印第安纳生物科学研究所借助 CDD Vault 和Schrödinger LiveDesign

情况

印第安纳生物科学研究所（IBRI）是一家领先的转化医学研究中心，致力于通过合作推动学术界和产业界的科学研究，以改善患者的健康状况。IBRI支持多个领域的转化医学研究，包括糖尿病、阿尔茨海默病和儿童罕见病等。

作为其转化研究工作的一部分，IBRI致力于加速数字化药物设计。通过采用自动化信息学工作流程、整合计算机模拟和性质预测，以及整合数据和团队以促进无缝协作，IBRI正以此推动药物设计与研究的加速发展。

随着这些现代方法利用的复杂数据量日益增加，如何确保相关科学家和项目团队能够实时访问、使用并更新这些信息，已成为一项重大挑战。

IBRI分子创新副总裁玛丽·马德尔博士解释说，该研究所意识到需要一个高效的药物发现信息学平台，该平台能够将可视化、物理学和三维空间建模无缝整合。

 

技术解决方案

在评估了多种方案后，IBR部署了一套基于Collaborative Drug Discovery公司CDD Vault和Schrödinger公司LiveDesign 的解决方案。CDD Vault是一款托管式药物发现信息学平台，可安全管理内部和外部的生物及化学数据。LiveDesign 是一款云原生企业级信息学平台，使团队能够通过在集中式平台上进行协作、设计、实验、分析、跟踪和报告，从而快速推进药物发现项目。

“在筹建分子创新小组时，我们曾与印第安纳大学医学院的研究人员开展合作，”IBRI首席运营官兼行政执行副总裁杰伊·麦吉尔（Jay McGill）博士表示。“我们考察了适用于该流程各环节的多种工具——包括样本登记工具和分子计算工具。我们将其中许多工具整合起来进行评估。最终发现，最适合我们的解决方案是CDD Vault（集成式 ）与Schrödinger的LiveDesign 相结合。”

“实验数据的采集与分析是我们希望实现的核心目标，也是我们希望学术合作伙伴能够获取的内容，”马德尔表示。“我们通过将CDD Vault与施罗丁格（Schrodinger）的药物发现套件（包括LiveDesign ）相结合，成功实现了这一目标。”

IBRI的科学家们使用CDD Vault进行化合物注册、数据存储，并利用其可视化工具（包括数据曲线）进行初步分析；同时，他们还使用LiveDesign 对数据进行计算建模和进一步分析，包括SAR分析和3D分子建模 。

优势

IBRI在采用这种多工具方法后，发现了一系列好处，包括：

• 支持“单一事实源”
• 通过集成互补型解决方案来优化工作流程
• 整合完整的“设计-制造-测试-分析”周期

支持“唯一真相”

IBRI致力于加速将科研成果转化为医疗保健领域的进步，这需要一个能够作为安全中央数据存储库的药物发现信息学平台，并提供马德所说的“唯一可信的数据源”。

“当你试图在不同部门、不同机构的多个合作伙伴之间共享数据时，Excel电子表格无法满足扩展需求，”马德尔说，“我们IBRI的几位成员都来自工业背景，在那里，将数据存储到数据仓库中，然后通过一个通用平台进行数据共享，是我们习以为常的做法。但我们目前合作的合作伙伴并非都习惯于此。 CDD Vault 帮助我们实现了 IBRI 的愿景：既与学术机构建立合作伙伴关系，又为初创公司和潜在合作伙伴提供一个落脚点，让他们能够来到印第安纳州中部，并在我们的实验室空间开展工作。”

马德尔高度评价CDD Vault在托管多种数据类型方面所提供的灵活性。“CDD Vault是我们所有药物发现需求的存储库，包括细胞系、序列信息以及iPSC的分化方案，”马德尔表示。“拥有一个团队成员都能访问的统一数据存储空间对我们而言极其有用。这使我们能够与合作伙伴共享数据，并确保所有人保持信息同步。”

通过集成互补型解决方案优化工作流程

“由于CDD与LiveDesign 建立了合作关系，研究人员在LiveDesign 中设计化合物时，可以调用CDD Vault中的数据，从而将所有性质集中在一个界面中显示，”马德尔说。“这样就无需在两款不同的软件之间来回切换了。”

