릴리스 노트

소분자 신약 개발

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 명확성을 높이고 ‘ Maestro ’ 인터페이스와의 일관성을 개선하기 위해 Protein Prepwizard 명령줄 옵션을 재구성하고 그룹화했습니다 [2022-3]
• 진단 인터페이스의 원자가 오류 보고 기능 개선 [2022-3]
• 리보솜과 같은 대규모 구조체에서 Protein Prepwizard의 Epik 단계를 실행할 때 제로차 결합을 할당하면 속도가 몇 차수나 빨라집니다 [2022-3]
• 작은 클러스터가 많이 포함된 대규모 구조나, 큰 클러스터가 몇 개 포함된 구조에서 ProtAssign을 실행할 때 성능이 몇 배 더 빨라짐 [2022-3]
• 명령줄 prepwizard 및 protassign 스크립트에 -include_ligand_states 플래그를 추가하여, 수소 결합 할당 단계에서 Epik으로 생성된 리간드 상태를 포함하도록 함 [2022-3]

단백질 X선 구조 정밀화

• Phenix/OPLS: 비결합 에너지 항의 컷오프 값을 낮춤으로써 계산 성능을 크게 향상시킬 수 있는 옵션 [2022-3]
  • Phenix 측의 옵션인 schrodinger.flags.nonbonded_cutoff를 사용하면 컷오프 값을 변경할 수 있습니다. 기본값은 컷오프 값을 변경하지 않는 것입니다. 이 옵션은 컷오프 값을 10 옹스트롬으로 설정하여 테스트된 바 있으며, 이 경우 정밀도 통계에 부정적인 영향은 관찰되지 않으면서 계산 효율이 수 배 향상되었습니다.

저온 전자현미경 모델 정제

• GlideEM에 새로운 모드 펩타이드를 도입하여, 생성할 컨포머의 수를 지정하는 명령줄 매개변수 -nconformers를 통해 펩타이드 샘플링을 개선했습니다 [2022-3]
  • 펩타이드에 대해 confgen을 실행하고 각 구조에 대해 재도킹을 수행함으로써 추가적인 입력 구조들이 생성됩니다. 이에 소요되는 시간과 필요한 계산 자원은 -nconformers 매개변수와 선형적으로 비례합니다.
• 결합 포켓 / GlideEM [2022-3]에서 이제 결합 부위 ASL과 별도의 파일에 제공된 리간드를 통해 도킹 그리드 중심을 지정할 수 있습니다.
  • 결합 부위는 새로운 -binding_site_asl 명령줄 인수를 사용하여 지정할 수 있으며, 이 경우 결합 부위 근처의 잔기를 명시하는 ASL 파일이 필요합니다. 도킹 그리드의 중심은 ASL 파일에 명시된 모든 원자의 기하학적 평균이 됩니다. 리간드는 -ligand_struct 명령줄 인수를 사용하여 지정할 수 있습니다.

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• 선택한 항목에 스타일 적용 및 분자 표현 방식 변경 [2022-3]
• 단백질-단백질 도킹을 위한 새로운 워크플로 액션 메뉴 지원 [2022-3]
• PyMOL [2022-3]에서 볼 때 “ PyMOL로 보내기” 패널은 Maestro의 비결합 상호작용을 그대로 유지합니다.
• 2D sketcher  내에서 제로차 결합 생성 [2022-3]
• 2D sketcher  에서 원자와 결합 선택의 정확도가 향상되어 더욱 신뢰할 수 있는 선택이 가능해졌습니다 [2022-3]
• LiveDesign 를 사용하여 자격 증명 또는 단일 로그인(SSO)을 통해 사용자가 선택한 인증 방식을 저장하기 [2022-3]
• 새로운 도움말 아이콘을 통해 관련 튜토리얼과 문서를 확인할 수 있습니다 [2022-3]

힘장

• 대규모 FFBuilder 작업의 확장성 개선 [2022-3]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• Schrödinger 이 확장 기능들은 KNIME 4.6 [2022-3]과 호환됩니다.
• 새로운 DeepAutoQSAR 노드를 사용하여 ML 모델을 생성하고 적용하기 [2022-3]

Hit Identification & 온라인 상영

ABFEP

• ABFEP 부하 조건에서의 성능 [2022-3]

Lead Optimization

FEP+

• 수백 개의 노드와 에지가 포함된 대규모 지도에서 ‘ FEP+ ’ 분석 탭 인터페이스의 상호작용 성능이 획기적으로 개선되었습니다 [2022-3]
• 상관도 그래프에는 쌍별 ddG 히스토그램이 표시됩니다(이전에는 가장자리별 히스토그램이 표시되었습니다) [2022-3]
• 상태 그룹화 GUI [2022-3]
  • 타우토머
  • 프로토머
  • 콘포머(결합 자세)

