今回のリリースでは：
リリース 2024-2
低分子創薬
プラットフォーム環境
Maestro グラフィカルインターフェース
- ステータスバーに、選択した原子に基づいて測定値を動的に表示する
- 3DWorkspace 内の既存の分子から断片をコピーし、別の分子内の選択した原子に貼り付けます
- 軌跡 ビューアから、Workspace の解像度で動画をエクスポートする
- より正確な検索を行うには、エントリリストで正規表現を使用して検索してください。複数の構造を同時に検索できます。
- 「Maestro 」のフォント設定に合わせて、ファーマコフォアのラベルフォントを調整しました
- 構造 階層で、T細胞の受容体 アノテーションを表示する
- 散布図におけるデータポイントの選択を、プロジェクトテーブルの選択および／またはWorkspace の組み込みと自動的に同期させる
- 異なるグループのデータを1つの散布図に表示する
フォース・フィールド
- 新しいOPLS5力場（ベータ版）：相対結合における限定的な分極率の追加により、陽イオン-π相互作用およびイオン間グループ 相互作用の精度が大幅に向上しました —FEP+ およびDesmond 。デフォルトのOPLS4と並んで、新しいオプションとして利用可能です。
ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]
- KNIMEの最新バージョン（v5.2）に対応しています
- Chemistryの外部ツールノードは、FEP+ リーダーノードによって読み込まれるfmpファイルを指す、新しいFEP+ 列タイプをサポートしています。
結合部位および構造 解析
サイトマップ
- RNA結合部位の同定精度が向上し、HARIBOSSセットに含まれるRNA結合部位の89％が、SiteMapによって最上位の結合部位として同定されるようになりました。これは、以前のバージョン（ベータ版）の69％から上昇した数値です。
- 互いに重なり合っている、あるいはタンパク質表面全体に広がっている大きなポケットと、同定 より小さく明確な部位とを区別するための新しいSiteMapパラメータ（コマンドライン専用）
混合溶媒MD（MxMD）
- 膜システムのサポート
ヒット同定およびバーチャルスクリーニング
リガンド 準備
アクティブ・ラーニングの活用例
- 多様性選択の水平スケーリングにより、最大3倍の化合物を考慮することで、AL-Glide における多様性選択を強化
- ZMQ（コマンドライン専用）（ベータ版）の利用により、AL-Glide におけるLigandMLの予測スループットが大幅に向上しました。
- AL-Glide におけるDriverNodeへのファイルアップロードが大幅に高速化（コマンドラインのみ）（ベータ版）
リガンド ドッキング
- Glide （ベータ版）を用いた、RNA受容体への低分子のドッキングにおける姿勢予測およびエンリッチメントの精度向上
リードの最適化
FEP+
- 「FEP+ 」パネルを介して、RB-FEPにおける位置固定装置の設定をサポート
- ～する能力 uOPLS5を活用してRB-FEPの精度を向上させる
- 軌跡 の管理機能が改善され、PTにおいて複数のエッジからの軌跡が可能になりました
タンパク質 FEP
- 熱安定性予測におけるマルチサイト変異のサポート
定pHシミュレーション
- LyspKa 計算のサポート（パネル対応）
FEPの溶解度
- 軌跡 の可視化機能の改善
- ベストプラクティス文書のリンク
- WebサービスからのForce Field Builderのサポート
FEP プロトコルビルダー
- FEP Protocol Builder を使用すると、自動化された機械学習駆動のワークフローを通じて、FEP+ の精度を最適化するFEP+ モデルパラメータを迅速に同定 できます。
- FEP Protocol Builderにパラメータ空間を探索させ、同定 を行い、FEP+ モデルの性能にとって最適なパラメータを可視化することで、研究者の時間を節約できます。
- パラメータ空間を効率的に探索することで、難易度の高いシステムに適したFEPモデルを見つける
- ご自身のプログラムにおいて、FEP+ を前向きに活用してください。
- リガンドをテストセット／トレーニングセットに自動的に割り当てながら、FEPプロトコルの最適化計算を設定するためのインターフェース
- FEP+ の相関プロットを用いて、パラメータがFEPモデルの性能に及ぼす影響を分析し、プロトコルの性能を比較するためのインターフェース
量子力学
- で波動関数の安定性解析を行うJaguar
- Jaguar 分光法を用いて、19F同位体のNMR化学シフトおよびスペクトルを生成する
- 電子の数が奇数である場合は、多重度を自動的に設定します（multip=2）。Jaguar
- 新しいスクリプト「rotation_barriers.py」を使用してアトロピソマーを検索する（コマンドライン専用）
