リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 選択した項目にリボンや漫画風のスタイルを適用する [2023-3]
• 周期的境界条件を横切る相互作用の可視化を改善する [2023-3]
• プロジェクトテーブルからスプレッドシートなどの外部アプリケーションへ、データをシームレスにコピー＆ペーストでき、効率的なデータ転送と分析が可能になります [2023-3]
• 軌跡 プレイヤー [2023-3]
  • 定pHワークフローなどで行われたラムダダイナミクス計算の軌跡を表示する
  • キーボードの矢印キーを使って、軌跡 の可視化画面内のフレームを簡単に移動できます
• 3D Builder [2023-3]
  • 3D Builder パレットから「Builder 動作」オプションにアクセスする
• Workspace において、DNAとRNA、およびRNAとDNAのヌクレオチド間の変換を含め、ネイティブヌクレオチドをインタラクティブに変更する [2023-3]
• 「プロジェクトを別名で保存」機能の強化：Windows限定のユーザー体験の改善 [2023-3]
• Maestro PyMOL への接続 [2023-3]
  • WaterMapsと以下のシステムとの連携を効率化しますPyMOL
  • シーン管理を円滑に行うため、Maestro のシーン「説明」をPyMOL メッセージとして含める
• Maestro LiveDesign への接続 [2023-3]
  • 新しい「マッピングマネージャー」を使用すれば、Maestro とLiveDesign をシームレスに連携させることができます。プロパティのマッピング名を簡単に変更でき、バリエーション作成時に名前がごちゃごちゃしてしまう問題を解消できます。直接インポート・エクスポート機能を使って、マッピングを保存・共有できます。

ジョブ制御

• Job Serverのスマート配布ジョブでは、ライセンスの空き状況を確認するようになったため、ライセンスが枯渇するリスクが解消されました [2023-3]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• シングルサインオン（SSO）トークンを使用した「LiveDesign 」接続ノードによるログインプロセスの効率化 [2023-3]

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• 必要に応じて、pfam_driver.py でカスタム PFAM データベースを使用できます [2023-3]
• タンパク質調製時のPDB出力から、標準的な残基 形式の名称を用いて構造をCootにインポートします。Maestro の出力では、プロトン化状態に応じた残基 形式の命名規則（つまり、HISの代わりにHIP/HID/HIE）が維持されます [2023-3]
• 90,000原子以上のシステムにおける「Protein Preparation」のパフォーマンスが大幅に向上し、インタラクティブ・オプティマイザーが追加されました [2023-3]

複数配列ビューア／エディタ

• 従来のSKAアライナーをCEAlignアルゴリズムに置き換えることで、タンパク質・核酸の構造 アラインメントにおける速度と精度の向上を実現 [2023-3]
• UniProt IDを指定することで、AlphaFold2から構造モデルを直接ダウンロードできます [2023-3]

IFD-MD

• 新しいIFD-MDワークフロー（ベータ版）を使用して、一般的なADMET上の課題を設計段階で解消します。CYP2D6、CYP3A4、PXR、またはhERGに結合するリガンド の複雑な構造を予測します [2023-3]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

リガンド 準備

実測データおよび量子力学に基づくpKa の予測

• Macro-pKa のトレーニングセットに数百個のデータポイントが追加されたことで、精度が向上しました [2023-3]

アクティブ・ラーニングの活用例

• Active Learning-FEP [2023-3] における平衡化シミュレーション時間および複雑な拘束オプションの調整
• Active Learning-FEP ジョブの再起動時に、実行中の GraphDB プロセスに接続する [2023-3]
• FEPデータと対応するエンドポイントを含むすべてのリガンドを記載した、最終的なMaestro ファイルを生成する [2023-3]

Shape 上映

• 新しい「QuickShape リガンド 」ベースのスクリーニングワークフローにより、最大数百億もの化合物を迅速かつ効率的にスクリーニングできます [2023-3]

ABFEP

• FEP+ Web Services向けFFBuilderを用いたオンザフライでのトーションの適合 [2023-3]

リードの最適化

FEP+

• FEP+ Web Services向けFFBuilderを用いたオンザフライでのトーションの適合 [2023-3]
• 対称的なR基を持つ化合物のリンカー列挙のサポート [2023-3]