단백질 FEP

• 잔기 돌연변이 선택 레이아웃 변경 [2022-3]
  • CYM 아미노산(탈양성 시스테인) 지원 추가

일정한 pH 시뮬레이션 (베타)

• pH 간격은 0.5 단위로 고정되며, 그 결과로 생성된 복제본의 개수가 표시됩니다 [2022-3]

용해도 FEP

• 실험적 ΔG 데이터가 있는 경우, 해당 데이터는 ‘분석’ 탭에 표시됩니다 [2022-3]

생물학적 제제 신약 개발

• 단백질 상호작용 분석
  • 잔기 특성, 비결합 상호작용 유형 및 상호작용 거리를 기준으로 단백질-단백질 상호작용을 필터링 [2022-3]
  • 결과 표에 보고된 매몰된 용매 접근 가능 표면적 및 계면 잔기 간의 표면 상보성 [2022-3]
  • 상호작용 분석 패널에서 인터페이스 잔기만 선택, 표시 및 서식 지정하기 [2022-3]
• 잔류 돌연변이
  • Maestro 의 잔기 스캐닝 성능이 향상되어 수십만 개의 돌연변이를 동시에 분석할 수 있게 되었다 [2022-3]
  • 후속 분석 및 워크플로 스크립팅의 편의를 위해 잔기 스캐닝 출력 구조에 변이 잔기 이름이 속성으로 추가되었습니다 [2022-3]
• 단백질-단백질 도킹:
  • 워크플로 작업 메뉴를 통해 PIPER 도킹 후 수행해야 할 일반적인 다음 단계에 대한 안내 [2022-3]
• 항체 루프 모델링
  • Chothia, Enhanced Chothia, Kabat, IMGT 및 AHo를 포함한 PRIME 루프 정제 작업을 실행하기 전에 번호 매기기 방식을 지정하고, 이에 따라 루프 정의를 설정해야 합니다 [2022-3].

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

• 효과적인 스크리닝 매체: GUI에서 선택한 항목에 따라 구조를 정렬하는 옵션 [2022-3]
• Quantum ESPRESSO: runner.py를 통한 TDDFPT 실행 지원 [2022-3]
• Quantum ESPRESSO: ab initio 분자 동역학(MD)의 재시작 옵션 (명령줄) [2022-3]
• Quantum ESPRESSO: 사용자 정의 차원을 가진 슬래브 모델 지원 [2022-3]
• Quantum ESPRESSO: Quantum ESPRESSO 7.1 [2022-3]로 업그레이드

분자동역학

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

• 점도: 온도 조절기 및 기압 조절기 설정 (명령줄) [2022-3]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

• CGFF Builder: 원자 수준 구조를 활용한 입자 부피 예측의 정확도 향상 [2022-3]
• CGFF Builder: 모든 파티클에 공통 질량을 설정하는 옵션. [2022-3]
• CGFF Builder: FF 파일에 저장되고 뷰어에 표시되는 암시적 전하 [2022-3]
• CGFF Builder: 저장된 ‘ SMARTS ’ 패턴을 불러오는 기능 [2022-3]
• CGFF Builder: 컷오프에 따라 조정된 기본 결합 길이 범위 [2022-3]
• CGFF Builder: CG 매핑된 각 분자 유형이 복사본으로 저장됨 [2022-3]
• 점도: CG 시스템용 온도 조절기 및 압력 조절기의 자동 설정 [2022-3]

광전자공학

• AL OptoE: 최적화를 위한 특성 공간 확장 [2022-3]

유전 특성

• 복소 유전율: 지정된 주파수에 대한 유전율을 표시하는 UI 개선 [2022-3]
• 복소 유전율: 저장 함수와 손실 함수의 별도 시각화 [2022-3]

MS Maestro 빌더 및 도구

• 나노구조: 출력 구조의 주기성이 기본적으로 설정됨 [2022-3]
• 고분자: 탄수화물 분야 내 키토산 및 잔탄검 템플릿 [2022-3]
• 고분자: 탄수화물의 기본 말단기로서 하이드록실기 [2022-3]
• 반결정성 고분자: 여러 호스트에서 실행 지원 [2022-3]

고전 역학

• 분자 증착: MD 단계 수 미리보기 [2022-3]
• MD 다단계 시뮬레이션: 브라운 운동 단계에서의 온도 제어 [2022-3]
• MD 다단계 시뮬레이션: 경질 고분자를 위한 이완 프로토콜 [2022-3]
• 폴리머 가교: ‘ SMARTS ’ 패턴 저장 및 불러오기 기능 [2022-3]
• 고분자 가교: ‘ SMARTS ’ 검색 방법의 옵션 (명령줄) [2022-3]
• 응력-변형률: ‘ SMARTS ’ 검색 방법 옵션 (명령줄) [2022-3]
• 응력-변형률: 주기적 응력-변형률 작업 속도 향상 (최대 2배) [2022-3]
• 응력-변형률: GUI를 통한 전체 시뮬레이션 시간 미리 보기 [2022-3]
• 표면 장력: 장거리 컷오프 지원 [2022-3]
• 계면활성제 틸트: 계면활성제 선택을 위한 UI 개선 [2022-3]
• 궤적 밀도 분석: 궤적 범위 설정을 위한 개선된 사용자 인터페이스 [2022-3]

