版本说明

小分子药物研发

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 通过在Protein Preparation Workflow （PPW）中更好地整合序列信息，改善肽键连接性

蛋白质的X射线结构精修

• Phenix/OPLS 现在可以直接从包含反射数据的 CIF 文件中运行

冷冻电镜模型精修

• GlideEM/GlideXtal中对大环化合物 的支持已得到改进

结合位点 & 结构分析

结合位点 特征描述

• 利用结合了序列和复合物结构信息的“激酶保守性分析界面”（Kinase Conservation Analysis Interface），优化激酶选择性 的研究：识别有潜力的选择性 作用残基，以调节配体-激酶选择性 相互作用，这些残基可通过FEP+ 残基扫描功能进行测试。

Desmond 分子动力学 (MD)

• 利用基于增强采样方法所确定的解离途径，通过溶解速率预测来优化蛋白质-配体复合物的解离动力学

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 随着“混合溶剂分子动力学 (MD) 接口”的全面发布，该接口可用于设置和分析MxMD模拟，从而识别潜在的结合位点，并评估竞争性结合位点和别构结合位点的成药性

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

主动学习的应用

• 在构建机器学习模型时，利用从Glide 姿势中提取的3D特征，提升主动学习ABFEP中得分最高配体的多样性
• 在主动学习模拟中，研究人员现在可以针对每次迭代指定不同的批量大小和选择规则，以进行利用或探索。

先导化合物 优化

FEP蛋白

• 在“FEP+ ”界面中查看FEP+ 残基扫描生成的轨迹和结构输出
• 利用针对每个接触点的残基相互作用能分析（这对ABFEP而言是一项新功能），对配体结合中的关键相互作用进行合理化解释
• 在复杂的FEP地图中轻松识别断开连接的子地图

光谱学

• 通过识别磁学上非等效的核来提高核磁共振光谱预测的准确性

大环化合物

• 使用新的 cyclize_peptide.py 脚本，自动对 FASTA 文件中的肽序列进行编号和环化处理
• 现在，通过 macrocycle_template_gen.py 脚本，可以自动生成具有自定义参数的Glide 大环化合物分子对接 的环模板
• 一个更新后的 macrocycle_sample.py 脚本，该脚本对采样选项具有更强的控制能力，并引入了一种新的、能考虑受体影响的大环采样算法，该算法将周围的受体原子纳入考虑范围，以限制构象 的搜索空间
  • 更新后的 macrocycle_sample.py 脚本取代了 macro_sample.py
• 在生成环模板构象时，对环上氮原子取代基的处理进行了改进
• tug_align.py 现在支持将 2D 配体文件作为输入
• tug_align.py 提供了几个新的命令行选项，这些选项允许对对齐收敛准则进行更精细的控制，对于缩短大分子（例如）的收敛时间非常有用：环肽

医药化学设计

配体设计工具

• 在 MCS 的 2D/3D 编辑工作流中，启用用户指定或自动生成的配体质子化及互变异构态分子对接

生物制剂药物研发

• 彻底重写了 MMGBSA 残基扫描后端，使其更加可靠，并增强了对更多种类非标准氨基酸以及 DNA/RNA 突变的支持。
• 基于机器学习（ML） 的新型高通量抗体 和纳米抗体结构预测 ，由ImmuneBuilder提供支持。其通量约为每种结构一分钟，适用于数千种结构的批量建模。
• 从 FASTA 文件中自动识别并标注 TCR α 链和 β 链，以便进行可视化（命令行：run_tcr_modeling.py）
• 更新了N-糖基化PROSITE模式，使其限制性更低

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 用于计算缺陷能的工作流程解决方案
• 用于周期性DFT 收敛性测试输出的工作流操作菜单（WAM）
• 支持为每个结构设置总磁化强度/总电荷
• 支持通过 dynmat.x（命令行）计算热力学性质
• 支持中止NEB计算并返回中间结构

材料信息学

产品：MS Informatics

• Formulation ML：控制高级设置的选项
• 机器学习（ML） 属性：跳过模型范围外的结构
• 机器学习（ML） 属性：单重态（S0）到三重态（T1）能级的预测
• 机器学习（ML） 属性：空穴/电子重排能的预测
• 机器学习（ML） 属性：轨道（HOMO/LUMO）能级的预测
• 机器学习（ML） 属性：对现有模型的更新

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 自动化CG映射：为特种化学品/聚合物进行MARTINI 映射
• CG FF Builder：支持导出原子级参考数据

介电性能

产品：MS 介电材料

• 复介电常数：在指数拟合过程中保留的线性拟合参数

反应性

产品：MS Reactivity

• 纳米反应器：对恒温浴温度的控制
• 纳米反应器：支持xTB动力学模拟的并行化
• 反应工作流：支持在过渡态中使用 xTB 海森矩阵
• 反应工作流：当构象搜索失败时使用输入的构象异构体
• 反应工作流：改进能量计算中的SCF收敛性

