릴리스 노트

소분자 신약 개발

플랫폼 환경

Maestro 그래픽 사용자 인터페이스

• Apple M1 지원 [2022-1]
• 새로운 2D Sketcher (베타) [2022-1]
• 새로운 워크플로 작업 메뉴 [2022-1]
  • 항체 모델링
• 상동 모델링 [2022-1]

힘장

• 히스티딘 매개변수의 정확도 향상, 특히 히스티딘 pKa 예측에 있어 FEP+ 의 정확도 향상 [2022-1]
• B-N 결합을 포함하는 화합물의 개선된 기하 구조 [2022-1]
• 작업 분배를 확대하여 수백 개의 리간드를 매개변수화할 때 FFBuilder 실행 속도가 최대 10배 빨라짐 [2022-1]

워크플로우 및 파이프라인 [KNIME 확장 기능]

• 새로운 ‘ 2D Sketcher ’ 노드 [2022-1]
• LiveDesign [2022-1]에서 발췌:
  • LiveDesign 노드로 내보내기 기능을 사용하면 모든 구조를 내보낼 수 있으므로, 모델 결과를 새로운 LiveReport에 저장할 수 있습니다.
  • 모델 출력 열에는 파일(예: PDF)이 포함될 수 있습니다.
  • 실행된 워크플로를 LiveReport 열에 저장하기

표적 검증 및 구조 구현

단백질 정제

• 시스템 규모에 따라 수소 원자 할당 속도가 o(n)이 되도록 가속화 [2022-1]

단백질 X선 구조 정밀화

• PHENIX/OPLS는 PHENIX 1.20 [2022-1]을 지원합니다.

다중 서열 뷰어/편집기

• MSV 프로젝트 자동 저장 [2022-1]
• 참조 서열에 대한 사용자 정의 동일성 또는 유사성 비율을 기반으로 서열의 하위 집합을 신속하게 선별하는 방법 [2022-1]
• ‘마우스 오른쪽 버튼 클릭’을 통해 하나 이상의 시퀀스를 내보내 저장하는 기능이 개선되었습니다 [2022-1]

단백질 상동성 모델링

• 로컬 상동성 모델링을 위해 NR BLAST 데이터베이스 중 PDB BLAST 하위 집합만 선택적으로 다운로드하기 [2022-1]
• 상동성 모델링을 위한 새로운 워크플로 액션 메뉴를 통해 구조 품질 평가, 신뢰도 보고서, 추가 루프 정제, 사이드체인 정제 및 국소 최소화 기능을 한 번의 클릭으로 이용할 수 있습니다 [2022-1]

Hit Identification & 온라인 상영

약리활성기 모델링

• 여러 개의 분리된 코어를 가진 기준 리간드에 3D 리간드를 정렬하기 위한 새로운 align_multi_cores.py 스크립트 [2022-1]

리간드 도킹

• MCS [2022-1]을 사용하여 코어 제약 조건 도킹을 실행할 때 사용된 코어의 SMARTS 값을 반환합니다.
• Glide 그리드를 생성한 입력 파일은 수정 편의성을 높이기 위해 그리드 아카이브에 저장됩니다 [2022-1]

Lead Optimization

FEP+

• FEP+ 상관관계 도표 [2022-1]:
  • 최적 적합선과 그 직선의 방정식을 표시합니다.
  • 표준편차 대신 신뢰구간을 표시하도록 보고 방식을 수정함
• 웹 서비스 [2022-1]:
  • 지도 상태 확인 시 성능이 개선되었습니다.