- LiveDesign およびコマンドラインでの実行に適した、より堅牢で高性能な E-sol ワークフロー
- マウスの右クリックで、複数のエントリの理論レベルと基底関数セットを変更する
医療化学の設計
リガンド デザイナー
- 代替の環骨格を探索することでリード化合物を最適化する、新しい環置換ワークフロー（ベータ版）
生物学的製剤の創薬
- ペプチド設計に活用できるよう、ライブラリ に430種類の新しい非天然アミノ酸を追加しました
- 残基 によるスキャンで生成されたタンパク質変異結果の解析を高速化するためのインターフェースの改善
- 「タンパク質間相互作用解析パネル（オープンベータ版）」を使用して、PIPERドッキング結果やMD軌道などの構造アンサンブルを解析します。
- align_antibody.py スクリプトを使用して抗体構造 のアラインメントを実行する際、5つの番号付け方式（Chothia、Kabat、IMGT、Enhanced Chothia、AHo）のいずれかを指定できる新しいオプションが追加されました。
材料科学
Quantum ESPRESSO用GUI
製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース
- 構造 のデータからの磁化の入力（コマンドライン）
- 固体NMRスペクトル用結果ビューア
- NEB Convergence Monitor：相対エネルギー／活性化エネルギーの表示
- 収束性の向上のためのK点グリッドの自動シフト
- におけるポテンシャル曲面の計算および可視化を行うオプションworkspace
- フォノン状態密度ビューア：誘電率のサポート
- 波動関数データのスマートな管理によるNEB計算の高速化
KMC チャージ・モビリティ
製品名：MS Mobility
- KMC電荷移動度の算出：重心間距離に基づいて計算された電荷移動
材料情報学
製品名：MS Informatics
- Formulation ML：成分名が欠落している入力データの対応 /SMILES
- Formulation ML：Set2Setおよびグラフベースのモデルと記述子のサポートを追加
- MLのモデル構築：相関の高い記述子を削除するオプション（コマンドライン）
- MLのモデル構築：学習セットのサイズを制御するオプション
- Formulation ML：分類モードのサポート
- 機械学習のモデル構築：シャプレー加法説明（SHAP）に基づく特徴量の重要度分析
- 機械学習のプロパティ：ダウンロード可能な予測モデルの改良版
- 機械学習の特性：酸化電位および還元電位の予測
- MD記述子：製剤に焦点を当てた記述子のサポート
粗視化（CG）分子動力学
製品名：MS CG
- 粗視化力場ビルダー：原子系をMartini のパーティクルに自動的にマッピングする（コマンドライン）
- 粗視化力場ビルダー：Martini パラメータの適合（コマンドライン）
反応性
製品名：MS Reactivity
- ナノリアクター：デフォルト設定の改善
- ナノリアクター：xTB周波数計算の高速化
- Nanoreactor：製品向けの重複排除アルゴリズムの改善
- ナノリアクター：改良された並列化アルゴリズム
- ナノリアクター：高エネルギー生成物を除去するオプション
- ナノリアクター：生成物の順位付けにxTB自由エネルギーを用いる
- 自動反応ワークフロー：順列による過剰な平衡定数の計算の防止
マイクロキネティクス
製品名：MS Microkinetics
- マイクロキネティックモデリング：解析的ヤコビアンを用いた解析のサポート
- マイクロキネティック・モデリング：衝突係数を指定するオプション
- 微視的動力学モデリング：定常状態に達しなかったケースについて得られた結果
- マイクロキネティックモデリング：入力反応ネットワークから化学反応式を一覧表示するオプション
反応性インターフェースシミュレータ
製品名：MS RIS
- 固体電解質界面：電池電極近傍の材料系の動的シミュレーションに向けた、反応テンプレートに基づく手法
MSMaestro のビルダーとツール
- 密度プロファイル：密度等値面の可視化
- Complex Builders：xTB を使用してジオメトリを整理するオプション
- 半結晶性ポリマー：ポリビニルアルコール（PVA）の担体
- 溶媒和系：200万原子を超える出力データを管理するためのプロトコル
- Structured Liquid：200万個以上の原子を含む出力を管理するためのプロトコル
- 構造化液体：改良・拡張された組み込み脂質ライブラリ
古典力学
- 熱伝導率：固体の熱伝導率を予測するための解法
量子力学
- 吸着列挙：表面原子を定義するための改良アルゴリズム
- 吸着の列挙：反応性原子に対する重原子フィルター
- 非晶質NMR：量子力学（QM）計算から得られる等値面データ
教育コンテンツ
ライフサイエンス
- 新チュートリアル： コア制約ドッキングを用いたFEP+ のリガンド 結合姿勢予測（新着）