“利用LiveDesign 和CDD Vault来呈现协同作用数据图表非常强大。我们可以将所使用的协同作用评分协议以图像文件的形式保存下来，从而确保数据分析的一致性。在整个项目中，我们都能始终如一地看到相同的信息，”马德尔说道。“Schrödinger的LiveDesign 极大地促进了化合物分析，包括绘制SAR空间，以及理解您所设计的化合物相对于现有化合物所对应的SAR空间。”

CDD Vault 与Schrödinger LiveDesign 之间的无缝集成，消除了研究人员此前在切换至其他可视化工具时遇到的困难——使团队能够更好地利用手头的工具。马德指出：“这两款工具都内置了非常出色的数据可视化功能，用户可以在它们之间无缝切换，工作不会中断。 “与我过去使用过的工具不同，CDD Vault 和Schrödinger LiveDesign 允许您根据数据分析需求，或团队希望采用的分析思路，创建标准化的视图。这不仅确保了团队在查看数据呈现时保持一致性，同时也允许他们创建自己的视图，并通过 CDD Vault 共享这些信息。”

整合完整的设计-制造-测试-分析周期

IBRI发现，CDD Vault与Schrödinger （LiveDesign ）的结合，能够支持药物发现的完整“设计-合成-测试-分析”（DMTA）周期。

“当您开始进行化合物设计时，能够将数据从CDD Vault导入LiveDesign 来创建新化合物，这一功能极其强大，”马德尔表示。“在LiveDesign 中，您可以建立涵盖数据生成和化合物设计的工作流，并利用分子对接 工具、MPO评分以及系统自动计算的诸多其他参数。借助CDD Vault和Schrödinger （LiveDesign ），您可以支持设计/合成/测试周期的完整闭环。”

“如果你手头有一组来自文献的关于靶点 X的数据，就可以导入这些数据并创建一个分子对接 模型，作为设计的基础，”马德尔说。“你可以利用该模型尝试识别分子中那些你可能想要合成的新的部分和片段。这种用于化合物设计、合成和测试的工作流程，能让你对设计出的潜在分子有更全面的了解。 在此基础上，你可以筛选出感兴趣的特性，查看哪些特性符合你可能应用于设计假设的诸多标准，然后在SAR（结构活性关系）框架内进行分析。因此，这两款软件所提供的流程以及数据工具的使用，加速了这一完整的闭环过程。”

“我们相信，使用CDD Vault和Schrödinger （LiveDesign ）将有助于加快这一进程。这两款工具的价值在于它们能够推动药物发现进程。”

– 杰伊·麦吉尔（Jay McGill），博士，印第安纳生物科学研究所首席运营官兼行政执行副总裁

整合工具以推动药物发现

“归根结底，对我们所有人来说，成功的标准在于我们能研发出多少种最终成为药物、并对患者健康产生积极影响的分子，”麦吉尔说。“我们相信，使用CDD Vault和Schrödinger （LiveDesign ）将有助于加快这一进程。这两款工具的价值在于它们能有效推动药物发现进程。”

关于协作药物研发

Collaborative Drug Discovery 提供了一种现代化的药物发现信息学解决方案，已获得全球数千名顶尖研究人员的信赖。我们的 CDD Vault 是一个托管式信息学平台，可安全管理私有及外部的生物和化学数据。它提供核心功能，包括化学物质注册、结构活性关系、库存管理、可视化以及电子实验笔记本功能。如需了解更多信息，请访问我们的网站：www.collaborativedrug.com。

关于Schrödinger

Schrödinger 正在改变药物和材料的发现方式。Schrödinger 开创性地开发了基于物理理论 计算平台，与传统方法相比，该平台能够以更快的速度和更低的成本，为药物开发和材料应用发现高质量的新型分子。该软件平台已授权给全球各地的生物制药和工业企业、学术机构以及政府实验室使用。Schrödinger的多学科药物发现团队还利用该软件平台，推进一系列合作项目和自主研发项目，以满足未被满足的医疗需求。Schrödinger 成立于 1990 年，拥有约 800 名员工，业务遍及 70 多个国家的客户和合作伙伴。如需了解更多信息，请访问我们的网站https://wp-stg.schrodinger.com。