Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

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ライブラリ 背景

リリースノート

今回のリリースでは：

リリース 2026-1

リリース：
リリース 2026-1
リリース 2026-1 リリース 2026-3リリース 2026-2リリース 2025-4リリース 2025-3リリース 2025-2リリース 2025-1リリース 2024-4リリース 2024-3リリース 2024-2リリース 2024-1リリース 2023-4リリース 2023-3リリース 2023-2リリース 2023-1リリース 2022-4リリース 2022-3リリース 2022-2リリース 2022-1

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

  • 刷新されたサーフェスマネージャー– サーフェスのスタイル、色、透明度をリアルタイムかつ非モーダルで編集できる、モダンで常時表示されるインターフェースにより、複雑な可視化を簡単に制御できます
  • 測定値の保持– 幾何学的測定値がエントリとともに保持されるようになったため、複数のコンフォーマーや状態にわたって、中断することなく構造の比較が可能になりました
  • スタンドアロンでの密度マップのインポート– スタンドアロン環境での直接的な密度マップのインポートにより、クライオ電子顕微鏡法および結晶学のワークフローを加速
  • Maestro アシスタントモード（オープンベータ）– 状況に応じて「質問」「実行」「自動」の各モードをインテリジェントに切り替え、ドキュメントと直接的なアクションをシームレスにつなぐ、コンテキスト認識型AIパートナー

結合部位および構造 解析

混合溶媒MD（MxMD）

  • コマンドラインのMxMDドライバーに、MxMDとSiteMapを組み合わせたクリプティックポケット同定ワークフローにおけるすべてのシミュレーションをシームレスに実行し、結果をコンパイルする機能を追加しました。

WaterMap

  • WaterMapでは、OPLS_2005力場およびTIP4P水モデルの使用に対応しました

ヒット同定およびバーチャルスクリーニング

ドッキング

  • 新しい「ドッキングレポート」を活用して、ネイティブ再ドッキング実験を理解・最適化・トラブルシューティングし、ドッキング性能を最大化しましょう

リードの最適化

FEP+

  • GraphDB/Webサービスでは、必要に応じてFMPdbではなくプライマリFMPファイルのみをダウンロードすることができ、結果の分析にかかる時間を短縮できます。
  • FEP+ ワークフローは、コスト効率に優れたプリエンプティブルノード上での実行に対応するようになりました
  • 2D Sketcher を使用して、以下の用途向けのコアSMARTS を定義します。FEP+
  • FEP+ による統計解析におけるカテゴリカルなアッセイデータの処理の改善

FEP+ プロトコルビルダー

  • プロトコルの最適化において、3つの濃度の塩溶液をサンプリングする
  • プロトコル最適化における膜の自動配置の例

FEP+ ポーズビルダー

  • FEP+ Pose Builder を使用すれば、正確で干渉を考慮した FEP 対応のポーズを自動的に生成できます。バイアスのない選択と堅牢な原子マッピングを実現するように設計された自動化されたワークフローにより、高品質なリガンド アライメントをより迅速に生成し、FEP+ を大規模に実行できます。
  • LiveDesign FEP+ Pose Builderプロトコルでは、サイクル閉鎖型FEP計算用のFMPファイルの生成に対応しました

量子力学

  • AutoTSにおいて、xTBやQRNN、MPNICE、UMAなどのMLFFをコマンドラインから利用することで、計算時間を短縮できます
  • すべてのマルチスレッド対応Jaguar バッチ計算において、CPUコアの割り当てを最適化することで、バッチ計算の処理速度を向上させます。

分光法

  • 13C NMRスペクトルにおけるC-BrおよびC-I結合に関する新たな補正

デ・ノボ設計

AutoDesigner – R-グループ Design

  • 機能フラグを設定することで利用可能になった、新しい「AutoDesigner R-グループ Design Panel」を使用して、広範な化学空間を探索し、同定 の最適R基を特定できます。
  • AutoDesigner R-グループ の設計案に、オプションのQEDスコア（薬物様性の定量的評価）を追加しました。

