版本说明

小分子药物研发

平台环境

Maestro 图形用户界面

• 全新嵌入式Workspace 序列查看器功能更完善，易用性更强 [2023-4]
• 改进的散点图功能：更新后的图表工具提供了更直观的界面、用于数据探索的交互式功能，以及用于生成散点图的丰富自定义选项 [2023-4]
• 新的套索选择：与矩形选择相比，可围绕特定原子或区域绘制精度更高的自由形式选择路径 [2023-4]
• 3D Builder 新增行为首选项，可自动最小化新添加的片段 [2023-4]
• 重新设计的“查找工具栏”拥有更优化的用户界面，并新增了序列搜索等功能，同时增强了“按SMARTS搜索”功能，可访问Sketcher [2023-4]
• 在 3D 构建器中增加了对非标准氨基酸的支持 [2023-4]
• 改进了多个“项目表”对话框的用户界面 [2023-4]：
  • 合并属性
  • 复制属性
  • 删除属性
  • 明确的价值观
• 新增了将选中的条目移至当前组顶部或末尾的菜单选项 [2023-4]
• 通过纹理映射增强表面视觉效果，利用顶点级纹理坐标来丰富细节并提升色彩鲜艳度 [2023-4]
• 现在，将mmCIF文件（.cif）导入Maestro 时，其处理方式与PDB文件（.pdb）相同，系统会根据元素自动为原子着色，以提升可视化效果 [2023-4]

力场

• FFBuilder 现在将 QRNN-TB 神经网络势作为其默认参考方法。典型的 FFBuilder 任务运行速度提高了 3 到 5 倍 [2023-4]

工作流与管道 [KNIME 扩展]

• LiveDesign 连接节点支持单点登录，并支持与运行不同版本LiveDesign 的主机重新建立连接 [2023-4]
• LiveDesign 连接节点可连接到“上传为LiveDesign ”节点 [2023-4]
• LiveDesign 多个主机的设置作为配置文件保存在 KNIME 首选项面板中 [2023-4]

靶点 验证与结构支持

AlphaFold 下载 / 操作流程

• 新增了对 AlphaFold2 模型以及通过 ColabFold 生成的 PAE 文件的处理支持 [2023-4]

多序列查看器/编辑器

• “按家庭对齐”面板正式发布（已移除测试版标签）[2023-4]
• 新增T细胞受体作为最新被识别的蛋白质家族，并根据序列特征对其性质进行了注释 [2023-4]
• 支持基于家族的T细胞受体序列比对，以支持下游应用，例如同源建模 [2023-4]

结合位点 & 结构分析

Desmond 分子动力学 (MD)

• “径向分布函数（RDF）”面板现可按单体对站点进行“分组” [2023-4]

混合溶剂分子动力学（MxMD）

• 新增对片段大小探针的支持 [2023-4]

苗头化合物 身份识别与虚拟筛选

配体结构准备

基于实验数据和量子力学的pKa 预测

• Epik 中改进的刘易斯结构规范化 [2023-4]

先导化合物 优化

配体比对

针对含有顺式和反式键的大环化合物 的环状大分子比对性能的改进 [2023-4]

FEP+

• FEP+ 面板中多种物理性质的改进分析 [2023-4]
  • 小分子 FEP
    • 相对溶剂化
    • 相对结合
  • FEP的溶解度：
    • 补水
    • 解散
  • 蛋白质 FEP：
    • 选择性
    • 热稳定性
• “高级选项”面板中的其他设置 [2023-4]
  • 平衡时间
  • 模拟 时间分为溶剂/络合/真空三个阶段
• 改进向 Web 服务提交任务的易用性 [2023-4]

恒定pH值模拟

• 轨迹播放器：对 Lambda Dynamics 的改进 [2023-4]

FEP+ 协议生成器

• 能够在用户定义的子地图上运行FEP+ 协议生成器 [2023-4]

大环化合物

• 为 macrocyclize.py 引入了 -parameter 命令行参数，用于单独指定参数 [2023-4]
  • The -parameter argument expects a <key>=<value> argument, where <key> is one of several runtime parameters that can be inspected through the -write_param_file option.

生物制剂药物研发

• 一种预测蛋白质中蛋氨酸残基氧化风险的新方法（命令行）[2023-4]
• 通过CDR嫁接方法增强抗体 的人源化，支持将其嫁接到非人类物种的框架上（例如用于小鼠化）（命令行）[2023-4]
• 针对抗体 人源化研究，更新并扩充了默认人类生殖系数据库 [2023-4]
• 跨链和链内二硫键的简化过滤与显示 [2023-4]

材料科学

Quantum ESPRESSO 的图形用户界面

产品：Quantum ESPRESSO (QE) 接口

• 支持 RMM-DIIS 对角化算法 [2023-4]
• 计算有效电荷的选项（命令行）[2023-4]
• 合并多个从头算分子动力学（MD）任务轨迹的选项（命令行）[2023-4]
• 表面能：为原子位置添加约束的选项 [2023-4]
• 表面能：优化晶格参数的选项 [2023-4]

光电子学

产品：Genetic优化 (GA)

• Windows 和 Mac 平台对 DeepAutoQSAR 的支持 [2023-4]

KMC Charge Mobility

产品：MS Mobility

• 绘制 KMC 电荷迁移率：可选择要从平均值中排除的图 [2023-4]

材料信息学

产品：MS Informatics

• ML Property：支持下载自定义属性预测模型 [2023-4]
• ML 属性：来自可自定义下载模型的光电特性 [2023-4]
• MD 描述符：用于计算描述符的 MD 工作流 [2023-4]

粗粒化（CG）分子动力学 (MD)

