APR 30, 2026
仮想タンパク質-リガンド ドッキングワークフローとBenchtopの並行的な検証
計算分子モデリングツールは、現代の有機化学カリキュラムにおいて、学生にとって極めて関連性が高く有意義な学習の機会を提供します。私たちは、有機化学IIの授業において、学生が低分子医薬化合物の従来のベンチトップ合成と並行して、コンピュータ支援創薬（CADD）の手法を学ぶことができる、1学期にわたる実験プロジェクトを導入しました。 学生たちはチームを組んで、仮想的なタンパク質-リガンド ドッキングワークフローと、既知のキノロン系抗生物質類似体の実験室での合成の両方を完了させます。学生たちは、「Teaching withSchrödinger 」を通じてMaestro を利用し、フルオロキノロンと結合したDNAジャイレースおよびトポイソメラーゼIVのPDB構造をダウンロードします。さらに、ドッキング用の構造 を準備・検証し、薬剤と結合部位間の主要な非共有結合相互作用を評価した上で、実験室で調製したキノロン系類似体をドッキングさせて評価を行います。 このプロジェクトは、有機化学IでMaestro プラットフォームの使用経験がある、有機化学IIの2学期目の学生を対象に実施されましたが、この授業は、仮想分子モデリングツールが導入されたばかりのコースにも適応可能です。学生の学習成果は、学期末に行われるこのプロジェクトの実験発表に基づいて評価されます。PDB番号、タンパク質の準備方法、ディスカッションの質問、および有用な参考文献を含む、プロジェクトの学生向けガイドラインのPDFが提供されます。
講演者
イー・ジン・ゴースケ
メイン州スタンディッシュにあるセント・ジョセフ・カレッジ 化学准教授
イ・ジン・キム・ゴースケ博士は、メイン州スタンディッシュにあるセント・ジョセフ・カレッジの化学准教授です。カリフォルニア大学バークレー校で分子・細胞生物学の学士号を取得した後、ウィスコンシン大学マディソン校で有機化学の博士号を取得しました。同校では、合成法の開発と天然物の全合成に重点を置いて研究を行いました。 学界に入る前、ゴースケ博士はニュージャージー州のバイオ医薬品企業で、医薬品化学者として抗菌剤の研究開発に従事していました。現在はセント・ジョセフ・カレッジで有機化学および医薬品化学を教鞭を執っており、抗ウイルス剤や抗菌剤として活用可能な低分子化合物の設計と合成に注力しています。