版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 显著提升了条目包含/排除操作的性能（速度提升约5倍）[2022-2]
• 通过在GPU上采用深度剥离技术来提升图形性能 [2022-2]
  • GPU 加速的透明渲染（测试版）
  • 功能区/卡通透明度（测试版）
• 新增预设视图，便于进行“束缚姿势比较” [2022-2]
• 改进了对核酸残基重新编号的支持 [2022-2]
• 在“结构层次结构”中查看抗体 注释时提供了更大的灵活性 [2022-2]
• 通过条目标题实现简单的去重，新增“每个标题的首条记录”选项，并支持多种分组方式 [2022-2]
• 支持导入压缩的SMILES （*.csvgz）[2022-2]
• 2D叠加颜色采用新的更高对比度，以提升可视化效果 [2022-2]

力场

• 在 OPLS4 中增加了对高氯酸根离子的支持 [2022-2]

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• 包含最新版本的 KNIME（v4.5.1）[2022-2]
• LiveDesign 节点功能新增的输入选项，使创建从LiveDesign 获取输入列的KNIME模型并存储测试场景变得更加容易 [2022-2]
• 基于LiveDesign 列输入协议的模型现在可以接受3D列作为输入 [2022-2]
• “从LiveDesign 导入”节点现可保留 LiveReport 的列顺序 [2022-2]
• 支持在文件夹之间批量移动模型，以简化管理 [2022-2]

靶点 验证与结构支持

蛋白质的制备

• 同时优化配体和蛋白质的互变异构体/pka – 仅限命令行 [2022-2]

多序列查看器/编辑器

• 能够将残基和描述符导出为逗号分隔的文本文件 [2022-2]
• 在树状图中新增了“缩放至选定项”和“重置视图”功能 [2022-2]
• 新增了用于开启或关闭项目自动保存功能的选项 [2022-2]

IFD-MD

• 改进的 IFD-MD 图形用户界面设计 [2022-2]
• 新增对共价分子对接 和膜蛋白的IFD-MD支持，将适用范围扩展至更广泛的目标分子和配体 [2022-2]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

成药基团建模

• 在Maestro 中隐藏药效团特征标签的功能workspace [2022-2]

配体分子对接

• SMILES Glide [2022-2] 的 CSV 输出中现已添加配体表示法
• 在主动学习中，可指定要保留并重新评分的配体比例或配体数量Glide [2022-2]

先导化合物 优化

配体对齐

• 当需要最大公共子结构（MCS）对齐约束时的改进对齐方法 [2022-2]

FEP+

• 在“高级选项”中新增“二面角缩放”功能，使相对结合FEP中溶剂支上的配体能够涵盖更多状态 [2022-2]
• 通过在“高级选项”中添加指定浓度的NaCl盐，改进了核酸的性能建模 [2022-2]
• 用于与 GraphDB 作业交互的新 `jws` 命令行接口 [2022-2]

FEP的溶解度

• 使用功能齐全的“扰动报告面板”分析FEP溶解度模拟结果 [2022-2]

量子力学(QM)

• 添加了解析或伪谱RI-MP2能量、梯度及二阶导数 [2022-2]
• PCM隐式溶剂法现已支持Jaguar 中的关键字nofail、nops_opt_switch和check_min [2022-2]
• 在 VCD/ECD 工作流中，可选地使用 qRNN 优化几何结构 [2022-2]
• 长程校正（LRC）泛函的改进SCF收敛性 [2022-2]
• 在“光谱图”中以透射或吸收形式查看红外/拉曼光谱的功能 [2022-2]

半经验的量子力学(QM)

• NDDO 和 MOPAC2016 面板已被新的开源 MOPAC 面板取代 [2022-2]

药物化学

配体设计工具

• 在“Growth Space”筛选中对配体生长的精细控制得到改进 [2022-2]

