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DEC 2, 2025

重新审视规则:利用自由能微扰 模拟技术,探索溶剂暴露的盐桥相互作用,以发现SOS1的强效抑制剂

作为化学家,我们常常试图借助药物化学的传统“规则”来提高药物效力,但当这些方法无法使项目达到预期目标时,又该如何应对?如今,诸如自由能微扰 (FEP+ )等计算机模拟预测技术,为我们提供了探索新领域的机会,并能通过以非常规方式探索化学空间 的新区域,快速验证重新审视这些规则会带来怎样的结果。 在我们的SOS1项目中,Schrödinger 的药物研发团队致力于利用那些被忽视的相互作用,以发现新型且高效力的化学系列。 FEP+ 这使我们能够以低风险和高信心探索结合口袋中的非传统区域,最终开发出了已达到 IND 标准的 SOS1 抑制剂 SGR-4174。

通过自由能微扰 (FEP+ )模拟的指导,我们发现,已知小分子结合位点 作用于SOS1时,其外围的两个酸性残基E906和E909构成了一种效力调节点:即使这些残基暴露于溶剂中,只要通过碱性基团与之形成盐桥,即可将抑制剂亲和力 的效力提高多达750倍。 结构活性关系(SAR)和X射线晶体学研究表明,这一效应归因于蛋白质与配体之间的静电相互作用。该相互作用可被重新利用以开发新型SOS1抑制剂,这证明了其在核心探索中的普遍适用性。

此外,文献中最近的例子表明,这一现象可能适用于靶点 的多个类别。在本场网络研讨会中,我们将带您详细了解SOS1项目,并分享我们对其他受盐桥相互作用影响的案例的探索。

网络研讨会亮点:

  • 学习新的计算机模拟策略,用于探索结合口袋中的非传统区域,从而提高药物效力,这些策略可应用于您的药物发现项目
  • 了解如何通过采用基于FEP+ 的“预测优先”策略,探索新的设计思路,从而识别出具有重要影响的、暴露于溶剂中的盐桥相互作用
  • 了解Schrödinger 团队如何运用这一新认识,探索溶剂暴露的盐桥在其他体系中的影响
  • 提出问题,以便从演讲者那里获得更深入的见解,并将其应用到你的工作中

我们的演讲嘉宾

阿巴·莱夫勒

计算化学高级首席科学家,治疗学组,Schrödinger

Abba E. Leffler 博士是Schrödinger 治疗学小组的高级首席科学家,目前主要从事小分子药物研发工作。 他获得普林斯顿大学化学文学学士学位及应用数学证书,此后曾在 D. E. Shaw Research 工作,随后于纽约大学医学院获得神经科学博士学位。他的研究成果发表于《科学》(Science)、《神经科学杂志》(The Journal of Neuroscience)、《化学信息与建模杂志》(The Journal of Chemical Information and Modeling)以及《美国国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences)等期刊。此外,他还是多项专利的发明人。