リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• エントリの包含／除外処理のパフォーマンスが大幅に高速化されました（約5倍高速化） [2022-2]
• GPUにおける深度ピーリングの採用によるグラフィックス性能の向上 [2022-2]
  • GPU による透過レンダリング（ベータ版）
  • リボン／漫画の透明度（ベータ版）
• 「バインディングポーズの比較」を容易にする新しいプリセットビュー [2022-2]
• 核酸の番号付け機能のサポートが強化されました残基 [2022-2]
• 構造 階層における抗体アノテーションの表示に関する柔軟性の向上 [2022-2]
• エントリのタイトルに基づくシンプルな重複排除機能。新しい「タイトルごとの最初のエントリ」選択機能を搭載し、グループ の幅広いサポートに対応 [2022-2]
• 圧縮されたSMILES （*.csvgz）のインポートに対応 [2022-2]
• 2Dオーバーレイの色に新たな高コントラストを採用し、視認性を向上 [2022-2]

フォース・フィールド

• OPLS4 に過塩素酸イオンのサポートを追加しました [2022-2]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• KNIMEの最新バージョン（v4.5.1）が含まれています [2022-2]
• 「LiveDesign 」ノードの機能による新しい入力により、LiveDesign から入力列を取得して KNIME モデルを作成したり、テストシナリオを保存したりすることが容易になりました [2022-2]
• LiveDesign カラム入力プロトコルに基づくモデルでは、3Dカラムを入力として受け取れるようになりました [2022-2]
• 「LiveDesign からインポート」ノードで、LiveReport の列順が維持されるようになりました [2022-2]
• 管理業務の効率化を図るため、フォルダ間でモデルを一括移動できる機能 [2022-2]

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• リガンド とprotein tautomer/pkaを同時に最適化 – コマンドライン専用 [2022-2]

複数配列ビューア／エディタ

• 残基 および記述子をカンマ区切りのテキストファイルにエクスポートする機能 [2022-2]
• デンドログラムに「選択範囲にズーム」および「ビューのリセット」機能が追加されました [2022-2]
• プロジェクトの自動保存をオンまたはオフにする新しいオプションが追加されました [2022-2]

IFD-MD

• IFD-MDのGUIデザインの改良 [2022-2]
• IFD-MDが共有結合ドッキングおよび膜タンパク質に対応し、適用範囲がより幅広いターゲットやリガンドへと拡大 [2022-2]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

ファーマコフォア・モデリング

• Maestro でファーマコフォアの特徴ラベルを表示しないようにする機能workspace [2022-2]

リガンド ドッキング

• SMILES リガンド Glide  からのCSV出力に、表現が追加されました [2022-2]
• アクティブラーニングにおいて、保持して再評価するリガンドの割合または数を指定できる機能Glide [2022-2]

リードの最適化

リガンド アライメント

• 最大共通部分構造（MCS）に対するアライメント制約が要求される場合の、改良されたアライメント手法 [2022-2]

FEP+

• 「詳細オプション」の新しい「二面角スケーリング」機能により、相対結合FEPの溶媒側におけるリガンドが、より多くの状態をサンプリングできるようになりました [2022-2]
• [2022-2] 「詳細オプション」で指定した濃度のNaCl塩を追加することで、核酸の性能モデリングが改善されました。
• GraphDBのジョブと連携するための新しい`jws`コマンドラインインターフェース [2022-2]

FEPの溶解度

• 充実した機能を備えた「摂動レポートパネル」を使用して、FEP溶解度シミュレーションの結果を分析する [2022-2]

量子力学

• 解析的または擬スペクトルRI-MP2エネルギー、勾配、および2階微分を追加しました [2022-2]
• PCM暗黙溶媒法が、Jaguar のキーワード「nofail」、「nops_opt_switch」、「check_min」に対応するようになりました [2022-2]
• VCD/ECDワークフローにおいて、必要に応じてqRNNを用いてジオメトリを最適化できる機能 [2022-2]
• 長距離補正（LRC）汎関数におけるSCF収束性の改善 [2022-2]
• Spectrum Plot で IR/ラマンスペクトルを通過率または吸収率として表示する機能 [2022-2]

半経験的量子力学

• NDDO および MOPAC2016 パネルは、新しいオープンソースの MOPAC パネルに置き換えられました [2022-2]

医薬品化学

リガンド デザイナー

• 「Growth Space」セレクションにおけるリガンド の生育の微調整機能の向上 [2022-2]

生物学的製剤の創薬

• 抗体構造 の新しい予測インターフェース。抗体の検出、アラインメント、およびフレームワーク検索のプロトコルが改善されました。このインターフェースは、バイスペシフィック抗体などの非伝統的な抗体形式にも対応しており、バッチモデリング機能を備えた直感的なワークフローを提供します [2022-2]
• 生物製剤のリスク予測を目的として、160個の主要な配列、構造、表面の特徴からなるタンパク質特異的記述子を算出するための新しいインターフェース [2022-2]
• 「タンパク質相互作用解析」パネルから、マウスを1回クリックするだけで構造を残基 スキャンにエクスポートできるようになりました [2022-2]
• バッチ抗体モデリング用に、複数の抗体配列を含むCSVファイルをインポートする機能を追加しました [2022-2]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

