Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

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ライブラリ 背景

リリースノート

今回のリリースでは：

リリース 2025-4

リリース：
リリース 2025-4
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低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

  • プロジェクトテーブルの空の列をワンクリックで削除：メニュー操作を1回行うだけで、プロジェクトテーブル全体の空のプロパティ列を即座に削除し、workspace をすっきりさせ、関連データに明確に焦点を当てられるようにします。
  • workspace の右クリックメニューにある「テーブル内のエントリを選択」：Workspace 内の任意のアトムを右クリックすると、プロジェクトテーブル内の対応するエントリが即座に特定・選択されるため、大規模なプロジェクトでも手動で検索する必要がなくなります。
  • Maestro アシスタント（ベータ版）の機能強化：Maestro コマンド履歴、クリップボードへのコピー機能、より分かりやすいモード通知、および簡素化されたフィードバックシステムの追加により、アシスタントのインタラクティブ性が向上しました。

結合部位および構造 解析

サイトマップ

  • SiteMapは、要求された数よりも多くのサイトを評価し、SiteScoreに基づいてスコアが最も高いサイトを要求された数だけ返すようになりました。

Desmond 分子動力学

  • 「エネルギー分解解析」パネルで、カスタム力場パラメータを使用して生成された軌道に対応するようになりました

混合溶媒MD（MxMD）

  • 隠れた結合部位をより的確に同定 するため、混合溶媒分子動力学（MD）に非混和性プローブを追加する：疎水性プローブを用いて、開放構造において一時的に露出するポケットを安定化させ、その滞留時間を延長することで、隠れた結合部位の同定を容易にする

リガンド 準備

ファーマコフォア・モデリング

  • 1D類似性を利用して、combinatorial_explorerワークフロー（コマンドライン専用）で組み合わせ論的に定義された膨大な仮想空間をスクリーニングする

リードの最適化

リガンド アライメント

  • マクロサイクル以外のアラインメント処理は、ジョブを提出することなく対話型タスクとして実行できます。

列挙

  • 購入可能な出発原料を含む「パスファインダー」の逆合成経路のみを表示する

FEP+

  • RE-FEP計算向けに、リガンド の原子レベルRMSF解析を追加しました

FEP プロトコルビルダー

  • 「なし」を含む、溶媒と複合ホットアトムのルールを個別に有効にする
  • 新しい「Force Field version」パラメータを使用して、OPLS4とOPLS5間のサンプリングを有効にします

量子力学

  • 波長をパラメータとして光学回転を予測する
  • 18種類の新しいダブルハイブリッド関数式への対応を追加しました
  • 不均衡なバッチジョブやワークフロー向けにCPU割り当てを最適化し、シミュレーションを高速化
  • Jaguar のインターフェースから、QRNN、MPNICE、およびUMA MLFFを採用する

医療化学の設計

リガンド デザイナー

  • インタラクティブなコアホッピング：新しいコアスワップワークフローは、非リング型コアに対応し、真のコアホッピング変換を可能にすることで、インタラクティブな設計環境内で直接、多様な化合物空間 を探索できるようになります。
  • マクロサイクリゼーションにおける結合点の手動選択：新たに名称が変更された「マクロサイクリゼーション」ワークフローでは、結合点を対話形式で選択することが可能であり、合成上重要な設計にリンカーの列挙を絞り込む、精密な化学的制御を実現します。

デ・ノボ設計

  • AutoDesignerのワークフローに関する新しいPDFレポート。入力設定を記録し、列挙およびフィルタリングの結果を要約します。

製剤

『クリスタル』構造 の予想

  • 高精度なZ’=2多形予測（ベータ版）による医薬品製剤の適用範囲の拡大： 同定 更新された結晶構造 予測機能により、安定した結晶多形を確実にサンプリング、検索、ランク付け

代替療法

二機能性分解剤

  • 「Degrader三元複合体の生成」インターフェースで「リンカーのみ」オプションを使用する場合、必要に応じて2つの弾頭間の双方向のリンカーを構築します。
  • 検証済みのメタダイナミクスに基づくワークフロー（ベータ版）を活用した、デグレーダー三元複合体の評価を行う新しいインターフェースを用いて、リンカー設計において三元複合体を優先的に検討する