生物制剂药物研发

• 全新的抗体 结构预测 界面，其抗体 检测、对齐和框架搜索协议均已得到改进。该界面支持双特异性抗体等非传统抗体 格式，并提供了一个具备批量建模功能的直观工作流程 [2022-2]
• 一种用于计算蛋白质特异性描述符的新接口，该接口包含160个核心序列、结构和表面特征，旨在用于生物制剂的风险预测 [2022-2]
• 只需单击鼠标一次，即可将“蛋白质相互作用分析”面板中的结构导出到“残基扫描”功能中 [2022-2]
• 新增了导入包含多个抗体 序列的CSV文件的功能，用于批量进行抗体 建模 [2022-2]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

• Quantum ESPRESSO：用户对声子计算收敛参数的控制 [2022-2]
• Quantum ESPRESSO：从伪势中加载能量截断的选项 [2022-2]
• Quantum ESPRESSO：自旋极化、k点网格和哈伯德U参数设置已上报至项目表 [2022-2]

分子动力学 (MD)

通过分子动力学模拟进行传输计算

• 扩散：昂萨格系数的计算（命令行）[2022-2]
• 扩散：从图形用户界面（GUI）保存的扩散轨迹（最多10条）[2022-2]
• 扩散：用户可控制存储的轨迹数量（命令行）[2022-2]
• 粘度：在查看器中绘制的爱因斯坦-赫尔凡德粘度曲线 [2022-2]

KMC Charge Mobility

• KMC Charge Mobility：站点能耗图中占用情况叠加的可视化 [2022-2]

材料信息学

• 分子描述符：所有配体埋藏体积的计算 [2022-2]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

• 应用粗粒化力场：将β-环糊精作为内置的Martini 力场 [2022-2]
• 导入粗粒化结构：支持β-环糊精 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：结果查看器 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：粗粒化位点体积的估算 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：根据SMARTS [2022-2] 规定了组重叠范围
• 粗粒化力场构建器：新增通过多个SMARTS 模式定义珠子的选项 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：用户指定粒子体积 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：对键和角度的拟合进行独立控制 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：加快力场构建速度（最高可达5倍） [2022-2]
• 粗粒度力场构建器：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]
• 粗粒化力场构建器：用户对粒子体积的控制 [2022-2]

光电子学

• 光电子学主动学习：具有反向靶点 特性的优化 [2022-2]
• 光电子学主动学习：按迭代绘制的物理量 [2022-2]
• 光电子学主动学习：S1能级、S1-T1能隙作为目标 [2022-2]

渗透剂的装载模拟

• 渗透测试加载：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]

形态预测

• 形态学：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]

MSMaestro 构建程序和工具

• Crystal Builder：支持 P 2c 2n 空间群 [2022-2]
• 曲线数字化：提供不将x轴值相同的点进行平均的选项 [2022-2]
• 无序系统构建器：针对具有两个无限延伸轴的周期性结构基底的“浸没”选项 [2022-2]
• 元素枚举：可选择转化为多种元素 [2022-2]
• 聚合物构建器：支持梯形聚合物 [2022-2]
• 结构化液体构建器：支持将条目同时作为反离子和溶剂添加 [2022-2]
• 结构化液体构建器：显示部分密度的选项 [2022-2]

经典力学

• 聚类分析：支持分析的并行执行 [2022-2]
• 聚类分析：从分析中排除单分子聚类 [2022-2]
• 聚类分析：对平均Rg和偏心率的支持 [2022-2]
• SMARTS 提出的“按组定义”方法：实现聚合物原子与基团的更佳映射 [2022-2]
• 弹性常数: 用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]
• MD多阶段工作流：Martini 阶段 CGMD [2022-2]
• MD 多阶段工作流：在灵活角度压强计模拟后启用平均单元格步骤 [2022-2]
• Molecular Deposition：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]
• Polymer Crosslink：用户对作业主机的控制与许可证管理 [2022-2]
• MD 准备工作：系统的快速溶剂化（命令行）[2022-2]
• 为分子动力学模拟做准备：在包含1000多个分子的系统中，模型准备速度显著提升 [2022-2]
• 为MD做准备：提供重新分配氢原子质量的选项，以便进行更大时间步长的模拟 [2022-2]
• 应力应变：磁盘空间使用量减少 [2022-2]
• 应力应变：残余应变的恒定侧向压力模式 [2022-2]
• 应变应力：支持有条件断开键（命令行） [2022-2]
• 应力应变：可进行循环应力应变分析 [2022-2]
• 扭转谱分析：无立体化学体系的计算加速 [2022-2]
• Tg：可在各向同性与各向异性压差调节器之间进行选择 [2022-2]
• 多面板：支持保存和重复使用 ASL 模式 [2022-2]