용해도 FEP (베타)

• 분석 탭에서 궤적, 대표 구조, FEP 분류기에 대한 접근 [2022-1]
• 웹 서비스는 분석용으로 mae/csv 파일 대신 fmp/fmpdb 파일을 반환합니다 [2022-1]

AutoQSAR

• DeepChemAutoQSAR가 이제 Windows 및 Mac 플랫폼을 지원합니다 [2022-1]

FPsim-GPU

• 유사도 결과에 새로운 공급업체 열 추가 [2022-1]

의약 화학

리간드 설계 도구

• 열거된 화합물의 최대 개수를 지정할 수 있는 기능 [2022-1]
• 구매 가능한 화합물에 대한 프로젝트 테이블에 “공급업체 ID” 세부 정보 조회 기능을 추가했습니다 [2022-1]

생물학적 제제 신약 개발

• 항체 구조 예측 백엔드가 이제 분산 처리를 지원하여 대규모, 고처리량 워크플로우를 용이하게 합니다 [2022-1]

재료 과학

다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO

• 포논 계산으로 전파된 원자 제약 조건 [2022-1]
• 원자의 일부 집합에 대한 포논 계산 [2022-1]
• NEB를 위한 IDPP(이미지 의존 쌍 전위) 알고리즘 [2022-1]
• SCA 및 R2SCAN 함수형 지원 [2022-1]

재료 정보학

•  Molecular 표현자: 병렬화를 통한 지문 계산 속도 향상 [2022-1]
•  분자 표현자: 금속이 포함되지 않은 화합물을 위한 유기금속 표현자 [2022-1]

Coarse-Grained (CG) 분자동역학

•  CG 힘장 생성기: 자동화된 힘장 생성을 위한 GUI [2022-1]

광전자공학

•  액티브 러닝 광전자공학: 학습 곡선 그래프 [2022-1]
•  광전자공학 유전 알고리즘: AutoQSAR 및 DeepChem 모델 사용 옵션 [2022-1]

유전 특성

• 비정질 유전체 특성: 뷰어에서 데이터 내보내기 옵션 [2022-1]

MS Maestro 빌더 및 도구

•  Crystal Builder: 대칭적으로 동등한 원자 선택 옵션 [2022-1]
•  셀 조작: 3개 축 중 2개 축에 대해 첫 번째 단위 셀로 변환하는 옵션 [2022-1]
•  셀 조작: 주기적 셀 내에서 표면 모델의 감싸기를 해제하는 옵션 [2022-1]
• 구조화된 리퀴드 빌더: 워크플로 작업 메뉴(WAM) [2022-1]

고전 역학

• 군집 분석: 뷰어 내 평균 군집 크기와 군집 수 [2022-1]
• 군집 분석: 개별 군집을 시각화하는 옵션 [2022-1]
• 결정 형태: 슬래브를 용매화하기 위한 물 분자 수 추정 (명령줄) [2022-1]
• 막 분석: 이중층 표면 거칠기 예측 [2022-1]
• 분자 증착: 기본 힘 상수 500 kcal/mol/A [2022-1]
• 고분자 가교 반응: 최적화된 시뮬레이션 워크플로우를 통한 속도 향상 (2배) [2022-1]
• 분자 제거: coarse-grained 시스템 지원 [2022-1]
• Stress Strain: 작업 호스트에 대한 사용자 제어 및 라이선스 관리 [2022-1]
• 표면 장력: 단일 성분 계의 표면 장력을 계산하는 워크플로 모듈 [2022-1]
• 열화학적 특성: 작업 호스트 및 라이선스 관리에 대한 사용자 제어 [2022-1]
• 열화학적 특성: 에너지 기록 간격 선택 옵션 [2022-1]
• 비틀림 해석: 초기 상태에 대한 상대적 비틀림 값을 그래프로 표시하는 옵션 [2022-1]
• 비틀림 해석: 시간에 따른 비틀림 분포를 그래프로 표시하는 옵션 [2022-1]
• 비틀림 해석: 메모리 사용량 감소와 함께 더 빠른 하중 적용 [2022-1]
• 비틀림 해석: coarse-grained 구조물 지원 [2022-1]
• 궤적 밀도 분석: 입력 ASL에 길이 제한 없음 [2022-1]
• 궤적 정전기 전위: 궤적 내 방사형 전하 분포 및 정전기 전위를 시각화하는 모듈 [2022-1]

