사이트맵
빠르고 정확하며 직관적인 결합 부위 식별
단백질 결합 부위를 이해하여 향상시키기 약물 설계
약물 결합 부위를 식별하는 것은 구조 기반 ‘퍼스트-인-클래스(first-in-class)’ 신약 개발 프로젝트에서 초기 단계의 중요한 과제입니다. 그러나 비결합 부위( 약물 설계 ) 프로젝트에서 이러한 부위를 찾아내는 것은 종종 어려운 일입니다. SiteMap의 검증된 알고리즘은 알로스테릭 결합 부위 및 단백질-단백질 인터페이스를 포함한 결합 부위를 식별하고, 그 약물화 가능성을 평가하는 데 도움을 줍니다. SiteMap은 선도물질 발굴에 영향을 미치는 것 외에도, 잠재적인 리간드-수용체 상호작용에 대한 통찰력을 제공함으로써 연구자들이 선도 화합물을 수정하여 결합 효능을 높일 수 있도록 지원함으로써, 선도물질 최적화( lead optimization ) 과정에도 기여할 수 있습니다.
은닉된 결합 부위를 규명하고 식별하기 위한 계산 워크플로우를 업데이트함
혼합 용매 기반 분자동역학 (MxMD) 및 SiteMap 워크플로우: 이 새로운 컴퓨터 시뮬레이션 워크플로우를 통해 숨겨진 결합 부위 식별 능력을 향상시키세요
MxMD + SiteMap은 65개의 아포/홀로 PDB 데이터 세트에서 아포 구조 내 알려진 은닉 결합 부위에 대해 81.5%의 상위 5개 발견률을 기록했으며, 이는 SiteMap 단독 사용 시 49.2%, MxMD 단독 사용 시 67.7%에 그친 것과 대비된다.
추천 웨비나
주요 역량
결합 부위를 신속하게 식별하고 순위를 매기기
크기, 기능성 및 용매 노출 정도가 사용자의 사양을 충족하는 결합 부위를 찾아냅니다. 리간드 결합 경향을 평가하는 데 사용되는 점수 산정 함수인 SiteScore를 활용하여, 약리학적 관련성이 낮을 것으로 판단되는 부위를 제거하도록 조정된 물리학적 기준에 따라 가능한 결합 부위를 순위화합니다.
결합 부위를 쉽게 시각화할 수 있습니다
결합 부위를 손쉽게 시각화할 수 있습니다. 결합 부위 내에서 소수성 기, 리간드의 수소 결합 공여체, 수소 결합 수용체 또는 금속 결합 기능기가 결합하기에 적합한 영역을 식별할 수 있습니다. 결합 부위의 서로 다른 하위 영역을 구분함으로써 리간드의 상보성을 손쉽게 평가할 수 있습니다.
식별된 위치에서 도킹 및 가상 화면으로 원활하게 진행합니다.
Glide 를 사용하여 식별된 사이트를 손쉽게 활용해 구조 기반 가상 스크리닝 실험을 위한 도킹 모델을 설정할 수 있습니다.
리간드 설계를 위한 지침으로 결합 부위를 탐구하다
생성된 결합 부위 지도를 활용하여, 어떤 유형의 리간드 변형이 결합을 촉진할 것으로 예상되는지 파악하는 데 참고하십시오.
문서 및 튜토리얼
Schrödinger의 소프트웨어 사용과 관련된 자주 묻는 질문에 대한 답변을 확인하고, 모범 사례를 알아보세요.
간행물
관련 응용 분야에서 ‘ Schrödinger ’ 기술을 활용한 동료 심사를 거친 논문 목록을 살펴보세요.
교육 및 자료
온라인 자격증 과정
실습 중심의 온라인 ‘ 분자모델링 ’ 과정을 통해 여러분의 역량을 한 단계 높여보세요. 이 자기 주도형 과정은 다양한 과학 주제를 다루며, ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어 이용 권한과 지원 서비스가 포함되어 있습니다.
튜토리얼
프로젝트의 성공을 위해 ‘ Schrödinger ’ 소프트웨어의 기술과 모범 사례를 활용하는 방법을 알아보세요. 교육 자료, 튜토리얼, 빠른 시작 가이드, 동영상 등을 확인해 보세요.
기타 리소스