- 新チュートリアル： Phase を用いたリガンド ベースの仮想スクリーニング（ゼロから大規模に作り直したバージョン）
材料科学
- 新しいチュートリアル：NMRスペクトルの予測
- 新しいチュートリアル：熱伝導率
- 新しいチュートリアル：固体電解質界面の計算
- 新チュートリアル：半結晶性ポリマーの作製
- 更新版チュートリアル：製剤開発のための機械学習
- チュートリアルの更新：RDKitへの移行に伴い、チュートリアルを更新（複数のチュートリアルが対象）
LiveDesign
2024-2の新機能
- 生物学的製剤に関するサポート
- ペプチド、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、Fab、Fab2、Fv、DNA、およびRNAをアップロードする
- 生物製剤は自動的に構成チェーンに分解され、複合行として視覚化することができます
- シーケンスビューアで配列を表示・整列する
- 実験データとメタデータをアップロードする
- 3Dモデルの結果を表示し、スタイルを適用する
- 3Dビジュアライザーで抗体の階層構造を表示し、生物学的レベル、ドメイン（例：VH、CH1）、サブドメイン（例：HCDR3）、または残基 レベルで選択・スタイル設定を行う
- 「モデル」、「MPO」、「数式」、「フリーフォーム列」、「フォーム」、「タイル表示」、「フィルター」、および「検索」において、完全にサポートされています。
- 鎖の特性に基づいてバイオ医薬品を検索・絞り込む
- 管理パネルにおけるユーザー管理機能の更新
- 1つのページですべてのユーザーのACLと詳細を確認・更新する
- 複数のユーザーをまとめて素早く追加・削除する
- ユーザーロール、プロジェクト、ライセンスステータスの一括更新
- 1つのページでプロジェクトを作成し、そのプロジェクトにユーザー、グループ、管理者を追加する
- 「Project」および「グループ 」の詳細ページでは、ユーザーやアクセス制御の流れに関する統計情報がより明確に表示されます
- 更新時にウェルカムメールを送信するか、再送信するかを選択してください
- LiveDesign と外部でホストされている読み取り専用LDAPの間でユーザー情報を同期し、ユーザーが初めてログインする前にユーザー情報を事前登録する
- Maestro で3Dモデルの結果をワンクリックで表示：3Dモデルセル内のリンクをクリックすると、Maestro が自動的に開き、結果を表示できます。なお、この機能はWindows環境において、Maestro バージョン24-2でのみ動作します。MacおよびLinuxへの対応は、Maestroのバージョン24-3のリリースで予定されています。
- 構造 3Dビジュアライザーのグループ分け
- グループ 構造 グループ では、従来の とタンパク質の組み合わせにとどまらず、任意の数の3D出力が可能です。リガンド
- グループ の列見出しをカスタマイズして、表示される列見出しを変更する
- 3Dビジュアライザーのコンテンツパネルで、複数のリガンド のポーズやタンパク質のポーズを表示する
- リガンド Designer での表示スタイルの制御
- リガンド Designerの3Dキャンバス内にある新しいツールバーから、選択した原子、残基、および鎖にスタイルを適用します。
- リガンド Designer セッション内で、タンパク質およびリガンドにカスタムスタイルを適用する
- リガンド Designer内の3Dツール（エクスポート、ズーム、スクリーンショットなど）を使用する
- 複合フィルター：AND または OR の論理演算子を使用してフィルター条件を組み合わせる
- 公開済み限定アッセイカラム：限定アッセイカラムを公開すると、「データとカラム」ツリーに表示され、公開済みの「カラムをパラメータとして使用するモデル」、MPO、および公開済み数式で使用できるようになります。
- 固定された行：行またはタイル上のボタンをクリックすると、化合物 がLiveReportの上部に「固定」されます。
- UXの改善
- フォーム
- カンバンウィジェットの各行に表示するタイルの数を切り替える
- セルが小さい場合、マトリックスウィジェット内のフリーフォーム列セルは、編集領域がより大きく表示されるようになりました
- あらすじ
- 読み取り専用モードのLRでは、プロットを作成または編集することはできません。
- プロットを最初に開くことなく、可視化パネルから直接削除する
- プロットの軸選択ドロップダウンで列を検索する
- スプレッドシートとの連携
- 列メニューを使って、複数の列を一度に固定する
- フリーフォーム列のセルをダブルクリックして、その値を編集します
- クリック・トゥ・ランモデルの「実行」ボタンが、単色で表示されるようになりました
- LiveReportのタブを右クリックすると、LiveReportメニューが表示されます
- 3Dビジュアライザー