AutoDesigner – コアデザイン

  • フィーチャーフラグを設定することで利用可能になった新しい「AutoDesigner コア設計パネル」を使い、広大な化学空間を探索して、同定 の最適なコア置換案を見つけましょう
  • AutoDesigner Coreの設計案に、オプションのQEDスコア（薬物様性の定量的評価）を追加しました

教育コンテンツ

生物学的製剤の創薬

  • 「MacroMolecular Pose Filter」のリリース– 生成された多数の候補の中から、高分子複合体の最も妥当または関連性の高い構造モデルを選択します
  • 新しいタンパク質記述子「ASPmax」の追加　当社の記述子セットに「ASPmax」（最大平均表面特性）を追加しました。これは、疎水性相互作用クロマトグラフィー（HIC）カラムにおけるタンパク質の保持時間および凝集リスクを予測するために使用されます。
  • 非標準の残基 の検索とフィルタリング– 「名前」、「コード」、「説明」列のラベルに基づいて、非標準の残基 をテキストベースで検索・フィルタリングする機能
  • 残基 MMGBSAの残基 スキャンパネルでの検索– 変異する残基 をすばやく検索・特定する
  • 残基 のスキャン結果の分類– エネルギースコアの閾値に基づき、変異バリアントを「陽性」「中性」「陰性」に分類するために、残基 のスキャン結果に色分けを行う

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

  • 欠陥形成エネルギー：結晶中の点欠陥を解析するためのワークフローソリューション
  • Phonon DOS Viewer における周波数カットオフ／高調波閾値の設定オプション
  • TB09密度汎関数法（コマンドライン）のサポート
  • rVV10-SCAN 密度汎関数法のサポート（コマンドライン）
  • QE BOMD シミュレーションにおける NpT アンサンブルのサポート（コマンドライン）
  • (+MATSCI_NEB_MLFF) NEBにおけるMLFFの統合

MS Surface

製品名：MS SurfChem

  • 脱着の列挙：WAMによる吸着エネルギーの算出

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

  • 選択性および選択性制御の程度を表示するオプション
  • アーカイブされたMKM出力を読み込む／保存するオプション
  • 反応ビューを画像（PNG）ファイルとしてエクスポートするオプション
  • 分析パネルから各ステージの結果を確認可能

オプトエレクトロニクスにおける遺伝的最適化

製品：遺伝的最適化（GA）

  • ML Property Predictionのモデルに基づいてターゲット プロパティを設定する機能

アクティブ・ラーニング：光電子工学

製品名：アクティブ・ラーニング・オプトエレクトロニクス

  • 最適化の対象から除外するターゲット の値を設定するオプション

反応性

製品名：MS Reactivity

  • Nanoreactor：ドライバーとサブジョブに別々のホストを指定するオプション
  • ナノリアクター: (+NANOREACTOR_AUTOTS) AutoTS を用いた基本反応ネットワーク計算のための遷移状態の自動探索
  • Nanoreactor：軌跡 ファイルの生成をスキップするオプション
  • Nanoreactor：軌跡 のフレーム間の時間間隔をユーザーが制御可能
  • Reaction Network Profiler：UMA（MLFF）を用いてコンフォーマーの幾何構造を精緻化するオプション
  • Reaction Network Profiler：反応物に対して化学量論的乗数を割り当てるオプション

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

  • イオン伝導度：MLFFのサポート

誘電特性

製品名：MS 誘電体

  • 複素誘電率：多成分系への対応

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

  • CG FF Builder：非同型構造の検出およびマッピング機能の改善残基
  • CG FF Builder：化学的文脈に基づくパーティクルの自動命名方式
  • CG FF 課題：粒子タイプ数が多いいモデルにおいて、最大15倍の高速化を実現
  • 粗粒度マッピング：残基 の番号と名称はマッピング後も保持される
  • 粗粒度マッピング：以前の使用履歴からSMARTS パターンをインポートするオプション
  • カットオフマージンの改善により、DPDシミュレーションの処理速度が最大30％向上

