リリースノート

低分子創薬

プラットフォーム環境

Maestro グラフィカルインターフェース

• 散布図およびヒストグラムの使いやすさの向上：
  • 「入力アクション」および「同期オプション」のメニューアイコンからアクセスできる簡素化されたメニューにより、複数のプロットやヒストグラムにまたがるデータ間の関連性を確認できます。
  • 文字列およびブール値のヒストグラムのサポートを追加しました
• ヒストグラムパネルでは、設定ビューとデータテーブルビューを簡単に切り替えることができます
• Workspace のタイルを細かく制御するために、列数と行数を指定します
• Jaguar の周波数計算から、振動運動のアニメーションGIFを保存する
• 低温電子顕微鏡（Cryo-EM）による表面解析性能の向上：
  • クライオ電子顕微鏡（Cryo-EM）の表面ファイルの読み込み速度が最大2倍に高速化
  • 等値面の輪郭作成および調整の処理速度が最大5倍向上
• ツールバーのデザインを洗練させ、シンプルさとモダンな美しさを向上させるとともに、ダークモードへの最適化を図りました
• Maestro プロジェクトのフォーマットをバージョン5に更新しました：
  • 従来の26文字を超える複数文字のチェーン名のサポート
  • 電子メールでの共有を容易にするために設計された、圧縮された .prjzip ファイル
  • バージョン4のプロジェクトを開いた際に、自動的にバージョン5に変換される
  • デフォルトでは、Maestro プロジェクトはバージョン5の形式で保存されますが、下位互換性を確保するため、バージョン4の形式で保存するオプションも用意されています。
• 「PDBx/mmCIF (*.cif)」および「Small Molecule CIF (.cif)」という2つの新しいCIFファイル形式のサポートが追加されました。
• macOS、Linux、およびWindowsにおいて、LiveDesign からローカルの `Maestro ` を開く機能がサポートされるようになりました
• 刷新されたスプラッシュ画面とアイコンデザイン：モダンなビジュアルで、外観と使い心地を一新

ワークフローとパイプライン [KNIME 拡張機能]

• LiveDesign 管理ノードは、「LiveDesign 」接続ノードからユーザーの認証情報を取得し、SSOの設定を有効にすることができます

ターゲット 検証と構造 イネーブルメント

タンパク質の調製

• Protein TheProtein Preparation Workflow では、水素結合ネットワークの最適化段階において、デフォルトでリガンドのエピック状態を考慮するようになりました。

タンパク質のX線結晶構造精密決定

• 新しいsf2map.pyスクリプトは、入力として構造 と、構造 の因子を含むcifファイルを指定することで、位置合わせ済みのX線マップを素早く生成します。

IFD-MD

• ヒスチジンのタウトマー状態（HID、HIE）の自動サンプリングを行うためのIFD-MDを更新：誘導適合効果を同時に考慮し、受容体 のタウトマー状態を解明するとともに、受容体 およびリガンド のコンフォメーションを予測する

結合部位および構造 解析

サイトマップ

• 800 Åを超えるサイトを分解する「複合モード」を自動的に適用する3

混合溶媒MD（MxMD）

• カスタマイズ可能な可視化機能を備えた新しい混合溶媒分子動力学（MxMD）インターフェースによる隠れた結合ポケットの同定精度向上（ベータ版）：MxMDシミュレーションの設定と解析を行う新しいインターフェースにより、タンパク質表面の結合ポケット候補についてより明確な理解を得ることができます

ヒット・ディスカバリー

アクティブ・ラーニングの活用例

• 機械学習の評価段階ではZeroMQモードを、Glide のドッキング段階では を使用することで、AL-Glide およびGlide における結果の算出時間を短縮

Shape 上映

• 「QuickShape 」および「1D Screening」コマンドで、新たな類似度正規化方式が利用可能になりました。デフォルトの max{O(A,A), O(B,B)} に加え、min{O(A,A), O(B,B)}、O(A,A)、および O(B,B) を適用できるようになりました。ここで、O(A,B) はリガンド A と B のオーバーラップを表します。
• 「QuickShape 」および「1D Screens」を実行し、クエリとしてPhase のファーマコフォア仮説を指定する
• -limit および -NJOBS1D オプションを使用して、QuickShape の計算速度を向上させ、計算リソースをより効率的に活用できるようにします

