小分子药物研发
平台环境
Maestro 图形用户界面
- 交互式 2D 叠加层:可在 2D 叠加层上进行精确的矩形选区和套索选区,这些选区会即时与Workspace 同步,从而避开了 3D结合位点 界面中杂乱的视觉元素。
- Task Tool 智能搜索:一种能够理解用户意图的智能模糊搜索功能——即使出现拼写错误或“dockng”、“T-cell”等概念性查询,也能立即定位到所需的面板
- Maestro 助理:
- 操作状态指示器:实时状态更新取代了通用的加载动画,因此您随时都能了解助手正在执行什么操作。
- 多个持久性聊天会话——用户现在可以创建、重命名、在多个聊天会话之间切换以及删除这些会话,每个会话都保留独立的聊天记录。
- 隐私与透明度控制:用户现在可以直接在“首选项”中启用或禁用Maestro 助手,界面中会清晰显示当前的隐私模式。更新后的欢迎界面和始终显示的AI免责声明页脚再次强调:您的workspace 结构绝不会被发送至LLM。
- “表面:将ESP和福井反应性图投影到Jaguar 计算的电子密度等值面上”这一操作现已只需单击一次即可完成,而此前需要多个手动步骤。
力场
- 通过OPLS5引入金属极化力场,提高了特定金属离子(Ca(II)、Mg(II)、Fe(II)、Zn(II)、Pt(II)、Ir(III))的金属配合物及金属-配体相互作用的准确性。当前支持的应用包括相对/绝对结合能力FEP+ 以及Desmond (测试版)。
靶点 验证与结构支持
蛋白质的制备
- 在“诊断”面板中,评估与晶体配对的冲突更加便捷
- 全新且经过优化的侧链重建算法
- 更好地记录使用情况,并使FASTA序列与条目进行匹配
- 学术版Maestro 现可将已构建的结构最小化
- 自动修正磺酰亚胺的键合关系,这些键合关系在wwPDB/CCD中常被错误地标注
- 新增了在……中自动添加糖基化键的选项Maestro
- 在前处理阶段检测环形尖端,并在“重叠”诊断窗格中显示它们
预测性毒理学检测项目
- 筛选 未知风险的Predictive Tox检测面板正式发布
- Predictive Tox SAR 面板已发布公开测试版,该面板利用现有的 SAR 数据,可自动生成常见抗靶分子的高精度原子级模型
结合位点 & 结构分析
混合溶剂分子动力学(MxMD)
- 将 SiteMap 重新评分作为 MxMD 模拟的一部分自动执行,从而省去一个手动步骤
- 密度图现在采用 ccp4 格式,而非 cns 格式。
苗头化合物 身份识别与虚拟筛选
分子对接
- 高精度的 MacroDock 大环化合物分子对接 工作流现已支持通过命令行调用
- 借助生成式Glide (Beta)提升超大规模库筛选 的性能与效率: 利用生成式人工智能高效筛选超大规模按需可合成化合物库,所耗时间仅为AL-Glide 和穷举法的一小部分
配体结构准备
枚举
- 一种利用生成式人工智能结合REINVENT方法对分子材料进行新型分子枚举的新接口
Shape 筛选
- QuickShape 现在将 oned_screen 的结果保存为 .csv 格式
ABFEP
- 通过界面应用约束
先导化合物 优化
FEP+
- 确定模拟 的最佳时间点,以在采用时间切片统计的情况下保持准确性
- 在Web Services(GraphDB)、Active Learning FEP以及FEP+ 协议生成器之间共享FEP+ 协议,以确保一致性,并便于导入和导出新的FEP+ 协议配置文件
- 改进了力场参数合并功能
- 通过保存子循环和图遍历,将循环闭合计算性能提升了高达100倍
FEP蛋白
- 将蛋白质名称“选择性”重命名为“亲和力”,以与残基扫描保持一致
FEP+ 协议生成器
- 在分配测试集和训练集时,需考虑“分组”化合物
大环化合物
- 大环评分:一种新的半自动化工作流程,用于针对给定的一组构象优化和评分大环核心,支持利用MLFFs和QM进行高保真度评分
- 大环稳定性:一种利用结合构象元动力学对大环化反应进行稳定性排序(与参考分子相比)的新脚本
- 环化:现在会针对环化反应报告更详细的拒绝原因
- Macrocyclize:在肽模式下,针对自定义SMILES 连接子自动枚举所有L-和D-氨基酸连接对
- Prime Macrocycle 采样:新增命令行参数 -use_random_seed,用于在采样过程中设置随机种子
- Prime Macrocycle 采样:新增命令行参数 -curvature_tol,用于在采样过程中指定曲率约束条件
- Prime Macrocycle 采样:新增命令行参数 -freeze_torsions,用于指定采样过程中需冻结的扭转角
从头设计
AutoDesigner – R-group Design
- R-group Design 专家小组完整名单发布
- 改进的 AutoDesigner PDF 报告
AutoDesigner – 核心设计
- Core Design 专题讨论会的完整实录
- 改进的 AutoDesigner PDF 报告
AutoDesigner – 链接器设计
- Linker Design 面板正式发布
- 改进的 AutoDesigner PDF 报告
药物制剂
- 配方 ML:对蛋白质的支持
水晶结构预测
- 完整发布 Crystal结构预测 ,支持无水Z’=2和一水合晶型结构:通过分层评分,识别给定化合物在零开尔文和室温下的稳定晶型
文档内容
- 根据兴趣筛选教程
- Materials Science Panel Explorer 的 URL 会保留过滤器状态
- 全新的交互式 GPU 许可计算器
- 可折叠侧边栏菜单
教育内容
- 新教程:利用“大分子构象过滤”和“MM-GBSA残基扫描”对蛋白质-蛋白质对接构象进行过滤和验证
- 新教程:使用...进行元动力学模拟入门Desmond
- 新教程:筛选 利用生成式技术构建超大规模库Glide
- 新教程:肽环化
