リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• カスタム可視化プリセットの作成と共有 [2022-4]
• DNA/RNAを標準的なヌクレオチド塩基に変換する機能を追加しました [2022-4]
• 「Plot Rigid/Relaxed」スキャンにおける次の手順を案内する新しいワークフローアクションメニュー [2022-4]
• 新しい2Dスケッチャーの初の正式リリース [2022-4]
• ドキュメントに「Maestro 入門」ビデオシリーズが追加されました [2022-4]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• KNIMEの最新バージョン（v4.6.1）が含まれています [2022-4]
• Phase のスクリーニングノードで、マッチの数を制御できるようになりました [2022-4]

LiveDesign において：

• モデルをデプロイする際、適切なKNIMEプロトコルが自動的に選択され、そのプロトコルの最新バージョンがアップロードされます [2022-4]
• 計算の割り当ては、モデルの管理ページから制御されます [2022-4]
• LiveDesign の管理ページから行ったモデルの変更は、既存のモデルを上書きする際にも保持されるようになりました [2022-4]
• モデルの移動、アーカイブ、およびアーカイブ解除を行う新しい管理ノード [2022-4]

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• WindowsでProtein Preparation Workflow インターフェースを開く際の処理速度が大幅に向上しました [2022-4]
• 無関係なCCD結合割り当てエラーの通知を制限することで、Protein Preparation Workflow のログファイルの冗長性を低減した [2022-4]
• 「Protein Reliability Report」は、指定された .cv ファイルに TEST 反射が含まれていない場合、その場で TEST 反射を生成し、RSCC 値を報告します [2022-4]
• PROPKAを（最新）バージョン3.4に更新しました [2022-4]

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• 結晶学的電子密度マップにおけるリガンド の自動フィッティングを行うコマンドラインツール「GlideXtal」の紹介 [2022-4]
• PrimeXの最小化処理では、CIF形式の構造 係数を使用することができます [2022-4]
• Phenix/OPLSでは、結晶メイトと干渉するすべてのエンティティを削除できるようになりました [2022-4]
• Phenix/OPLSは、標準的な残基 における原子の欠落に対してより頑健である [2022-4]

低温電子顕微鏡（Cryo-EM）によるモデル精緻化

• リガンド を低温電子密度マップに配置するためのBeta GlideEMインターフェース [2022-4]
• GlideEMでは、gzip形式のファイル（CCP4、MRC、MAP）を入力として受け付けるようになりました [2022-4]

複数配列ビューア／エディタ

• 「タンパク質ファミリーのアラインメントおよびアノテーション」のベータ版リリース [2022-4]
  • 「その他のタスク」内に、「ファミリー機能の計算」という新しいカテゴリが追加されました。
  • メニューには、タンパク質ファミリーのアラインメントとアノテーションが表示されます
  • キナーゼおよびGPCRのアラインメントに対応しています
  • GPCR領域の注釈付けに対応しています
• デンドログラムのホバー時ツールチップに距離情報を表示する [2022-4]

IFD-MD

• 膜結合型IFD-MDチュートリアル [2022-4]
• Covalentリガンド IFD-MD チュートリアル [2022-4]

FEP+

• 未定義の立体化学中心が導入された場合に、わかりやすいメッセージを表示する [2022-4]
• FEP+ のグループ パネルの使いやすさを改善し、プロトン化状態およびタウトマー状態のアンサンブルを管理できるようにしました。これにより、より正確なΔΔG予測が可能になります [2022-4]

定pHシミュレーション（ベータ版）

• タンパク質pKa 計算における定pHシミュレーションの利便性向上と分かりやすい出力結果 [2022-4]

AutoQSAR

• DeepAutoQSARに、リガンド の特徴抽出用のMACCsキーを追加しました [2022-4]
• DeepAutoQSARのハイパーパラメータ最適化にElasticNetCVモデル（強L1/L2正則化線形回帰）を組み込む [2022-4]
• 使いやすさを向上させた新しいコマンドラインユーティリティ「DeepAutoQSAR」 [2022-4]

