이번 릴리스의 내용:
릴리스 2025-3
소분자 신약 개발
플랫폼 환경
Maestro 그래픽 사용자 인터페이스
- Workspace 에서 원자 위에 커서를 올리면, 프로젝트 테이블에서 해당 행이 강조 표시되고 상태 표시줄에 해당 행 번호가 동시에 표시됩니다.
- 기본 설정을 “PDB 대화 상자 표시”로 개선하여 2Fo-Fc 회절 데이터를 자동으로 표시하고, EM 맵의 등고선을 저자의 권장 사항에 따라 자동으로 설정하도록 했습니다.
- 이미지 크기를 제어할 수 있는 전용 옵션 대화 상자가 추가되고, 단일 구조물과 HTML 그리드 모두에 대해 고품질 SVG 형식을 지원하는, 새롭게 재설계된 2D 뷰어 내보내기 기능
- 새로운 Maestro Assistant(베타) – Schrödinger 지식 봇을 통해 상황에 맞는 도움을 제공하고, 3D workspace (문서) 내에서 자연어 스타일링 명령을 실행할 수 있게 해주는 AI 기반 대화형 인터페이스입니다.
힘장
- FFBuilder의 기본 참조 방법을 MPNICE 전위로 업데이트했습니다.
- 일반적인 화학 반응에서 약 5배 더 빠름
- 붕소, 브롬, 요오드 및 실리콘을 함유한 화합물의 분석 속도가 20배 빨라졌습니다.
표적 검증 및 구조 구현
단백질 정제
- 이제 ‘단백질 준비 마법사’ 대화형 작업은 임시 파일을 ‘ Maestro ’ 작업 디렉터리의 지정된 폴더에 저장합니다.
단백질 X선 구조 정밀화
- 기본 설정을 “PDB 대화 상자 표시”로 개선하여 2Fo-Fc 회절 데이터를 자동으로 표시하고, EM 맵의 등고선을 저자의 권장 사항에 따라 자동으로 설정하도록 했습니다.
- GlideMap 패널을 재설계하여, GlideXtal이 X선 데이터를 기반으로 생성한 맵에 리간드를 도킹 할 수 있도록 했습니다.
저온 전자현미경 모델 정제
- 재설계된 GlideMap 패널은 GlideEM 패널을 대체하며, 소분자 리간드를 극저온 전자현미경(cryo-EM) 밀도 맵에 더 세밀하게 맞출 수 있는 옵션을 제공합니다.
IFD-MD
- 리간드 결합 모드 예측 및 잠재적 결합 부위 식별을 위한 새로운 템플릿 리간드 파인더 (베타): 단백질 및 리간드 유사성을 기반으로 동종 단백질을 신속하게 식별하고 시각화하여, IFD-MD의 참조 자료로 활용할 잠재적 템플릿 리간드를 발굴합니다.
결합 부위 및 구조 분석
혼합 용매 MD (MxMD)
- 업데이트된 컴퓨터 시뮬레이션 워크플로우(베타)를 통한 잠재적 결합 부위 식별 기능 강화: 혼합 용매 기반 분자 동역학 시뮬레이션( 분자동역학 , MxMD)과 SiteMap을 결합한 새로운 워크플로우를 통해 잠재적 결합 부위를 안정적으로 규명하고 탐지합니다.
Hit Identification & 온라인 상영
도킹
- Glide 보다 속도가 거의 2배 빠른 최적화된 Glide 가 이제 기본 메서드로 지정되었습니다.
- Glide 의 개편: WS MMGBSA 수정 사항
리간드 준비
거대고리 화합물
- tug_align.py를 사용하여 정렬 시 시스/트랜스 이성질체를 제한하는 명령줄 옵션을 추가합니다.
- tug_align.py에 MCS 검색 알고리즘의 타임아웃을 제어하는 명령줄 옵션을 추가합니다.
