リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 数値データからカスタマイズ可能なヒストグラムを作成し、他のチャートやプロジェクトテーブル、あるいはWorkspace
• 構造 階層におけるT細胞受容体の注釈表示機能の強化

フォース・フィールド

• FEP+ およびDesmond モデルの精度向上を目的とした、有機原子向けOPLS5分極化可能力場の完全版を公開しました。

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

LiveDesign において：

• モデルの入力列に関係なく、単一の汎用プロトコルを使用できる機能
• LiveDesign 接続ノードは、認証情報をワークフローに保存するのではなく、セッションから取得することができます
• 日付型の列は、LiveDesign モデルの入力としてサポートされています

結合部位および構造 解析

サイトマップ

• 指定された閾値を超える容量を持つサイトに対して、コンパクトモードを有効にする
• RNA向けのSiteScoreの性能向上を図る新たなRNAモード

Desmond 分子動力学

• 薬剤の滞留時間（ターゲット ）に関する知見を得るとともに、生体内での有効性、安全性プロファイル、およびADMETを最適化するための、新たな「Unbinding Kinetics」ワークフロー（ベータ版）
• SIDパネルにおけるハロゲン結合の分析
• SIDパネルの「Torsion」タブで局所ひずみエネルギーを表示する

混合溶媒MD（MxMD）

• prjzip ファイル内の出力構造およびデータの整理を改善しました

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

• デフォルトでドッキング実行ごとにVSDBを出力することで、Hit Analyzerにおけるヒットの可視化を効率化する
• 新しい「WScore クイックモデル生成」パネル（ベータ版）による WScore モデルの生成プロセスの効率化

リガンド 準備

ヒット分析

• 「Hit Analyzer」パネルで、SMARTS に基づいてケモタイプをフィルタリングする

FEP+

• 「グループ」タブを使用したABFEPシステムにおけるpKa ／タウトマー／コンフォーマー・アンサンブルの管理機能の向上
• Core-SMARTS の選択において、水素原子を明示的に選択する必要がなくなりました
• 改良されたユーザーインターフェースにより、より直感的な列の並べ替えが可能になりました
• 「LiveDesign 」へのエクスポート機能に、新たなフィールドが追加されました
• エッジ解析に、ハロゲンとタンパク質間の相互作用（リガンド ）が追加されました
• FEP+ パネルを開き、計算完了後に分析を行うためのガイド付きアクセスは、のワークフローアクションメニュー（WAM）を介してMaestro

タンパク質 FEP

• 高品質なタンパク質バリアントを同定するための、新しいラムダダイナミクス（λD）を強化したタンパク質残基 変異体FEP+ （ベータ版）
• 「Protein FEP」および「リガンド Selectivity用Protein FEP」パネルに対するOPLS5のサポートを拡充

FEPの溶解度

• 溶解度FEPシミュレーションにおけるOPLS5のサポート拡充

FEP プロトコルビルダー

• FEPプロトコルビルダーパネルのデフォルト設定が変更されたことにより、計算速度が最大35%向上しました

生物学的製剤の創薬

• mut-pred.py を使用して、コマンドラインから残基 スキャンを実行し、DNA/RNAの塩基変異を検出する
• 「タンパク質相互作用解析」パネルで、DNA／RNAとタンパク質との相互作用を解析する
• 非標準の残基 ライブラリ を検索し、最も近い天然アミノ酸類似体を見つけます。
• IMGT または AHo スキームを用いて、T 細胞受容体（受容体 ：TCR）の構造に自動的にアノテーションを付与し、番号を振る
• タンパク質相互作用解析の入力として、pose-viewerファイルを使用する

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• パネルから、既約k点の数を調べる
• Quantum ESPRESSO 7.3.1 へのアップグレード
• 電界の評価を迅速化し、フォノン計算を高速化
• プロジェクト表に記載されている力および応力の情報
• GIPAWのステップで利用できる対角化アルゴリズムの追加オプション（コマンドライン）
• NEB計算において、ドライバーホストとサブジョブホストを個別に設定するオプション
• 固体NMRビューア：元素選択機能のUIを改善

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

• 拡散：非斜方晶系を入力としてサポート

材料情報学 

製品名：MS Informatics

• MLの式設定：機械学習による物性予測値を記述子として使用するオプション
• Formulation ML：DeepAutoQSARの予測値を記述子として使用するオプション
• 機械学習の特性：既存モデルの更新
• 機械学習の特性：S1-T1エネルギーギャップの予測
• 機械学習の特性：水溶性の予測
• 機械学習の特性：各溶媒ごとに出力項目が分けられている

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• 粗視化力場ビルダー：散逸粒子動力学（DPD）のための自動マッピング
• 粗視化力場ビルダー：におけるCGマッピングの可視化workspace

