リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 新しい組み込み型「Workspace 」シーケンスビューアにおける機能の向上と使いやすさの強化 [2023-4]
• 散布図機能の強化：更新されたチャート作成ツールにより、より直感的なインターフェース、データ探索のためのインタラクティブな機能、および散布図を作成するための幅広いカスタマイズオプションが提供されます [2023-4]
• 新しい「なげなわ選択」：マーキー選択と比較して、特定の原子や領域の周囲を、より高い精度でフリーフォームの選択パスを描画できます [2023-4]
• 新しく追加されたフラグメントを自動的に最小化する、3D Builderの新しい動作設定 [2023-4]
• 一新された「Find Toolbar」は、ユーザーインターフェースが改良され、配列検索や、Sketcherへのアクセス機能を備えた強化された「SMARTSによる検索」などの新機能が追加されました [2023-4]
• 3Dビルダーに非標準アミノ酸のサポートを追加しました [2023-4]
• いくつかの「プロジェクトテーブル」ダイアログのユーザーインターフェースを改善しました [2023-4]：
  • プロパティの結合
  • プロパティのコピー
  • プロパティの削除
  • 明確な価値観
• 選択したエントリを、現在のグループ  の先頭または末尾に移動するメニューオプションを追加しました [2023-4]
• テクスチャマッピングによる表面のビジュアル表現の向上。頂点ごとのテクスチャ座標を活用し、ディテールと色彩の鮮やかさを高めた [2023-4]
• Maestro へのインポート時、mmCIF ファイル（.cif）は PDB ファイル（.pdb）と同様に扱われるようになり、視認性を高めるため、原子は元素ごとに自動的に色分けされるようになりました [2023-4]

フォース・フィールド

• FFBuilderでは、デフォルトの参照手法としてQRNN-TBニューラルネットワークポテンシャルが採用されるようになりました。一般的なFFBuilderジョブの実行速度は3～5倍向上しています [2023-4]

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• LiveDesign 接続ノードは、シングルサインオンに対応しており、異なるバージョンのLiveDesign を実行しているホストへの再接続をサポートしています [2023-4]
• LiveDesign 接続ノードは、「LiveDesign 」としてアップロードノードに接続できます [2023-4]
• LiveDesign 複数のホストの設定は、KNIMEの設定パネルにプロファイルとして保存されます [2023-4]

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

AlphaFold のダウンロード／処理手順

• AlphaFold2モデルの処理およびColabFoldで作成されたPAEファイルの処理に対応しました [2023-4]

複数配列ビューア／エディタ

• 「Align by Family」パネルの正式リリース（ベータ版表記を削除） [2023-4]
• T細胞受容体を、配列特徴に基づいて認識・特性注釈が付けられた最新のタンパク質ファミリーとして追加しました [2023-4]
• T細胞受容体 配列のファミリーアウェアアラインメントのサポートにより、ホモロジーモデリングなどの下流アプリケーションを可能にする [2023-4]

結合部位および構造 解析

Desmond 分子動力学

• ラジアル分布関数（RDF）パネルで、モノマーごとにサイトの「グループ」が可能になりました [2023-4]

混合溶媒MD（MxMD）

• フラグメントサイズプローブのサポートを追加しました [2023-4]

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

リガンド 準備

実測データおよび量子力学に基づくpKa の予測

• Epikにおけるルイス構造 の正規化の改善 [2023-4]

リードの最適化

リガンド アライメント

シス結合およびトランス結合を含むマクロサイクルの配列決定性能の向上 [2023-4]

FEP+

• FEP+ パネルにおける複数の物理特性の解析の改良 [2023-4]
  • 低分子FEP
    • 相対溶媒和
    • 相対結合
  • FEPの溶解度：
    • 水分補給
    • 解散
  • タンパク質FEP：
    • 選択性
    • 熱安定性
• 「詳細オプション」パネルにおける追加設定 [2023-4]
  • 平衡時間
  • シミュレーション時間は、溶媒／錯体／真空の各段階に分けられます。
• Webサービスへのジョブ送信の利便性を向上 [2023-4]

定pHシミュレーション

• 軌跡 プレイヤー：Lambda Dynamics の改善 [2023-4]

FEP+ プロトコルビルダー

• ユーザー定義のサブマップ上でFEP+ プロトコルビルダーを実行する機能 [2023-4]

マクロサイクル

• macrocyclize.py に、パラメータを個別に指定するための -parameter コマンドライン引数を追加しました [2023-4]
  • The -parameter argument expects a <key>=<value> argument, where <key> is one of several runtime parameters that can be inspected through the -write_param_file option.

