版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 改进了多个“项目表”对话框的易用性，包括“更改属性”、“子结构计数”、“添加属性”、“添加序数索引属性”、“添加标准分子属性”、“重做计算”和“总表面积”
• 通过添加关闭按钮和“搜索中”提示，提升了“查找”工具栏的易用性

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• KNIME通用LiveDesign 协议的稳定版
• 使用 Epik 7 进行pKa 预测的新节点
• 在FEP+ 读取节点中添加了对AB-FEP文件的支持

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 通过默认启用基于机器学习的Epik，提高了Protein Preparation Workflow 中配体电离/互变异构态预测的准确性
• 在填补缺失环时，可选择通过 FASTA 文件提供序列信息

多序列查看器/编辑器

• 能够将序列和注释导出为 seqD 文件

结合位点 & 结构分析

Desmond 分子动力学 (MD)

• 在“轨迹图”中添加了径向分布函数（RDF）分析器

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

配体结构准备

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• 通过默认采用的一种基于机器学习的新算法，提高了对 Macro-pKa 的经验修正精度

先导化合物 优化

FEP+

• FEP+ 功能优化：现在可以将面板管理的轨迹从“FEP+ ”输入组中移出，以便将其保留在项目表中

FEP蛋白

• 在生成突变时，系统现在将忽略水分子以确定侧链的位置

FEP的溶解度

• 能够根据溶解度FEP计算水合自由能，并具有有用的血脑屏障渗透相关性：现在可在“溶解度FEP”面板的“高级选项”中启用“仅水合”模式

量子力学(QM)

• 在Jaguar 过渡态搜索中，按原子使用不同的基组
• 基于DFT 的化学位移和自旋-自旋耦合，预测和查看核磁共振光谱
• 新增了对具有高角动量的分析基组的支持，包括 cc-pvXz 和 def2 基组（最高至 QZ 级别）
• 新增了对复合3c泛函的支持：HF-3c、PBEh-3c、HSE-3c、B97-3c、r2SCAN-3c 和 wB97X-3c

生物制剂药物研发

• 借助新整理的抗体 数据库，抗体 建模的准确性得到提升，该数据库现已剔除了冗余和/或质量较差的PDB结构
• 从PIPER蛋白质中导出所有1000个未聚类的原始构象的选项分子对接
• 请报告在抗体 中通过CDR嫁接进行人源化处理后，嫁接模型中重链和轻链的人源化百分比。
• 以 PNG 格式导出聚合配置文件图片
• 在“蛋白质补丁”计算中报告详细的补丁特征
• 借助包含突变描述和能量的全新 CSV 文件，可轻松对残基扫描结果进行详细分析

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 用于“受扰弹性带”（NEB）计算的收敛监测器
• 计算介电常数 的工作流程（命令行）
• 支持声子计算的并行计算（命令行）
• 显示声子态密度（DOS）动力学矩阵中离散频率的选项
• 支持使用哈伯德 U 势能进行 LDA+U 声子计算
• 支持基于现有AIMD轨迹的均方位移分析

材料信息学

产品：MS Informatics

• DeepAutoQSAR：从“材料信息学”下的“任务”菜单中访问
• 配方机器学习：基于机器学习的化学配方性质预测
• 机器学习（ML） 属性：改进的机器学习（ML） 型号
• MD描述符：作为描述符计算的键能、角能、扭转能和范德华能
• MD描述符：采用MD模拟 协议提高效率

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• CG FF Builder：通过……进行隐式电荷评估介电常数
• 自动DPD映射：支持多种电离态（命令行）
• 自动 DPD 映射：支持在映射中使用预定义模式（命令行）
• 支持将 CGFF 文件 (*.json) 中的信息纳入其他 CGFF 文件

反应性

产品：MS Reactivity

• Schrödinger 纳米反应器：基于AIMD和半经验量子力学（xTB）方法的化学反应发现与分析模块
• 自动反应工作流：提高了计算自定义速率和Ke_q的速度

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 用于化学反应速率微动力学建模的工作流模块

MSMaestro 构建程序和工具

• 复杂枚举：支持使用两个配体库作为输入
• 复杂枚举：指定唯一配体数量的选项
• 移动选定原子：Workspace 工具，用于旋转/平移选定原子

经典力学

• 聚合物交联：可阻止特定化学结构的形成
• 分子沉积：UI 更新，对吸附质设置和模拟 协议的控制得到改进

量子力学(QM)

• TST 速率：已启动的任务进入队列

教育内容

生命科学

• 新教程：基于配体的筛选 技术，适用于超大规模化合物库，结合QuickShape 和苗头化合物 分析仪
• 新教程：利用共识IFD-MD消除常见的ADMET缺陷
• 新教程：MD 模拟入门——使用Desmond
• 更新后的教程：基于结构的虚拟筛选 ，使用Glide

材料科学

• 新教程：微动力学建模
• 新教程：适用于配方设计的机器学习（ML）
• 新教程：纳米反应器
• 新教程：嗅觉蛋白受体结合的建模
• 新教程：使用Martini 力场构建粗粒度皮肤模型
• 更新版教程：固体及表面反应活性的活化能
• 更新后的教程：分子沉积

