
PROTACの設計および最適化のための計算ツール
登壇者:
コウシク・カサヴァジャラ、上級研究員II、Schrödinger
要旨:
タンパク質分解標的キメラ(PROTAC)は、創薬分野における新たな研究領域です。タンパク質の活性を阻害する従来型の低分子阻害剤とは異なり、PROTACはタンパク質の分解を誘導することでその機能を調節します。PROTACは、ターゲット タンパク質とE3ユビキチンリガーゼを近接させ、これによりターゲット タンパク質のユビキチン化を誘導し、続いてプロテアソームによる分解を促します。 PROTACの設計には、標的タンパク質(ターゲット )およびリガーゼに結合する個々の結合ドメイン(ウォーヘッドとも呼ばれる)の最適化、2つのウォーヘッドを接続するリンカーの設計、そして三元複合体(標的タンパク質(ターゲット )+リガーゼ+PROTAC)の形成が含まれます。 本ウェビナーでは、潜在的な三量体複合体を生成・評価し、ウォーヘッドおよびリンカーを最適化するための、シュレーディンガーの高度な計算ツールキットについてご紹介します。このツールキットは、タンパク質間ドッキング、リンカーサンプリング、拡張サンプリング法、および自由エネルギー摂動(FEP+ )計算を組み合わせて、分解能が向上したPROTACを設計します(活性 )。