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 微观动力学建模：速度和可扩展性最高提升了两个数量级
• 微观动力学建模：适用于多种催化剂/催化剂活性位点类型的改进模型
• 微动力学建模：在查看器中改进数据可视化
• 微动力学建模：查看器中显示的作业名称

反应性界面模拟器

产品：MS RIS

• 固态电解质界面：改进子任务排队协调机制
• 固态电解质界面：对恒压（NpT）模拟的支持（命令行）

MSMaestro 构建程序和工具

• 用于数字设计、管理和可视化OLED器件的GUI面板
• 单一复合体：优化用户界面，提升易用性
• 溶剂化体系：支持通过随机种子生成多种构型

经典力学

• 用于计算薄板剪切摩擦的工作流程解决方案
• MD的无障碍功能：支持从入口处读取无障碍信息
• 蒸发：可选择绘制从系统中移除的分子总数
• 蒸发：与屏障相关的信息（若已应用）将记录在输出中
• 聚合物交联：通过高效检测环状突起来提高速度
• 轨迹密度分析：显示多个密度深度的选项
• 轨迹密度分析：2D热力图的导出选项

量子力学(QM)

• 基于能量的phase 图绘制工作流解决方案
• 用于计算和分析计算椭圆偏振光谱数据的工作流解决方案
• QM 收敛监测器：可轻松访问上一步的结构

教育内容

生命科学

• 新教程：使用 GlideXtal 和 Phenix/OPLS 优化蛋白质-配体晶体结构

材料科学

• 新教程：粗粒度模拟中的Martini 自动拟合
• 新教程：薄剪
• 新教程：缺陷能计算
• 新教程：光电子器件设计工具
• 新教程：计算椭圆偏振光谱学
• 新教程：Phase 图表
• 新教程：固态电解质中锂离子扩散的从头算分子动力学 (MD) 模拟
• 更新后的教程：微动力学建模
• 更新后的教程：有机金属配合物

LiveDesign

2025-1 版的新功能

• 生物制品
  • 表单视图现在需要“序列查看器”才能从另一个小部件进行深入查看
  • 执行序列比对时，现在会显示一条提示，说明比对的类型；如果比对失败，则会提供一个“重试”按钮
  • 同时包含“序列查看器”和“3D可视化器”的表单视图支持氨基酸残基的同步选择，即在“序列查看器”中选中某个氨基酸时，该氨基酸在“3D可视化器”中也会被高亮显示，反之亦然。
  • “序列搜索”选项现支持在“数据库”、“活动 LiveReports”和“其他 LiveReports”中进行搜索
  • 将鼠标悬停在序列查看器中的残基上，即可在工具提示中查看非天然氨基酸的分子结构
  • 在序列查看器中切换单体的显示格式，以查看单字母 FASTA 格式，或为非天然单体显示自定义符号（最多 6 个字符）
  • 将每种比对方法的间隙惩罚、编号方案和评分指标重置为默认值
  • “高级搜索”面板中的子结构搜索支持“按子项匹配”选项，该选项允许针对实体的子组件进行搜索
• 性能改进
  • 通过文件导入、枚举以及Maestro 上传的小分子，会在 LiveReport 中更快地显示出来
• 着陆页：在化合物详情页查看该化合物的所有实验数据
• 数据和列树：
  • 将“多参数”优化 列和“公式”列归类到文件夹中
  • 用于创建新公式、MPO 和 FFC 的按钮文字已从“NEW”更改为“CREATE”
  • 已发布的有限分析柱现在在“数据与列”树中显示 [LIM] 前缀
• 管理面板中的“协议”部分新增了一个 MAE-FILE 宏，使“协议”和“模型”能够通过Maestro 文件格式访问化合物和生物制剂。Maestro 文件格式包含生物制剂的残基信息。
• 配置LiveDesign 以发送有关使用统计数据的电子邮件，内容包括：过去一个月内的独立登录次数、活跃用户总数、上周添加的化合物数量、化合物总数、上周更新的 LiveReports 总数、活跃的 LiveReports 总数以及活跃的 LiveReports 数量。对于每位用户，报告中包含以下信息：用户名、首次登录日期、最后一次登录日期、拥有的 LiveReports 数量
• 配置全服务器范围的搜索设置，将搜索面板中的默认搜索行为设置为“数据库”、“当前 LiveReport”或“其他 LiveReport”
• LDClient 新增了一个方法 get_all_compounds()，可用于检索指定项目列表中的所有化合物
• 在“反应枚举”工具中绘制的反应现在可以使用原子查询，从而为反应定义提供更特异性 的信息

