リリースノート

低分子創薬

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• Protein Preparation Workflow （PPW）における配列情報の統合性を高めることによるペプチド結合の連結性の向上

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• Phenix/OPLSは、回折情報を含むCIFファイルから実行できるようになりました

低温電子顕微鏡（Cryo-EM）によるモデル精緻化

• GlideEM/GlideXtalにおけるマクロサイクルのサポートの改善

結合部位および構造 解析

結合部位の特性解析

• 配列情報と複合体の構造情報を組み合わせた「キナーゼ保存性解析インターフェース（Kinase Conservation Analysis Interface）」を活用して、キナーゼの選択性に関する課題を合理的に解決しましょう：同定 有望な選択性制御因子残基 を用いて、リガンド のキナーゼ選択性を調節し、FEP+ 残基 Scan で検証することができます。

Desmond 分子動力学

• エンハンスト・サンプリング法によって特定された解離経路に基づく溶解速度予測を用いて、タンパク質-リガンド 複合体の解離動態を最適化する

混合溶媒MD（MxMD）

• 同定 MxMDシミュレーションの設定および解析を行うための「混合溶媒分子動力学インターフェース」を全面的に公開し、潜在的な結合部位を特定するとともに、競合的およびアロステリックな結合部位の薬剤化可能性を評価する

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

アクティブ・ラーニングの活用例

• 機械学習モデルの構築において、Glide のポーズから抽出された3D特徴量を活用することで、アクティブラーニングABFEPにおける高スコアリガンドの多様性を向上させた
• 研究者は、アクティブラーニングのシミュレーションにおいて、各反復ごとに、活用または探索するための異なるバッチサイズや選択ルールを指定できるようになりました。

リードの最適化

タンパク質 FEP

• 「FEP+ 」の軌跡および構造解析結果を表示する残基 「FEP+ 」インターフェースでのスキャン
• ABFEPで新たに導入された、接触ごとの残基 相互作用エネルギー解析を用いて、リガンド 結合における主要な相互作用を合理化する
• 複雑なFEPマップ内で、同定 を使用してサブマップの接続を簡単に解除する

分光法

• 磁気的に非等価な核を特定することによる、より正確なNMRスペクトルの予測

マクロサイクル

• 新しいスクリプト「cyclize_peptide.py」を使用して、FASTAファイルからペプチド配列を自動的に列挙し、サイクリゼーション処理を行う
• Glide によるマクロサイクルドッキング用のリングテンプレートの生成（独自のパラメータ設定を含む）は、macrocycle_template_gen.pyスクリプトによって自動化されました。
• サンプリングオプションをより細かく制御できるよう改良された「macrocycle_sample.py」スクリプトと、コンフォメーションの探索空間を制限するために周囲の受容体 原子を含める、受容体 に対応した新しいマクロサイクルサンプリングアルゴリズム
  • 更新された macrocycle_sample.py スクリプトが macro_sample.py に置き換わりました
• 環テンプレートの立体構造生成における、環の窒素原子の置換基の取り扱い改善
• tug_align.py は、入力として 2D のリガンド ファイルに対応するようになりました
• tug_align.py では、アラインメントの収束基準をより細かく制御できるいくつかの新しいコマンドラインオプションが追加されており、環状ペプチドなどの大きな分子の収束時間を短縮するのに役立ちます。

医療化学の設計

リガンド デザイナー

• MCSドッキングの2D/3D編集ワークフローにおいて、ユーザーが指定した、または自動的に生成されたリガンド のプロトン化状態およびタウテロマー状態を有効にする

生物学的製剤の創薬

• MMGBSA（残基 ）のスキャンバックエンドを完全に書き直しました。これにより、信頼性が向上し、非標準アミノ酸やDNA/RNAの変異に対するサポートがさらに充実しました。
• ImmuneBuilder による、機械学習を活用した新しい高スループットな抗体およびナノボディの構造 予測。構造 あたり約1分の処理速度を実現しており、数千もの構造のバッチモデリングに適しています。
• FASTAファイルからTCRのα鎖およびβ鎖を自動的に同定 し、可視化用にアノテーションを付与する（コマンドライン：run_tcr_modeling.py）
• 制限が緩和された、N-グリコシル化に関するPROSITEパターンの更新版

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• 欠陥エネルギーを計算するためのワークフローソリューション
• DFT による定期的な収束テストの出力用ワークフローアクションメニュー（WAM）
• 各要素ごとの総磁化量／総電荷の設定機能構造
• dynmat.x による熱力学的性質の計算のサポート（コマンドライン）
• NEB計算を中止し、中間構造を返す機能