- PrimeMCS의 소폭 성능 개선
ABFEP
- AB-FEP 시뮬레이션을 위한 자동 막 배치
Lead Optimization
FEP+
- ‘고급 옵션’ 인터페이스를 대체하는 새로운 설정 인터페이스로, 시뮬레이션을 보다 직관적이고 쉽게 설정할 수 있습니다.
- RB-FEP 경계면에 대한 명확한 예측
- 분석 탭에 표시되는 유사도 점수 열
- ‘웹 서비스 작업 테이블’ 패널의 사용 편의성이 향상되어 여러 작업을 일괄 삭제 및 다운로드할 수 있습니다.
- Atom 매핑을 일치하는 R-기단으로 확장하기
일정한 pH 조건 하의 시뮬레이션
- 패널의 사용 편의성 및 레이아웃 개선
- 웹 서비스를 통해 일정한 pH 조건에서 시뮬레이션을 실행할 수 있도록 지원 기능을 추가했습니다.
FEP 프로토콜 빌더
- 기본값 개선을 통해 워크플로우 속도가 약 2배 향상됨
- Louvian 응집 을 사용하여 하위 지도를 탐색하고 점수를 매김으로써 생성된 FEP+ 지도의 정확도를 향상시켰습니다. 또는 사용자가 원하는 하위 지도를 직접 입력할 수도 있습니다.
- FEP-PB 모델의 파레토 선별을 활용한 새로운 비용 최적화 방안을 통해 최상의 가치 프로토콜을 도출
- FEP+ 의 그룹 지원 기능을 통해 생성된 지도의 예측 정확도가 향상되었으며, 이를 통해 리간드의 결합 위치( 양성자화), 결합 방식( 토토머) 및 구조적 형태(conformational forms)가 서로 다른 리간드들이 그룹화되어 FEP 그룹 보정이 적용될 수 있게 되었습니다.
양자역학
- Leach 등(2009)의 연구에 따른 양자역학(QM) 기반 워크플로우를 통해 에임스 독성을 예측한다
- X선 방출 분광법(XES) 예측 기능이 이제 제공됩니다(명령줄 전용).
- RI-MP2를 사용하여 9개의 새로운 이중 하이브리드 함수식을 구현했습니다: B2-PLYP, B2GP-PLYP, DSD-BLYP, DSD-PBEP86, PWPB95, B2K-PLYP, B2T-PLYP, DSD-PBEB95, MPW2-PLYP
- 안정성 의 파동 함수 분석 기능은 SCF 불안정성을 자동으로 보정하여 보다 안정적인 파동 함수를 도출합니다.
- 새로운 워크플로를 통해 핵 독립적 화학 이동(NICS) 예측하기
- 파장에 따른 광회전
- ‘이론 수준(Level of Theory)’ 옵션을 설정하여 MLFF(머신러닝 ) 힘장을 적용합니다.
- QRNN 사용을 지원해 온 모든 Jaguar 워크플로우에서 이제 MPNICE를 지원합니다.
생명과학 교육 콘텐츠
- 새로운 튜토리얼: 핵산 구조 준비하기
- 새로운 튜토리얼: 핵산의 구조 시각화 및 상호작용 분석
- 새로운 튜토리얼: SiteMap을 이용한 핵산의 결합 부위 분석
- 새로운 튜토리얼: 소분자 – 올리고뉴클레오티드 도킹 Glide
- 새로운 튜토리얼: Ligand Designer를 활용한 RNA-리간드 상호작용 형성
- 새로운 튜토리얼: RB-FEP를 이용한 RNA 결합 소분자의 결합력 예측
- 새로운 튜토리얼: 해리 동역학 시뮬레이션을 통한 약물 체류 시간 예측
- 새로운 학습 과정: 올리고뉴클레오티드 모델링
- 간편 참조 자료: GlideMap
생물학적 제제 신약 개발
- 입력 FASTA 파일을 업로드하여 MMGBSA 잔기 스캐닝에서 모델링할 돌연변이 변이체를 쉽게 지정할 수 있습니다.