定pHシミュレーション

• pH一定シミュレーションのフル機能版リリース [2023-3]
• タンパク質pKa 計算における定pHシミュレーションの解析法の改良 [2023-3]
  • 各pH値に固有の定常pH軌跡を自動的に作成する
  • 定pHワークフローなどで行われたラムダダイナミクス計算の軌跡を表示する

FEPの溶解度

• FEP+ Web Services向けFFBuilderを用いたオンザフライでのトーションの適合 [2023-3]

量子力学

• 新しい「Jaguar Spectroscopy」製品内の自動化ワークフローを用いて、立体構造に依存するIRおよびVCD/ECDスペクトルを予測する [2023-3]
• Basis Set Exchangeから、インポート可能なJaguar 形式の基底関数セットをダウンロードする [2023-3]
• 「Relaxed Scan」パネルから動的スキャンにアクセスする [2023-3]
• コマンドラインからΔSCF手法およびΔSCF入力データを準備するためのスクリプトにアクセスする [2023-3]

半経験的量子力学

• OpenMP を用いたバッチおよび個別 xTB 計算の並列化 [2023-3]

生物学的製剤の創薬

• タンパク質リンカー設計パネル：利便性を向上させるため、末端の残基 およびそれに対応する距離を自動的に検出して入力する [2023-3]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• Quantum ESPRESSO：Quantum ESPRESSO 7.2 へのアップグレード [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：Car-Parrinello MD (cp.x) のサポート（コマンドライン） [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：NEB設定における原子配列の再配置のための「元に戻す」機能 [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：3D-RISM（pprism.x）のデータ解析機能のサポート（コマンドライン） [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：プロジェクト表 [2023-3] に記載されたNEBエネルギー
• Quantum ESPRESSO：ラマンスペクトルの計算とプロット [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：スクラッチディスクの必要容量を削減するオプション（コマンドライン） [2023-3]
• Quantum ESPRESSO：大規模構造のジョブ起動が高速化 [2023-3]
• 表面エネルギー：表面エネルギーを計算するためのワークフローモジュール [2023-3]

材料情報学

製品名：MS Informatics

• 機械学習の特性：モデルの範囲外の分子量に関する警告 [2023-3]
• 機械学習の特性：分子液体の粘度予測 [2023-3]

誘電特性

製品名：MS 誘電体

• 複素誘電率：CPUおよびGPUサブジョブ向けの割り当てアルゴリズムの改善 [2023-3]

MSMaestro ビルダーおよびツール

• 複合建築業者による正方錐形の形状オプション [2023-3]
• クラスタの抽出：キューにジョブが起動されました [2023-3]
• クラスターの抽出：単一分子を抽出するオプション [2023-3]
• Meta Workflows：QMステージにおける暗黙的溶媒の設定オプション [2023-3]
• Meta Workflows：ワークフロースプリッターステージのサポート [2023-3]
• Meta Workflows：ポリマービルダーのステージごとのワークフロー分割のサポート [2023-3]
• Meta Workflows：システムビルダーのステージ順不同によるワークフロー分割のサポート [2023-3]
• Meta Workflows：ワークフロー分割後の「ワークフロー結合」ステージのサポート [2023-3]
• メタワークフロー：各段階のすべての構造の統合 [2023-3]
• Meta Workflows：クラスター抽出用の組み込みステージ [2023-3]
• Meta Workflows：コンフォメーション検索用の組み込みステージ [2023-3]
• Meta Workflows：蒸発処理用の組み込みステージ [2023-3]
• Meta Workflows：シングルステージワークフローでは、MD軌跡がデフォルトで保存されるようになりました [2023-3]
• Meta Workflows：新しいステージでは、デフォルトで直前のステージが親として設定される [2023-3]
• 債券のクエリ：期間の境界を通じて債券を選択的に表示するオプション [2023-3]
• 溶媒和系：10万個以上の原子からなる溶媒和系の高度なビルダー [2023-3]