产品：MS CG

• 针对蛋白质的Martini 力场支持功能已得到优化 [2023-4]
• Martini 中支持3.2 Å sigma的“微型”（T）型珠子 [2023-4]
• 关于Martini 环糊精颗粒的支持 [2023-4]

介电性能

产品：MS 介电材料

• 查看器中的“摘要”选项卡，其中包含条理清晰的输出信息 [2023-4]
• 查看器中基于给定密度和极化率的結果估算工具 [2023-4]

反应性

产品：MS Reactivity

• 自动反应工作流：用于全面自动化反应分析的模块 [2023-4]

MSMaestro 构建程序和工具

• 元素枚举：可从元素周期表中选择多个元素 [2023-4]
• 元工作流：在量子力学阶段支持 TDDFT 和相对论哈密顿量 [2023-4]
• Meta Workflows：支持在各个阶段使用多CPU/GPU配置 [2023-4]
• Meta Workflows：支持为某个阶段设置要传递的额外输入文件 [2023-4]
• 元工作流：自定义阶段的标准输出存储在文件系统中 [2023-4]
• 溶剂化体系：Workspace 操作菜单（WAM）[2023-4]
• 结构化液体：将亲水/疏水基团指定为原子属性 [2023-4]
• 结构化液体：从亲水基团到疏水基团的箭头可视化 [2023-4]

经典力学

• 蒸发：用户可控制轨迹记录间隔 [2023-4]
• MD 多阶段：在“平均细胞”阶段之前存储的轨迹（CMS）[2023-4]
• 径向分布函数：按单体分组的选项 [2023-4]

量子力学(QM)

• 光电子学：支持用于氧化还原电位预测的PCM溶剂设置 [2023-4]
• 反应热力学枚举：支持多CPU子作业 [2023-4]
• 反应工作流：在执行构象 搜索后，可选择运行xTB优化 [2023-4]
• 反应工作流：基于能量跨度模型的周转频率 [2023-4]
• 过渡时刻序参数：对更高激发态的支持 [2023-4]
• 过渡矩序参数：激发态设置的附加选项 [2023-4]

教育内容

• 新教程：用于机器学习（ML） 的分子动力学 (MD) 描述符 [2023-4]
• 新教程：利用自动化反应工作流设计不对称催化剂 [2023-4]
• 更新：介电特性 [2023-4]
• 更新：液体电解质的性质：第一部分 [2023-4]

LiveDesign

2023-4 版的新功能

• 着陆页优化
  • 将化合物标记为“收藏”，即可将其固定在“化合物”页面的顶部
  • 已添加到书签的 LiveReports 将在新浏览器标签页中打开
  • 查看项目中的化合物总数、虚拟化合物数和真实化合物数
  • 查看最近添加的“真实”或“虚拟”化合物，并按日期范围筛选
• 重新排列SAR骨架的顺序，以调整优先级并控制哪些骨架 化合物会匹配
• 查看“公式”和“自由格式”列的列标题图标，以便识别列类型
• 在 LiveReport 中将鼠标悬停在列标题上时，可在工具提示中查看该检测的描述
• 在搜索后添加到 LiveReport 中的行会自动被选中
• 模型/协议元数据用户体验改进
  • 在协议/模型详情页面中添加了“创建者”字段
  • 每个协议的依赖模型数量会在协议列表页面中显示
  • 在模型详情页面中提供了指向该协议的直接链接
  • 在协议/模型列表页面中新增了“创建日期”和“最后修改日期”两列
  • 更方便地访问“清除模型结果”选项
• LiveReport 筛选器和 R-组分解的速度更快，对于规模较大的 LiveReport，性能提升更为显著

已修复的内容

• 包含一个或多个 Matrix 控件的布局的 LiveReports 现可进行复制
• 现在可以复制包含未发布的、带有下拉列表参数的参数化模型的 LiveReports 了
• 高级搜索
  • 以前，使用“限制多个终点”功能的高级搜索会将反向搜索条件和常规搜索条件视为相同，而现在能够正确区分这两者
  • 在设置了限制条件的实验结果反向高级搜索中，此前会返回没有结果的化合物，而现在仅返回具有明确结果的化合物
  • 在实验结果中进行高级搜索时，若使用“限制多个终点”功能设置搜索条件，此前会错误地返回不符合“限制多个终点”搜索条件的结果；现在则会返回符合所有条件的搜索结果。
• 从“通用实体”文件中上传的实验结果现在会显示在“数据与列”树中
• 管理面板中列出的任务有时会显示其状态为“已提交”或“正在运行”，但实际上该任务既未提交也未在运行，现在已能正确显示其状态
• PowerPoint 导出时，标题列现在采用灰色背景，且复合图像行中的“Result”一词已替换为“Entity”。
• 将同一个复合体连续多次拖放到草图编辑器中，即可正确显示该复合体
• 当着色规则由多选下拉列表的“自由格式”列定义时，图表中的着色规则现在可以正常工作了
• LiveReport 页脚中的选择导航现在可以在“磁贴视图”中正确滚动了
• “配体设计器”此前会将新添加的片段显示为绿色，现在则使用默认配色方案显示原子。
• 现在，在 3D 可视化器中加载已保存的场景时，会根据保存场景时使用的样式正确设置配体的样式
• 现在，图块内的自定义分箱设置可在“表单”视图中正确保存
• 具有“查看者”角色的用户登录后，将不再看到临时显示的红色身份验证错误条
• 此前，“还有 1 人在查看此 LiveReport”这一提示会在用户关闭 LiveReport 很久之后才出现，现在则会在其他用户正在查看该 LiveReport 时正确显示。