Desmond 分子動力学

• 軌跡 の「Plots」ビューで、タンパク質残基 [2022-4]のラマチャンドランプロットを表示する

実測データおよび量子力学に基づくpKa の予測

• pKa の値およびプロトン化状態を高速に予測する、機械学習に基づく新アプリケーション「Epik 7」の初版をリリース [2022-4]
  • Epik 7 では、pH を横軸、各州の人口を縦軸としたグラフを作成することもできます。

FEP（ベータ）の溶解度

• logS単位での溶解度結果を表示するオプション [2022-4]

量子力学

• TDDFT/TDA近似に基づく励起状態のESP電荷の計算 [2022-4]
• Windows でのJaguar の並列計算により、計算を高速化 [2022-4]
• 「Plot Rigid/Relaxed」スキャンにおける次の手順を案内する新しいワークフローアクションメニュー [2022-4]
• ドキュメントに掲載されているJaguar の入力ファイルの例が80件以上 [2022-4]

半経験的量子力学

• 「Semiempirical Module」パネルでGFN2-xTB法が利用可能になりました [2022-4]

生物学的製剤の創薬

• タンパク質リンカーの設計を改善するため、ドメイン間リンカーの設計に特化した新しいバージョンにループデータベースを更新した [2022-4]
• 化学的結合の検出機能を拡張するため、「Reactive残基 」インターフェースに、Aspの異性化パターンおよび遊離システインの検出機能が追加されました [2022-4]
• タンパク質相互作用解析を実行し、結果をCSV形式でエクスポートできる新しいコマンドラインスクリプト [2022-4]
• 複数の構造を含む .mae および .maegz ファイルに対応した「Protein Descriptors」インターフェースの初の正式リリースが公開されました [2022-4]
• 「新しい配列を入力」という新しいオプションから、配列をAntibodyの構造 予測インターフェースにコピー＆ペーストする [2022-4]
• コマンドラインから実行する場合、またはMaestro [2022-4] から実行する場合、Antibody構造 Prediction におけるバッチホモロジーモデリングで、同じ入力 CSV ファイル形式を再利用できます。
• バッチモデリング時の抗体構造 予測において、「グリカン保持」オプションのサポートを追加しました [2022-4]
• 「ジスルフィド設計用システインスキャンパネル」では、リモートジョブ送信に対応しました。これは、例えば分子動力学（MD）軌跡 を入力として使用するなど、大規模なジョブを実行する際に便利です [2022-4]
• 「相互作用」の範囲ドロップダウンに「抗体-抗原」を追加しました [2022-4]
• 「BioLuminate ビデオシリーズ」がドキュメントに追加されました [2022-4]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

• Quantum ESPRESSO GUI：選択した原子を非表示にするオプション [2022-4]
• Quantum ESPRESSO GUI：UX向上のためのNEB UIのアップグレード [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：各反復ごとにNEB maeファイルとして保存されるエンドポイント [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：カスタム保存されたNEB設定のファイルサイズを縮小 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：GUI対応の自動並列化機能の利用 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：ドライバの -save_failures オプション（コマンドライン） [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：qe2mae ツールの -last_only オプションにより、最終的な構造 のみを保存する（コマンドライン） [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：入力ファイル *.cfg での HUBBARD オプションの有効化（コマンドライン） [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：長時間のAIMDシミュレーションにおける自動再起動 [2022-4]
• Quantum ESPRESSO：セル体積の緩和機能のサポート [2022-4]

分子動力学

• 粘度：「」、アインシュタイン・ヘルファンド解析のCSV出力における区切り文字として使用される [2022-4]

材料情報学

• 機械学習による物性：厳選された材料物性向けに、あらかじめ構築・検証済みの機械学習モデル [2022-4]
• 分子記述子：半経験的HOMO-LUMOギャップに関する報告 [2022-4]
• 分子記述子：分子軌道のプロット機能のサポート [2022-4]

