Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

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参考文献

AutoTS

  • Jacobson, L.D.; Bochevarov, A. D.; Watson, M. A.; Hughes, T. F.; Rinaldo, D.; Ehrlich, S.; Steinbrecher, T. B.; Vaitheeswaran, S.; Philipp, D. M.; Halls, M. D.; フライズナー, R. A., 「遷移状態の自動探索と多様な有機反応への応用」,J. Chem. Theory Comput. 2017, 13(11),5780–5797

Schrödinger リリース 2026-3: AutoTS、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

BioLuminate®

  • Sankar, K.; Trainor, K.; Blazer, L.; Adams, J.; Sidhu, S.; Day, T.; Meiering, E.; Maier, J., 「バイオ医薬品における定量的構造-物性関係の予測のための記述子セット」, Mol Inform, 2022, 41(9), 2100240
  • Tavella, D.; Ouellette, D. R.; Garofalo, R.; Zhu, K.; Xu, J.; Oloo, E. O.; Negron, C.; Ihnat, P.M., 「 in silico モノクローナル抗体におけるメチオニン酸化リスクの評価：2-シェルモデルからの改良」、 PLoS One, 2022年, 17(12)
  • Sankar, K.; Krystek, S. R. Jr; Carl, S. M.; Day, T.; Maier, J. K. X., 「AggScore：表面パッチの分布に基づくタンパク質内の凝集しやすい領域の予測」, 『Proteins』, 2018年, 86(11), 1147-1156
  • Zhu, K.; Day, T.; Warshaviak, D.; Murrett, C.; Friesner, R.; Pearlman, D., 「ホモロジーモデリング、エネルギーに基づく精緻化、およびループ予測を組み合わせた抗体構造 の決定」, Proteins, 2014, 82(8), 1646-1655
  • Salam, N. K.; Adzhigirey, M.; Sherman, W.; Pearlman, D. A., 「構造 を用いたタンパク質中のジスルフィド結合の予測手法」, 『Protein Eng Des Sel』, 2014, 27(10), 365-74
  • Beard, H.; Cholleti, A.; Pearlman, D.; Sherman, W.; Loving, K. A., 「タンパク質-タンパク質複合体における単一アミノ酸変異の結合自由エネルギーを算出するための物理学に基づくスコアリング法の適用」, 『PLoS ONE』, 2013年, 8(12), e82849

Schrödinger リリース 2026-3: BioLuminate,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

 

 

キャンバス

  • Duan, J.; Dixon, S. L.; Lowrie, J. F.; Sherman, W., 「2次元フィンガープリントの分析と比較：8つのフィンガープリント手法を用いたデータベーススクリーニング性能に関する考察」, J. Molec. Graph. Model., 2010年, 29, 157-170
  • Sastry, M.; Lowrie, J. F.; Dixon, S. L.; Sherman, W., 「バーチャルスクリーニングの選別効率向上のための2次元フィンガープリント法およびパラメータの大規模かつ体系的な解析」, 『J. Chem. Inf. Model.』, 2010年, 50, 771–784

Schrödinger リリース 2026-3: Canvas,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

ConfGen

Schrödinger リリース 2026-3: ConfGen,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

コアホッピング

Schrödinger リリース 2026-3: 『Core Hopping』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

CovDock

  • Zhu, K.; Borrelli, K. W.; Greenwood, J. R.; Day, T.; Abel, R.; Farid, R. S.; Harder, E., 「共有結合型阻害剤のドッキング：姿勢予測およびスコアリングに対するパラメータフリーなアプローチ」, J. Chem. Inf. Model., 2014年, 54, 1932−1940

Schrödinger リリース 2026-3: CovDock、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

DeepAutoQSAR

  • Kaplan, Z.; Ehrlich, S.; Leswing, K., 「Therapeutic Data CommonsのADMETサブセットにおけるDeepAutoQSAR、ChemProp、およびDeepPurposeのベンチマーク研究」, 全文
  • Gion, K.; Gattani, S.; Kaplan, Z., 「DeepAutoQSAR ハードウェアベンチマーク」, 論文全文

Schrödinger リリース 2026-3: DeepAutoQSAR、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

Desmond

Schrödinger リリース 2026-3: 『Desmond 』分子動力学システム、D. E. Shaw Research、ニューヨーク州ニューヨーク、2024年。Maestro- 『Desmond 』相互運用性ツール、Schrödinger 、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