양자역학

• 흡착 열거: 흡착질을 기질로부터 일정한 거리를 두고 배치하는 옵션 [2022-3]
• 흥분 상태 분석: 단편에 대한 사용자 정의 지원 [2022-3]
• QM 다단계: 견고한 수렴 기능을 비활성화하는 옵션 [2022-3]
• 리간드 교환: 드라이버 로그에 기록된 상세한 진행 상황 보고서 [2022-3]
• QM 패널 내 ‘ Jaguar ’ 옵션에서 자동 스핀 처리가 기본값으로 설정됨 [2022-3]
• 반응 워크플로: 기하학적 중복 제거 지원 [2022-3]
• 반응 워크플로우: 출력에 대한 η- 또는 중심점 표현 지원 [2022-3]
• 반응 워크플로: ‘ R-그룹 ’ 열거 위치 지정 지원 [2022-3]

LiveDesign

LiveDesign 2022-3의 새로운 기능

• 머신러닝:DeepAutoQSAR 및 모델 관리 도구를 구축하고 활용하여 물성을 예측하기
• 칸반 레이아웃:워크플로우, 프로젝트 및 합성 대기열을 시각화하고관리합니다
• 특정 화합물에 대한 모든 ‘ 어세이 ’ 데이터 보기: ‘ 어세이 ’ 데이터 뷰어 도구를 사용하여 특정 화합물에 대한 모든 ‘ 어세이 ’ 데이터를 조회합니다.
• 일치하는 분자 쌍:미리 계산된 데이터셋을 조회하거나 실시간으로 분석을 생성하여 일치하는 분자 쌍 분석을 수행하고, 여러 특성을 한 번에 분석합니다.
• 새로움 기존 기능의 개선 사항, 예를 들어:
  • 선택 목록의 옵션을 사용하도록 모델 구성하기
  • 단일 화합물에 대한 여러 실험값을 그래프로 표시하기
  • 그래프와 겹치지 않도록 그래프 범례를 업데이트했습니다.
  • ‘필터’, ‘색상 지정 규칙’ 및 ‘MPO 구성’ 대화 상자에서 LiveReport에 특화된 드롭다운 제안 항목을 확인합니다.
  • 키보드의 스페이스바를 사용하여 Sketcher에서 모드를 전환하세요
  • Ligand Designer는 라이선스 대여 및 반납 절차가 더 신속해짐에 따라 더 많은 사용자가 동시에 이용할 수 있게 되었습니다.
  • 복합 이미지는 결합 길이에 비례하는 이종 원자들을 보여준다
  • 폼 위젯의 탭을 숨겨 화면 공간을 효율적으로 활용하세요
  • 실험값에 대한 툴팁이 업데이트되어, ‘ 어세이 ’ 뷰어 도구를 열어 실험 메타데이터를 확인할 수 있습니다.
  • 범주형 열에 대해 행 선택 내용을 기반으로 색상 지정 규칙을 자동으로 생성합니다.
• LiveReports에서 열이 많은 경우, 고급 검색 속도를 높이고, 정렬 속도를 높이며, 스크롤 속도를 향상시키는 새로운성능 개선 사항
• 워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]
  • 모델을 배포할 때 적합한 KNIME 프로토콜이 자동으로 선택되며, 해당 프로토콜의 최신 버전이 업로드됩니다.
  • 계산 분배는 모델 관리자 페이지에서 제어됩니다.
  • LiveDesign 관리자 페이지에서 모델 변경 사항은 기존 모델을 덮어쓸 때도 유지될 수 있습니다.
  • 모델을 이동, 아카이브 및 아카이브 해제하기 위한 새로운 관리 노드