양자역학

• 흡착 에너지: CSV 파일에 저장된 열화학적 특성 [2022-1]
• 전자 결합: 양자역학(QM) 계산의 병렬화 [2022-1]
• 흥분 상태 분석: 구멍/전자 상관관계의 최소값을 기준으로 클러스터링하는 옵션 [2022-1]
• 흥분 상태 분석: 여러 구조를 입력으로 사용하는 기능 지원 [2022-1]
• 리간드 안정성 분석: 다양한 리간드로 구성된 유기금속 복합체를 위한 안정성 평가 도구 [2022-1]
• 반응 워크플로: CSV 파일로 저장된 매립 부피 데이터 포인트 [2022-1]

분자동역학

분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산

• 확산: 확산하는 분자의 3차원 궤적 시각화 [2022-1]
• 점도: 아인슈타인-헬판드 점도 지원 [2022-1]
• 점도: 확산 계산 추가 옵션 [2022-1]

LiveDesign

LiveDesign 2022-1의 새로운 기능

• Schrodinger가 설계 및 개발한 새로운 화합물 스케쳐가 출시되었습니다.
• ID를 검색하여 컴파운드를 스케쳐에 추가하고, 이를 향후 디자인의 기초로 활용하세요.
• 가젯은 왼쪽 패널의 새로운 위치에 표시되며, 카테고리별로 그룹화하여 적합한 가젯을 더 빠르게 찾을 수 있습니다.
• 관련된 예측값을 식별하기 위해, 계산 모델링 결과를 포즈별로 열 단위로 정렬할 수 있습니다.
• 열 머리글 위에 마우스를 올리면 툴팁이 스크롤되어 긴 열 설명이 표시됩니다.

수정된 사항

• Freeform 컬럼 입력이 포함된 MPO는 한 프로젝트에서 다른 프로젝트로 복사할 때 편집할 수 없었으나, 이제 편집이 가능합니다.
• 응집 의 미공개 모델은 LiveReport를 복사할 때 중복된 값이 표시되었으나, 이제는 예측된 값이 하나만 표시됩니다.
• Maestro LiveDesign 에서 업로드된 3D 데이터는, 인스턴스가 실험 분석을 농도별로 그룹화하도록 구성되어 있었던 경우 ‘데이터 및 열(Data & Columns)’ 트리에 표시되지 않았으나, 이제는 항상 표시됩니다.
• 복제된 LiveReport에 수식 열과 Freeform columns 가 표시되기까지 몇 분이 걸리기도 했으나, 이제는 즉시 표시됩니다.
• 게시되지 않은 모델의 열 메뉴에 있는 “게시” 버튼은 이전에는 클릭하면 사라졌지만, 이제는 계속 표시됩니다.
• 매개변수가 ‘선택 사항’으로 설정된 프로토콜의 경우, 해당 매개변수를 ‘필수’로 변경할 수 없었으나, 이제 해당 매개변수를 ‘필수’로 설정할 수 있게 되었습니다.
• 이전에는 ‘LiveReport’ 탭을 드래그하여 재배치할 수 없었지만, 이제는 드래그하여 재배치할 수 있습니다.
• 프로젝트에서 접근 가능하게 설정되었다가 이후 해당 프로젝트에서 접근 불가능하게 변경된 프로토콜의 경우, 해당 프로토콜을 기반으로 한 모든 모델이 숨겨집니다. 하지만 해당 모델들은 관리자 패널에는 계속 표시됩니다.
• 입력 매개변수로 프리폼 열을 사용했을 때 매개변수화 모델의 관리자 패널에 열 이름이 표시되지 않았으나, 이제는 열 이름이 표시됩니다.
• 8일이라는 타임아웃 기간이 지나도 완료되지 않은 비동기 작업은 취소되지 않았으나, 이제는 8일이 지나면 자동으로 취소됩니다.
• 선택적 매개변수가 포함된 모델 생성 시 사용자 인터페이스가 개선되었습니다.