- MMGBSA 잔기 스캐닝 패널에 지정된 원하는 돌연변이를, 새로 제공되는 FASTA 파일로의 변이 내보내기 기능을 통해 MSV에 불러와 분석하고 시각화할 수 있습니다.
- 고분자 포즈 필터링은 수소-중수소 교환(HDX) 실험에서 얻은 데이터를 기반으로 필터링할 때 다중 사슬 리간드를 지원합니다.
- 이 핵심 결합 부위를 한 번의 클릭으로 선택할 수 있도록, ‘TCR 영역’ 메뉴 아래에 Vα-Vβ 인터페이스에 대한 사전 정의된 선택 항목을 추가했습니다.
- 새로운 T 세포 수용체(TCR) 특이적 사전 설정
재료 과학
다음에 대한 GUI Quantum ESPRESSO
제품: Quantum ESPRESSO (QE) 인터페이스
- 결함 교정: (+DEFECT_FORMATION_ENERGY) 패널에서 계산된 형성 에너지
- 포논을 위한 유한 변위법 (명령줄)
- 기본 설정에서 반복 횟수 및 사이클 수 증가
- 기본적으로 GBRV 의사포텐셜 지원
MS 서피스
제품: MS SurfChem
- 탈착 열거: (+ASSOCIATIVE_DESORPTION) 결합 탈착을 위한 옵션
마이크로키네틱스
제품: MS Microkinetics
- 촉매 반응 분석을 통한 선택도 계산 (명령줄)
반응성
제품: MS 반응성
- Reaction Network Profiler: Garza 용매화 엔트로피 분배 함수 지원 (명령줄)
- 나노리액터: 기본 반응 네트워크 알고리즘의 개선
KMC 차지 모빌리티
제품: MS Mobility
- 전하 확산을 기반으로 필드 의존적 이동도를 계산하는 옵션 (명령줄)
유전 특성
제품: MS 유전체
- 복소 유전율: 사용자 정의 피팅 매개변수 적용 옵션
- 복소 유전율: 여러 피팅 결과의 예측값 표시
- 복소 유전율: 미리 평형 상태에 도달한 구조를 입력하는 옵션
- 복소 유전율: KWW 매개변수 계산 속도 향상
반응형 인터페이스 시뮬레이터
제품: MS RIS
- 고체 전해질 계면: 결합 차수를 수정하는 사용자 정의 반응 지원 (명령줄)
- 고체 전해질 계면: 짝을 이루지 않은 전자를 추적하기 위한 개선된 알고리즘
결정 구조 예측
제품: 결정 구조 예측
- 결정 구조 예측: 사용자 경험(UX) 향상을 위한 간소화된 사용자 인터페이스(UI)
- 결정 구조 예측: ‘고급 설정’에 표시된 모든 공간군
고급 힘장 응용 분야
제품: MS FF 애플리케이션
- 머신러닝 QM 및 MD 패널에서의 힘장 지원
분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 통한 수송 계산
제품: MS Transport
- 확산: 드라이버 호스트에서의 GPU 계산 지원
- 이온 전도도: (+IONIC_CONDUCTIVITY) 액체의 이온 전도도를 예측하기 위한 워크플로 솔루션
- 얇은 평면 전단: (+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 속도 프로파일의 잡음 감소
- 얇은 평면 전단: (+PLANE_SHEAR_VELOCITY_PROFILE) 점도-속도 프로파일의 직접 계산
- 얇은 평면 전단: 슬래브의 이동을 방지하기 위한 전단 영역 제어 개선
Coarse-Grained (CG) 분자동역학
제품: MS CG
- 대규모 시스템에 대한 ‘ coarse-grained ’ 힘장 할당 속도 향상
- Coarse-grained 매핑: CG 구조의 자동 매핑을 위한 GUI 패널
- CG FF Builder: ‘ MARTINI ’ 매핑을 위한 부동액 자동 주입
- CG FF Builder: (+CGFF_BUILDER_MARTINI_NPT) MARTINI 힘장 매개변수 피팅 시 NPT 앙상블 지원
- CG FF Builder: 암호화된 힘장 매개변수 지원
- CG FF Builder: CG 매핑의 출력 결과를 입력으로 불러오는 기능 지원