- 3Dビジュアライザーからダウンロードしたファイルには、ハッシュ値の代わりに、デスクトップのPyMOL に同じラベルが表示されるようになりました
- リガンド Designer セッションを開いた際、「結合部位相互作用マップ」はデフォルトでオフになっています
- その他
- ログインページでは、シングルサインオンまたはユーザー名とパスワードのいずれかの認証情報を入力できるようになりました。
- LDClient を使用して、タイルビューの設定を PPTX にエクスポートする
- モデル設定のエラーを修正せずにモデルをアーカイブする
- 「ジョブマネージャー」ガジェットのテーブルは、ツールのサイズ変更に合わせてサイズが変更されるようになりました
- [フリーフォーム列の作成] ダイアログ、[数式列の作成] ダイアログ、および [新規定義] の [ヘルプ] アイコンをクリックします。
- 「多変数最適化」ダイアログからユーザーマニュアルへ直接移動する
- 「データと列ツリー」の「LiveReport」タブ内のアイコンをクリックすると、LiveReport内のその列までスクロールします。
- R-グループ 列挙用スキャフォールド・スケッチャーに、複数のスキャフォールドをドラッグして追加します。
- フォーム
- 提出されたジョブの数が増加すると、TaskEngineのワーカーが自動的にスケールアップするようになりました
- Schrodinger SuiteのPythonメソッド「from schrodinger.構造 import SDReader」は非推奨となりました。代わりに、スクリプトでは「from schrodinger.構造 import StructureReader」を呼び出す必要があります。
修正された点
- 「ランディングページの概要」では、最近追加された化合物が表示されないことが時々ありましたが、現在は正しく表示されるようになりました
- Data Integrator を通じてLiveDesign に追加された列は、正しいデータ型に設定されるようになりました
- ACASを介して実験データをアップロードした後、LiveReportsでは「Real」と「Virtual」の重複行が表示されなくなりました
- LiveDesign ログイン後、直近で開いたプロジェクトとLiveReportが正しく開くようになりました
- シングルサインオンが有効になっている場合、ユーザーはLiveDesign からログアウトできるようになりました
- 以前は、フリーフォーム列のピクルリストの選択肢の順序が変更されることがありましたが、現在は「フリーフォーム列の編集」ダイアログで設定された構成に従って維持されるようになりました。
- 未公開のアッセイデータポイントが多数含まれるLiveReportの複製処理が、最大6倍高速化されました（未公開のアッセイデータポイントが少ないLiveReportの複製では、処理速度の向上幅は小さくなります）。
- 特定のLiveReportのURLをブラウザに貼り付けると、たまにプロジェクトピッカーにリダイレクトされていましたが、現在は正しくLiveReportが開くようになりました
- セキュリティ
- CVE-2023-44487 に対する修正パッチが適用されました
- セッションクッキーは「Secure」としてマークされるようになりました
- 管理パネル
- 管理パネルでのファイルのアップロードにおいて、ファイル名が上書き対象のファイルと完全に一致する場合でも、正しく動作するようになりました
- 管理パネルの「プロトコル」ページおよび「プロトコル一覧」ページに表示される「最終更新日」は、プロトコルに対するすべての変更に対して正しく更新されるようになりました。
- 管理パネルの「ユーザー」ページにある「最終ログイン」の日付フィールドが、正しく更新されるようになりました
- パラメータ化されたモデルは、作成後は管理パネルで変更できませんでしたが、現在は変更可能になりました（例：タイトルやフォルダの変更など）。
- ファイルのエクスポート
- PowerPointへのエクスポート時、すべての画像に強化されたステレオラベルが表示されるようになりました
- 「タイル表示」をPowerPointにエクスポートする際、1スライドあたり8つ以上の化合物を表示しようとすると、ユーザーに正しく警告が表示されるようになりました
- LiveReportに「クリックして実行」型のモデル列が含まれている場合、SDFへのエクスポートが失敗することがありましたが、現在は失敗しなくなりました
- フォーム
- 「タイルビュー」ウィジェットが別のウィジェットと同じコンテナ内にある場合、タイルビューウィジェット内のタイルが正しく表示されるようになりました
- タイル表示でのツールチップは、以前は R-グループ の分解結果を表示した後に固まってしまうことがありましたが、現在は各セルごとのデータが正しく表示されるようになりました。
- タイル表示のツールチップで、R-グループ の分解セルにカーソルを合わせると、正しいサイズのRグループが表示されるようになりました