• Quantum ESPRESSO：フォノン計算における収束パラメータのユーザーによる制御 [2022-2]
• Quantum ESPRESSO：擬ポテンシャルからエネルギーカットオフを読み込むオプション [2022-2]
• Quantum ESPRESSO：スピン分極、k点メッシュ、およびハバードUの設定をProject Table [2022-2]に報告

分子動力学

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

• 拡散：オンサガー係数の計算（コマンドライン） [2022-2]
• 拡散：GUIから保存された拡散トレース（最大10件） [2022-2]
• 拡散：保存されるトレース数のユーザーによる制御（コマンドライン） [2022-2]
• 粘度：ビューアにおけるアインシュタイン・ヘルファンド粘度のプロット [2022-2]

KMC チャージ・モビリティ

• KMC Charge Mobility：サイトエネルギープロットにおける占有率オーバーレイの可視化 [2022-2]

材料情報学

• 分子記述子：全リガンドにおける埋没体積の算出 [2022-2]

粗視化（CG）分子動力学

• 粗視化力場の適用：組み込み型Martini 力場としてのβ-シクロデキストリン [2022-2]
• 粗視化構造のインポート：β-シクロデキストリンのサポート [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：結果ビューア [2022-2]
• 粗視化力場構築ツール：CG結合部位の体積の推定 [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：グループ SMARTS [2022-2] で規定されたオーバーラップ
• 粗視化力場ビルダー：複数のSMARTS パターンを用いてビーズを定義するオプション [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：粒子体積のユーザー指定 [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：結合と角度のフィッティングを個別に制御 [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：力場（FF）の構築速度向上（最大5倍） [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]
• 粗視化力場ビルダー：粒子体積のユーザー制御 [2022-2]

オプトエレクトロニクス

• オプトエレクトロニクス・アクティブラーニング：逆ターゲット 特性を用いた最適化 [2022-2]
• オプトエレクトロニクス・アクティブラーニング：反復ごとの特性プロット [2022-2]
• オプトエレクトロニクス・アクティブラーニング：S1エネルギー、S1-T1エネルギーギャップを目標として [2022-2]

浸透剤の充填シミュレーション

• Penetrant Loading：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]

形態予測

• 形態論：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]

MSMaestro のビルダーとツール

• Crystal Builder：P 2c 2n スペースのサポートグループ [2022-2]
• 曲線のデジタル化：x軸の値が同じ点の平均を計算しないオプション [2022-2]
• 不規則系ビルダー：2つの無限に伸びる軸を持つ周期構造を持つ基板に対する「没入」オプション [2022-2]
• 元素の列挙：複数の元素に変換するオプション [2022-2]
• Polymer Builder：ラダーポリマーのサポート [2022-2]
• Structured Liquid Builder：対イオンおよび溶媒の両方としてエントリを追加する機能のサポート [2022-2]
• 構造化液体ビルダー：部分密度を表示するオプション [2022-2]

古典力学

• クラスター分析：分析の並列実行のサポート [2022-2]
• クラスター分析：単一分子クラスターの分析からの除外 [2022-2]
• クラスター分析：平均Rgおよび偏心率の支持 [2022-2]
• SMARTS によるグループ の定義：高分子における原子とグループのより適切な対応付け [2022-2]
• Elastic Constants：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]
• MD多段階ワークフロー：Martini 用ステージ CGMD [2022-2]
• MD多段階ワークフロー：柔軟な角度のバロスタットシミュレーション後の平均セルステップの有効化 [2022-2]
• Molecular Deposition：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]
• Polymer Crosslink：ジョブホストのユーザーによる制御とライセンス管理 [2022-2]
• MDの準備：システムの迅速な溶媒和（コマンドライン） [2022-2]
• MDの準備：1000個以上の分子を含むシステムにおけるモデル作成の大幅な高速化 [2022-2]
• MDの準備：より長い時間ステップでのシミュレーションを可能にするための水素質量の再配分オプション [2022-2]
• ストレス・ストレイン：ディスク容量の使用量の削減 [2022-2]
• 応力・ひずみ：残留ひずみに対する定横圧モード [2022-2]
• Stress Strain：条件付き結合切断のサポート（コマンドライン） [2022-2]
• 応力・ひずみ：繰返し応力・ひずみ解析を適用するオプション [2022-2]
• ねじりプロファイル解析：立体化学を持たないシステムにおける計算速度の向上 [2022-2]
• Tg：等方性および異方性のバロスタットから選択できるオプション [2022-2]
• 複数のパネル：ASLパターンの保存と再利用のサポート [2022-2]