- 新教程:准备环肽 并将其与参考结构对齐
- 新推出的交互式教程:三篇关于 AutoDesigner 的交互式教程,一款 de novo简体中文(大陆) 设计一种用于快速探索大型化学空间 的算法,用于先导化合物 优化
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 Linker DesignMaestro
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 Core DesignMaestro
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 R-Group DesignMaestro
生物制剂药物研发
- 非标准氨基酸脚本(公开测试版)。这是一个命令行脚本,旨在简化和加快用于残基扫描的非标准氨基酸数据库的创建过程。
- 新增了用于计算蛋白质描述符的“快速模式”(Fast Mode)命令行选项。在基准数据集上,该新模式可将这些描述符的计算速度提高约20%。对于大型结构集合而言,该功能尤为有用。
- 在抗体 建模过程中,启用了轻链模板亚型的选择功能。这为选择用于生成抗体 结构模型的模板提供了更大的灵活性。
- 在抗体 谱分析中,将抗体 互补决定区(CDRs)的长度添加到了计算得到的蛋白质描述符输出中。
材料科学
Quantum ESPRESSO 的图形用户界面
产品:Quantum ESPRESSO (QE) 接口
- 计算部分电荷时所需的磁盘空间减少
- Bader电荷分析(命令行,需要安装Badar模块)
- 在频带和任务两方面进行并行化(命令行)
- 在NEB计算中对MLFF的支持
缺陷特性:
产品:MS DefectPro
- 缺陷形成能图:缺陷能分析面板
Microkinetics
产品:MS Microkinetics
- 改进了重命名反应的用户界面
- 用户在“最终状态”选项卡中对显示的阶段进行控制
主动学习光电子学
产品:主动学习光电子学
- (+MATSCI_OPTO_AL_ML) 访问基于机器学习的物性预测模型
- 荧光预测
反应性
产品:MS Reactivity
- 反应网络查看器:用于识别反应物的配色方案
- 纳米反应器:用于计算偏置电位的存储结构数量设置(命令行)
- 纳米反应器:改进输入构象的采样
- 纳米反应器:可选使用 AutoTS 进行过渡态分析
水晶结构预测
产品:水晶结构预测
- 结构预测 晶体:支持 Z’=2 及一水合物
力场的高级应用
产品:MS FF 应用程序
- 基础设施:通过材料科学工作流中的 OPLS5 支持金属分析(公开测试版)
通过分子动力学模拟进行传输计算
产品:MS Transport
- 扩散系数:支持多组分扩散分析
- 离子电导率:在驱动程序日志中输出报告,以便通过命令行访问
- 薄层剪切:基于速度分布的粘度预测支持
粗粒化(CG)分子动力学 (MD)
产品:MS CG
- 粗粒度映射:Martini 蛋白质残基的标准化配色方案
- 反映射:(+COARSE_GRAIN_BACKMAPPING) 将粗粒化结构映射到全原子模型的算法
- 粗粒度FF作业:DPD映射的约束条件自动设置
- CG FF Builder:(+CGFF_BUILDER_PARAM_NO_RESPONSE) 改进了键和角度项的拟合算法
- CG FF Builder:向用户显示Martini 类型的猜测结果
- 在质谱(MS)中可见的颗粒和残留物名称Maestro
- 针对线性多糖的改进型Martini 参数
复合双层构建器
产品:MS Complex 双层构建剂
- 膜分析:与PDB名称无关的自动头/尾分配
配方 ML
产品:MS Formulation ML
- 配方 ML:蛋白质支持
- 配方机器学习:对成分描述符聚合函数的支持
分层设备机器学习
产品:MS 分层设备 ML
- 支持将现有设备模型用作新设备模型的描述符
生成式人工智能
产品:MS 生成式人工智能
- REINVENT:基于REINVENT方法的分子材料生成式人工智能
MSMaestro 构建程序和工具
- 无序系统:平面界面基板对势垒电势的支持
- 界面构建器:(+INTERFACE_BUILDER) 用于构建界面模型的高级解决方案
- Materials Project:materialsproject.org 上的API 键在面板 UI 中被隐藏
- Meta Workflows:支持订单参数分析
- Meta Workflows:支持批量大分子弛豫协议
- 元素周期表结构枚举:可按静电能排序
- 聚合物:加速构建梯形聚合物
- 从系统中移除分子:加载CG系统时速度最高可提升100倍
- MD 多阶段模拟:对内置松弛协议“半晶态 1”的改进
- 溶剂化体系:防止分子在周期性边界处发生分裂的选项
- Sugar Builder:适用于常见多糖的独立建模解决方案
经典力学
- Droplet:启用粗粒化结构
- 电解质分析:对配位壳层二维分布分析的支持
- 电解质分析:对簇组成分析的支持
- 电解质分析:对停留时间分析的支持
- 电解质分析:查看器面板中的一个选项卡,用于汇总分析结果
- 电解质分析:RDF 和结构因子图的显示
- 聚合物交联:支持 NpγT 和 NpAT 集合的支持
- Polymer Crosslink:支持打开多个查看器窗口
- 表面张力:(+SURFACE_TENSION_CG) 支持粗粒化模型
- 热物理性质:可选择在一系列模拟失败后停止
- 热物理性质:支持根据温度调整分子动力学(MD)的时间步长
- 热物理性质:显示经校准的 Tg 值
- 热物理性质:对MLFF的支持
- 伞式采样:可将均值力的势能导出为 CSV 文件
量子力学(QM)
- 吸附能:分子量子力学计算中的原子约束设置
- 吸附能:用于设置原子约束的改进界面
- 光电子薄膜特性:可选择用于ISC/RISC分析的目标激发态