反応性

製品名：MS Reactivity

• ナノリアクター：MD軌跡 の画像を製品リストに追加しました
• ナノリアクター：多状態（例：一重項・三重項）反応のサポート
• ナノリアクター：ビューアで報告されたロード済み構造体の数
• ナノリアクター：ビューア上で、反応物（赤）と生成物（青）を併せて表示したグラフ
• ナノリアクター：標準出力として含めるべき反応物の構造
• リアクションワークフロー：AutoTSの出力データを入力としてサポート

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

• マイクロキネティック・モデリング：反応および関与物質の名称変更機能のサポート
• マイクロキネティックモデリング：気体／溶質種の分子量の自動設定
• マイクロキネティックモデリング：反応の種類に基づく衝突係数の自動割り当て

MSMaestro のビルダーとツール

• 溶媒和系：組み込みの対イオンを用いて系を中和するオプション

古典力学

• MDにおける障壁電位：NPTアンサンブルの支持
• 弾性定数：ビューアパネルをリセットするオプション
• Meta Workflows：軌跡 に基づくフリーボリューム解析のサポート
• 秩序パラメータ：非中心秩序パラメータを計算するオプション
• ポリマーの架橋：バリア電位を使用するオプション
• ポリマー鎖解析：40原子未満の分子に対応

量子力学

• 吸着エネルギー：PBCを採用した系における原子位置の制約オプション
• 光電子フィルムの物性：遷移双極子モーメントの配向およびシングレット励起エネルギー移動（SEET）の計算を網羅したワークフローソリューション

教育コンテンツ

ライフサイエンス

• 新チュートリアル：MD軌跡 解析入門（Desmond
• 新しいチュートリアル：MM-GBSAを用いたドッキング済みリガンドの再スコアリング
• 更新版チュートリアル：ターゲット の柔軟性の理解と可視化
• 更新版チュートリアル：分子動力学を用いないタンパク質柔軟性の近似

材料科学

• 新しいチュートリアル：シングレット励起エネルギー移動
• 新しいチュートリアル：FEPの溶解度
• 新しいチュートリアル：遺伝的最適化
• 新チュートリアル：全原子分子動力学を用いたパンテノールの皮膚への吸着
• 更新版チュートリアル：分子動力学シミュレーションにおける障壁電位の適用
• 更新されたチュートリアル：散逸的粒子動力学（DPD）の自動パラメータ化
• 更新版チュートリアル：自動化された反応ワークフローを用いた非対称触媒の設計
• 更新版チュートリアル：機械学習による物件価格予測
• 更新されたチュートリアル：ポリマーの架橋

LiveDesign

2024-3の新機能

• 「LiveDesign 」プロジェクトの列数が32,000を超える場合、「Maestro 」から「LiveDesign 」へのアップロードが失敗することがありましたが、現在は列数に関係なく正常に完了するようになりました。
• 値の多い列を含むLiveReportでは、LiveReportの上部に赤いエラーバーが表示されていましたが、現在は赤いエラーバーが表示されなくなりました
• 「LiveReport」タブは、ログアウトして再度ログインすると表示されなくなっていたが、現在は再度ログインすると正しく表示されるようになった
• AI/MLを用いた分子特性の迅速な予測を実現する、LiveDesign の新しい学習モジュール: 創薬のための、拡張性に優れた自動化されたAI/MLパイプラインを実現します
  • *LiveDesign 学習は現在、LiveDesign ML と呼ばれています。
• AutoDesigner Core Design によるスキャフォールドおよび R-グループ の設計の高速化：新規コアと R-グループ を同時に自動生成・最適化
• 「データと列」ツリーから、公開済みのフリーフォーム列と数式列を削除する
• 生物学的製剤:
  • シーケンスビューアにおける配列と活性の関係：
    • ビューアでLRから定量列を追加できる機能
    • 残基 の変化とアクティビティデータを、ヒートマップと照らし合わせて分析する
  • CSV 経由で Biologics データをインポートしようとした場合、選択肢は 1 つしかありませんが、現在、「CSV を単一エンティティとしてインポート」というオプションが表示されません。
  • 3Dビジュアライザーの階層パネルによる「構造 」の階層読み込みおよび項目の選択のパフォーマンスが向上しました。
  • 階層内の項目をダブルクリックすると、3Dビジュアライザー（workspace ）でその選択箇所が拡大表示されます。
  • シーケンスビューアでギャップペナルティを設定し、より有用なアラインメントを生成する
• ランディングページ：
  • ランディングページには特定のURLへのリンクが設定され、ブラウザでランディングページをブックマークできるようになりました。
  • ランディングページのリソースページからリソースやファイルをダウンロードしてください
• スプレッドシート表示：
  • 100万セルを超えるセルを含むLiveReportsでは、パフォーマンスの低下が見込まれることをユーザーに知らせる警告メッセージが表示されるようになりました
  • エンティティの画像にカーソルを合わせても拡大されなくなりましたが、エンティティ画像の右側に表示される虫眼鏡ボタンをクリックすることで、画像を拡大できるようになりました。
• 管理パネルの「ユーザー詳細」ページには、ライセンスのないユーザー名はサイト全体のドロップダウンリストに表示されないという警告が表示されるようになりました。LiveDesign
• モデルでは、日付および日時を返す機能がサポートされるようになりました
• 「フォームマトリックスウィジェット」では、フリーフォーム列のセルが小さい場合、そのセルの編集領域がより大きく表示されるようになりました