量子力学

• 吸着エネルギー：再起動のサポート [2022-2]
• 吸着エネルギー：幾何形状を手動でプレビューおよび変更するオプション [2022-2]
• ベータ消去：中間体の表示を非表示にするオプション [2022-2]
• 結合解離エネルギー：workspace [2022-2] による「SMARTS 」の結合選択機能のサポート
• 反応ワークフロー：エタ・ロトマーの生成をスキップするオプション [2022-2]
• 反応ワークフロー：カスタム速度定数式を使用するオプション [2022-2]
• 反応ワークフロー：ボルツマン平均化された物性を計算する前に、重複するコンフォメーションを除去する [2022-2]

LiveDesign

LiveDesign 2022-2の新機能

• 分解によって得られたR群は、SAR解析を容易にするために、フィルターやプロットで使用することができます。
  • LiveReport およびプロット内の R グループに色付けルールを適用する
  • R基のサブセットのみを表示するためのフィルターを作成する
  • プロット内のデータポイントの形状を、そのR値に応じて変更するグループ
• より多くのデータを同時にグラフで可視化する
  • 数万個のデータポイントを同時にプロットする
  • データポイントにジッターを適用することで、重なり合ったポイントをより見分けやすくする
• シングルサインオンを有効にして、アクセスと権限の管理をより簡単に行えるようにする
  • IdP管理者は、IdPのグループ 属性と、LiveDesign ユーザー向けのLiveDesign の役割を関連付けられるようになりました。
  • 必要に応じて、ユーザー固有のIdP属性を使用して、グループ のマッピングを拡張し、特定のユーザーに追加のLiveDesign ロールを付与することができます。
• 欠損データを含むMPO入力列のプロキシ値を定義し、欠損値が異なる化合物をより容易に比較できるようにする
• 文字列を含む列に対して、色付けルールを自動的に作成する
• ユーザビリティの改善
  • 「データと列」ツリー内のツールチップが再設計され、より多くの情報が表示されるようになりました
  • プロジェクト管理者が、自身が作成していないテンプレートが上書きされようとしている際に、警告メッセージが表示されます。

修正された点

• 化合物 の画像でステレオ注釈の表示/非表示を切り替えても効果がなく、常に注釈が表示されていました。現在は、ステレオ注釈の表示/非表示の切り替えが正常に機能するようになりました。
• 実行されていない「クリックして実行」モデルの再計算を試みると、セル内に点滅する四角形が表示され、モデルが実行されるまで消えませんでした。現在では、実行されていない「クリックして実行」セルの再計算を試みると、そのセル内に「実行」ボタンが表示されるようになりました。
• PPT、PDF、Excelファイルへのエクスポート時、化合物 の画像に拡張ステレオラベルが表示されていませんでしたが、現在は画像に拡張ステレオラベルが表示されるようになりました
• 新しく作成されたモデルは、プロトコルのコマンドタイプを継承していませんでしたが、現在はコマンドタイプを継承するようになりました
• 反応列挙によって生成された生成物の中には、原子の数が多いため列挙プレビューに表示されなかったものがありましたが、現在は表示されるようになりました
• 削除またはクリアされたフリーフォーム列の値は、これまでプロット上で表示されたままでしたが、これ以降はデータポイントが削除されるようになりました
• R-グループ の分解からRグループをLiveReportに保存すると、不要な列が表示されていましたが、現在はRグループのみが表示されるようになりました
• 公開済みのフリーフォーム列に対して、フリーフォーム列の編集が時折失敗することがありましたが、現在は失敗しなくなりました
• 実験用アッセイカラムで集計モードを「最新」に設定すると、値に誤った修飾子が表示されていましたが、現在は正しい修飾子が表示されるようになりました
• 数式を編集すると、列名に文字が追加され、現在ではそれらの文字が列名とは別のものとして扱われるようになった
• 値の数が非常に多い用量反応曲線は、以前はLiveReportに表示されませんでしたが、現在は表示されるようになりました。
• 実験データポイントのいずれとも一致しない条件を持つ限定的なアッセイカラムを作成すると、今後その条件を編集してもデータポイントと一致しなくなってしまうが、現在は編集を行ってもデータポイントと正しく一致するようになった
• プロット上の縦方向および横方向のオーバーレイは、以前はプロット全体に及んでいませんでしたが、現在はプロットの高さおよび幅全体に及ぶようになりました
• MPOを含むLiveReportのサブセットを複製する際、入力列も選択されていないとエラーメッセージが表示されていましたが、現在はLiveReportのサブセットを複製する際に、MPOへの入力列を選択する必要がなくなりました。
• LiveReportにリガンド Designerの列が含まれている場合、CSV形式へのエクスポートは失敗していましたが、現在は正常にエクスポートできるようになりました
• Date データ型の列には色付けルールを適用できませんでしたが、現在は色付けルールを適用できるようになりました