版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 一键删除项目表中的空列：通过一次菜单操作，即可立即从整个项目表中移除所有空属性列，从而简化workspace 界面，让您更清晰地关注相关数据。
• 在“workspace ”右键菜单中选择“Select Entries in Table”：在“Workspace ”中右键单击任意原子，即可立即定位并选中“Project Table”中对应的条目，从而无需在大型项目中手动搜索。
• Maestro Assistant（测试版）功能增强：Maestro Assistant 现已更加互动，新增了命令历史记录、复制到剪贴板功能、更清晰的模式通知以及简化的反馈系统。

结合位点 & 结构分析

网站地图

• SiteMap 现在评估的网站数量已超过请求数量，并按 SiteScore 得分从高到低返回指定数量的网站。

Desmond 分子动力学 (MD)

• “能量分解分析”面板现已支持使用自定义力场参数生成的轨迹

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 在混合溶剂分子动力学模拟中添加互不相溶的探针以更好地识别隐蔽口袋：利用疏水探针将开放构象下短暂暴露的口袋稳定下来，从而延长其停留时间，并有助于识别隐蔽的结合位点

配体结构准备

成药基团建模

• 利用一维相似性，对通过 combinatorial_explorer 工作流（仅限命令行）以组合方式定义的庞大虚拟空间进行筛选

先导化合物 优化

配体比对

• 非大环比对任务可以作为交互式任务运行，无需提交作业

枚举

• 仅返回包含可购买起始原料的《Pathfinder》逆向合成路线

FEP+

• 为 RE-FEP 计算增加了配体原子 RMSF 分析

FEP 协议生成器

• 启用单独的溶剂和复合热原子规则，包括“无”选项
• 使用新的“力场版本”参数，在 OPLS4 和 OPLS5 之间启用采样

量子力学(QM)

• 预测光旋率与波长的关系
• 新增了对 18 种新双杂化功能基的支持
• 通过优化不平衡批处理作业和工作流的 CPU 分配，加快仿真速度
• 使用来自Jaguar 接口的QRNN、MPNICE和UMA MLFFs

医药化学设计

配体设计工具

• 交互式核心跳转：一种新的核心交换工作流支持非环形核心，并实现了真正的核心跳转变换，从而能够在交互式设计环境中直接探索多样化的化学空间 。
• 环化反应的手动连接点选择：新更名的“环化”工作流支持交互式选择连接点，通过精确的化学控制，将连接子枚举聚焦于具有合成意义的设计。

从头设计

• 针对 AutoDesigner 工作流的新 PDF 报告，用于记录输入设置并汇总枚举和过滤结果

药物制剂

水晶结构预测

• 借助高精度 Z’=2 多晶型预测（Beta 版）扩展药物制剂的应用范围：利用更新后的晶体结构预测 功能，可对稳定的晶体多晶型进行采样、搜索和排序，从而获得可靠的结果

替代疗法

双功能降解剂

• 在“生成降解剂 三元复合体”界面中使用“仅链接器”选项时，可选择在两个弹头之间建立双向链接器
• 在链接子设计中优先考虑三元复合物，并采用新的接口，利用经过验证的基于元动力学的工作流（测试版）对降解剂 上的三元复合物进行评分

教育内容

• 新学习路径：T细胞受体工程
• 新教程：使用 BioLuminate 进行酶工程
• 更新版教程：验证用于预测单点突变热稳定性的蛋白质自由能微扰 模型（原题为“获取蛋白质自由能微扰 的单点突变热稳定性预测”）
• 更新版教程：利用蛋白质FEP+ 指导设计提高T4溶菌酶的热稳定性（原题为“利用蛋白质FEP+进行蛋白质热稳定性预测入门”）
• 更新后的教程： FEP+ 的配体结合构象生成（原题：基于核心约束的分子对接 对FEP+ 进行配体结合构象预测）
• 更新后的教程：基于结构的虚拟筛选 ，使用Glide

生物制剂药物研发

• 通过Maestro （完整版）使用TCRBuilder2预测T细胞受体结构
• 通过用 MSV 取代弹出式序列查看器，提升了在“抗体 人源化面板”中可视化 CDR 嫁接前后序列的能力
• 通过更新残基扫描结果查看器界面中的突变图表，简化突变结果的可视化和绘图过程
• 通过图表与表格之间的同步，简化“残基扫描查看器”中的分析
• 在 MM-GBSA 残基扫描查看器界面中，选择要在两个坐标轴上绘制的属性，例如：在 x 轴上绘制亲和力 ，在 y 轴上绘制稳定性。
• 通过同步workspace 与表格之间的选择、自动“基于拟合”选择，以及能够切换属性表中选定列的可见性，使MM-GBSA残基扫描计算的设置更加简便
• 新的 ASPmax 蛋白质描述符，用于捕获表征聚集倾向的最大平均表面性质（命令行）