Glide

• 以前は「WScore」として知られていた「Glide 」のWSモードが正式にリリースされました。このモードでは、リガンドの優先順位付けを行い、ヒットの選別精度とポーズ予測精度を向上させます。
  • 明示的な水エネルギー学を活用し、タンパク質-リガンド の結合姿勢の精度を高め、スコアの高い仮想ヒット化合物の中から実験的に不活性な化合物を排除する

リードの最適化

FEP+

• FEP Edge解析における「受容体-リガンド 」の相互作用について、新たな「Per-残基 」エネルギー分解法を用いて、より深い知見を得ることができます。
• 「相関プロット（FEP+ ）」インターフェースで、精度、特異度、再現率、正準度、F1スコア、コーエンのK、ケンドールのTといった一般的な指標を含む分類行列を用いて、カテゴリカル分析を実行します。
• 「FEP+ 」パネルで、ABFEP計算において化合物がスキップされる理由を確認する

タンパク質FEP+

• 「ProteinFEP+ 」の完全版リリース残基 スキャニング（ラムダダイナミクスを含む）
  • ワークフローにより、FEP+ パネルに読み込むためのFMPアーカイブが生成されるようになりました
  • Webサービスのサポート

FEP+ プロトコルビルダー

• OPLS4 または OPLS5 のいずれかの力場を使用して実行できる機能
• 残基 のさらなるプロトン化状態のサンプリングに対応しました
• アクティブラーニングをスキップし、プロトコルパラメータ空間の網羅的な探索を行うための新しいオプション

量子力学

• 暗黙的溶媒計算における還元溶媒化エントロピー
  数値周波数計算のための distributed_frequencies.py ワークフロー
• NMR計算において、同位体11Bのサポートを追加しました
• 暗黙的溶媒モデル（SMD）に、勾配と周波数が追加されました
• E-solは、高速な溶媒和エネルギーの計算のためのCPCM-X暗黙的溶媒和法に対応しました（コマンドラインのみ）。

半経験的量子力学

• xTBを、高度な溶媒モデルCPCM-Xを採用したバージョン6.7.1に更新しました

マクロサイクル

• macrocycle.py における低分子の環化反応について、事前定義されたリンカーのリストが 5 つから 22 つに拡張されました。
• 文献で最も頻繁に報告されているペプチド環化反応における側鎖ブリッジのリストを、4種類から21種類に拡充した
• SMILES の文字列が記載されたCSVファイルを使用して、macrocyclize.py内のスペーサーを制御する
• tug_alignスクリプトおよびリガンド のアラインメントパネルにおける、マクロサイクルアラインメントの再現性と性能の向上
• マクロサイクルサンプリングスクリプトでは、オプションでマクロサイクルのコンフォーマーのみを出力するように設定できます
• peptide_cyclize.py スクリプトを使えば、コマンドライン上で配列から環状ペプチドを簡単に生成できます

デ・ノボ設計

AutoDesigner – R-グループ Design

• ユーザーが指定した化合物セットとの類似度に基づいて生成されたアイデアにスコアを付ける、AutoDesignerの新しい「類似性」機能を活用し、類似するリガンドの探索を促進しましょう。
• 出発点リガンド から始まるすべての経路について、それらの経路で利用可能なすべての構成要素を用いて、PathFinderによる網羅的な列挙を追加しました。
• 追加の出力を生成するために、最終的な出力セットに対する再帰的なトリミング機能を追加しました
• ワークフローの各段階で生成された化合物の数の概要を含む、ロギング機能の改善

AutoDesigner – コアデザイン

• ワークフローの各段階で生成された化合物の数の概要を含む、ロギング機能の改善

生物学的製剤の創薬

• タンパク質記述子を用いた自動機械学習モデル構築によるタンパク質の特性予測：AutoQSAR解析を活用して、生物製剤の特性予測に向けたAI／MLモデルの学習、検証、および適用を行う
• CDR、α鎖／β鎖などのTCR領域に素早くアクセスできる、あらかじめ定義された選択セット