- 光电子薄膜特性:ISC/RISC的并行化优化
- 光电子薄膜特性:ISC/RISC的几何参数优化 设置
文档内容
- 根据兴趣筛选教程
- Materials Science Panel Explorer 的 URL 会保留过滤器状态
- 全新的交互式 GPU 许可计算器
- 可折叠侧边栏菜单
教育内容
- 新教程:蛋白质表征:第一部分
- 新教程:使用 REINVENT 进行新化合物的从头设计
- 新教程:适用于含蛋白质配方的机器学习(ML)
- 更新后的教程:液滴接触分析
- 更新后的教程:纳米反应器
- 更新版教程:液体电解质的性质:第2部分
- 更新后的教程:缺陷形成能计算
- 更新后的教程:Crystal结构预测
- 快速参考表:Sugar Builder
教育内容
生命科学
- 新教程:利用“大分子构象过滤”和“MM-GBSA残基扫描”对蛋白质-蛋白质对接构象进行过滤和验证
- 新教程:使用...进行元动力学模拟入门Desmond
- 新教程:筛选 利用生成式技术构建超大规模库Glide
- 新教程:肽环化
- 新教程:准备环肽 并将其与参考结构对齐
- 新推出的交互式教程:三篇关于 AutoDesigner 的交互式教程,一款 de novo简体中文(大陆) 设计一种用于快速探索大型化学空间 的算法,用于先导化合物 优化
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 Linker DesignMaestro
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 Core DesignMaestro
- 在……中使用 AutoDesigner 设置 R-Group DesignMaestro
材料科学
- 新教程:蛋白质表征:第一部分
- 新教程:使用 REINVENT 进行新化合物的从头设计
- 新教程:适用于含蛋白质配方的机器学习(ML)
- 更新后的教程:液滴接触分析
- 更新后的教程:纳米反应器
- 更新版教程:液体电解质的性质:第2部分
- 更新后的教程:缺陷形成能计算
- 更新后的教程:Crystal结构预测
- 快速参考表:Sugar Builder
LiveDesign
2026-2 版的新功能
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项目级框架:项目管理员可以从 R 组分解面板中将框架发布为全项目范围的模板,用户可将其导入到任何 LiveReport 的 R 组分解中。
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可自定义的项目仪表盘:通过添加和排列可配置的小部件(包括 LiveReport 书签、实体、资源、评论、LiveReports、模板、项目里程碑和图表)来自定义项目仪表盘概览页面
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(测试版) 多实体矩阵表单控件:在表单布局中添加多实体矩阵控件,以便以转置表格的形式查看化合物数据,其中化合物作为列标题,测定、R基团和模型数据作为行。请与您的Schrodinger客户代表联系以启用此功能。
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生物制品
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根据第一列中的实体图像,对含有最多 200 个重原子的生物实体,在原子级和单体级渲染之间进行切换。
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使用自定义单体设计单点突变:自定义和非天然氨基酸单体现已出现在“突变”下拉菜单中,可用于残基替换。
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查看和管理您的单体数据库 采用基于角色的访问控制:项目管理员和管理员可以创建、编辑和删除单体,而其他用户仅具有查看权限;使用新的
list_monomersLDClient 中的方法,用于通过编程方式查询和筛选单体。 -
在已标注的抗体 区域内进行搜索:子序列搜索查询现已支持结构标注,允许在抗体 的自动标注区域内进行搜索;可与“实体类型”查询结合使用,以缩小搜索范围。
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根据框架区域和CDR对序列查看器进行筛选,以支持人类化、生殖系比较和风险评估工作流程。
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在“序列查看器”中显示所有键合关系,以显示生物序列(包括环状和支链肽)的共价连接点。
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在“序列查看器”中查看徽标图,以可视化比对后的生物序列中的氨基酸保守性,其中各残基根据其着色方案进行着色。
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3D 可视化器与序列查看器之间的残基同步选择功能,现已支持以 GE 实体上传的结构,现已支持残基同步选择功能。
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3D 可视化
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在 3D 可视化器中,通过选择一个参考结构,并将一个或多个可移动结构与之对齐,来对齐这些结构。