已修复的内容

• 更新 LiveReport 模板原本会生成一个重复的模板，现在已能正确更新该模板
• 此前，作为超过 65,536 个列输入的模型列无法为新化合物计算数值，现已能正确计算并显示预测值
• 在 Windows 系统中，当启用触摸屏时，将内容粘贴到 Sketcher 中会失败，现在已能正确粘贴结构
• 包含数百个公式列的 LiveReports 此前会出现单元格闪烁，并导致其他 LiveReports 运行缓慢，但现在能够正确计算，且不会影响其他 LiveReports 的性能
• 使用 combine() 函数的公式无法作为后续公式的输入，且该公式将无法计算。现在，当使用 combine() 函数的公式作为其他公式的输入时，能够正确进行计算
• 在主电子表格中选择行时，3D 可视化工具中原本不会显示 3D 结构，现在已能正确显示 3D 结构
• 当电子表格中参数化模型的多个输入值同时发生变化时，LiveReports 会显示红色的错误条；现在，LiveReport 已能正确加载
• 此前，互变异构体去重逻辑虽然成功去重了酮-烯醇互变异构体，但导致了一个意外的副作用，即对非互变异构体的化合物也进行了去重。更新后的互变异构体去重逻辑已恢复为LiveDesign 2024-4版及更早版本中的旧行为。
• 以前，点击模型列中包含图片的单元格会打开两个浏览器标签页（一个显示图片，另一个为空白），而现在只会打开一个显示图片的标签页
• 此前，在“表单”视图中保存时，间隙罚分的更改无法保留；现在，修改并保存后，间隙罚分值将正确保留
• 此前，如果色谱柱属于某个色谱柱组，则色谱柱菜单中不会显示“批量创建有限分析色谱柱”选项，而现在该选项会始终显示
• 即使在“序列查看器”中更改了编号方案后，“3D 可视化器”与“序列查看器”之间的残基同步功能仍可正常工作
• 模型结果有时会在 LiveReport 中显示为“失败”，但实际上模型已成功运行；现在，模型结果在 LiveReport 中已正确显示
• “检测结果查看器”工具偶尔会将日期筛选条件更改为“0天”，导致无法显示数据；现在，该工具默认显示的是过去一天内上传的数据。
• 模型结果有时会在 LiveReport 中显示为“失败”，但实际上模型已成功运行；现在，模型结果在 LiveReport 中已正确显示
• Ligand Designer 中已删除的姿势偶尔会重新出现，但现在不再出现了
• 协议和模型显示的创建日期比实际创建日期早一天，现在已显示正确的日期
• LiveReport 筛选器此前不支持对“真实生物制剂”或“虚拟生物制剂”进行筛选，现已提供快速切换按钮以应用这些筛选条件
• 从主电子表格中打开模型附件（例如，来自Glide 模型的 LID）时，此前无法显示图像，现在已能正确显示图像
• 图表工具提示在固定到屏幕后无法拖动和移动，现在固定后可以将其拖动到新位置了
• 导入生物实体时，其子组件有时不会显示在主电子表格中，现在将正确显示其子组件
• LiveDesign 以前偶尔会因数据库锁定而无法打开 LiveReports，现在则不会再出现卡死的情况了
• 过滤掉冻结的行后，主电子表格的第一行会显示闪烁的方块，现在该行的数据已正确显示
• 序列查看器以前会显示 LiveReport 中的所有实体，即使只选中了一个实体，而现在则能正确地仅显示所选的实体
• 水平滚动序列查看器会重置标尺，并在顶部显示错误的残基编号，现在则显示正确的残基编号
• 以前打开“项目选择器”时，有时需要几秒钟才能显示项目列表，现在则能立即显示项目列表
• LiveDesign 以前偶尔会因数据库锁定而无法打开 LiveReports，现在则不会再出现卡死的情况了
• 过滤掉冻结的行后，主电子表格的第一行会显示闪烁的方块，现在该行的数据已正确显示
• 导出 LiveReport 时，默认会导出部分列，现在默认会导出所有列
• 此前，将LiveDesign 用户与外部身份验证系统进行同步会失败，因为LiveDesign 会将未授权用户计入总许可证数量中；而现在，只要还有可用许可证，即可同步用户。
• 许可证文件以前在管理面板界面中偶尔会无法上传，现在已能正常上传
• 在使用单点登录时，用户的电子邮件地址无法保存在LiveDesign 中，且 LiveReport 通知无法通过电子邮件发送给用户。现在，电子邮件地址已能正确保存
• 此前，“LiveReport”标签页在注销并重新登录后会消失，现在重新登录后已能正常显示
• 复制 LiveReport 时，默认会复制部分列，现在默认会复制所有列