재료 정보학
제품: MS Informatics
- 머신러닝 속성: 훈련 집합의 화학적 공간을 시각화하는 툴팁
- MD 표현자: 입력 CSV 파일을 기반으로 라벨 및 구성 요소 수를 자동으로 설정
처방 ML
제품명: MS Formulation ML
- SMILES 문자열을 사용하지 않는 성분 표기 지원
- Formulation ML: GUI를 통한 모델 성능 시각화
- ML 모델 구축: 특징 중요도 데이터를 CSV로 내보내기 옵션
- ML 모델 구축: 훈련 중 특징 중요도 계산 옵션
- ML 모델 관리자: 모델 및 버전 정보를 관리하기 위한 GUI
계층형 디바이스 머신러닝
제품: MS 레이어드 디바이스 ML
- OLED 디바이스 머신러닝: 분류 모델 지원
MS Maestro 빌더 및 도구
- 흡착 열거: 입체적 방해에 직면한 원자에 대한 흡착 성능 개선
- 흡착 열거: 분자 흡착에 대한 중복 제거
- Complex Builder: IUPAC 명칭을 기반으로 한 스케치된 리간드의 명칭 제안
- 복합체 생성기: 이량체 유기금속 복합체 생성
- 무질서한 시스템: 그리드 정렬 모드 및 비정질 모드의 속도 향상
- 무질서한 시스템: MLFF 지원
- 메타 워크플로우: MLFF 지원
- Polymer: coarse-grained 폴리머 모델의 각도 설정
고전 역학
- 복합 이중층: (+COMPLEX_BILAYER_BUILDER) 복합 단백질 막 시스템을 위한 모델 구축 솔루션
- 확산: MLFF 지원
- 고분자 가교: 개선된 가교 알고리즘으로 속도 향상
- 전해질 분석: 밀도 분포 등값면 플롯 생성 옵션
- MD 다단계 시뮬레이션: 경질 고분자를 위한 사전 설정 이완 프로토콜
- MD 다단계: OPLS5에서 수렴을 돕기 위한 사전 설정 이완 프로토콜
- MD Multistage: 전기장 단위 선택 옵션
- MD 다단계: 사전 설정된 이완 프로토콜의 단계를 확인하는 옵션
- MD 다단계: MLFF 지원
- 분자 증착: MLFF 지원
- 고분자 사슬 분석: 백본 원자 검색 속도 향상
- MD 대비: MLFF 지원
- 반경 분포 함수 사용자 접근을 위해 패널 복원됨
- 제약 조건 시각화: 분자 동역학(MD) 시뮬레이션을 위한 시스템 내 제약 조건을 표시하는 도구
양자역학
- 흡착 에너지: MLFF 지원
- 베타 제거: MLFF 지원
- 결합 및 리간드 해리: 단편에 대해 표기된 분자식
- 나노리액터: MLFF 지원
- 광전자 필름 특성: ISC/RISC의 재구성 에너지를 계산하는 옵션
- 광전자 필름 특성: 뷰어 패널에서 ISC/RISC의 싱글렛-트리플렛 분할 분포를 그래프로 표시하는 옵션
- 프로브 그리드 스캔: MLFF 지원
- 반응 에너지 계산 열거: MLFF 지원
- Reaction Network Profiler: MLFF 지원
재료과학 교육 콘텐츠
교육 콘텐츠
생명과학
- 새로운 튜토리얼: 핵산 구조 준비하기
- 새로운 튜토리얼: 핵산의 구조 시각화 및 상호작용 분석
- 새로운 튜토리얼: SiteMap을 이용한 핵산의 결합 부위 분석
- 새로운 튜토리얼: 소분자 – 올리고뉴클레오티드 도킹 Glide
- 새로운 튜토리얼: Ligand Designer를 활용한 RNA-리간드 상호작용 형성
- 새로운 튜토리얼: RB-FEP를 이용한 RNA 결합 소분자의 결합력 예측
- 새로운 튜토리얼: 해리 동역학 시뮬레이션을 통한 약물 체류 시간 예측
- 새로운 학습 과정: 올리고뉴클레오티드 모델링
- 간편 참조 자료: GlideMap
재료 과학
LiveDesign
2025-3 버전의 새로운 기능
- Freeform Columns
- 픽리스트 값을 정의하는 Freeform 열 사용자 인터페이스가 픽리스트 값을 더 빠르게 생성할 수 있도록 재설계되었습니다.
