本版本更新内容：
2022-1 版
小分子药物研发
平台环境
Maestro 图形用户界面
- Apple M1 支持 [2022-1]
- 全新 2D 绘图工具（测试版）[2022-1]
- 新的工作流操作菜单 [2022-1]
- 抗体 建模
- 同源建模 [2022-1]
力场
- 组氨酸参数准确性的提升，特别是在FEP+ 中对组氨酸pKa值的预测方面 [2022-1]
- 含B-N键化合物的改进几何结构 [2022-1]
- 通过更有效的任务分配，在对数百个配体进行参数化时，FFBuilder的执行速度最高可提升10倍 [2022-1]
工作流与管道 [KNIME 扩展]
- 新的 2D Sketcher 节点 [2022-1]
- 摘自LiveDesign [2022-1]：
- “导出到LiveDesign ”节点可导出所有结构，从而将模型结果存储到新的LiveReport中
- 模型输出列中可以包含文件（例如 PDF 文件）
- 将已执行的工作流存储在 LiveReport 列中
靶点 验证与结构支持
蛋白质的制备
- 根据系统规模，加速氢原子分配算法的复杂度为 o(n) [2022-1]
蛋白质的X射线结构精修
- PHENIX/OPLS 支持 PHENIX 1.20 [2022-1]
多序列查看器/编辑器
- 自动保存 MSV 项目 [2022-1]
- 根据用户定义的与参考序列的同源性或相似性百分比，快速筛选出序列子集 [2022-1]
- 改进了通过“右键单击”导出以保存一个或多个序列的功能 [2022-1]
蛋白质同源建模
- 仅选择性下载NR BLAST数据库中用于本地同源建模 的PDB BLAST子集 [2022-1]
- 同源建模 的新工作流操作菜单提示功能，可让用户通过单击即可访问结构质量评估、可靠性报告、额外环优化、侧链优化以及局部最小化功能 [2022-1]
苗头化合物 身份识别与虚拟筛选
成药基团建模
- 新的 align_multi_cores.py 脚本，用于将 3D 配体与具有多个不相连核心的参考配体进行对齐 [2022-1]
配体分子对接
- 返回在运行核心约束分子对接 时使用的核心的SMARTS ，该操作使用 MCS [2022-1]
- 生成了Glide 网格的输入文件已保存在网格存档中，以便于进行修改 [2022-1]
先导化合物 优化
FEP+
- FEP+ 相关性图 [2022-1]：
- 显示最佳拟合直线及其方程
- 修改了报告形式，以显示置信区间而非标准差
- Web 服务 [2022-1]：
- 查看地图状态时的性能得到提升
FEP（β型）的溶解度
- 在“分析”选项卡中可访问轨迹、代表性结构和FEP分类器 [2022-1]
- Web 服务将返回 fmp/fmpdb 文件，而非 mae/csv 文件，供分析使用 [2022-1]
自动QSAR
- DeepChemAutoQSAR 现已支持 Windows 和 Mac 平台 [2022-1]
FPsim-GPU
- 相似性结果中新增“供应商”列 [2022-1]
药物化学
配体设计工具
- 能够指定枚举化合物的最大数量 [2022-1]
- 在可采购化合物的“项目表”中增加了“供应商 ID”详细信息的访问权限 [2022-1]
生物制剂药物研发
- 抗体 结构预测 后端现已支持分布式处理，有助于实现大规模、高吞吐量的流程 [2022-1]
材料科学
Quantum ESPRESSO 的图形用户界面
- 原子约束条件在声子计算中的传播 [2022-1]
- 计算原子子集的声子 [2022-1]
- 适用于NEB的IDPP（图像依赖对电位）算法 [2022-1]
- 支持 SCA 和 R2SCAN 功能 [2022-1]
材料信息学
- 分子描述符：通过并行化加速指纹计算 [2022-1]
- 分子描述符：不含金属化合物的有机金属描述符 [2022-1]
粗粒化（CG）分子动力学 (MD)
- CG 力场构建器：用于自动构建力场的图形用户界面 [2022-1]
光电子学
- 主动学习光电子学：学习曲线图 [2022-1]
- 光电子学遗传算法：可选配 AutoQSAR 和 DeepChem 模型 [2022-1]
介电性能
- 非晶介电特性：从查看器导出数据的选项 [2022-1]
MSMaestro 构建器与工具