古典力学

• MDにおける障壁ポテンシャル：MDシミュレーション用の斥力障壁を設定するためのツール [2023-3]
• 電解質解析：多原子イオンのサポート [2023-3]
• 蒸発：各MDステージのデフォルトの長さを20 psに設定 [2023-3]
• 分子堆積：シミュレーション速度の向上 [2023-3]
• 分子堆積：反発性ポテンシャル障壁の支持 [2023-3]
• ポリマーの架橋：ビューアから300 dpiで画像をエクスポート [2023-3]

量子力学

• Reaction Workflow：MacroModel XTB後の最適化のサポート [2023-3]
• 反応ワークフロー：非最小定常状態を回避するためのチェック [2023-3]
• 遷移モーメント秩序パラメータ：遷移双極子モーメントに基づいて秩序パラメータを計算するワークフローモジュール [2023-3]

教育コンテンツ

• 新チュートリアル：分子動力学シミュレーションにおけるバリア電位の適用 [2023-3]
• 新チュートリアル：溶媒和系の構築 [2023-3]
• 新チュートリアル：動的緩和座標スキャン [2023-3]
• 新チュートリアル：遷移双極子モーメント（TDM）、TDM分布、および秩序パラメータの計算 [2023-3]
• 更新：分子堆積 [2023-3]
• 更新：曲面のモデリング [2023-3]
• 更新：高分子電解質の解析 [2023-3]

LiveDesign

2023-3の新機能

• Assay Viewer ツールの機能強化
  • 実験日別にデータをフィルタリングする
  • Assay Viewer のデータと一致する LiveReport 内のセルをハイライト表示する
  • キーボードの矢印キーを使って行間を移動してください
  • 一度に複数の行を選択する
• 色付けルール：列メニューから色付けルールをコピーして貼り付けることで、任意の列から他の任意の列へ素早く色付けルールを転送できます
• リガンド デザイナー：パラメータ化されたGlide モデルを、例えばFEP+ からアップロードされたポーズを用いて、暗黙的なリガンド デザイナー構成に変換します。Maestro
• Maestro エクスポート機能の強化
  • Maestro を LD プロパティにマッピングして、頻繁に行われるエクスポート作業を効率化する
  • シングルサインオンでログインする
  • 一度ログインすれば、そのセッションを複数のエクスポート操作で再利用できます
• UXの改善
  • 3Dビジュアライザー
    • Pi-pi相互作用は、デフォルトで3Dビジュアライザー内に表示されます
  • 実験データの取り扱い
    • アッセイのツールチップにハイパーリンクを追加して、任意のウェブサイトにすばやく移動できるようにする
  • LiveReport全般の改善点
    • LiveReportのフッターにある新しいナビゲーションボタンを使用して、選択した化合物に素早く移動できます
    • 「LiveReport Picker」を使えば、直近でアクセスしたフォルダが開くため、LiveReportsをより素早く見つけることができます
    • 変更を行うと、フィルターに黄色の通知バーが表示されるようになりました
    • 通知バーには、通知を消去するための「×」ボタンが表示されるようになりました
    • LiveReport メニューに新たに追加された「すべて閉じる」オプションをクリックして、開いているすべての LiveReport を閉じます
  • ランディングページ
    • ランディングページ内のハイパーリンクは、自動的に新しいタブで開きます
    • ランディングページの「最近コメントされた化合物」リストに、化合物の詳細ページへ素早く移動できるハイパーリンクが追加されました。
  • あらすじ
    • 化合物 の画像をプロットのツールチップ内で移動する
    • ボックスプロットでは、各ボックスが青の実線で表示されるようになりました
    • 軸が対数スケールに設定されている場合、正確な縮尺でプロットのオーバーレイを表示する
  • 検索
    • アクティブなLiveReportで複数のIDを一度に検索し、複数のIDを削除する
    • 計算済みプロパティのしきい値を使用して、GPU類似性検索の結果をフィルタリングする
    • 「IDで検索」のIDリストをリセットするための「クリア」ボタンが用意されています
    • 「データと列」ツリー内での検索では、以前は連続したフォルダ名や列名内のみを検索して一致する項目を探していましたが、現在はフォルダ名や列名をまたいで一致する項目を検索するようになりました。
  • 汎用エンティティのインポート UI 内で、新しいオートコンプリート候補を使用して「実験プロトコル」をすばやく選択できます