教育コンテンツ

生物学的製剤の創薬

  • Maestro （フルリリース版）を通じて、TCRBuilder2 を使用して T 細胞の受容体 構造を予測する
  • 「Antibody Humanization Panel」において、ポップアップ形式の配列ビューアをMSVに置き換えることで、CDRグラフト化前後の配列を視覚化する機能が向上しました。
  • 残基 のスキャン結果ビューアインターフェースにおいて、変異チャートを更新することで、変異結果の視覚化とプロットを効率化しました
  • 残基 のスキャンビューアにおける、チャートと表の同期による分析の簡素化
  • MM-GBSAの残基 スキャンビューアインターフェースで、両軸にプロットするプロパティを選択します。例えば、X軸に親和性を、Y軸に安定性をプロットします。
  • MM-GBSAのセットアップがより簡単になりました残基 workspace とテーブル間の選択内容の同期による計算のスキャン、自動フィットオン選択、およびプロパティテーブル内の選択した列の表示/非表示を切り替える機能
  • 凝集傾向の予測に向けた、表面特性の最大平均値を捉える新しいASPmaxタンパク質記述子（コマンドライン）

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

  • (+DEFECT_FORMATION_ENERGY) 欠陥補正：欠陥形成エネルギーを計算するためのワークフローソリューション
  • Quantum ESPRESSO 7.5 へのアップグレード
  • 3体分散補正のサポート
  • dバンド中心の可視化
  • 有限変位フォノン計算のサポート
  • フォノン計算におけるディスク使用量の削減
  • フォノンの自己一貫性閾値を設定するオプション

MS Surface

製品名：MS SurfChem

  • 脱着列挙：アクティブなエントリはworkspace
  • 脱着生成物の列挙：関連する脱着生成物の列挙機能のサポート

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

  • 選択性制御の程度を算出するオプション
  • 種ごとの速度制御の度合いをプロットするオプション
  • 魚種ごとに給餌スケジュールを設定するオプション
  • 横方向の相互作用を定義するための遷移状態遅延パラメータの設定
  • 横方向スケーリングパラメータを用いた吸着質間相互作用の定式化
  • 反応ネットワークファイルの保存および読み込み機能
  • プレーンテキストによる反応式の簡易入力機能のサポート
  • workspace のエントリからマイクロキネティック・モデルを読み込む機能
  • ビューアパネルからx軸を対数スケールでプロットする機能のサポート
  • 絶対誤差許容値および相対誤差許容値に対するユーザーの制御
  • ビューアパネルに表示される非物理的なMKMステップの数

反応性

製品名：MS Reactivity

  • ナノリアクター：基本反応の最終状態のスピンを設定するオプション
  • ナノリアクター：0.1から1.0までスケールされたメタダイナミクス用空洞半径に対する改良された設定
  • ナノリアクター：精製されたDFT またはMLFFによってろ過された生成物
  • ナノリアクター：基本反応ネットワークモードで反応物のエネルギーが表示される
  • Nanoreactor：オープンシェル系におけるMLFF（UMA）エネルギー精緻化のサポート
  • Reaction Network Profiler：精製されたエネルギー値に基づいてコンフォーマーを並べ替えるオプション

フォースフィールドの高度な応用

製品：MS FF アプリケーション

  • QMおよびMDベースのワークフローソリューションにおけるMLFF選定機能のサポート拡充
  • QMベースのワークフローにおいて、UMA（Meta Platforms Inc.が開発）がMLFFオプションとして追加されました
  • (+ENABLE_GRPC_MLFF_DESMOND) UMA（Meta Platforms Inc. 開発）が、MDベースのワークフローのMLFFオプションとして追加されました

分子動力学シミュレーションを用いた輸送計算

製品名：MS Transport

  • イオン伝導度：液体電解質系におけるイオン伝導度を予測するためのワークフローソリューション
  • 粘度：SHAKEアルゴリズムを無効にするオプション（コマンドライン）
  • 粘度：MLFFのサポート