LiveDesign

2024-1 版更新内容

• 限制无限制项目数据的可见性：配置项目，使该项目内无法访问来自无限制项目和“全局”项目的化合物、数据和模型
• 将“平铺视图”导出到 PowerPoint:
  • 为“Tile”定义的字段会自动被选中以供导出
  • “Tile”中的字段顺序与导出的PPTX文件中生成的顺序一致
  • 选择每张幻灯片上应显示的图块数量（1-8）
  • 包含SMILES 内容的“复合结构”行已不再包含在内
• 表单改进
  • 通过设置字体样式、背景颜色和文字对齐方式，更改 Matrix Widget 文本标签单元格的样式
  • “矩阵”小部件现在会自动略微调整大小，以适应不同的屏幕分辨率（最小列宽为 75 像素，最大宽度为 210 像素）
  • 在“矩阵”控件中，布尔自由格式列单元格现在会显示更小、更易于使用的按钮
• 着陆页优化
  • 通过在新的“项目资源”页面上为关键演示文稿、笔记或论文添加超链接，将项目相关资料集中管理
  • 在“着陆页”的“化合物”页面中，将化合物标记为“收藏”。已收藏的化合物将在“项目概览”页面中显示。
• 配置检测提示信息: 按实验、按列或按 LiveReport 配置在实验工具提示中显示的元数据
  • 在管理面板中为整个检测或特定终点定义模式匹配规则，以控制在所有项目中显示哪些元数据
  • 通过“检测”的列菜单设置 LiveReport 特定元数据的可见性
  • 通过 LDClient 配置在检测提示框中显示的元数据
• 3D 可视化工具的改进
  • 单元胞盒可以在3D中渲染workspace
  • “更改二面角”按钮已从“更多”下拉菜单移至“配体设计器编辑”主工具栏
  • 点击 3D 窗口中的“X”会退出 Ligand Designer，而不是隐藏该面板，这与点击“编辑完成”按钮的效果相同。
  • 在Ligand Designer中显示的构象名称，即是在Ligand Designer配置中为显式Ligand Designer模型上传的参考文件的名称。
• 复合行改进
  • 在“实体分组”工具中创建新实体或克隆现有实体
  • 将一个实体（或一组实体）从“实体分组工具”表格中拖出并放下，以将其从关系中移除；或者在表格内将条目从一个位置拖动并放到另一个位置
  • 创建实体关系元数据列。在“数据与列”树中列出实体关系元数据列，将实体关系元数据列添加到 LiveReport 中，并在 LiveReport 中查看元数据值
  • 在“实体分组”工具中添加复合元数据列，以编辑新实体的元数据
• 管理面板中的“任务”页面现在允许终止任意数量的任务
• 从 LDClient Python 中检索实验元数据API
• 通用实体实验的导入操作现在会在导入完成后显示一条通知，其中包含一个指向导入摘要的链接
• 为了降低延迟，用户发起的操作（例如过滤和R基团分解）现在比后台活动（例如高级搜索的自动更新）具有更高的优先级

