일 관리’ 대화 상자에는 하나의 파일 항목만 표시됩니다.
• 엔티티 관계 메타데이터의 문자열 유형은 관계 및 관계 메타데이터에 대한 DI 매핑을 추가함으로써 DI에서 지원됩니다.
• 데이터 및 열 트리에서 “구조 클래스” 열의 이름이 “엔티티 유형”으로 변경되었습니다.
• 스케쳐에 방향족 구조를 붙여 넣으면 피롤이 포함된 구조의 키랄성이 반전되었지만, 이제는 키랄성이 유지됩니다.
• LDClient를 통해 FFC 날짜 값을 입력할 때, 사용자는 이제 YYYY-MM-DD 형식을 사용해야 합니다. 날짜를 잘못된 형식으로 입력하면 시스템은 ‘날짜는 YYYY-MM-DD 형식이어야 합니다.’라는 메시지와 함께 400 오류를 반환합니다.
• Forms 칸반 위젯에서는 칸반 타일 옆에 고정 아이콘이 표시되었으나, 현재 칸반 위젯에 고정 아이콘이 나타나지 않습니다.
• 이제 행 고정 해제 기능이 예상대로 작동합니다.
• 셀에 여러 값이 포함된 모델 결과의 경우, LiveReport를 복제하면 값의 순서가 다르게 표시되곤 했으나, 이제는 복제된 LiveReport에서도 원본 LiveReport와 동일한 순서로 표시됩니다.
• 아르기닌의 구아니딘 기에서 3D 시각화 도구 상에서 5개의 결합을 가진 탄소 원자가 잘못 표시되었으나, 이제 화학 구조를 정확하게 반영하여 아르기닌 잔기의 올바른 결합 구조를 보여주고 있습니다.
• SAR 분석(R-그룹 분해)에서, 새로 추가되거나 삭제된 스캐폴드 에 대해서도 페이지를 새로 고침하지 않고도 R-그룹 스캐폴드의 순서를 재정렬할 수 있습니다.
• 삭제된 도킹 포즈는 다시 나타나지 않으므로, workspace 페이지가 깔끔하고 체계적으로 유지됩니다. “predict pose”를 클릭한 후 생성되는 새로운 포즈는 순차적으로 이름이 지정되므로 쉽게 추적할 수 있습니다(예: “docked_ligand_3”을 삭제한 후 “docked_ligand_4”가 생성됨).
• 관리자 패널을 통해 모델 이름을 변경하면, 해당 변경 사항이 리간드 디자이너에 올바르게 반영됩니다.
• 이전에는 표시 확인란의 선택을 해제한 후 다른 개체를 선택해도 3D 시각화 도구에서 타깃이 계속 표시되었으나, 이제는 ‘타깃 표시’ 확인란이 선택 해제된 상태로 유지되며 타깃이 표시되지 않습니다.
• 한 프로젝트에서 다른 프로젝트로 LiveReport를 복사하면, 해당 모델의 프로토콜이 대상 프로젝트에 대한 액세스 권한을 제공하지 않더라도 대상 프로젝트에 LiveReport 내 모든 모델에 대한 ACL이 부여됩니다. 이제 프로토콜이 해당 프로젝트에 대한 액세스 권한을 제공하지 않는 경우, 모델 열은 “무효화”되어 대상 프로젝트에서 표시되지 않게 됩니다.
• 종속된 매개변수화 모델이 포함된 모델은 아카이브할 때 오류가 발생하지 않으며, 해당 모델에 종속된 모든 매개변수화 모델도 함께 아카이브됩니다. 아카이브될 종속된 매개변수화 모델의 개수를 알려주는 대화 상자가 표시됩니다.