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在“内容”窗格中为整个 3D 结构选择自定义颜色,该功能适用于GE结构以及通过“图像/文件自由形式”列上传的结构。
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高级搜索
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在“高级搜索”面板中,使用新的“ID”列查询功能,通过首选别名进行搜索;ID 查询可与其他查询类型结合使用,可在搜索组中使用,并可设置为“按子项匹配”或“按属性匹配”。
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“高级搜索”复合视图现包含“实物/虚拟”快速筛选选项,以及一个“实体类型”下拉菜单,可用于按化合物、R基团、生物制剂及其他实体类型进行筛选。
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RetroSynth
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通过扩展构建块覆盖范围(1700亿个构建块)以及优化搜索和路线排序功能,性能得到提升。
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简化模型范式:RetroSynth 现在为每个实例使用一个协议,而非为每个项目使用一个协议;模型仍与项目绑定。注意:作为此次变更的一部分,所有现有的 RetroSynth 模型均已被归档——请在之前配置过该模型的任何 LiveReports 中重新添加 RetroSynth 模型。需要LiveDesign ML。
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图表:聚合日期:按天、周、月、季度或年对日期轴数据进行分组,并按均值、中位数、计数或总和对Y轴值进行聚合;可选地显示空日期区间,以确保轴间距一致。
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模型别名和其他列:可在项目级别(由项目管理员执行)或 LiveReport 级别(由任何用户执行)为模型列以及“数据与列”树中“其他”部分的列分配自定义显示名称;别名会显示在列标题、筛选器、图表坐标轴以及“数据与列”树中,而原始系统名称则显示在列标题的工具提示中。
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用户体验改进
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管理员用户可以下载一个示例 CSV 模板,以指导用户准备上传文件。
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在管理面板的“更新用户”页面中,电子邮件字段现为可选项。
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该 SSO 登录页面现在还会显示用户名和密码输入框,当SSO无法使用时,用户可以使用标准凭据登录。
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已修复的内容
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高级搜索
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在“复杂视图”中,将 ID 粘贴到“所有 ID”筛选查询框时,文本也会粘贴到框外,从而导致筛选结果不正确;现在,ID 只会粘贴在筛选查询框内。
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在“高级搜索”复合视图中,从一个独立查询创建新的查询组时,该组原本会插入到错误的位置,现在则会将新组追加到正确的位置。
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生物制剂的自动更新搜索功能此前不会将新导入的实体纳入其中,直到手动重新运行搜索为止;而现在,该功能会在实体导入时立即检索匹配的实体。
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在“高级搜索”查询组中,在不同条件之间切换“且/或”逻辑时,原本不会如预期般切换到“复杂视图”,而现在,当引入混合逻辑时,系统会正确地切换到“复杂视图”。
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在“高级搜索”复合视图中添加的新查询以前会出现在随机位置,而不是光标所在位置,现在则会插入到光标所在位置。
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此前,通过“高级搜索”复合视图中的齿轮菜单创建新查询组时,该查询组会被插入到随机位置;现在,它会相对于源查询插入到正确的位置。
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在“高级搜索”简易视图中,对查询组内的子查询切换“且/或”逻辑时,此前要么不会应用该更改,要么会同时更新所有条件;现在则能正确地仅更新所选的逻辑。
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在“高级搜索”中删除包含子序列查询的查询组时,此前会抛出一个错误,且即使刷新浏览器后该错误仍会持续存在;现在则可正常删除,不会出现错误。