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

  • 粗視化マッピング：シュガー粒子に対する一貫性のある再利用可能な名前
  • 粗視化マッピング：拘束の可視化の改善
  • 粗視化マッピング：タンパク質のMARTINI マッピング
  • 粗視化マッピング：単糖類のMARTINI マッピング
  • 粗視化マッピング：コレステロールのMARTINI マッピング
  • 粗視化マッピング：CG FF Builderへの入力として作成された全原子CMS
  • 粗視化マッピング：SMARTS パターンの精度向上によるマッピングおよび力場パラメータの再利用性の向上
  • 粗粒度マッピング：既存のパーティクルタイプの再利用に向けたUXの改善
  • 粗視化マッピング：マッピングされたシステムの可視化workspace
  • 粗粒度マッピング：不凍液の水分子の使用がデフォルトで設定されています
  • CG FF Builder：MARTINI シミュレーションのデフォルトアンサンブルとしてNpTが設定されています
  • CG FF Builder：モデル構築段階でタンパク質の構造を固定するオプション
  • CG FF Builder：MARTINI の標準パーティクルタイプに質量を設定するオプション
  • CG FF Builder：小さなイオン-水クラスターを単一のMARTINI 粒子にマッピングする
  • CG FF Builder：同一名前のCGパーティクルタイプの再利用に対応
  • CG FF Builder：CGマッピングの出力データを入力として読み込む機能のサポート

複合二重層形成剤

製品名：MSコンプレックス・バイレイヤー・ビルダー

  • 複合二重層：タンパク質系膜を含む分子材料の複合／多成分二重層のモデル構築ソリューション
  • 膜解析：膜の構造的特徴を解析するためのワークフローソリューション

処方 ML

製品名：MS Formulation ML

  • Formulation ML：複数のモデルの並列トレーニングおよび予測のサポート
  • モデル学習の最適化：モデルの読み込みにおけるユーザー体験の向上
  • モデル学習の最適化：モデルのランダム最適化を選択するオプション
  • モデル学習の最適化：収束前に最適化を停止するオプション
  • 処方MLの最適化：コスト最適化の選択肢
  • 処方MLの最適化：ベイズ最適化を用いた組成制約への対応
  • MLモデルマネージャー：成分の記述子をエクスポートおよび更新するオプション
  • MLモデルマネージャー：新しく読み込まれたモデルの自動選択
  • MLモデルマネージャー：ユーザーが編集可能なモデル名のアクセス権限
  • MLモデルマネージャー：モデルの予測値に対するMPOスコアの推定オプション

階層型デバイスML

製品名：MS Layered Device ML

  • OLEDデバイスML：モデル学習の高度なオプション
  • OLEDデバイスML：トレーニングセットデータのエクスポート機能
  • OLEDデバイスML：複数モデルの並列トレーニングおよび予測のサポート
  • OLEDデバイスML：分子モデルの予測値を記述子として使用するオプション

MSMaestro のユーザーインターフェース

  • Maestro:Job Monitor にアクセスすると、失敗したジョブの失敗原因が表示されます
  • Maestro:workspace において、タンパク質の表現形式としてリボンスタイルが有効になりました

MSMaestro のビルダーとツール

  • Complex Builder：リガンドのIUPAC名称の割り当てを有効／無効にするオプション
  • 複合体ビルダー：2つの金属を架橋する原子を持つ二量体の構築に対応
  • 無秩序なシステム：デフォルトによるタンパク質残基 情報の保存
  • 不規則系：原子の総数に基づいて系サイズを設定するオプション
  • Materials Science Panel Explorer：関心のある用途、手法、化学分野、製品ごとにパネルを検索・一覧表示するためのGUI
  • Meta Workflows：BrownieステージとMD Multistageの設定を整合させました
  • 光電子デバイス設計ツール：ファイルから材料データをインポートするオプション
  • 光電子デバイス設計ツール：材料およびデバイスデータのエクスポート機能
  • 光電子デバイス設計ツール：データベースから材料を削除するオプション
  • 光電子デバイス設計者：数値的なエネルギー準位のプロット
  • 光電子デバイス設計者：層厚の数値プロット
  • 溶媒和系：粗視化モデルにおける粒子半径を指定するオプション
  • 溶媒和系、構造化液体 GUI: (+MATSCI_PACKMOL_PBC) 構造の構築時に周期境界条件が保持される