수정된 사항

• 이제 대화 상자에서 ‘취소’를 클릭한 후 다시 접속하면 열 열기 검색어와 결과가 초기화됩니다.
• 게시되지 않은 열의 타일 보기 헤더 이름은 셀 전체에 해시 무늬 배경을 적용하는데, 이전에는 텍스트 자체에만 적용되곤 했습니다.
• 타일에 3D 열이 포함된 경우 발생하던 형식 불일치 문제가 수정되었습니다.
• 이제 스프레드시트 이외의 다른 보기에서 “모든 행의 동결 해제” 메시지를 클릭하면 해당 메시지가 사라지는데, 이전에는 메시지가 계속 표시되곤 했습니다.
• 이제 기존 LiveReport에 글로벌 템플릿을 적용할 수 있습니다.
• 랜딩 페이지 북마크의 ‘저장’ 버튼 툴팁 표시 문제가 수정되었습니다.
• LiveReport 선택기에서, 새 폴더 생성을 취소하더라도 선택한 내용이 유지됩니다.
• MPO를 포함한 LiveReports를 이제 다른 프로젝트로 복사할 수 있습니다.
• 사용자가 URL을 통해 LiveReport로 이동할 경우, 프로젝트 선택기가 더 이상 유지되지 않습니다.
• 랜딩 페이지 북마크의 날짜 필드 값에 대한 유효성 검사가 이제 수행됩니다. 잘못된 값을 입력하면 경고 메시지가 표시됩니다.
• 랜딩 페이지의 템플릿 검색 기능이 이제 대소문자를 구분하지 않습니다.
• 이제 MPO 툴팁에서 현재 보기에 표시되지 않은 구성 요소에 대해서도 모든 구성 요소 정보가 올바르게 표시됩니다.
• 프록시 값 점수의 유무에 따라 MPO 툴팁 위치가 일관되지 않았으나, 이제 일관되게 표시됩니다.
• 이제 MPO 점수는 이전에 정의된 구성 요소가 null 값으로 변경되었을 때의 변화를 적절하게 반영합니다.
• 이제 범례가 연결되어 있지 않을 때 차트와 함께 팝업으로 표시됩니다.
• 화면 해상도가 변경될 때 그래프 범례가 이제 적절한 위치로 재배치됩니다.
• 박스 플롯이 이제 더 많은 데이터 포인트를 지원합니다.
• 데이터량이 많은 시리즈별로 분할된 선 그래프를 이미지로 내보낼 때, 이제 예상대로 모든 데이터 점이 포함됩니다.
• 히스토그램 및 파이 차트의 툴팁에 이제 서버 설정에 따라 소수점 구분 기호가 표시됩니다.
• Firefox 브라우저에서는 이전에는 무시되었던 사용자 축 글꼴 크기가 이제 반영됩니다.
• 그래프에서 허용되는 데이터 점의 수를 초과했다는 경고 메시지가 이제 제대로 표시됩니다. 특히, 산점도에서 지터(Jitter) 기능을 활성화할지 묻는 메시지에 의해 더 이상 가려지지 않습니다.
• 그래프를 이미지로 내보낼 때, 데이터 점에 테두리가 표시되도록 변경되어 색상이 지정되지 않은 점이 이미지에 표시되지 않는 것을 방지합니다.
• v2000 CTAB 형식으로 가져온 구조에 대한 약어화된 ‘ 작용기 ’의 Sgroup 주석이 이제 올바르게 표시됩니다.
• 등록 과정에서 어떤 Sgroup 필드를 포함해야 하는지 정의하는 속성인 RDKIT_STRUCTURE_PROCESSOR_SGROUP_FIELD_NAMES가 이제 올바르게 반영됩니다.
• R-그룹 이제 “RDKIT_TAUTOMER_SEARCH”가 true로 설정된 경우, 분해 과정에서 타우토머가 일치하도록 처리됩니다.
• 이제 스케쳐를 처음 클릭하면 입력 창에 포커스가 이동하지만, 이전에는 스케치에 CH4가 추가되곤 했습니다.
• 브라우저 창 크기를 연속적으로 변경하거나 창을 최소화한 후 스케쳐 표시에 영향을 미치는 문제를 수정했습니다.
• 업그레이드 후, 새 버전의 스케쳐를 사용하기 위해 페이지를 강제로 새로 고치거나 브라우저 캐시를 지울 필요가 없습니다.
• 화합물을 스케쳐로 끌어온 다음 고리나 결합을 추가하면, 비례에 맞춰 크기가 조정된 고리나 결합이 표시됩니다.
• “LiveReport에 존재 여부”를 반전시킨 고급 검색에서 이제 결과가 표시됩니다.
• Freeform columns 이전에는 LiveReport에 숨겨져 있던 항목들이 이제 칸반 위젯의 옵션으로 표시됩니다.
• 이제 칸반 위젯은 위젯을 설정한 후 편집 모드에서 타일을 표시합니다.
• 이제 스케쳐를 통해 LiveReport에 R-그룹을 추가할 수 있습니다.
• Maestro 에서 미발표 데이터를 업로드한 후, 해당 데이터를 발표된 데이터로 동일한 LiveReport에 다시 업로드하면 이제 ‘데이터 및 열(Data & Columns)’ 트리에서 해당 열들이 표시됩니다.
• 이제 숨겨진 열을 명시적으로 선택하면 파일 내보내기 시 해당 열이 표시됩니다.