Desmond
高性能的分子动力学 (MD) (MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度
高性能的分子动力学 (MD) (MD)引擎,具备高可扩展性、高吞吐量和科学精度
Desmond 这是一款基于GPU的高性能分子动力学(分子动力学 (MD) , MD)引擎,用于模拟生物系统,例如小分子蛋白质、病毒衣壳、蛋白质-配体复合物、混合溶剂中的小分子、有机固体以及合成长链分子复合物。
在配备常规和高端网络的通用Linux集群上可实现卓越的吞吐量,并与单核CPU相比,在通用图形处理器(GPGPU)上的计算速度提高了100倍
Desmond旨在确保数值精度、稳定性和严谨性,其性能可实现对纳米至微米级大规模特征在皮秒至微秒时间尺度上的模拟 。
为原子级力场模型的能量和力计算提供了一个强大的框架,并与生物分子研究中常用的化学体系兼容
利用模拟 计算箱进行具有周期性边界条件的显式溶剂模拟,在计算中特别注重长程静电作用,可用于对具有显式脂质膜的蛋白质和核酸体系进行建模
提供智能默认设置,并在直观的界面中支持快速配置计算实验,同时支持模拟 的自动化配置,包括系统构建、分析工具和力场分配
支持在同一 Maestro 建模环境中,该环境可连接到量子力学(QM) 提供的全面建模工具套件,直至机器学习(ML)

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