材料科学

Quantum ESPRESSO用GUI

製品：Quantum ESPRESSO (QE) インターフェース

• 「Phonon DOS Viewer」で報告されたフォノン依存の誘電特性
• NMR計算用のワークフローアクションメニュー（WAM）
• DFT-D3 によるフォノン計算のサポート
• 改良された細胞弛緩プロトコル
• Schrödinger- GitHubで入手可能なQuantum ESPRESSOの互換バージョン
• 分散型フォノン計算のサポート
• 設定ファイル（コマンドライン）による、失敗後の最大再試行回数の制御
• QM収束モニターで保持される初期パラメータと制約条件

KMC チャージ・モビリティ

製品名：MS Mobility

• KMC電荷移動度の計算：堅牢な量子力学収束による処理速度の向上（コマンドライン）

材料情報学

製品名：MS Informatics

• MLのモデル構築：ハイパーパラメータ調整に利用できるステップ数の増加
• MLのモデル構築：ハイパーパラメータのチューニング手順を学習時間に置き換えるオプション
• Formulation ML：特徴量重要度分析に基づく原子ごとの寄与度の可視化
• 機械学習の特性：既存モデルの更新
• 機械学習の特性：分子性固体の融点の予測
• 機械学習の特性：分子の非水系溶解度の予測

粗視化（CG）分子動力学

製品名：MS CG

• CGマッピングの自動化：巨大分子のマッピングを高速化
• 自動CGマッピング：報告されたパーティクルの種類と出現回数

浸透剤の充填シミュレーション

製品：浸透剤充填（PL）

• 浸透剤の注入：既存の水と添加された水の区別

反応性

製品名：MS Reactivity

• ナノリアクター：バイアス電位の幅を設定するオプション
• 反応ワークフロー：プロジェクトテーブルに非調和零点エネルギー（ZPE）が追加されました
• リアクションワークフロー：リング内のサイトにおける列挙のサポート
• 反応ワークフロー：列挙によるフラグメントの入れ替えを自動化するオプション
• 反応ワークフロー：設定時の反応図のプレビュー

マイクロキネティクス

製品名：MS Microkinetics

• マイクロキネティックモデリング：多段階MKM解析のサポート
• マイクロキネティック・モデリング：ビューアパネルでのプロットの拡大表示機能
• マイクロキネティック・モデリング：最大積分時間ステップのデフォルト値の増加

MSMaestro のビルダーとツール

• 吸着列挙：原子インデックスによる反応性原子の選択のサポート
• 「Disordered System」：タブやダイアログのオプションを再構成し、UIを改善しました
• 「Disordered System」：タングルド・チェーン・オプションによる、選択した分子の剛体化のサポート
• Meta Workflows：放射状分布関数解析のサポート
• ナノ粒子：粒子内部に重心が位置する分子のみを含めるオプション

古典力学

• MDにおける障壁電位：入力構造から障壁を除去するオプション
• Droplet：Dropletの作成時にランダムシードを入力する機能のサポート
• Droplet：ランダムな初期速度のサポート
• Evaporation：プロットするプロファイルを完全に制御できる機能
• 蒸発：バリア電位の印加に関するサポート
• 蒸発：基板の重心（COM）からの距離に基づいて蒸発ゾーンを設定するオプション
• 蒸発：大規模な入力構造に対する読み込み速度の向上
• MD多段階法：ラダーポリマー向けの改良された緩和プロトコル
• DPD粒子のデフォルトの時間ステップを微調整した
• 原子レベルおよび粗視化システムにおけるサーモスタットおよびバロスタットの設定が自動的に行われる
• 応力・ひずみ：法線平均応力をプロットするオプション
• 熱物理特性：*.ene ファイルを返すオプション（コマンドライン）
• 軌跡 密度分析：*.csv ファイルの出力