複合二重層形成剤

製品名：MSコンプレックス・バイレイヤー・ビルダー

  • 複合二重層: (+COMPLEX_BILAYER_BUILDER_EXTENDED_LIPID_LIB) デフォルト脂質の拡張リスト
  • 複合二重層：水のパディング深度の上限を5000 Åに拡大
  • 複合二重層：カスタム学習済みOPLSのサポート
  • 膜解析：(+MEMBRANE_ANALYSIS_PREP_FOR_FEP) FEP計算と互換性のあるPoseViewer形式のファイルを生成する機能のサポート
  • 膜解析：複数のリーフレット検出アルゴリズムの適用に対するサポート

材料情報学

製品名：MS Informatics

  • 機械学習の機能：モデル選択のためのパネルインターフェースの改善
  • MD記述子：シミュレーションシステムの規模（最大原子数）に関するユーザーによる制御
  • MD記述子：構造 ファイルにパスが割り当てられた場合、式入力のサポート
  • MLFFの計算：原子の位置に制約を設定するオプション
  • MLFFの計算：GPUノードでの実行のサポート

処方 ML

製品名：MS Formulation ML

  • 機械学習のモデル構築：特徴空間の新たな選択肢としての「学習済みフィンガープリント」
  • Formulation ML：記述子の値が部分的に欠損しているトレーニングセットのデータを処理（「補完」）するための高度なオプション
  • Formulation ML：パリティプロットのUIを改善
  • Formulation ML：化学情報（SMILES ）が欠落しているトレーニングデータセットを用いた機械学習モデルの構築をサポート
  • Formulation ML：「ターゲット 」プロパティが「Performance」タブに表示されます
  • MLのモデル構築：特徴量間の相関閾値に対するユーザーの制御
  • 製剤の機械学習最適化：カスタム成分記述子のサポート
  • 製剤MLの最適化：マルチCPU並列化のサポート
  • 製剤の機械学習による最適化：製剤の最適化に遺伝的アルゴリズムを使用するオプション

階層型デバイスML

製品名：MS Layered Device ML

  • OLEDデバイスの機械学習：特徴量間の相関閾値に対するユーザーの制御
  • OLED デバイス ML：「ターゲット 」プロパティが「パフォーマンス」タブに表示されます

MSMaestro のビルダーとツール

  • 吸着の列挙：WAMが「吸着サイトファインダー」および「吸着エネルギー」の公開を開始
  • 吸着サイトファインダー：WAMが吸着エネルギーの結果を表示
  • 吸着列挙：プロジェクトテーブルにおける出力構造の整理の改善
  • 吸着部位検索ツール：MLFF を使用したジョブで最大 200 倍の高速化
  • 構造物の撤去：MLFFへの支援
  • Disordered System：コンポーネントの「残基 」名を定義するオプション
  • *.vis ファイルを *.cub 形式のファイルに変換する機能（コマンドライン）
  • Polymer：CSV形式のファイルからの結合確率のインポート
  • 多糖類：(+POLYSACCHARIDE_BUILDER) 直鎖状多糖類のための簡略化されたモデル構築ソリューション
  • シングルコンプレックス：ブリッジングリガンドの最新リスト
  • Query Bonds：分子結晶の多面体の表示
  • 結合の照会：非結合原子ペアの検索と変更

