Schrödinger デジタル創薬セミナー 17：
Schrödinger による、物理学に基づく抗体解析および設計へのアプローチ

シュレーディンガーの創薬プラットフォームは、物理学の第一原理に基づいた計算化学技術を駆使することで、タンパク質の立体構造情報に基づいた高度な創薬設計を可能にしており、そのソフトウェアは世界中の主要製薬企業で活用されています。

本セミナーでは、シュレーディンガーのBiologics Modeling Suite: BioLumimateを用いた一般的な抗体の3Dモデリング技術に加え、タンパク質間ドッキングを用いた抗原抗体複合体の構造予測や、自由エネルギー摂動法（FEP）による親和性・安定性の予測などについて解説します。また、単独では特定の安定なコンフォメーションを持たないディスオーダーエピトープを有する抗原について、MDシミュレーションと直交する実験データを活用した、抗原・抗体複合体構造の推定の可能性について議論します。さらに、計算化学的に予測された抗体の3D構造から記述子を生成し、物理的な原理からは予測が困難な「展開性（Developability）」に関連するパラメータの予測モデルを自動的に作成するツールや、λダイナミクスを用いたCpH-MD法によるアミノ酸残基の局所的なpKa予測を、pH依存性の抗原への結合やADC開発を目的とした部位選択的機能化（Siteselective Functionalization）に応用する可能性など、最近の先進的な取り組みについてもご紹介します。