已修复的内容

• 通用实体
  • 导入包含重复列标题的通用实体实验文件时，会显示一条警告消息
  • 如果请求尝试使用特定文件更新实体，通过 LDClient 导入通用实体会失败，而现在导入已成功
  • 导入到“通用实体”中的实验会显示在数据和列树中的“实验检测”文件夹下
  • “实体分组”工具现可快速加载数万行数据，且该工具内的操作性能有所提升
  • 通用实体元数据工具提示现在会在“磁贴视图”中正确显示
  • “磁贴视图”现在可以正确显示通用实体的文件图标了
  • 此前，导入通用实体的实验结果时，即使导入成功，也会显示一个不必要的错误消息对话框；现在已不再显示该错误对话框。
  • 在“实体”列菜单中使用“以文本形式显示”选项时，通用实体的图标会显示失真，现在则能正确显示空值
  • 此前，将 LiveReports 导出为 CSV 和 XLS 时，无法导出具有批次属性值的通用实体，现在已能正确导出这些实体及其值
  • 点击“导入”面板中的“管理文件”按钮原本会打开“文件导入”对话框，现在则会打开“管理文件”对话框
  • 切换逻辑记录时，实体银行和关系表会与当前的逻辑记录保持同步。
• 模型
  • Taskengine 在运行模型时偶尔无法找到 Schrodinger Suite，现在已能正确找到并挂载 Schrodinger Suite
  • PyMOL 模型生成的会话文件（.pse）此前未能在配体周围进行截断，现已成功完成截断，从而减小了文件大小，并加快了在3D可视化工具中的加载速度。
  • 由于网络连接问题，长期运行的模型任务结果偶尔无法导入到LiveDesign ，现已成功导入
  • LiveDesign 如果某些模型任务在 TaskEngine 队列中处于“已提交”状态的时间过长，系统会错误地将其标记为“失败”；现在，LiveDesign 能正确地运行这些任务并导入结果
  • 3D模型列有时会返回一个空白单元格，现在则总是显示“3D不可用”、“失败”或甲烷图标
  • 即使在管理面板中终止了任务，LiveReport 中的待处理单元格仍会继续闪烁；现在，这些单元格已能正确显示该任务已被终止
  • 在模型中使用 ${LIVEDESIGN_URL} 宏时，无法连接到LiveDesign ，但现在已能成功连接到LiveDesign
• 3D 可视化工具
  • 3D 可视化工具中的“重置自定义样式”按钮此前无法重置应用于蛋白质的部分样式选项，现已能正确重置所有样式，包括所选原子的样式
  • 将3D可视化器切换至弹出模式后，其中应用的样式现在即可显示
  • 当“分子对接 ”队列为空时，“Ligand Designer”会话中不再显示“队列中没有分子对接 任务”的提示信息
  • 此前，在3D可视化工具中对配体和蛋白质所做的颜色更改并非都会被保存，现在颜色更改已能正确保存
• 情节
  • 在“图表”的“配置工具提示”对话框中，取消对工具提示的更改后，“显示字段”部分会错误地显示列；现在，“显示字段”部分已能正确显示列。
  • 直方图中的颜色分段顺序现按以下顺序显示：分类着色规则遵循“着色规则”对话框中定义的规则顺序；渐变和数值着色规则则根据数值排序顺序排列区间。
  • 以前，较长的实体 ID 会在图表工具提示中溢出，现在则会在图表的工具提示中自动换行
  • 数据量较大的图表可以导出为 SVG 格式，具体方式如下：Firefox
  • 箱线图现在会在异常数据点周围显示边框
  • 在箱线图中选中一个箱体时，原本会隐藏中位数线，但现在无论是否选中，中位数线都会始终显示
  • 用于配置图表工具提示的对话框现在会在“显示字段”部分中正确显示工具提示中的列
  • 抖动横幅显示在图例前方，且彼此之间不重叠
• 筛选条件
  • 下拉列表此前仅显示应用过滤器后在 LiveReport 中可见的选项，现在则会列出该 LiveReport 的所有选项（包括已被过滤掉的选项）
  • 数值滤波器现在显示的精度最高可达 1e-9
• LiveReport 页脚中的选择导航界面现在会显示该化合物的首选 ID
• LiveReport 的页脚此前显示为“显示的实体”，即使 LiveReport 中没有通用实体，而现在显示为“显示的化合物”
• 布尔自由格式列现在在以下情况下能正确显示勾号和“X”图标：Firefox
• 子结构和相似性搜索功能此前使用的是LiveDesign中设置的搜索结果最大返回数量，现在已正确采用系统可配置的默认最大返回结果数量
• 包含来自“反应枚举”或“R-组枚举”的列的 LiveReports 现在打开速度更快了
• 将化合物添加到大型 LiveReports 中时，这些化合物偶尔会暂时消失，现在在 LiveReports 中已能正确显示
• 具有自动更新高级搜索功能的“实时报告”不再会比必要次数更多地尝试更新报告，此前这种行为会与用户操作产生冲突并导致操作变慢（例如 R-组分解和过滤器操作）。
• 当模型选项通过下拉列表定义时，下拉列表选项在“参数化模型”对话框中无法完全显示，现在这些下拉列表选项已正确显示
• 在 LiveReport 中在多个化合物选择之间切换并使用 MMP 工具时，“匹配分子对”工具现已能正常运行
• 用户名不再区分大小写，且对大小写不同的用户名会进行去重处理
• 当使用令牌进行身份验证时，LDClient 现可成功将 LiveReport 导出为 CSV 文件
• Kanban 小部件现在能够正确显示已应用于现有化合物的下拉列表“自由格式”列值，即使这些值已被从“自由格式”列配置中移除，且无法应用于新化合物。
• 选择一个复合行父节点并重新计算模型原本会触发对所有子节点的重新计算，而现在仅对所选父节点重新计算模型
• 在复制包含未发布列的 Matrix 小部件的 LiveReport 后，Matrix 小部件不再显示为损坏
• 现在，在将化合物添加到 LiveReport、在 R 基团分解中使用骨架 、使用骨架 进行化合物对齐以及在枚举中使用化合物时，绘图器中的化合物取向会被保存下来。
• 着陆页中“最近添加的化合物”的日期范围筛选器现已显示正常
• “配体设计器”会话不再卡在“加载中”状态
• 当输入列为标记为“其他”类型（而非“配体”或“蛋白质”类型）的3D列时，“列作为参数”模型现在会生成格式正确的CSV文件，且将每个输入作为单独的一行列出
• 热力图中，选定的化合物以绿色高亮显示
• 管理面板中的“模型任务”页面现在会提示任务输出中是否缺少预测列
• 当需要显示大量项目时，项目选择器原先会在延迟五秒后出现，而现在项目选择器会立即显示
• SDF 导出文件的大小限制曾为 20mb，现在限制为 4gb
• LiveDesign 以前偶尔会因数据库锁定而卡住，现在则不会再卡住了