古典力学

  • Droplet：あらかじめ組み立てられたDropletモデルの使用に関するサポート
  • Droplet：水和物表面の接触角の計算機能
  • 弾性定数：MLFFのサポート
  • (+ALLOW_OLD_FORCEFIELD_PARAMETERS) 後方互換性（2025-4 以前）を確保しつつ、OPLS4/OPLS5 パラメータを使用して分子動力学（MD）計算を実行する機能をサポート
  • MD マルチステージ：パネルに表示される入力構造 用のFFタイプ
  • 応力・ひずみ：MLFFのサポート
  • 応力・ひずみ：前のひずみステップの速度値を使用するオプション
  • 表面張力：ブロック平均化手法による解析の精度向上
  • Tg: (+THERMOPHYSICAL_PROPERTIES_MLFF) MLFFのサポート
  • アンブレラサンプリング：脂質および界面活性剤の二重層付近にある低分子に対してアンブレラサンプリングアルゴリズムを実行するためのワークフローソリューション
  • アンブレラサンプリング：ウィンドウ間の重複量の表示
  • 粘性：MLFFシミュレーションのデフォルトの時間ステップ（0.5 fs）を調整しました

量子力学

  • 吸着エネルギー：MLFFを用いた構造の事前最適化オプション
  • 吸着エネルギー：MLFFを用いた原子位置の制約条件のサポート
  • Crest: (+MATSCI_CREST_QCG) CREST 量子クラスター成長ユーティリティ
  • QM Multistage：理論のリストからGFN2-xTBを選択するオプション
  • 光電子フィルムの特性：分子種ごとの屈折率比の表示
  • Reaction Network Viewer：Reaction Network Profiler および Nanoreactor で作成されたネットワークを表示するための、包括的な分析ビューア GUI

教育コンテンツ

教育コンテンツ

ライフサイエンス

材料科学

LiveDesign

2026-1の新機能

  • 生物学的製剤
    • 天然のモノマーを用いて、点変異を導入した新しい生物学的製剤を設計する
    • API へのアクセスを通じてカスタムモノマーをアップロードし、シーケンスビューアでモノマーを表示します
    • Biologicsエンティティの注釈付き領域内で部分シーケンスを検索するには、あらかじめ入力済みのドロップダウンから注釈と番号付け方式を選択します。
    • ユーザーは、シーケンスビューアにおいて、プロパティごとに「残基 」を色分けできるようになりました。これには、指定された形式で残基 プロパティおよびカラースキームのマッピング（オプション）を出力する任意のモデル、またはその出力を含む任意のFreeform列を使用できます。
    • 「詳細検索」パネルの「タイプ」ドロップダウンメニューにある「バイオ医薬品」と「ジェネリック医薬品」の選択肢は、「バイオ医薬品／その他」に統合されました。
    • 配列ビューアで分岐ペプチドおよび環状ペプチドを表示する
  • LiveDesign AIアシスタント：AIアシスタントを使用してLiveDesign を操作し、フリーフォーム列や数式列の作成、色付けルールの作成・更新、アシスタント内でのデータ分析やグラフ作成、ヘルプドキュメントの即時検索を行うことができます。なお、この機能を利用するには、LiveDesign MLプラグインが必要です。
  • プロジェクトのダッシュボード
    • 新しい「アクティビティ」セクションを使用して、新たに追加されたアッセイデータやコメントのプロジェクト・アクティビティストリームを表示します
    • プロジェクトダッシュボードに表示されるエンティティ数の統計および最近追加されたエンティティには、プロジェクトに個別にインポートされたエンティティだけでなく、そのプロジェクトで検索可能なすべてのエンティティ（例：制限のないプロジェクトにインポートされた化合物）が含まれるようになりました。
  • モデル：3Dカラムを入力として使用する「カラムをパラメータとするモデル」では、お気に入り登録されたポーズや、LiveReportに表示されるポーズの順序にアクセスできるようになりました。
  • UXの改善
    • LiveReport から、未実行、失敗、および保留中のモデルセルを除外する
    • 化合物 （構造 ）を、メインのスプレッドシートから、パネルを先に開くことなく、直接「デザイン」、「検索」、または「詳細検索」パネルにドラッグします。
    • LiveReportのタブを、マウスの中ボタンでクリックして閉じる
    • 3Dビジュアライザー：選択した原子／残基 ／鎖に、立体ラベル、元素ラベル、原子番号ラベルを適用します。