古典力学

  • クラスター分析：(+CLUSTER_DENSITY_PROFILE) クラスターの放射状密度プロファイル
  • 蒸発：MLFFのサポート
  • 蒸発：重心からの半径方向の距離における蒸発ゾーンの設定
  • ポリマーの架橋：(+POLYMER_CROSSLINK_MODES) 高速架橋モードを選択するオプション
  • 薄板せん断：MLFFのサポート
  • 薄板せん断：カスタムMLFFを使用するオプション
  • アンブレラ・サンプリング：平均力ポテンシャル（PMF）の計算におけるユーザーによる制御
  • アンブレラ・サンプリング：確率分布の重なり行列の可視化
  • 拘束条件の可視化：複数の拘束条件の可視化

量子力学

  • 吸着部位検索ツール：MLFFのサポート
  • ボンドとリガンド の解離：MLFF説を裏付ける証拠
  • QM Multistage：「Theory」タブでのMLFF選択のサポート
  • 光電子フィルムの特性：角度、距離、深さごとの分布を考慮した高度な遷移双極子モーメント解析
  • プローブグリッドスキャン：金属原子の原子半径としてVdW半径を使用
  • プローブ・グリッド・スキャン：MLFF（UMA）を用いたオープンシェルシステムのスキャン機能のサポート

教育コンテンツ

教育コンテンツ

ライフサイエンス

材料科学

LiveDesign

2025-4の新機能

  • フォームテンプレート：フォームをテンプレートとして保存し、既存のLiveReportにそのフォームを追加します。プロジェクトダッシュボードでフォームテンプレートを管理し、LiveReportに追加します。
  • フリーフォーム列の監査証跡：フリーフォーム列への変更を追跡できます。時計のアイコンにカーソルを合わせると、ユーザー名、日付、時刻を含む、すべての編集履歴が新しい順に表示されます。
  • 検索
    • 「詳細検索」パネルで、検索条件をグループ化するためのクエリグループを作成し、特定のクエリグループ が親プロパティに基づくか子プロパティに基づくかを選択します（グループ で「プロパティによる一致」または「子による一致」オプションを選択します）。
    • 「詳細検索」パネルの「タイプ」ドロップダウンメニューにある「バイオ医薬品」と「ジェネリック医薬品」の選択肢は、「バイオ医薬品／その他」に統合されました。
    • 「検索」パネルで、シーケンスベースの検索の結果件数を確認できます。これは、構造 ベースの検索で表示される内容と同様です。
    • 「詳細検索」パネルでユーザーが「クエリを追加」をクリックした際に表示される以下のクイック追加オプションは、「検索」パネルの上部に移動されました：
      • すべてのID
      • 化合物 構造
      • 部分列
      • プロジェクト
      • データベース／データセット
      • LiveReport での表示
      • クエリグループ
  • 更新された数式ダイアログ：
    • より大きな数式エディタ
    • 列と関数の検索
    • よく使う機能をすばやく選択する
    • 色分けされた括弧を用いて、閉じ括弧の欠落を特定し、数式の正確性を確保する
  • エンティティ・グループ化・リレーションシップ・マネージャー：
    • LiveReportをエンティティバンクとして活用する：LiveReportを直接使用して、既存の検索およびフィルタ機能を活用する
    • メタデータ列：サブコンポーネントの数など、関係情報を指定するための列を追加します
    • エンティティ・タイプの表示：正しいサブコンポーネントを選択できるよう、リレーションシップ・テーブルにエンティティ・タイプが表示されるようになりました
    • 刷新されたUI：UIを全面的に刷新したことで、このツールはより直感的で使いやすくなりました
  • LDClient：「live_reports_compounds_search」という新しいメソッドが導入されました。このメソッドは、指定された法人IDのリストを含むすべてのLiveReportsを取得します。
  • 3Dビジュアライザー：3Dビジュアライザーに表示されるドッキングされたリガンドのポーズの順序は、スプレッドシートの「モデル出力」セルに表示される結果の順序と同じです。