量子力学(QM)

• 吸附能：重启支持 [2022-2]
• 吸附能：可预览并手动修改几何结构 [2022-2]
• β消除：隐藏中间体的选项 [2022-2]
• 键解离能：支持从workspace 获取SMARTS 键的选择 [2022-2]
• 反应工作流：可选跳过eta旋转异构体生成 [2022-2]
• 反应工作流：使用自定义速率常数方程的选项 [2022-2]
• 反应工作流：在计算玻尔兹曼平均性质之前去除重复构象 [2022-2]

LiveDesign

LiveDesign 2022-2 的新功能

• 分解结果中返回的R组可用于滤波器和图表，以辅助SAR分析
  • 在 LiveReport 以及图表中对 R 基团应用着色规则
  • 创建过滤器，仅显示R基团的子集
  • 根据数据点的R基团，更改图中数据点的形状
• 在图表中同时可视化更多数据
  • 同时绘制数万个数据点
  • 对数据点应用抖动，以便更轻松地区分重叠的点
• 启用单点登录，以便更轻松地控制访问和权限
  • IdP管理员现在可以将IdP组属性映射到LiveDesign 角色，供LiveDesign 用户使用
  • 可选地，使用特定于用户的 IdP 属性来扩展组映射，从而为特定用户授予额外的LiveDesign 角色
• 为存在缺失数据的 MPO 输入列定义代理值，以便更轻松地比较具有不同缺失值的化合物
• 为包含字符串的列自动创建着色规则
• 可用性改进
  • “数据与列”树中的工具提示已重新设计，以显示更多信息
  • 当即将覆盖一个非项目管理员创建的模板时，系统会向项目管理员显示一条警告消息

已修复的内容

• 在复合图像上切换立体注释原本没有效果，注释始终显示。现在，切换立体注释已能正常工作。
• 尝试重新计算一个未运行的“点击运行”模型时，单元格中会出现一个闪烁的方块，该方块在模型运行之前不会消失。现在，当尝试重新计算一个未运行的“点击运行”单元格时，“运行”按钮会出现在该单元格中。
• 在导出为 PPT、PDF 和 Excel 文件的复合图像中，增强型立体标签此前未显示，现在这些图像上已显示增强型立体标签
• 新创建的模型此前并未继承该协议的命令类型，现在已继承该命令类型
• 当反应枚举生成的产物含有大量原子时，这些产物此前不会显示在枚举预览中，而现在会显示了
• 已删除或清空的自由格式列值此前在图表中仍会显示，现在该数据点将被移除
• 将 R-组分解结果保存到 LiveReport 时，原本会显示多余的列，而现在仅显示 R-组
• 已发布的自由格式字段的编辑操作偶尔会失败，现在已不会失败
• 在“实验性检测”列中将聚合模式设置为“最新”时，该值会错误地显示一个限定符，现在则显示正确的限定符
• 编辑公式时，会在列名后追加字符，而现在系统会将这些字符视为与列名分开的独立内容
• 包含大量数据点的剂量-反应曲线此前无法在 LiveReport 中显示，现在已可显示
• 如果创建的限定检测柱条件与任何实验数据点都不匹配，将导致后续对这些条件的修改无法与数据点匹配；现在，修改后的条件将能正确匹配数据点
• 图上的垂直和水平叠加层此前并未覆盖整个图区，现在已扩展至图区的整个高度和宽度
• 如果复制包含 MPO 的 LiveReport 子集时未同时选中输入列，系统会显示错误消息；而现在，复制 LiveReport 子集时不再需要选中 MPO 的输入列。
• 当 LiveReport 中包含“配体设计器”列时，将其导出为 CSV 格式会失败，而现在导出已能成功
• 此前无法对数据类型为“Date”的列应用着色规则，现在可以对其应用着色规则了