APR 30, 2026

가상 단백질-리간드 도킹 워크플로우와 벤치탑 방식의 병행 탐구

전산 구조-활성 관계( 분자모델링 , CADD) 도구는 현대 유기화학 교육 과정에서 학생들에게 매우 관련성 높고 의미 있는 학습 기회를 제공합니다. 저희는 유기화학 II 과목에서 한 학기 동안 진행되는 실험 프로젝트를 도입하여, 학생들이 소분자 의약품 화합물의 전통적인 실험실 합성과 함께 컴퓨터 지원 신약 개발(CADD) 방법을 탐구할 수 있도록 했습니다. 학생들은 팀을 이루어 가상 단백질-리간드 도킹 워크플로우를 수행하고, 알려진 퀴놀론계 항생제 유사체의 실험실 합성을 완료합니다. 학생들은 ‘ Schrödinger 를 활용한 교육(Teaching with )’을 통해 Maestro 을 사용하여, 플루오로퀴놀론에 결합된 DNA 자이라제 및 토포이소머라제 IV의 PDB 구조를 다운로드하고, 도킹을 위한 구조를 준비 및 검증하며, 약물과 결합 부위 간의 주요 비공유 결합 상호작용을 평가한 후, 실험실에서 합성한 퀴놀론 유사체를 도킹 에 등록하여 평가를 진행합니다. 이 프로젝트는 유기화학 I 과정에서 ‘ Maestro ’ 플랫폼을 어느 정도 경험한 2학기 유기화학 수강생을 대상으로 진행되었으나, 가상 분자모델링 도구가 막 도입된 과정에도 이 수업을 적용할 수 있습니다. 학생들의 학습 성과는 학기 말에 이 프로젝트에 대한 실험 발표를 바탕으로 평가됩니다. PDB 번호, 단백질 준비 방법, 토론 질문 및 유용한 참고 문헌이 포함된 프로젝트 학생 지침서 PDF 파일이 제공될 예정입니다.

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