- Freeform 열에 3D 첨부 파일(‘pse’, ‘mae’, ‘maegz’, ‘mmtf’, ‘pdb’, ‘pdbgz’, ‘sdf’)을 업로드하고 3D 시각화 도구에서 확인하세요.
- 줄거리
- 고정된 툴팁이 그래프 내보내기 파일에 포함됩니다
- 박스 플롯에서 이제 가로 및 세로 중첩 표시가 가능해졌습니다.
- 고급 검색
- 이제 ‘대소문자 구분 안 함’ 및 ‘어떤 문자열과도 일치’ 옵션이 고급 검색 쿼리의 설정 옵션으로 제공됩니다.
- 이제 ‘실제’ 및 ‘가상’ 빠른 필터 옵션이 고급 검색 패널의 모든 엔티티 유형에서 사용할 수 있게 되었습니다.
- 이제 자동 업데이트 고급 검색을 실행하는 동안 스크롤이 가능해졌습니다. 개별 검색 조건 및 드로어 상단에 대한 포인터 동작은 비활성화됩니다.
- 시퀀스 뷰어
- 도킹된 툴팁과 함께 비천연 잔기의 화학 구조를 확인하세요
- 해당 기준 잔기와 일치하는 잔기는 차이를 더 쉽게 식별할 수 있도록 문자 대신 점(.)으로 표시할 수 있습니다.
- 이제 클릭하고 드래그하는 동안 선택 영역이 캔버스 끝까지 확장됩니다.
- 시퀀스 뷰어의 ‘데이터 열’ 섹션은, 접힌 상태에서 ‘데이터 열’ 확인란을 토글하면 이제 자동으로 열립니다.
- 데이터 및 열 트리
- 발행된 한정판 ‘ 어세이 ’ 칼럼은 이제 D&C 트리에서 [LIM] 접두사를 사용하여 검색할 수 있으며, 칼럼 이름을 전체 입력하면 해당 칼럼을 검색하고 강조 표시합니다.
- 가져오기
- 관리자 사용자는 LDClient를 사용하여 엔티티에 대해 기존 사용자 중 누구든지 “Lot Scientist”로 지정할 수 있으며, 이때 다음 요건을 충족해야 합니다. 1) 사용자 이름은 LiveDesign 에 있는 기존 사용자 이름과 정확히 일치해야 합니다. 새로운 사용자 이름을 생성할 수 없으며 다른 문자열을 사용할 수도 없습니다. 2) Lot Scientist는 새 엔티티를 등록할 때만 지정할 수 있으며, 기존 엔티티에 대해서는 업데이트할 수 없습니다.
- 관리자 패널
- 관리자 사용자는 ENABLE_TECHNICAL_USERS 속성을 업데이트하여 사용자 목록에 기술 사용자를 표시할 수 있습니다.
- 태스크 엔진에서 최대 40,000개의 태스크를 일괄 삭제
- UX 개선 사항
- 원클릭 ‘ Maestro에서 보기’ 링크가 ‘3D로 보기’와 ‘ Maestro에서 보기’ 옵션을 더 명확하게 구분할 수 있도록 재설계되었습니다.