修正された点

  • 「ロット登録日」列を入力として使用していた数式は計算に失敗し、LiveReport上に赤いエラーバーが表示されていました。これらの数式は現在、正しく計算されるようになり、エラーは発生しなくなりました。
  • メインのスプレッドシートのセル内にある、3DビジュアライザーやMaestro でポーズを表示するためのアイコンは、以前はセルのサイズを変更すると消えてしまいましたが、現在は表示されたままになります
  • マトリックスウィジェットに「クリックして実行」モデルの列を追加すると、ウィジェットがクラッシュしてデータが表示されなくなっていたが、現在は「クリックして実行」モデルがマトリックスウィジェットに正しく表示されるようになった
  • if() ステートメントを使用する数式は、if() ステートメントで複数の値を含む実験用アッセイセルが使用され、そのうちの 1 つの値が Null の場合、計算に失敗していました。これらの数式は、現在正しく計算されるようになりました。
  • 「新しいレイアウトの作成」ダイアログには、既存のレイアウトをコピーするオプションが表示されていませんでしたが、現在は正しくそのオプションが表示されるようになりました。
  • 「LiveReport編集ダイアログ」を使用してLiveReportのタイトルを編集すると、LiveReportがプロジェクトのホームフォルダに移動していましたが、現在では、そのダイアログでLiveReportを編集しても、LiveReportが別のフォルダに移動することはなくなりました。
  • 「マトリックスウィジェットの設定」ダイアログ上の書式設定オプションボタンが重なって表示されていたため、一部の書式設定オプションにアクセスできませんでしたが、現在はボタンが重ならないよう修正されました
  • 実験アッセイデータでは、スプレッドシートのセル内において実験値の下に破線が表示されていたが、現在は破線が表示されていない
  • aggregateMax() および aggregateMin() 数式関数が、日付列でも使用できるようになりました
  • マルチチェーンまたは分岐ペプチドは、シーケンスビューア上の識別子に連番が追加されることで、正確に識別されるようになりました。
  • シーケンスビューアでは、サポートされていない番号付け方式が使用されているTCRがある場合、メッセージが表示されるようになり、シーケンスビューア内のTCRについて、サポートされている番号付け方式に変更するよう提案するようになりました。
  • 3Dビジュアライザーがシーケンスビューアからドリルダウンしている際、シーケンスビューアで別のエンティティを選択しても、シーケンスビューアおよび3Dビジュアライザーにおける既存の残基 の選択内容はリセットされません。
  • 別のモデルの画像カラムを入力として使用していたパラメータ化モデルでは、結果が計算されませんでしたが、現在は正しく計算されるようになりました
  • 削除されたモデルリターンを再計算すると、セルが永久に点滅し続けていましたが、現在はセルに「失敗」というメッセージが正しく表示されるようになりました。
  • モデルが「その他」タイプの3D出力を返した場合、その3D出力は他のパラメータ化モデルからは利用できませんでしたが、現在は利用可能になりました
  • LDClient：get_models_by_name メソッドに、アーカイブされたモデルを無視するオプションが追加されました
リリース 2025-4

トレーニングとリソース

オンライン認定コース

実践的なオンライン分子モデリング講座で、スキルをさらに向上させましょう。これらの講座は自分のペースで学習でき、幅広い科学的なトピックを網羅しているほか、Schrödinger ソフトウェアの利用権とサポートも含まれています。

チュートリアル

プロジェクトを成功に導くために、Schrödinger ソフトウェアの技術とベストプラクティスを導入する方法をご確認ください。トレーニングリソース、チュートリアル、クイックスタートガイド、動画などをご利用いただけます。

その他のリソース