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在仅包含两个查询的查询组内翻转“AND/OR”逻辑,原本会出乎意料地将视图从“简单”切换为“复杂”,但现在视图仍保持为“简单”视图。
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在“高级搜索”的复杂视图中,若使用圆括号对查询组内的条件进行分组,此前总是会显示“搜索无效”的错误提示,而现在已能正确支持对有效的分组进行搜索。
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使用“日期”自由格式列进行的高级搜索此前无法返回结果,现在已能正常搜索。
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现在,在投出新票时会显示“取消”按钮。
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在“项目仪表盘”概览页面添加图表时,首次尝试有时会失败,现在已能稳定添加。
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筛选条件
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在某些情况下,从“复杂”筛选视图切换到“简单”筛选视图时,系统会错误地提示“筛选表达式过于复杂”;现在,只有当筛选条件确实无法在“简单”视图中表示时,才会显示该警告。
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当从 LiveReport 中移除一个带有有效筛选条件的列时,筛选视图原本会自动从“复杂”切换为“简单”,但现在仍保持“复杂”视图。
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公式
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当 if() 语句中使用的实验测定单元格包含多个值,且其中一个值为 Null 时,使用 if() 语句的公式将无法正确计算。现在,这些公式可以正确计算了。
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在每个化合物包含多个值的列上使用日期函数的公式,此前会导致 LiveReport 中的所有单元格闪烁并无法使用,现在已能正确计算。
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引用聚合测定列的公式原本会显示“ERROR”而非进行计算,现在在所有聚合模式下均可正确计算。
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使用测试输入且其第一个值为空的公式,此前会返回“ERROR”而非计算结果,现在已能正确计算。
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当输入列中某特定化合物的值为空时,aggregateMax() 和 aggregateMin() 公式函数现在会返回空白单元格,而不是显示“错误”。
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当从 LiveReport 中删除了某个依赖列时,公式编辑器原本会显示“该列不在 LiveReport 中”而非实际的列名,现在已能正确显示列名。
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数据与列树
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在输入并清除搜索词后,“数据与列”树形视图有时只会显示某些部分,现在,当清除搜索词时,该视图会正确重置为显示所有部分。
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现场报道
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当“高级搜索”中包含查询组内的子序列查询时,复制、复制到项目或将 LiveReport 保存为模板的操作会失败,而现在这些操作均可成功完成。
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以前打开一个 LiveReport 时,会加载该 LiveReport 中所有图表的数据,从而导致浏览器性能问题;现在则仅加载当前活动视图所需的数据。
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当标题栏中出现滚动条时,标题文本较长的列无法调整大小;现在,无论是否存在滚动条,均可调整列的宽度和高度。
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此前,通过单点登录(SSO)进行身份验证的用户无法收到 LiveReport 的订阅邮件通知,现已修复该问题,系统可正确向SSO用户发送邮件通知。
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如果将模板应用于此前已应用过模板的 LiveReport,此前会无提示失败且不会进行任何更改;现在,无论之前是否有过应用模板的历史记录,都能正确应用模板。
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SVG 此前,Freeform 列和模型结果单元格中的 SVG 图片会显示为空白单元格而非图片,现已可在Chrome 、Firefox 和 Edge 上正确显示。
