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快速、准确且直观的结合位点 识别

业界领先的平台,助您更快地发现和优化更优质的分子

了解蛋白质结合位点以优化药物设计

在基于结构的“首创”药物发现项目中,识别可成药口袋是一项重要的早期挑战。然而,在药物设计项目中定位这些位点往往颇具难度。 SiteMap 经过验证的算法有助于识别结合位点(包括别构结合位点和蛋白质-蛋白质界面),并评估其成药性。除了对先导化合物 药物发现产生影响外,SiteMap 还能通过提供潜在配体-受体相互作用的见解,协助研究人员先导化合物 优化 ,进而指导对先导化合物 化合物的修饰,以提高其结合效力。

 

更新了计算工作流程,以揭示和鉴定隐性结合位点

混合溶剂分子动力学 (MD) (MxMD)结合SiteMap工作流:利用这一全新的计算机模拟工作流,提升隐性结合位点 的鉴定效率

在由65个apo/holo PDB数据集组成的样本中,MxMD与SiteMap结合使用,在apo结构中已知隐性结合位点的Top-5检出率达到81.5%,而仅使用SiteMap时该检出率仅为49.2%,仅使用MxMD时则为67.7%。

核心能力

快速识别并排序结合位点

定位那些在尺寸、功能以及溶剂暴露程度方面均符合用户规格的结合位点。利用基于物理理论 标准对潜在结合位点进行排序,该标准经过优化,可借助SiteScore(一种用于评估位点与配体结合倾向性的评分函数)剔除那些在药理学上不太可能具有相关性的位点。

轻松可视化结合位点

轻松可视化结合位点:识别结合位点 中适合疏水基团、配体氢键供体、受体或金属结合官能团占据的区域。区分不同的结合位点 亚区域,从而能够轻松评估配体的互补性。

无缝转至分子对接 以及已确定的站点上的虚拟屏幕

利用已识别的位点,可轻松通过Glide 设置分子对接 模型,用于基于结构的虚拟筛选 实验。

探索结合位点以指导配体设计

利用生成的结合位点 图谱,来指导哪些类型的配体修饰有望促进结合。

文档与教程

了解常见问题的解答,并掌握使用Schrödinger软件的最佳实践。

生命科学 教程

学习路径:环肽建模

关于药物发现中环肽 所用工具和工作流的系统性概述。

生命科学 文档

学习路径:寡核苷酸建模

药物发现中核酸相关工具和工作流的结构化概述。

生命科学 教程

使用 SiteMap 分析核酸的结合位点

利用SiteMap识别和评估核酸结构中的结合位点。

生命科学 文档

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鉴定结合位点(包括别构结合位点和蛋白质-蛋白质界面),并评估其成药性。

生命科学 文档

学习路径:计算靶点 分析

关于用于理解生物大分子结构与柔韧性的工具和工作流的系统性概述。

生命科学 教程

靶点 使用 SiteMap 和 WaterMap 进行分析

确定受体上的潜在活性位点。

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进一步了解可用于推进您研究项目的相关计算技术。

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Glide

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FEP+

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WaterMap

一种基于结构的、最先进的方法,用于评估水对配体结合位点的溶剂化能优化

出版物

浏览采用Schrödinger 技术、发表在相关应用领域的经同行评审的出版物列表。

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构建针对RNA的小分子“苗头化合物 ”计算机辅助发现工作流程

材料科学 出版物

甜菊醇雷巴奥迪苷与人类甜味受体(T1R2/T1R3)复合体的四个不同位点结合,这解释了实验结果为何令人困惑

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大豆蛋白分离物结合植物化学物质的虚拟筛选 及其相互作用特征分析

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基于结构的蛋白质-蛋白质相互作用位点的评估及其成药性分类

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基于非平衡阻断剂结合、三维通道-阻断剂相互作用、动态占据率、动态暴露量与细胞性心律失常之间关系的、与体内情况相关的hERG安全性评估及风险缓解策略

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一种酶设计的计算方法:利用分子对接 和MM-GBSA评分法预测“-氨基转移酶”的催化活性

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通过以下方法改善多肽的分子对接 :Glide

生命科学 出版物

鉴定和表征结合位点,并评估药物开发潜力

培训与资源

在线认证课程

通过分子建模 的实践性在线课程,提升您的技能水平。这些可自主安排学习进度的课程涵盖了广泛的科学主题,并提供Schrödinger 软件的使用权限及技术支持。

教程

了解如何将Schrödinger 软件的技术和最佳实践应用于您的项目,以确保项目成功。查找培训资源、教程、快速入门指南、视频等内容。