生物学的製剤の創薬

• タンパク質中のメチオニン残基 の酸化リスクを予測する新しい手法（コマンドライン） [2023-4]
• CDRグラフト法による抗体のヒト化の強化は、非ヒト種のフレームワークへのグラフト（例：マウス化）をサポートする（コマンドライン） [2023-4]
• 抗体ヒト化のためのデフォルトヒト生殖細胞系列データベースの更新および拡充 [2023-4]
• チェーン間およびチェーン内のジスルフィド結合のフィルタリングと表示の簡素化 [2023-4]

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• RMM-DIIS対角化アルゴリズムのサポート [2023-4]
• 実効電荷の計算オプション（コマンドライン） [2023-4]
• 複数の第一原理分子動力学（MD）ジョブからの軌道を統合するオプション（コマンドライン） [2023-4]
• 表面エネルギー：原子の位置に制約を追加するオプション [2023-4]
• 表面エネルギー：格子定数を最適化するオプション [2023-4]

オプトエレクトロニクス

製品：遺伝的最適化（GA）

• WindowsおよびMacにおけるDeepAutoQSARのサポート [2023-4]

KMC チャージ・モビリティ

製品名：MS Mobility

• KMC電荷移動度のプロット：平均計算から除外するプロットを選択するオプション [2023-4]

材料情報学

製品名：MS Informatics

• MLプロパティ：ダウンロード可能なカスタムプロパティ予測モデルのサポート [2023-4]
• ML Property：ダウンロード可能なカスタムモデルによる光電子特性 [2023-4]
• MD記述子：記述子を計算するためのMDワークフロー [2023-4]

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• タンパク質向けに改良されたMartini 力場のサポート [2023-4]
• Martini における、シグマ値3.2 Åの「tiny」（T）型ビードのサポート [2023-4]
• Martini シクロデキストリン粒子に関するサポート [2023-4]

誘電特性

製品名：MS 誘電体

• ビューア内の「概要」タブに整理された出力情報が表示される [2023-4]
• ビューア内の、指定された密度および分極率に基づく結果推定ツール [2023-4]

反応性

製品名：MS Reactivity

• 自動反応ワークフロー：包括的な自動反応解析のためのモジュール [2023-4]

MSMaestro のビルダーとツール

• 元素の列挙：周期表から複数の元素を選択するオプション [2023-4]
• Meta Workflows：QMステージにおけるTDDFTおよび相対論的ハミルトニアンのサポート [2023-4]
• Meta Workflows：個々のステージにおけるマルチCPU/GPU構成のサポート [2023-4]
• Meta Workflows：ステージに渡す追加の入力ファイルの設定機能 [2023-4]
• Meta Workflows：カスタムステージの標準出力がファイルシステムに保存される [2023-4]
• 溶媒和系：Workspace アクションメニュー（WAM） [2023-4]
• 構造化液体：原子特性として割り当てられた親水性／疎水性基 [2023-4]
• 構造化液体：親水性基から疎水性基への矢印の可視化 [2023-4]

古典力学

• 蒸発：軌跡 の記録間隔をユーザーが制御可能 [2023-4]
• MD多段階法：平均セル段階の直前の段階について保存された軌跡 （CMS） [2023-4]
• 半径分布関数：モノマーごとのグループ オプション [2023-4]

量子力学

• オプトエレクトロニクス：酸化還元電位の予測に向けたPCM溶媒設定のサポート [2023-4]
• 反応エネルギー計算の列挙：マルチCPUサブジョブのサポート [2023-4]
• 反応ワークフロー：コンフォメーション検索後にxTB最適化を実行するオプション [2023-4]
• 反応ワークフロー：エネルギー・スパン・モデルに基づくターンオーバー頻度 [2023-4]
• 遷移モーメント順序パラメータ：より高い励起状態のサポート [2023-4]
• 遷移モーメント順序パラメータ：励起状態の設定に関する追加オプション [2023-4]