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• (+DEFECT_FORMATION_ENERGY) 缺陷校正：用于计算缺陷形成能的工作流解决方案
• 升级至 Quantum ESPRESSO 7.5
• 支持三体色散校正
• d带中心的可视化
• 支持有限位移声子计算
• 降低声子计算所需的磁盘空间占用
• 设置声子自洽阈值的选项

MS Surface

产品：MS SurfChem

• 脱附计数：显示在workspace
• 脱附计数：支持对相关脱附产物的计数

Microkinetics

产品：MS Microkinetics

• 计算选择性 控制程度的选项
• 按物种绘制速率控制程度的选项
• 可按鱼种设置压力计划
• 设置过渡态延迟参数以定义侧向相互作用
• 通过横向标度参数建立吸附质-吸附质相互作用模型
• 支持保存和加载反应网络文件
• 支持使用纯文本简化反应输入
• 支持从workspace 条目中加载微动力学模型
• 支持在查看器面板中以对数刻度绘制x轴
• 用户对绝对和相对误差容限的控制
• 在查看器面板中显示的非物理MKM步数

反应性

产品：MS Reactivity

• 纳米反应器：可为基本反应的最终状态设置自旋
• 纳米反应器：针对从0.1到1.0范围内的超动力学腔半径所优化的实验装置
• 纳米反应器：通过精炼的DFT 或MLFF过滤产品中的化学物质
• 纳米反应器：在基本反应网络模式下标记反应物能量
• Nanoreactor：支持开放壳层体系的MLFF（UMA）能量精修
• 反应网络分析器：根据精修能量对构象进行排序的选项

力场的高级应用

产品：MS FF 应用程序

• 在基于QM和MD的工作流解决方案中，对MLFF选定项的支持范围已得到扩展
• UMA（由 Meta Platforms Inc. 开发）已作为 MLFF 选项添加到基于 QM 的工作流中
• (+ENABLE_GRPC_MLFF_DESMOND) 将 UMA（由 Meta Platforms Inc. 开发）作为 MLFF 选项添加到基于 MD 的工作流中

通过分子动力学模拟进行传输计算

产品：MS Transport

• 离子电导率：用于预测液体电解质体系中离子电导率的工作流程解决方案
• 粘度：可选关闭 SHAKE 算法（命令行）
• 粘度：支持 MLFF

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 粗粒度映射：糖粒子的统一、可复用名称
• 粗粒度映射：改进的约束可视化
• 粗粒度映射：蛋白质的MARTINI 映射
• 粗粒度映射：单糖的MARTINI 映射
• 粗粒度映射：胆固醇的MARTINI 映射
• 粗粒度映射：创建了全原子CMS模型，作为CG FF Builder的输入
• 粗粒度映射：提高SMARTS 模式的精度，以改善映射效果并提升力场参数的可复用性
• 粗粒度映射：优化现有粒子类型的复用体验
• 粗粒度映射：在workspace
• 粗粒度映射：默认使用防冻水分子
• CG FF Builder：将NpT设为MARTINI 模拟的默认集合
• CG FF Builder：在模型构建阶段保持蛋白质刚性的选项
• CG FF Builder：可将质量设置为标准MARTINI 粒子类型的选项
• CG FF Builder：将一个小型离子-水簇映射到单个MARTINI 粒子上
• CG FF Builder：支持重复使用名称相同的CG粒子类型
• CG FF Builder：支持将CG映射输出作为输入加载

复合双层构建器

产品：MS Complex 双层构建剂

• 复杂双层膜：用于构建包括蛋白质基膜在内的分子材料复杂/多组分双层膜的建模解决方案
• 膜分析：用于分析膜结构特征的工作流程解决方案

配方 ML

产品：MS Formulation ML

• Formulation ML：支持多个模型的并行训练和预测
• Formulation ML优化 ：优化模型加载的用户体验
• Formulation ML优化 ：用于为模型选择随机优化 的选项
• ML优化 公式：在收敛前停止优化 的选项
• 配方 ML优化 ：成本选项优化
• 《Formulation ML》优化 ：基于贝叶斯的组合约束支持优化
• ML 模型管理器：导出和更新配料描述符的选项
• ML 模型管理器：对新加载的模型进行自动选择
• ML 模型管理器：允许用户编辑模型名称
• ML 模型管理器：根据模型预测结果估算 MPO 分数的选项