粗視化（CG）分子動力学

• Martini 力場を用いたエヴァルト和のサポート [2022-4]
• CG FF Builder：ビューアデータをCSV形式でエクスポートするオプション [2022-4]
• CG FF Builder：既存の軌跡  の使用に対応 [2022-4]
• 原子の粒子へのマッピング：入力ファイル構造  から選択した原子をマッピングするオプション [2022-4]

浸透剤の充填シミュレーション

• 浸透剤の負荷：GCMC水モデルの堅牢な取り扱い [2022-4]
• 浸透剤の充填：出力構造の周期単位格子の可視化 [2022-4]

MSMaestro のユーザーインターフェース

• Maestro における「軌跡 」分析タスクのフレームサイズを変更し、ユーザーエクスペリエンスを向上させました [2022-4]

MSMaestro のビルダーとツール

• Complex Builder：リガンド の拡張ライブラリ [2022-4]
• 無秩序系：分子数が異なるセルを生成するオプション [2022-4]
• Elemental Enumeration：ジョブが対話モードで実行されるのではなく、キューに追加されるようになった [2022-4]
• セルの操作：小数座標の-0.5から0.5の範囲内で平行移動するオプション [2022-4]
• セルの操作：FFの再入力なしで格子寸法を変更できるようになりました [2022-4]
• クエリ・ボンド：出力をCSVにエクスポートするオプション [2022-4]
• 半結晶性ポリマー：既存の結晶を使用するオプション（コマンドライン） [2022-4]
• 半結晶性ポリマー：結晶化度の報告値 [2022-4]
• 半結晶性ポリマー：ポリマーモデルを用いた構築の高速化 [2022-4]

古典力学

• MD Multistage：Martini システムの時間ステップ推定法の改良 [2022-4]
• MD マルチステージ：処理速度向上のためにステージを連結するオプション [2022-4]
• MD Multistage：NVTアンサンブルに適したMartini 緩和プロトコルを内蔵 [2022-4]
• MD Multistage：選択した分子のみを軌道データとして書き出すオプション（コマンドライン） [2022-4]
• 応力・ひずみ：新しいデータポイントが追加されるたびにCSV出力が更新されます [2022-4]
• 熱物理特性：Parrinello-Rahman バロスタットのサポート（コマンドライン） [2022-4]

量子力学

• バンドShape ：暗黙的溶媒の追加／選択オプション [2022-4]
• 有機金属化合物の立体配置探索：QM計算後にコンフォーマーを選択するオプション（コマンドライン） [2022-4]
• 有機金属化合物の立体構造検索：カスタム MacroModel COM ファイルのサポート（コマンドライン） [2022-4]
• 有機金属化合物の立体配置探索：MOPACのサポート（コマンドライン） [2022-4]

教育コンテンツ

• 「Materials Science 入門」Maestro 動画シリーズがドキュメントに追加されました [2022-4]
• 「クイックリファレンスシート」は、ドキュメントおよびトレーニングの各ウェブページから入手可能です [2022-4]
• 新しいチュートリアル：蒸発 [2022-4]
• 新チュートリアル：機械学習による物件価格予測 [2022-4]
• 更新版チュートリアル：高分子電解質の分析 [2022-4]
• 更新版チュートリアル：原子電荷の計算 [2022-4]
• 更新版チュートリアル：固体および表面における反応性の活性化エネルギー [2022-4]
• 更新版チュートリアル：有機金属錯体 [2022-4]