- 열 머리글의 정렬 아이콘이 업데이트되었습니다.
- LiveReport에서 필터링된 열의 열 머리글에 이제 필터 아이콘이 표시됩니다.
- 한 LiveReport에서 다른 LiveReport로 화합물을 복사할 때 표시되던 확인 대화 상자가 제거되었습니다.
- 관리자 사용자는 MAX_LOADED_3D_STRUCTURES 속성을 정의하여 3D 시각화 도구에서 동시에 볼 수 있는 엔티티의 수를 설정할 수 있습니다.
- ‘입체이성질체’ 도구 내에서 스크롤을 할 때도 열 머리글이 계속 표시됩니다.
수정된 사항
- 관리자 패널
- 관리자 패널 UI에서 라이선스 파일이 가끔 업로드에 실패하곤 했으나, 이제는 정상적으로 업로드됩니다.
- 모델에서는 프로토콜에 하이퍼 제한 프로젝트가 포함되어 있지 않더라도, 해당 프로젝트를 모델에 추가할 수 있는 선택 사항으로 표시하곤 했습니다. 이제 ‘모델’ 페이지에는 프로토콜에 포함된 프로젝트만 표시됩니다.
- Freeform columns
- Freeform columns 픽리스트는 줄바꿈 문자가 포함된 픽리스트 값이 선택된 경우 잘못된 색상 규칙을 표시했으나, 이제 올바른 색상이 표시됩니다.
- ‘댓글 자유 형식’ 열을 생성할 때, 해당 열 이름이 다른 LiveReport에 있는 다른 열의 제목과 일치하면 생성에 실패했으나, 이제는 열 이름이 기존에 게시된 자유 형식 열의 제목과 일치하지 않는 한 성공적으로 생성됩니다.
- 필터
- LiveReport에서 필터를 해제하면 브라우저를 새로 고칠 때까지 셀이 깜빡이더니, 이제는 올바른 셀 값이 표시됩니다.
- 양식
- Forms에서 위젯이 드릴다운 위젯으로 설정된 경우 해당 위젯의 텍스트를 복사할 수 없었지만, 이제 드릴다운 위젯에서도 텍스트를 복사할 수 있게 되었습니다.
- 이전에는 ‘Forms’ 주석 위젯에서 입력하는 도중 문자가 가끔 삭제되곤 했으나, 이제는 삭제되지 않습니다.
- 공식
- 여러 개의 값을 반환하는 수식은 if() 함수를 사용할 때 값이 표시되지 않았으나, 이제 여러 개의 값이 올바르게 표시됩니다.
- 리간드 설계 도구
- Ligand Designer: .maegz 형식의 참조 리간드가 3D 시각화 도구에서 표시되지 않던 문제가 해결되어, 이제 3D 시각화 도구에 정상적으로 표시됩니다.
- 어세이 의 제한된 칼럼
- ' 어세이 ' 열 생성 대화 상자에 문자열을 붙여넣으면 잠시 표시되었다가 사라지곤 했는데, 이제는 대화 상자에 계속 표시된 상태로 남아 있습니다.
- 실시간 리포트
- LiveDesign 하이퍼링크를 클릭하면 연결된 LiveReport가 열리지 않고, 대신 사용자가 마지막으로 열었던 LiveReport가 열리곤 했습니다. 이제 하이퍼링크를 클릭하면 연결된 LiveReport가 정상적으로 열립니다.
- LiveReport에 “LiveReport 내 존재 여부” 고급 검색 조건이 포함된 경우, 한 프로젝트에서 다른 프로젝트로 LiveReport를 복사하면 오류가 발생했으나, 이제는 정상적으로 복사됩니다.
- 템플릿
- LiveReport에 템플릿을 적용하면 브라우저 페이지를 새로 고치지 않는 한 적용된 필터가 표시되지 않았으나, 이제는 적용된 필터가 올바르게 표시됩니다.
- “피드백 보내기” 버튼이 비활성화되었습니다.
릴리스 2025-2