材料情報学

製品名：MS Informatics

• Formulation ML：詳細設定を制御するオプション
• 機械学習の特性：モデル範囲外の構造をスキップする
• 機械学習の特性：シングレット（S0）からトリプレット（T1）へのエネルギー予測
• 機械学習の特性：空孔／電子の再配置エネルギーの予測
• 機械学習の特性：軌道（HOMO／LUMO）エネルギーの予測
• 機械学習の特性：既存モデルの更新

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• 自動化されたCGマッピング：特殊化学品・ポリマー向けのMARTINI のマッピング
• CG FF Builder：原子レベルの参照データのエクスポート機能のサポート

誘電特性

製品名：MS 誘電体

• 複素誘電率：指数関数フィッティング中に保持される線形フィッティングパラメータ

反応性

製品名：MS Reactivity

• ナノリアクター：恒温槽の温度制御
• Nanoreactor：xTB動力学シミュレーションの並列化への対応
• 反応ワークフロー：遷移状態におけるxTBヘッセ行列の使用のサポート
• 反応ワークフロー：コンフォメーション検索が失敗した場合の入力コンフォーマーの使用
• 反応ワークフロー：エネルギー計算におけるSCFの収束性の向上

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

• マイクロキネティック・モデリング：処理速度とスケーラビリティが最大2桁向上
• マイクロキネティックモデリング：複数の触媒／触媒活性サイトタイプに対応した改良モデル
• マイクロキネティック・モデリング：ビューアにおけるデータ可視化の向上
• マイクロキネティック・モデリング：ビューアに表示されるジョブ名

反応性インターフェースシミュレータ

製品名：MS RIS

• 固体電解質界面：サブジョブのキューイング調整の改善
• 固体電解質界面：定圧（NpT）シミュレーションのサポート（コマンドライン）

MSMaestro のビルダーとツール

• OLEDデバイスのデジタル設計、管理、可視化を行うGUIパネル
• Single Complex：使いやすさを向上させるためのUIの改善
• 溶媒和系：ランダムなシードによる複数の構成の生成のサポート

古典力学

• 薄い平面のせん断摩擦を計算するためのワークフローソリューション
• MDのバリア電位：入口からのバリア情報の読み取りに対するサポート
• 蒸発：系から除去された分子の総数をプロットするオプション
• 蒸発：バリアに関連する情報（適用されている場合）が出力に記録される
• ポリマーの架橋：リングスピアの効率的なチェックにより処理速度が向上
• 軌跡 密度解析：複数の密度深度を表示するオプション
• 軌跡 密度分析：2Dヒートマッププロットのエクスポートオプション

量子力学

• エネルギーに基づいてphase 図を作成するためのワークフローソリューション
• 計算楕円偏光測定データの計算および解析を行うワークフローソリューション
• QM Convergence Monitor：前のステップから「構造 」に簡単にアクセスできます

教育コンテンツ

ライフサイエンス

• 新しいチュートリアル：GlideXtalおよびPhenix/OPLSを用いたタンパク質-リガンド の結晶構造の精緻化

材料科学

• 新しいチュートリアル：粗視化シミュレーションのためのMartini の自動フィッティング
• 新しいチュートリアル：シン・シア
• 新しいチュートリアル：欠陥エネルギーの計算
• 新しいチュートリアル：オプトエレクトロニクス・デバイス・デザイナー
• 新しいチュートリアル：計算楕円偏光法
• 新しいチュートリアル：Phase の図
• 新しいチュートリアル：固体電解質におけるリチウムイオン拡散の第一原理分子動力学シミュレーション
• 更新されたチュートリアル：マイクロキネティック・モデリング
• 更新されたチュートリアル：有機金属錯体

