JUN 15, 2023
计算药物设计与化学信息学：安特卫普大学的一门实践课程
安特卫普大学是比利时荷兰语区第三大高校，每年招收学生超过20,000名。在生物化学与生物技术专业课程中，学生可选修一门关于计算药物设计与化学信息学的3学分（ECTS）课程。该课程采用模块化教学模式，内容涵盖理论与实践两个方面。
在理论课程中，学生将学习化学信息学和虚拟筛选 ，其中包括化学指纹、分子相似性、聚类、机器学习（ML） 模型以及虚拟筛选 性能指标等概念。本课程还涵盖分子分子对接 和药效团搜索。随后，学生将通过一系列实践课程，将理论课程中所学到的概念付诸实践。
在化学信息学任务中，学生使用搭载 RDKit 作为化学信息学工具包的 Google Colab；而在药效团和分子对接 相关方面，则使用Maestro 、Phase 以及Glide 。这些工具通过“Schrödinger教学”网络虚拟工作站提供，使学生能够随时随地访问。 最后，借助校内自主研发的虚拟现实系统，学生可以直观地研究配体与蛋白质之间的非键相互作用。
课程开始时，将根据本院正在进行的研究项目确定一个药物设计课题。该课题的目标是筛选出少量（5-10种）市售化合物，随后购入这些化合物并对其抑制特性进行生化表征。学生需提交一份书面报告作为课程结业成果，该报告将作为期末口试的基础。
我们的演讲嘉宾
汉斯·德·温特
安特卫普大学
汉斯·德·温特（Hans De Winter）在工业界拥有丰富的从业经验，先后担任过比利时贝尔塞市强生公司（Johnson & Johnson）的高级科学家，以及Silicos NV公司的联合创始人兼首席科学官（CSO），随后于2013年被任命为安特卫普大学（比利时）计算药物设计教授。 他拥有比利时鲁汶大学的博士学位，并在澳大利亚维多利亚药学院和比利时鲁汶的雷加研究所完成了博士后研究，随后开始在制药行业担任科学家。尽管在制药行业拥有超过20年的丰富从业经历，他仍发表了60余篇科学论文，并作为发明人名列8项已授权专利中。 汉斯的研究兴趣主要集中在计算药物化学和化学信息学领域。当前的研究活动包括：1) 基于分子动力学 (MD) 的蛋白质-蛋白质相互作用建模，以及利用大规模分子动力学 (MD) 计算结合马尔可夫链建模来解析脂质膜结合蛋白复合物的动力学；2) 开发基于光谱体的算法以探索配体/蛋白质相互作用空间；3) 开发自动化的计算机辅助配体设计系统。 其他研究重点包括开发用于大型化学和生物数据仓库的开源及基于云的查询软件。此外，他在计算机辅助药物设计方面的专长还应用于多个正在进行的靶向药物发现项目中。汉斯·德·温特（Hans De Winter）教授是多名博士生的协调导师或联合导师，并凭借其在建模/化学信息学领域的专长，在工业界和学术界建立了广泛的研究网络。 自2015年起，他还担任欧洲化学与分子科学协会（EuCheMS）佛兰德斯计算化学分会主席。他在安特卫普大学为药学专业大一本科生讲授“有机化学”课程，并为生物化学专业大一硕士生讲授“计算药物设计与化学信息学”课程。