量子力学

• 吸着エネルギー：エネルギー単位としてkcal/molとkJ/molのいずれかを選択するオプション
• 吸着エネルギー：すべての出力項目をサブグループとしてプロジェクトテーブルに組み込んだ
• 吸着エネルギー：有効な入力吸着質に対する堅牢な検出アルゴリズム
• 吸着エネルギー：Quantum ESPRESSO設定ファイルからのロードオプションのサポート
• 光電子フィルムの特性：分子の屈折率の予測
• 光電子フィルムの特性：系間交差および逆系間交差の速度の予測
• 光電子フィルムの特性：大規模入力構造向けの改良されたロードプロトコル

教育コンテンツ

ライフサイエンス

• 新チュートリアル：定pH分子動力学を用いたタンパク質pKa 予測
• 更新されたチュートリアル：Glide によるHSP90リガンドのWS評価

材料科学

• 新しいチュートリアル：シングレット・トリプレットの系間交差率
• 新チュートリアル：ニトロソアミンの生成と分解のモデル化
• 新チュートリアル：原子層堆積法
• 新しいチュートリアル：要素の列挙
• 新しいクイックリファレンスシート：屈折率
• 更新版チュートリアル：多段階量子力学ワークフロー入門

ドキュメントの内容

• 材料科学の応用分野におけるソリューションを探求し、ユーザーの関心事に最適なソリューションを同定 するための新しいドキュメントページ
• 各パネルのヘルプトピックに表示されるパネル画像

LiveDesign

2024-4の新機能

• バイオロジクスのSAR可視化：Sequence Viewerツールで、配列の違いと併せて特性を表示、強調表示、分析する
• リガンド デザイナー
  • 管理パネルから「リガンド 」デザイナー設定に複数のオーバーレイをアップロードし、デザインセッション中にそれらのオーバーレイを有効または無効に設定します。
  • 編集後、リガンドの名前を変更し、「ポーズの予測」機能を使用して、反復的な設計変更を追跡・管理する
• R-グループ 列挙：計算プロパティによる出力製品のフィルタリング
• LiveDesign 学習： ランディングページ内で「LiveDesign 」の学習ダッシュボードを表示する

  • *LiveDesign 学習は現在、LiveDesign ML と呼ばれています。

• LiveReportの管理
  • LiveReport ピッカーで LiveReports の行数、列数、セル数を確認する
  • 更新された「LiveReportの作成」ダイアログで、作成時にLiveReportを読み取り専用または非表示として設定する
  • 以下のメニュー項目は、「LiveReportの編集…」メニューに統合されました：名前の変更、フォルダへの移動、読み取り専用にする、編集可能にする、非表示にする、表示にする
  • 管理者は、読み取り専用のLiveReportsを更新して、編集可能にすることができます
  • LiveReportのフッターにあるリンクをクリックし、ダイアログで化合物 のIDを選択することで、化合物のサブセットを表示します。
• ドキュメント
  • LiveDesign の「？」ボタンは、Schrödinger プラットフォームの他の箇所と同様に、オンラインドキュメントへ遷移するようになりました。ユーザーはSchrödinger のウェブアカウントにログインするよう案内され、メールで送信されるコードによる認証が行われます。ウェブアカウントをお持ちでない場合は、新規登録を行う必要があります。
• 「フォーム」スプレッドシート、テーブル、およびIDウィジェットの値をクリップボードにコピーする
• LiveReport から構成要素の列を追加する際、「MPO 作成」ダイアログで列名を検索・フィルタリングする
• 3Dセル内のリンクをクリックして、3D汎用エンティティおよび明示的なリガンド Designerを開き、3D構造 をMaestro
• リアクションの列挙、R-グループ の列挙、ファイルのアップロード、Maestro のアップロード、およびLDClientのアップロードの後、LiveReportにエンティティがより早く表示されるようになります。
• FFCの列を取得するためのLDClientのAPI 「get_freefrom_column_by_id」には、FFCが最後に更新された時刻に対応するlong型値を含む「updated_at」フィールドが追加されるようになりました。
• ランディングページ：化合物のページから、最近公開された実験データを閲覧する