分层设备机器学习

产品：MS 分层设备 ML

• OLED 设备机器学习：模型训练的高级选项
• OLED 设备机器学习：导出训练集数据的选项
• OLED 设备机器学习：支持多个模型的并行训练和预测
• OLED器件分子学习：可选使用分子模型预测结果作为描述符

MSMaestro 用户界面

• Maestro:Job Monitor ，用于显示失败作业的失败原因
• Maestro: 在workspace 中启用了用于蛋白质表示的“Ribbon”样式

MSMaestro 构建程序和工具

• Complex Builder：用于开启/关闭配体IUPAC命名功能的选项
• 结构构建器：支持构建由一个原子连接两个金属原子的二聚体
• 无序系统：默认情况下保留蛋白质残基信息
• 无序系统：可通过原子总数设置系统大小的选项
• 材料科学面板探索器：用于根据感兴趣的应用、方法、化学性质和产品搜索并列出面板的图形用户界面
• Meta Workflows：针对 Brownie 阶段与 MD 多阶段工艺匹配的设置
• 光电子器件设计工具：支持从文件导入材料数据
• 光电子器件设计工具：提供导出材料和器件数据的选项
• 光电子器件设计软件：从数据库中删除材料的选项
• 光电子器件设计工具：绘制数值能级图
• 光电子器件设计者：绘制数值层厚曲线图
• 溶剂化体系：为粗粒化模型指定粒子半径的选项
• 溶剂化体系、结构化液体图形用户界面：(+MATSCI_PACKMOL_PBC) 构建结构时保留周期性边界条件

经典力学

• 聚类分析：(+CLUSTER_DENSITY_PROFILE) 聚类的径向密度分布
• Evaporation：对 MLFF 的支持
• 蒸发：以质心为圆心、以径向距离为半径设置蒸发区
• 聚合物交联：(+POLYMER_CROSSLINK_MODES) 用于选择快速交联模式的选项
• 薄层剪切：对MLFF的支持
• 薄层剪切：可选使用自定义MLFF
• 伞式采样：用户对潜在均值力（PMF）计算的控制
• 伞式抽样：概率分布重叠矩阵的可视化
• 约束可视化：多约束可视化

量子力学(QM)

• 吸附位点查找器：支持MLFF
• 键与配体的解离：对MLFF理论的支持
• QM 多阶段：在“理论”选项卡中支持 MLFF 选择
• 光电子薄膜特性：基于角度、距离和深度分布的先进过渡偶极矩分析
• 探针晶格扫描：将范德华半径用作金属原子的原子半径
• 探针网格扫描：支持使用 MLFF (UMA) 扫描开放壳层系统

教育内容

• 新教程：模拟复杂蛋白质溶液
• 新教程：为蛋白质制剂构建粗粒度模型
• 新教程：构建和分析复杂的脂质双层，并嵌入膜蛋白
• 新教程：离子电导率
• 新教程：在结构数据缺失的配方中优化粘度与成本
• 新教程：确定表面上的吸附位点
• 更新版教程：原子层沉积
• 更新后的教程：微动力学建模
• 快速参考表：材料科学面板探索器

教育内容

生命科学

• 新学习路径：T细胞受体工程
• 新教程：使用 BioLuminate 进行酶工程
• 更新版教程：验证用于预测单点突变热稳定性的蛋白质自由能微扰 模型（原题为“获取蛋白质自由能微扰 的单点突变热稳定性预测”）
• 更新版教程：利用蛋白质FEP+ 指导设计提高T4溶菌酶的热稳定性（原题为“利用蛋白质FEP+进行蛋白质热稳定性预测入门”）
• 更新后的教程： FEP+ 的配体结合构象生成（原题：基于核心约束的分子对接 对FEP+ 进行配体结合构象预测）
• 更新后的教程：基于结构的虚拟筛选 ，使用Glide

材料科学

• 新教程：模拟复杂蛋白质溶液
• 新教程：为蛋白质制剂构建粗粒度模型
• 新教程：构建和分析复杂的脂质双层，并嵌入膜蛋白
• 新教程：离子电导率
• 新教程：在结构数据缺失的配方中优化粘度与成本
• 新教程：确定表面上的吸附位点
• 更新版教程：原子层沉积
• 更新后的教程：微动力学建模
• 快速参考表：材料科学面板探索器