修正された点

• 構造 LiveReportsとランディングページの間を移動した後、検索では構造 が正しく使用されるようになりました
• MPOを入力として使用するパラメータ化モデルは、MPOにスコアがない場合、計算を行うようになりました
• Assay Viewer ツールでは、Freeform 列のデータを削除できなくなりました
• R-グループ の分解式を用いてLiveReportsに追加された化合物について、LiveReportを強制更新することなく、分解されたR基が正しく色分けされるようになりました。
• あるレポートから別のレポートへ化合物をコピーし、モデルを再計算した後、管理パネルの「タスク」リストおよび「タスク詳細」ページに、そのタスクを起動した正しいLiveReport IDが表示されるようになりました。
• 「テンプレートの適用」ダイアログでは、どのテンプレートが「グローバル」プロジェクトに属するかが明示されるようになり、テンプレートがアルファベット順に一覧表示されるようになりました。
• 管理パネル内の「構造 」処理UIでは、構造がより迅速に表示されます
• 管理パネル内の「構造 処理」インターフェースでは、処理ファイルをアップロードする際に、読み込みインジケーターが表示されるようになりました
• フォームウィジェットには、リガンド デザイナーにすばやくアクセスできる「ハンマーとスパナ」のアイコンが表示されるようになりました
• 「Forms」内のプロットでは、凡例を展開するとツールチップが表示されるようになりました
• 画面の幅を超える複数の列を選択した後、列ヘッダーのドロップダウンボタンが表示されるようになりました
• LiveReportで虫眼鏡アイコンを使って検索を行う際、LiveReportで行が固定されている場合でも、正しく検索結果の位置までスクロールされるようになりました
• 管理パネルの「モデルの追加」および「モデルの変更」ページでは、親プロトコルのドロップダウンメニュー内にプロトコルがアルファベット順に表示されるようになりました。
• ユーザーマニュアル内のURLにアクセスすると、ログイン後に正しくユーザーマニュアルのページにリダイレクトされます
• タイトルが長いフォームでも、フォームツールバーの配置が変更されなくなりました
• プロットツールチップで、プロパティの一覧の順序を変更できるようになりました
• LiveReport Picker の UI は、Firefox とChrome の両方で統一され、Shift キーを押しながらクリックまたは Ctrl キーを押しながらクリック（Mac では Cmd キーを押しながらクリック）で複数の LiveReport を選択しても、テキストがハイライトされなくなりました。
• 「タイル表示」のスクロールバーは、スクロール中にサイズが変わらなくなりました
• ユーザーインターフェースの左上にあるプロジェクト名をクリックすると、プロジェクト選択ダイアログが開くようになりました
• フリーフォーム列の設定時に、フリーフォーム列の説明を削除できるようになりました
• 「列管理」パネルでは、表示されている列と非表示の列の両方が含まれているグループがわかるようになりました
• 「ステレオ注釈を表示」トグルを使用すると、タイルビューでステレオ注釈の表示・非表示を切り替えられるようになりました
• 虫眼鏡アイコンを使ってLiveReportを検索すると、フィルタ条件が解除された後の結果が表示されるようになりました
• パスワードのリセットが失敗しなくなったため、パスワードのリセットや新規ユーザーの追加ができなくなっていた問題が解消されました
• 1つ以上のMatrixウィジェットを含むレイアウトを含むLiveReportは、複製できるようになりました
• リガンド ドッキングキューが空の場合、デザイナーセッションに「キューにドッキングジョブが0件あります」というメッセージが表示されなくなりました
• 「汎用エンティティ」のファイルからアップロードされた実験結果が、「データと列」ツリーに表示されるようになりました
• 「Global」プロジェクトのテンプレートは、他のプロジェクトから上書きできなくなりました
• 未公開のMaestro アップロードおよび低分子のファイルアップロードからのカラムが、「データとカラム」ツリーに表示されなくなりました
• ダブルクリックで反応を選択すると、反応画像が表示され、計算が正常に実行されるようになります。