- Crystal Builder：选择对称等价原子的选项 [2022-1]
- “操作单元格”：可选功能，将3个轴中的2个轴平移至第一个单位单元格 [2022-1]
- “操作单元格”：在周期单元内展开曲面模型的选项 [2022-1]
- 结构化流体构建器：工作流操作菜单（WAM）[2022-1]
经典力学
- 聚类分析：Viewer 中的平均聚类大小和聚类数量 [2022-1]
- 聚类分析：可视化单个聚类的选项 [2022-1]
- 晶体形态：估算包溶晶面 所需的水分子数（命令行）[2022-1]
- 膜分析：双分子层表面粗糙度的预测 [2022-1]
- 分子沉积：默认力常数为 500 kcal/mol/A [2022-1]
- 聚合物交联：通过优化的模拟 工作流程将速度提升2倍 [2022-1]
- 移除分子：对粗粒化系统的支持 [2022-1]
- 应变应力：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-1]
- 表面张力：用于计算单组分系统表面张力的工作流模块 [2022-1]
- 热化学特性：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-1]
- 热化学特性：可选能量记录间隔 [2022-1]
- 扭转分析：绘制相对于初始状态的相对扭转量的选项 [2022-1]
- 扭转分析：可绘制随时间变化的扭转分布图 [2022-1]
- 扭转分析：加载速度更快，内存占用更少 [2022-1]
- 扭转分析：对粗粒化结构的支持 [2022-1]
- 轨迹密度分析：输入ASL无长度限制 [2022-1]
- 轨迹静电势：用于可视化轨迹中径向电荷分布和静电势的模块 [2022-1]
量子力学(QM)
- 吸附能：存储在CSV文件中的热化学性质 [2022-1]
- 电子耦合：量子力学计算的并行化 [2022-1]
- 激发态分析：按空穴/电子相关性最小值进行聚类的选项 [2022-1]
- 激发态分析：支持使用多个结构作为输入 [2022-1]
- 配体稳定性分析：用于评估含有不同配体的有机金属配合物稳定性的工具 [2022-1]
- 反应工作流：以CSV文件形式存储的埋藏体积数据点 [2022-1]
分子动力学 (MD)
通过分子动力学模拟进行传输计算
- 扩散：扩散分子的三维轨迹可视化 [2022-1]
- 粘度：支持爱因斯坦-赫尔凡德粘度 [2022-1]
- 粘度：新增扩散计算选项 [2022-1]
LiveDesign
LiveDesign 2022-1 的新功能
- 现已推出一款由Schrodinger设计和开发的新型化合物绘图工具
- 通过搜索ID将一个复合体添加到草图工具中，以便将其作为未来设计的基准
- 小工具出现在左侧面板上的新位置，并可按类别分组，以便更快速地找到合适的小工具
- 可以按每个姿态将计算建模结果在各列之间对齐，以便识别相关的预测值
- 将鼠标悬停在列标题上时，工具提示会滚动显示较长的列描述
已修复的内容
- 带有 Freeform 列输入的 MPO，在从一个项目复制到另一个项目时原本无法编辑，现在可以编辑了
- 未发布的聚类模型在复制 LiveReport 时会显示重复值，现在则仅显示一个预测值
- 如果LiveDesign 实例被配置为按浓度对实验检测进行分组，则从Maestro 上传的3D数据不会显示在“数据与列”树中；现在，这些数据将始终显示
- 公式列和自由格式列在复制的 LiveReport 中原本可能需要几分钟才能显示，现在则会立即显示
- 未发布模型的列菜单中的“发布”按钮此前在点击后会消失，现在则会一直显示
- 对于那些将某个参数设置为“可选”的协议，此前无法将该参数更改为“必填”，而现在允许将该参数设置为“必填”
- “LiveReport”选项卡此前无法拖动和重新排列，现在可以拖动和重新排列了
- 在某个项目中曾被设为可访问、随后又被设为不可访问的协议，将隐藏所有基于该协议的模型。这些模型目前仍会显示在管理面板中
- 当将自由格式列用作输入参数时，参数化模型在管理面板中原本不会显示该列的名称，现在则会显示该列的名称
- 耗时超过八天超时期限的异步任务此前并未被取消，现在则会在八天后自动取消
- 创建带有可选参数的模型时，用户界面已得到改进