LiveDesign

LiveDesign 2022-4の新機能

• ログイン回数はライセンスの制限によって管理されています。利用可能なライセンス数がすべて割り当てられた後にログインを試みたユーザーは、LiveDesign
• 管理者はユーザーを強制的にログアウトさせることができます。ユーザーに割り当てられたロールを削除するか、特定のユーザー名を指定することで、ユーザーを強制的にログアウトさせることができます。
• ファイルインポートの受領通知：ファイルにエラーが含まれている場合、その旨の通知と、エラーを修正する方法に関する指示を受け取ります。
• Sketcherの機能改善:
  • インプリシットモードのスケッチャー：選択ツールや描画ツールを直接クリックすることで、コンパウンドの編集と化合物 のサブセットの選択をすばやく切り替えることができます。
  • アトムの上にカーソルを合わせ、キーボードのBackspaceキーを押すと、そのアトムを削除できます。
• 管理パネルでプロトコルのパラメータを「デフォルトに設定」に設定すると、既存のすべてのモデルのパラメータが「固定に設定」に変更されます。
• LigandDesigner 内の相互作用表面：相互作用表面を表示して、結合ポケット内の利用可能な成長スペースを確認する
• スプレッドシートから単一の化合物 をコピーする場合、Mol v3000形式でコピーすることができます。サーバー全体の設定により、単一の分子を「ExtendedSMILES 」または「Mol v3000」のいずれかの形式でコピーすることが可能です。複数の化合物を一度に選択してコピーすると、SMILES 形式でコピーされます。
• フリーフォーム列の選択リストの項目は並べ替えが可能です：フリーフォーム列の定義を編集することで、選択リストの項目の順序を変更できます
• UIの改善
  • 「タイル表示」では、画面上に表示できるタイルの数が増え、タイルのサイズ制限も大幅に緩和されています
  • スプレッドシートのセル内のデータをさらに表示する。セル内に表示されていた「さらに表示…」というメッセージは、セル内に追加のデータがあることを示すグラデーションに置き換えられました。
  • ユーザーは、Ctrlキーを押しながらクリックすることで、3Dビジュアライザーに追加の3Dモデルの結果を簡単に表示できます。
  • 化合物 構造 でエクスポートされた画像には、スプレッドシートで立体化学ラベルが有効になっている場合、そのラベルが含まれるようになりました。

修正された点

• セルに空白値と数値または文字列値の両方が含まれている場合、モデル列の並べ替えやフィルタリングが可能になりました。並べ替えの際は、セル内の最初の非空白値が使用されます。
• 複数のフリーフォーム列の条件を指定した詳細検索では、条件の順序を変更しても同じ結果が返されます
• 化合物 メインのスプレッドシート内で画像をクリックしても、大きな原子ラベルが表示されなくなりました
• プロジェクト管理者は、自分のプロジェクト内のすべての数式を編集できます
• ビジュアライズパネルで固定されたプロットのツールチップは、別のプロットや別のLiveReportに切り替えても再び表示されます
• 削除されたLiveReportは、そのLiveReportのURLに直接アクセスしても再開することはできません。
• フォームで固定されたプロットのツールチップは、ビューのサイズが変更されると接続線が更新されます
• 「フィルター」に複数の値を貼り付けると、ここでもまた、区切り文字を自動的に同定 しようとするか、値を区切るための区切り文字を選択するオプションが表示されます。
• 「LiveReport Manager」ダイアログで、最後の LiveReport が水平スクロールバーによって隠れてしまうことがなくなりました
• R-グループ の分解から得られる結合点および炭素原子の結合角は、以前は180度の角度で表示されていましたが、現在は180度未満の角度として表示されるようになりました。
• 3Dモデルを含むLiveReportsでは、開いた後に赤いエラーバーが表示されなくなりました
• Commons-text は、セキュリティ脆弱性 CVE-2022-42889 を修正するためにアップグレードされました。
• この3Dビジュアライザーは、クライアントコンピュータに搭載された高性能GPUを活用することで、クラッシュを防ぐようになっています
• LiveReport で、数式で使用されている列が非表示になっても、数式の結果がスプレッドシートから消えなくなりました。
• 「マッチング分子ペア」ツールは、拡張SMILES 形式で表現されたキラル化合物の解析に失敗しなくなりました。
• 管理パネルでモデルを更新して保存する際、エラーメッセージが散発的に表示されることはなくなりました