LiveDesign

2025-1の新機能

• 生物学的製剤
  • フォームビューでは、別のウィジェットからドリルダウンを行う際に、Sequence Viewerが必要になりました
  • 配列アラインメントを実行すると、アラインメントの種類を示すアラートが表示され、アラインメントに失敗した場合は「再試行」ボタンが表示されるようになりました
  • 「シーケンスビューア」と「3Dビジュアライザ」の両方を含むフォームビューでは、アミノ酸の同期選択残基 が可能であり、シーケンスビューアでアミノ酸を選択すると、3Dビジュアライザでもそのアミノ酸がハイライト表示され、その逆も同様です。
  • シーケンス検索オプションでは、データベース、アクティブなLiveReports、およびその他のLiveReportsを検索できるようになりました。
  • 配列ビューアで「残基 」にカーソルを合わせると、ツールチップに非天然アミノ酸の分子構造 が表示されます。
  • 配列ビューアでモノマーの表示形式を切り替え、1文字のFASTA形式、または非天然モノマー用のカスタム記号（最大6文字）のいずれかで表示できます。
  • 各アラインメント手法について、ギャップペナルティ、番号付け方式、およびスコアリング指標をデフォルト値にリセットする
  • 「詳細検索」パネルでのサブ構造検索では、「子要素による一致」オプションがサポートされており、これによりエンティティの子コンポーネントを対象とした検索が可能になります。
• パフォーマンスの向上
  • ファイルからのインポート、列挙、およびMaestro からのアップロードによって読み込まれた小分子は、LiveReportに素早く表示されるようになります
• ランディングページ： 化合物の詳細ページで、化合物の実験データをすべて閲覧できます
• データと列のツリー：
  • グループ 「多変数最適化」列と「数式」列をフォルダにまとめる
  • 新しい数式、MPO、FFCを作成するためのボタンのテキストが、「NEW」から「CREATE」に変更されました。
  • 公開済みの限定アッセイカラムには、[LIM] という接頭辞が「データとカラム」ツリーに表示されるようになりました
• 管理パネルの「プロトコル」に追加された新しいMAE-FILEマクロにより、プロトコルおよびモデルから、Maestro ファイル形式を使用して化合物や生物製剤にアクセスできるようになりました。Maestro ファイル形式には、生物製剤に関する残基 情報が含まれています。
• LiveDesign を設定し、利用統計に関するメールを送信するようにします。統計内容には、過去 1 ヶ月間のユニークログイン数、アクティブユーザー総数、先週追加された化合物数、化合物総数、先週更新された LiveReports の総数、アクティブな LiveReports の総数、およびアクティブな LiveReports の数が含まれます。各ユーザーについて、ユーザー名、初回ログイン日、最終ログイン日、所有する LiveReports の数が報告されます。
• サーバー全体の検索設定を構成し、検索パネルでのデフォルトの検索対象を「データベース」、「アクティブなLiveReport」、または「その他のLiveReport」に設定します。
• LDClient の新しいメソッド「get_all_compounds()」を使用すると、指定されたプロジェクトのリストに含まれるすべての化合物を取得できるようになります
• 「反応列挙」ツール内でスケッチした反応について、原子クエリを使用することで、反応定義の特異性をさらに高めることができるようになりました