教育コンテンツ

• 新チュートリアル：機械学習のための分子動力学記述子 [2023-4]
• 新チュートリアル：自動化された反応ワークフローを用いた非対称触媒の設計 [2023-4]
• 更新：誘電特性 [2023-4]
• 更新：液体電解質の性質：第1部 [2023-4]

LiveDesign

2023-4年の新機能

• ランディングページの改善
  • 化合物を「お気に入り」に指定すると、「化合物」ページの上部に固定表示されます
  • ブックマークされたLiveReportsは、新しいブラウザタブで開きます
  • プロジェクト内の化合物の総数、仮想化合物の数、および実在化合物の数を確認する
  • 最近追加された「実在」または「仮想」の化合物を表示し、日付範囲で絞り込む
• SARスキャフォールドの順序を変更して優先順位を調整し、どのスキャフォールド化合物が一致するかを制御する
• 「数式」および「フリーフォーム」列の列ヘッダーアイコンを表示し、列の種類を同定 する
• LiveReportで列ヘッダーにカーソルを合わせると、ツールチップにアッセイの説明が表示されます
• 検索後にLiveReportに追加された行は、自動的に選択されます
• モデル／プロトコルのメタデータに関するユーザー体験の改善
  • プロトコル／モデルの詳細ページに「作成者」フィールドが追加されました
  • 各プロトコルの依存モデル数が、プロトコル一覧ページに表示されます
  • モデルの詳細ページには、プロトコルへの直接リンクが掲載されています
  • 「作成日」と「最終更新日」が、プロトコル／モデル一覧ページに新しい列として追加されました
  • 「モデル結果を消去」オプションへのアクセスがより簡単になりました
• LiveReportのフィルタ処理とR-グループ の分解処理が高速化され、大規模なLiveReportではパフォーマンスの向上がさらに顕著になりました

修正された点

• 1つ以上のMatrixウィジェットを含むレイアウトを含むLiveReportは、複製できるようになりました
• ピックリストパラメータを含む、未公開のパラメータ化モデルを含むLiveReportは、複製できるようになりました
• 詳細検索
  • 「複数のエンドポイントを制限」を使用した詳細検索では、逆検索条件と通常の検索条件が同じように扱われていましたが、現在はこれらを正しく区別するようになりました
  • 制限条件を指定した実験結果の詳細検索では、以前は結果がない化合物も表示されていましたが、現在は定義された結果がある化合物のみが表示されるようになりました。
  • 「複数のエンドポイントの制限」機能を使用した条件を含む実験結果の詳細検索において、以前は「複数のエンドポイントの制限」の検索条件に一致しない結果が誤って表示されていましたが、現在はすべての条件に一致する結果が表示されるようになりました。
• 「汎用エンティティ」のファイルからアップロードされた実験結果が、「データと列」ツリーに表示されるようになりました
• 管理パネルに表示されるタスクについて、実際には「送信済み」でも「実行中」でもないにもかかわらず、そのステータスが「送信済み」または「実行中」と表示されることが時折ありましたが、現在は正しくステータスが表示されるようになりました。
• PowerPointへのエクスポートでは、ヘッダー列の背景色がグレーになり、化合物 の画像行では「Result」の代わりに「Entity」という用語が使用されるようになりました。
• 同じ化合物 をスケッチャーに連続して複数回ドラッグすると、正しく化合物
• プロット内の色付けルールは、マルチセレクトのピックリスト形式のフリーフォーム列で定義されている場合でも、正しく機能するようになりました。
• LiveReportのフッターにある選択ナビゲーションが、タイルビュー内で正しくスクロールするようになりました
• リガンド Designerでは、以前は新しく追加されたフラグメントを緑色で表示していましたが、現在はデフォルトの配色スキームに従って原子を表示するようになりました。
• 3Dビジュアライザー内で保存済みのシーンを読み込む際、シーンの保存時に使用されたスタイルに基づいて、リガンドのスタイルが正しく適用されるようになりました
• プロット内でのカスタムビニングが、フォームビューで正しく保存されるようになりました
• 「Viewer」ロールのユーザーは、ログイン後に一時的な赤い認証エラーバーが表示されなくなりました
• 以前は、ユーザーがLiveReportを閉じてからかなり時間が経ってから「このLiveReportを閲覧している他のユーザーが1人います」という通知が表示されていましたが、現在は他のユーザーがLiveReportを閲覧している際に正しく表示されるようになりました。