修正された点

• 詳細検索でIDを検索してエンティティを追加すると、以前は応答しないダイアログが表示されていましたが、現在はIDの入力を受け付けるダイアログが表示されるようになりました。
• 以前は、複雑なフィルターでは貼り付けられた生物学的配列を受け付けず、その配列に対するフィルタリングも失敗していましたが、現在は貼り付けられた生物学的配列を受け付けるようになりました。
• ランディングページでテンプレートからLiveReportを作成しても、新しく作成されたLiveReportが開かなくなりましたが、現在は新しいブラウザタブでLiveReportが開くようになりました。
• あるエンティティが複数のプロジェクトにインポートされている場合、そのうちの1つのプロジェクトからそのエンティティを削除しても、そのプロジェクト内でのみ削除されます。CSV、ZIP、FASTAを介して複数のエンティティをインポートした場合、「ファイルの管理」ダイアログには、そのエンティティに対応するファイルエントリが1つだけ表示されるようになりました。
• エンティティ関係メタデータの文字列型は、関係および関係メタデータに対するDIマッピングを追加することで、DIでサポートされます。
• 「構造 クラス」という列は、[データと列]ツリー内で「エンティティタイプ」に名称が変更されました。
• スケッチャーに芳香族構造を貼り付けると、ピロールを含む構造のキラル性が反転していましたが、現在はキラル性が維持されるようになりました。
• LDClient 経由で FFC の日付値を入力する際、ユーザーは YYYY-MM-DD 形式を使用する必要があります。誤った形式で日付を入力した場合、システムは「日付は YYYY-MM-DD 形式で入力してください」というメッセージとともに 400 エラーを返します。
• Formsのカンバンウィジェットでは、カンバンタイルの横にピンアイコンが表示されていましたが、現在はカンバンウィジェットにピンアイコンが表示されなくなりました。
• 行の固定を解除すると、期待どおりに動作するようになりました。
• セルに複数の値が含まれるモデルの結果については、LiveReportを複製すると値の順序が異なって表示されていましたが、現在は複製されたLiveReportでも元のLiveReportと同じ順序で表示されるようになりました。
• アルギニンに含まれるグアニジングループ は、3Dビジュアライザー上で5つの結合を持つ炭素が誤って表示されていましたが、現在は化学構造が正確に表現され、アルギニンの正しい結合構造構造 が表示されています残基 。
• SAR解析（R-グループ の分解）において、R- の骨格の順序を変更しても、ページを更新することなく、新たに追加または削除された骨格に対して処理が行われます（R-グループ の分解）。
• 削除されたドッキングポーズは二度と表示されなくなるため、workspace が整理整頓された状態が保たれます。「predict pose」をクリックして生成される新しいポーズには、順次名前が付けられるため、追跡が容易になります（例：「docked_ligand_3」を削除した後は「docked_ligand_4」となります）。
• 管理パネルでモデルの名前を変更すると、その変更はリガンド Designerに正しく反映されます。
• 以前は、表示チェックボックスのチェックを外してから別のエンティティを選択しても、3Dビジュアライザーにターゲットが表示されたままでしたが、現在は「ターゲット 」の表示チェックボックスがチェックされていない状態になり、「ターゲット 」は表示されなくなりました。
• あるプロジェクトから別のプロジェクトへLiveReportをコピーすると、たとえそのモデルのプロトコルが宛先プロジェクトへのアクセス権を付与していなかったとしても、宛先プロジェクトにはLiveReport内のすべてのモデルに対するACLが付与されていました。現在では、プロトコルが当該プロジェクトへのアクセス権を付与していない場合、モデルの列は「ダミー化」され、宛先プロジェクトでは表示されなくなりました。
• 依存関係のあるパラメータ化モデルを含むモデルは、アーカイブ時にエラーが表示されず、そのモデルに依存するすべてのパラメータ化モデルも同様にアーカイブされます。アーカイブされる依存関係のあるパラメータ化モデルの数が表示されたダイアログボックスが表示されます。