修正された点

• LiveReportテンプレートを更新すると、以前はテンプレートの重複が発生していましたが、現在は正しく更新されるようになりました
• 65,536個以上の列への入力として使用されていたモデル列では、新しい化合物の値の計算に失敗していましたが、現在は予測値を正しく計算して表示するようになりました
• Windowsでタッチスクリーンが有効になっている場合、スケッチャーへの貼り付けに失敗していましたが、現在は構造を正しく貼り付けられるようになりました
• 数百の数式列を含むLiveReportsでは、セルが点滅したり、他のLiveReportsの動作が遅くなったりしていましたが、現在は正しく計算され、他のLiveReportsのパフォーマンスに影響を与えません。
• combine() 関数を使用した数式は、後続の数式の入力として使用できず、その数式の計算が失敗していました。combine() 関数を使用した数式を他の数式に入力した場合でも、正しく計算されるようになりました。
• メインのスプレッドシートで行を選択しても、3D Visualizerには3D構造 が表示されませんでしたが、現在は正しく3D が表示されるようになりました。構造
• 以前は、スプレッドシート内でパラメータ化されたモデルへの複数の入力値が同時に変更されると、LiveReportsに赤いエラーバーが表示されていましたが、現在はLiveReportが正しく読み込まれるようになりました
• タウトマー重複排除ロジックは、以前はケト・エノールタウトマーの重複を排除していましたが、タウトマーではない化合物の重複も排除してしまうという意図しない副作用を引き起こしていました。更新されたタウトマー重複排除ロジックは、LiveDesign バージョン 2024-4 およびそれ以前のバージョンに見られた従来の動作に戻されました。
• モデル列の画像が含まれているセルをクリックすると、以前はブラウザに2つのタブ（画像が表示されたタブと、空白のタブ）が開いていましたが、現在は画像が表示されたタブのみが開くようになりました
• 以前は、「フォーム」ビューで保存してもギャップペナルティの変更内容が反映されていませんでしたが、現在は、ギャップペナルティの値を変更して保存すると、正しく反映されるようになりました。
• 以前は、カラムが「カラムグループ 」内に含まれている場合、カラムメニューに「限定アッセイカラムのバッチ作成」オプションが表示されませんでしたが、現在は常にこのオプションが表示されるようになりました。
• 3Dビジュアライザーとシーケンスビューア間の残基 による同期は、シーケンスビューアで番号付け方式を変更した後も引き続き機能するようになりました
• 以前は、モデルが実際には正常に実行されていたにもかかわらず、LiveReport上でモデル結果が「失敗」と表示されることが時々ありましたが、現在はLiveReport上でモデル結果が正しく表示されるようになりました。
• 「アッセイビューアツール」では、時折日付フィルターが「0日」に変更され、データが表示されなくなることがありましたが、現在はデフォルトで前日以内にアップロードされたデータが表示されるようになっています。
• 以前は、モデルが実際には正常に実行されていたにもかかわらず、LiveReport上でモデル結果が「失敗」と表示されることが時々ありましたが、現在はLiveReport上でモデル結果が正しく表示されるようになりました。
• リガンド デザイナーが削除したポーズが時折再び表示されることがありましたが、現在は表示されなくなりました
• プロトコルとモデルは、作成日が実際の日付より1日前の日付として表示されていましたが、現在は正しい日付が表示されています
• LiveReportのフィルター機能では、これまで「実在の生物製剤」や「仮想の生物製剤」によるフィルタリングに対応していませんでしたが、現在はこれらのフィルターを適用するためのクイックトグルが提供されています
• メインのスプレッドシートからモデル添付ファイル（例：Glide モデルのLID）を開くと、画像が表示されなかったが、現在は正しく表示されるようになった
• プロットのツールチップは、画面に固定した後はドラッグして移動できませんでしたが、固定後も新しい位置へドラッグできるようになりました
• 生物学的エンティティをインポートする際、メインのスプレッドシートにそのサブコンポーネントが表示されないことが時々ありましたが、これ以降は正しく表示されるようになりました。
• LiveDesign 以前はデータベースのロックが原因でLiveReportsが開けないことがたまにあったが、現在はフリーズしなくなった
• 固定行を除外すると、メインのスプレッドシートの1行目に点滅する四角が表示されていましたが、現在はその行のデータが正しく表示されるようになりました
• シーケンスビューアは、1つのエンティティのみが選択されている場合でも、LiveReport内のすべてのエンティティを表示していましたが、現在は選択されたエンティティのみを正しく表示するようになりました
• シーケンスビューアを水平方向にスクロールすると、ルーラーがリセットされ、上部に誤った残基 の数値が表示されていましたが、現在は正しい残基 の数値が表示されています。
• プロジェクトピッカーを開いた際、プロジェクトの一覧が表示されるまでに数秒かかることがありましたが、現在はすぐに一覧が表示されるようになりました
• LiveDesign 以前はデータベースのロックが原因でLiveReportsが開けないことがたまにあったが、現在はフリーズしなくなった
• 固定行を除外すると、メインのスプレッドシートの1行目に点滅する四角が表示されていましたが、現在はその行のデータが正しく表示されるようになりました
• LiveReportのエクスポートでは、以前はデフォルトで一部の列のみがエクスポートされていましたが、現在はデフォルトですべての列がエクスポートされるようになりました
• LiveDesign のユーザーと外部認証システムとの同期は、以前はLiveDesign がライセンス未取得のユーザーを総ライセンス数にカウントしていたため失敗していましたが、現在は利用可能なライセンスがある限り、ユーザーの同期が可能になりました。
• 管理パネルのUIでは、ライセンスファイルのアップロードに失敗することがありましたが、現在は正しくアップロードされるようになりました
• シングルサインオンを使用している場合、LiveDesign にユーザーのメールアドレスが保存されず、LiveReport の通知がユーザーにメールで送信されませんでした。現在、メールアドレスは正しく保存されるようになりました。
• 「LiveReport」タブは、ログアウトして再度ログインすると表示されなくなっていたが、現在は再度ログインすると正しく表示されるようになった
• LiveReportの複製では、以前はデフォルトで一部の列のみがコピーされていましたが、現在はデフォルトですべての列がコピーされるようになりました