修正された点

  • 数式：
    • 数式では、時折セルが空白のまま表示され、値を表示するにはLiveReportの更新が必要でしたが、現在はすぐに値が表示されるようになりました
    • 入力モデルセルに複数の値が含まれているモデル入力を使用した数式では、LiveReport上に赤いエラーバーが表示されることがありましたが、現在は正しく計算されるようになりました。
    • 単一の文字列を出力する数式では、テキスト値は折り返されませんでしたが、LiveReportのセル内ではテキスト値が折り返されるようになりました
    • if() 関数を使用して文字列値の有無を判定する数式は、入力が文字列列の場合、計算に失敗していました。たとえば、if([string_column],”true”,”false”) のような数式は失敗していました。これらの数式は、現在では正常に計算されるようになりました。
  • スケッチャー：
    • 以前は、スケッチャーにマウスカーソルを合わせても、スケッチャーへの貼り付けはできませんでしたが、現在はスケッチャーにカーソルを合わせると、ブラウザのフォーカスがスケッチャーに移り、貼り付けが可能になりました。
  • 検索：
    • 「LiveReports」の「実験ごとに1行」モードでは、24時間経過後に自動更新される詳細検索が再実行されませんでしたが、現在は正しく自動更新されるようになりました。
  • スプレッドシート：
    • Firefox では、LiveReportからセルを繰り返しコピーしようとすると失敗していましたが、現在はセルの内容が正しくコピーされるようになりました。
    • クリックして実行するモデルでは、[実行] ボタンをクリックした直後にセルに「3D を利用できません」というメッセージが表示されていましたが、現在は保留中のセルアイコンが正しく表示されるようになりました
    • フリーフォーム列の値を変更する権限のないユーザーは、カンバンタイルをドラッグしてフリーフォーム列の値を変更することができ、その際にエラーメッセージが表示されていました。現在、ユーザーはこれらのタイルをドラッグできなくなりました
    • LiveReportのピッカーダイアログは、サイズを変更するまでは空白の状態でしたが、現在はLiveReportがすぐに表示されるようになりました
  • シーケンスビューア：
    • 子エンティティに関するデータは、シーケンスビューアに表示されていませんでしたが、現在は正しく表示されるようになりました
  • リガンド デザイナー：
    • Growth space calculation for a ligand with <5 heavy atoms should now fail saying ‘Could not create growth space. Too few heavy atoms in the ligand’.
  • 3Dビジュアライザー：
    • Watermapの球体は「+」アイコンとして表示されていましたが、現在は正しく色付きの球体として表示されるようになりました
    • 3D Vizがシーケンスビューアからドリルダウンしている際、シーケンスビューアで別のエンティティを選択しても、シーケンスビューアおよび3D Vizにおける既存の残基 の選択状態はリセットされません。
    • 階層内の「残基 」をダブルクリックすると、3Dキャンバス上の「残基 」にズームインします。
  • R-グループ の分解：
    • LiveReportには、同一のスキャフォールドをこれ以上追加することはできません。構成は同じでも、2D座標や向きが異なるスキャフォールドは、別個のスキャフォールドとして扱われます。
  • テーブルがNULL値を含む列で並べ替えられた場合、Assay Viewerツールはクラッシュしていましたが、現在は正しく値が並べ替えられるようになりました
リリース 2025-3

トレーニングとリソース

オンライン認定コース

実践的なオンライン分子モデリング講座で、スキルをさらに向上させましょう。これらの講座は自分のペースで学習でき、幅広い科学的なトピックを網羅しているほか、Schrödinger ソフトウェアの利用権とサポートも含まれています。

チュートリアル

プロジェクトを成功に導くために、Schrödinger ソフトウェアの技術とベストプラクティスを導入する方法をご確認ください。トレーニングリソース、チュートリアル、クイックスタートガイド、動画などをご利用いただけます。

その他のリソース