
解锁您感兴趣的蛋白质靶点 及配体系列,用于FEP+
节省您的时间和资源——让我们为您准备所需的蛋白质-配体系统,以进行基于结构的设计。无论您是基于实验X射线晶体结构、冷冻电镜结构、AlphaFold预测结构还是同源模型,Schrödinger 的科学家都将运用我们独有的技术和专业知识,对蛋白质-配体复合物进行优化和验证,以实现高度可预测的基于结构的设计。
借助无与伦比的技术和专业知识,推动您的探索计划
案例研究一
挑战:
尽管已获得靶点 与该系列目标配体形成复合物的约3.2Å冷冻电镜结构,但无法解释已知的结构活性关系(SAR),因此该项目实际上未能通过结构分析得到验证。
结果:
通过这种综合试错法,我们不仅发现了另一种配体结合模式,还确定了结合所必需的、虽微小但至关重要的蛋白质构象调整。尽管与结构生物学团队提出的模型相比,这种结合模式发生了翻转,但它同样符合实验密度分布,而且更重要的是,能够预测所有已知的结构活性关系(SAR)。
案例研究二
挑战:
针对一种具有柔性结构的蛋白质靶点 开发的一系列小分子抑制剂,由于缺乏指导设计的结构见解,以及在同源蛋白上出现靶点 的活性,其研发已接近极限。
结果:
Schrödinger 该方法成功对目标系列分子在靶点 和anti-靶点 上的FEP+ 预测进行了精确预测。重要的是,该研究揭示了配体结合所必需的特定环结构和侧链运动;值得注意的是,研究结果出人意料——尽管这两种蛋白质高度相似,但结果却显示它们具有不同的结合模式。
从所有层级的结构信息开始启用FEP+
无论您是基于模板的同源性建模和AlphaFold模型起步,还是拥有不完整的冷冻电镜或实验X射线晶体结构,Schrödinger的团队都具备必要的科学专业知识和计算资源,能够为您的独特项目提供结构解析支持。

经过科学验证的解决方案,用于基于结构的药物设计
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