- 「Forms」エンティティの画像ウィジェットで、エンティティのIDが正しく表示されるようになりました
- 「化合物 」ウィジェット（行ごとに1つの ）から「pose」ウィジェット（行ごとに1つのポーズ）へのドリルダウン表示において、選択された化合物 のみのポーズが正しく表示されるようになりました。
- 「フォームマトリックス」ウィジェットでは、汎用エンティティのエンティティ画像が表示されるようになりました
- LDClient
- LiveReportResultsMetadata 内の LDClient RowInfo オブジェクトに「parent_row_key」が追加されました。これは、LiveReport においてどの行が子複合行であるかを識別するものです。
- LDClient の ldclient.LDClient.refresh_db_constants メソッドおよび AboutInfo の remaining_read_only_licenses_count フィールドは、非推奨となり、削除されました。
- フィルターにサブ構造クエリが含まれている場合、LDClient は LiveReport のフィルターを正しく返すようになりました
- LDClientのModelTemplateVarType列挙型に、LIST_INPUTおよびRDKIT_MOLが追加されました。
- LDClient を呼び出すスクリプトでは、LiveReport を実行する必要があり、結果を取得するために手動で設定した待機時間を組み込む必要があった。LDClient には新たに `mutate_then_wait` メソッドが追加され、これによりコードは（LiveReport への行の追加など）アクションが完了するまで待機してから処理を続行できるようになった。
- リガンド デザイナー
- リガンド LiveReportが行単位表示モードの場合、リガンド Designerでは名前が正しく表示されます
- 管理パネルで、既存の「リガンド Designer」の設定について、グリッドファイルの変更が可能になりました
- Maestro エクスポート
- LiveDesign からMaestro への LiveReport のエクスポートは、2 つのリアルコンパウンドが同じバーチャルコンパウンドにリンクされている場合でも、正しく動作するようになりました。化合物
- Maestro 公開済みのデータを含むLiveDesign へのエクスポート処理が高速化されました
- 対応する分子ペア
- 以前計算された「Matched Molecular Pair」の解析結果は、Pythonのライブラリ へのアップグレードに伴う下位互換性の問題により削除されてしまったため、再実行する必要があります。
- 「マッチング分子ペア」ツールでは、大規模なLiveReportsでマッチングペアの計算が完了しなかった場合、エラーメッセージが表示されるようになりました
- スプレッドシートとの連携
- アクティブな LiveReport でサブ構造による検索を行うと、既存の行の選択が解除され、一致するサブ構造が選択されるようになりました
- 化合物 R-グループ の分解においてスキャフォールドを使用する場合、化合物 のアラインメントにスキャフォールドを使用する場合、および列挙で化合物を使用する場合、LiveReportに化合物 を追加する際に、スケッチャー内の向きが保存されるようになりました。
- ビジュアライザーパネルが開いているとき、「モデルごとの行」の切り替えボタンが隠れなくなりました
- 虫眼鏡アイコンを使ってLiveReportを検索すると、一致する最初の文字列に正しく移動するようになりました
- スケッチャーの下に表示される計算プロパティでは、計算値との重なりを防ぐため、長い列名が切り捨てられるようになりました
- アーカイブされたモデルの再計算を試みると、（実際には計算は開始されていないにもかかわらず）計算が開始されたかのようにセルが点滅し、その後エラーメッセージが表示されるようになります。
- アッセイカラムの「ツールチップの内容を編集」内でメタデータを検索する際、クエリに一致しないコンテンツが正しく除外されるようになりました
- R-グループ の分解列の着色ルールをコピーして貼り付ける
- 化合物 を、行メニューの「Use in → Design/Search Sketcher」オプションを使用してスケッチャーにコピーすると、スケッチャー内の化合物 が正しく上書きされるようになりました
- 化合物 をIDを使用してスケッチャーに複数回インポートすると、化合物が正しく表示されるようになりました。構造
- あらすじ
- ボックスプロットでは、選択された外れ値のデータポイントの周囲に枠が表示されるようになり、より目立ちやすくなりました
- 散布図のツールチップに、「より大きい」や「より小さい」といったアッセイデータポイントの演算子が表示されるようになりました。
リリース 2024-1