LiveDesign

2025-4 版本的新功能

• 表单模板：将表单保存为模板，并将其添加到现有的 LiveReport 中。在项目仪表盘中管理表单模板，并将它们添加到 LiveReport 中。
• Freeform 列审计日志：跟踪 Freeform 列的更改，将鼠标悬停在时钟图标上即可查看所有编辑操作的按时间倒序排列的历史记录，包括用户名、日期和时间
• 搜索
  • 在“高级搜索”面板中创建查询组以对查询条件进行分组，并选择某个查询组是基于父级属性还是子级属性（通过为该组选择“按属性匹配”或“按子级匹配”选项）
  • “高级搜索”面板中“类型”下拉菜单里的“生物制剂”和“仿制药”选项已合并为“生物制剂/其他”
  • 在“搜索”面板中查看基于序列的搜索结果数量，其显示方式与基于结构的搜索类似。
  • 以下快速添加选项（用户在“高级搜索”面板中点击“添加查询”时会显示）已移至“搜索”面板顶部：
    • 所有ID
    • 化合物结构
    • 子序列
    • 项目
    • 数据库/数据集
    • LiveReport 中的“在线状态”
    • 查询组
• 更新后的公式对话框：
  • 更大的公式编辑器
  • 搜索列和函数
  • 快速选择常用功能
  • 通过颜色匹配的括号来查找缺失的闭合括号，以确保公式的准确性
• 实体分组关系管理器：
  • 将 LiveReport 用作实体库：直接使用 LiveReport 来利用现有的搜索和筛选功能
  • 元数据列：添加列以指定关系信息，例如子组件数量
  • 可视化实体类型：关系表现在会显示实体类型，以确保您选择正确的子组件
  • 现代化用户界面：经过全面改版，该工具变得更加直观且易于使用
• LDClient：新增了一个名为“live_reports_compounds_search”的方法，该方法用于检索所有包含所提供公司ID列表的LiveReports
• 3D 可视化工具：3D 可视化工具中列出的配体对接姿态的顺序，与电子表格中“模型输出”单元格所列结果的顺序一致

已修复的内容

• 公式：
  • 公式有时会显示空白单元格，需要刷新 LiveReport 才能显示数值，而现在可以立即显示数值了
  • 那些使用了模型输入的公式（其输入模型单元格中包含多个值），以前偶尔会在 LiveReport 上显示红色的错误条，现在已能正确计算。
  • 输出单个字符串的公式原本不会对文本值进行换行，现在会在 LiveReport 单元格中对文本值进行换行
  • 使用 if() 函数来检测字符串值是否存在的公式，如果输入是字符串列，则无法正常计算。例如，if([string_column],”true”,”false”) 将会失败。现在，这些公式可以正常计算了
• 绘图者：
  • 将鼠标光标悬停在草图工具上时，原本无法在草图工具中粘贴内容；现在，将鼠标光标悬停在草图工具上会将浏览器的焦点转移到草图工具上，从而允许粘贴操作
• 搜索：
  • 在“每项实验一行”模式下，LiveReports 此前不会在 24 小时后重新运行自动更新的高级搜索，现在已能正确运行自动更新的高级搜索
• 电子表格：
  • 在Firefox 中，从LiveReport中反复复制单元格会失败，现在已能正确复制单元格内容
  • “单击运行”模型在点击“运行”按钮后，单元格中会立即显示“无法显示 3D”的消息，现在则会正确显示“待处理”单元格图标
  • 此前，未被授权修改自由格式列值的用户曾可通过拖动看板卡片来更改自由格式列的值，此时会显示错误提示。现在，用户已无法再拖动这些卡片
  • LiveReport 选择器对话框在调整大小之前会显示为空白，现在则会立即显示 LiveReports
• 序列查看器：
  • 子实体的数据此前不会在序列查看器中显示，现在已能正确显示
• 配体设计工具：
  • Growth space calculation for a ligand with <5 heavy atoms should now fail saying ‘Could not create growth space. Too few heavy atoms in the ligand’.
• 3D 可视化工具：
  • Watermap 球体此前显示为“+”图标，现在已正确显示为彩色球体
  • 当 3D Viz 从序列查看器中进行深入分析时，在序列查看器中选择另一个实体并不会重置序列查看器和 3D Viz 中现有的残基选择。
  • 在层次结构中双击一个残基，即可在3D画布上放大至该残基
• R基团分解：
  • 无法再将相同的支架添加到 LiveReport 中。结构相同但二维坐标和取向不同的支架将被视为不同的支架。
• 如果按包含空值的列对表格进行排序，Assay Viewer 工具会崩溃，现在已能正确排序这些值