修正された点

• 以前は、スプレッドシート内でパラメータ化されたモデルへの複数の入力値が同時に変更されると、LiveReportsに赤いエラーバーが表示されていましたが、現在はLiveReportが正しく読み込まれるようになりました
• モデル列の画像が含まれているセルをクリックすると、以前はブラウザに2つのタブ（画像が表示されたタブと、空白のタブ）が開いていましたが、現在は画像が表示されたタブのみが開くようになりました
• LiveReportsでは、時折フィルター設定が失われ、フィルターパネルが空白になることがありましたが、現在はフィルター設定が失われることはなくなりました
• シングルサインオン（SSO）IDプロバイダー内でユーザーの役割を変更しても、ユーザーが一度ログアウトして再度ログインした際には、LiveDesign 内のユーザーの役割は更新されませんでしたが、現在は、ユーザーがLiveDesign からログアウトして再度ログインした後、役割の変更が正しく反映されるようになりました。
• 管理パネルでパラメータ化されたモデル（タイトルやフォルダなど）に変更を加えても、「保存」ボタンをクリックしても保存されませんでしたが、現在は正しく保存され、パラメータ化されたモデルが更新されるようになりました。
• 「固定設定」のプロトコルパラメータに変更が加えられても、依存するモデルやパラメータ化されたモデルにその変更が反映され、それらの動作が損なわれることはありません。
• 「数式部分構造検索」機能では、一致する部分構造が複数ある場合でも、その件数を誤って「1」と表示していましたが、現在は一致する部分構造の総数を正しく表示するようになりました。
• アーカイブ済みのプロジェクトと同じ名前で新しいプロジェクトを追加しようとすると、以前は意味不明なエラーメッセージが表示されていましたが、現在は、別の名前を選択するようユーザーに指示する明確なメッセージが表示されるようになりました。
• 複数のLiveReportが開かれている状態で、左側のパネルを開くと、アクティブなLiveReportタブが非表示になっていましたが、現在はアクティブなLiveReportタブが表示されたままになります
• 新しく作成されたモデルは、プロトコルで定義された「モデルの再計算」オプションを継承せず、デフォルトで「自動」オプションが設定されていましたが、現在はプロトコルで定義されたオプションが正しく継承されるようになりました。
• 管理パネルで列名が変更されたパラメータ化モデルは、そのモデルがLiveReportsに追加された際、以前は変更前の元の列名が表示されていましたが、現在は更新後の列名が正しく表示されるようになりました
• 「フィルター」パネルと「詳細検索」パネルのユーザーインターフェースが統一されました
• LiveReportピッカー内で列の幅を変更したところ、列ヘッダーと列の内容の位置がずれてしまい、現在もヘッダーの位置がずれたままになっています
• 「Global」プロジェクト内のテンプレートが更新・上書きされると、接頭辞「(Global)」が繰り返し表示されていましたが、現在は「Global」プロジェクト内のテンプレートが更新・上書きされた後、接頭辞「(Global)」が1回だけ表示されるようになりました。
• Maestro 「LiveDesign 」の3D列のタイトルが変更された場合、3Dの結果がインポートされませんでしたが、現在は列のタイトルに関係なく、すべての3Dデータが正しくインポートされるようになりました。
• LiveDesign 以前はデータベースのロックが原因で時折フリーズすることがありましたが、現在はフリーズしなくなりました
• メインのスプレッドシートからモデル添付ファイル（例：Glide モデルのLID）を開くと、画像が表示されなかったが、現在は正しく表示されるようになった
• 固定行を除外すると、メインのスプレッドシートの1行目に点滅する四角が表示されていましたが、現在はその行のデータが正しく表示されるようになりました
• 表示すべきプロジェクトの数が多いため、以前は5秒の遅延を経てプロジェクトピッカーが表示されていましたが、現在は即座に表示されるようになりました
• シーケンスビューアでは、非天然アミノ酸について、時折誤った色やツールチップが表示されることがありましたが、現在は正しい情報が表示されるようになりました
• シーケンスビューアで残基 にカーソルを合わせると、以前はビューアが先頭までスクロールしていましたが、現在はスクロール位置が変化しなくなりました
• プロットのツールチップは、画面に固定した後はドラッグして移動できませんでしたが、固定後も新しい位置へドラッグできるようになりました
• 以前は、モデルが実際には正常に実行されていたにもかかわらず、LiveReport上でモデル結果が「失敗」と表示されることが時々ありましたが、現在はLiveReport上でモデル結果が正しく表示されるようになりました。