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LiveReport 页眉中的列组名称现在已正确居中显示。
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冻结或固定行会导致该行中的单元格无限期闪烁,直到刷新浏览器为止;现在,行可以正确地冻结和固定,且不会出现持续闪烁的情况。
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评论列的单元格中缺少了指示评论以不同模式(每项实验一行或每批一行)显示的标记,现在在两种模式之间切换时,该标记已能正确显示。
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切换到看板视图时,磁贴会显示闪烁的单元格而非数据;现在,对于化合物数量少于1000个的LiveReports,结果已能正确加载。
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通过“实体分组管理器”创建的、包含多个地块的子实体,在“按地块分行”模式下原本会不断偏移位置,现在则保持稳定。
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此前,包含已过滤值的有限分析列会显示间距不正确的对齐线,导致多值单元格的单元格内对齐出现错乱;现在已恢复正确的间距显示。
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此前,被指定为只读评论列编辑者的用户无法添加或编辑评论,现在他们已获得这些列中预期的编辑权限。
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Maestro
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Column names containing < or > characters would be truncated at those characters when importing data into Maestro, and now the full column name is preserved.
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管理面板
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“管理面板”的“属性”页面中现已重新提供原子字体大小和键线宽度选项。
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通过批量上传创建的用户此前不会被分配CSV文件中指定的许可证状态,现在则能正确地从上传的文件中继承许可证和角色设置。
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为从 LDAP 迁移而来的单点登录(SSO)用户,若该用户系统中无记录的电子邮件地址,此前分配许可证会失败;现在则能成功分配,并在无有效电子邮件地址时显示相应提示。
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通过批量上传创建的用户,如果在保存前编辑了任何字段,其已分配的角色将会丢失;而现在,无论导入过程中进行了哪些编辑,这些用户都能保留其角色。
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身份验证
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在某些配置下,通过SSO登录时会间歇性地显示错误页面,现在已能正确完成SSO登录流程。
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通过SSO登录时,有时会立即触发注销,随后陷入反复登录/注销的循环;现在则能顺利完成登录,不再出现循环。
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即使用户正在另一个浏览器标签页中积极使用LiveDesign ,也会因空闲超时而被强制注销;而现在,任何标签页中的活动都会重置所有打开标签页的空闲计时器。
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当浏览器因网络中断而暂停一个闲置标签页时,用户原本会过早地被注销,而现在即使遇到短暂的网络中断,用户也能保持登录状态。
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Biologics 与 Sketcher
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此前,Sketcher 中部分工具栏按钮会在深色模式下显示,而其他按钮则不会;现在,所有工具栏按钮的外观已保持一致。
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以前以 SVG 格式生成的结构图会显示与 Sketcher 不一致的字体,现在已正确使用预期字体。
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3D 可视化
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在 3D 可视化工具中,套索选择功能此前会选中绘制区域外的残基和原子,现在则能正确地仅选中套索区域内的残基和原子。
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