Epik

  • ​​Johnston, R. C.; Yao, K.; Kaplan, Z.; Chelliah, M.; Leswing, K.; Seekins, S.; Watts, S.; Calkins, D.; Chief Elk, J.; Jerome, S. V.; Repasky, M. P.; Shelley, J. C., 「Epik：機械学習によるpKa およびプロトン化状態の予測」, J. Chem. Theory Comput. 2023, 19, 2380–2388

Schrödinger リリース 2026-3: Epik,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

Epikに付属するpKa およびタウトマーデータベースは著作権で保護された資料であるため、EpikまたはLigPrep のライセンスに基づく計算の範囲外で、これらを抽出、複製、または使用してはならないことにご留意ください。

 

 

FEP+

  • Ross, G. A., Lu, C., Scarabelli, G.; Albanese, S. K.; Houang, E.; Abel, R.; Harder, E. D.; Wang, L., 「厳密なタンパク質-リガンド 結合自由エネルギー計算の最大精度および現在の精度」, Commun. Chem., 2023, 6(222)
  • Chen, W.; Cui, D.; Jerome, S.; Michino, M.; Lenselink, E.; Huggins, D.; Beautrait, A.; Vendome, A.; Abel, R.; Friesner, R. A.; Wang, L., 「絶対的なタンパク質–リガンド 結合自由エネルギー計算によるバーチャルスクリーニングにおけるヒット発見の向上」, J. Chem. Inf. Model., 2023, 63(10), 3171–3185
  • Abel, R.; Wang, L.; Harder, E. D.; Berne, B. J.; Friesner, R. A., 「自由エネルギー計算の高度化による創薬の推進」, 『Acc. Chem. Res.』, 2017年, 50(7), 1625-1632
  • Kuhn, B.; Tichý, M.; Wang, L.; Robinson, S.; Martin, R. E.; Kuglstatter, A.; Benz, J.; Giroud, M., Schirmeister, T.; Abel, R.; Diederich, F.; Hert, J., 「カテプシンL阻害剤の優先順位付けのための自由エネルギー計算の前向き評価」, J. Med. Chem., 2017, 60(6), 2485-2497
  • Yu, H. S.; Deng, Y.; Wu, Y.; Sindhikara, D.; Rask, A. R.; Kimura, T.; Abel, R.; Wang, L., 「マクロサイクルとタンパク質ターゲットとの結合親和性の正確かつ信頼性の高い予測」, J. Chem Theory Comput., 2017, 13(12), 6290-6300
  • Wang, L.; Deng, Y.; Wu, Y.; Kim, B.; LeBard, D. N.; Wandschneider, D.; Beachy, M.; Friesner, R. A.; Abel, R., 「創薬におけるスキャフォールド・ホッピング変換の正確なモデリング」, J. Chem Theory Comput., 2017年, 13(1), 42-54
  • Harder, E.; Damm, W.; Maple, J.; Wu, C.; Reboul, M.; Xiang, J. Y.; Wang, L.; Lupyan, D.; Dahlgren, M. K.; Knight, J. L.; カウス, J. W.; チェルッティ, D. S.; クリロフ, G.; ヨルゲンセン, W. L.; アベル, R.; フライズナー, R. A., 「OPLS3: 医薬品様低分子およびタンパク質を幅広く網羅する力場」, J. Chem. Theory Comput., 2016, 12(1), 281–296
  • Wang, L.; Wu, Y.; Deng, D.; Kim, B.; Pierce, L.; Krilov, G.; Lupyan, D.; Robinson, S.; Dahlgren, M. K.; Greenwood, J.; Romero, D. L.; マッセ, C.; ナイト, J. L.; スタインブレッヒャー, T.; ボーミング, T.; ダム, W.; ハーダー, E.; シャーマン, W.; ブリューワー, M.; ウェスター, R.; マーコ, M.; フライ, L.; ファリド, R.; リン, T.; モブリー, D. L.; ヨルゲンセン, W. L.; バーン, B. J.; フリーズナー, R. A.; アベル, R. , 「最新の自由エネルギー計算プロトコルおよび力場を用いた、創薬における相対的リガンド 結合活性 の正確かつ信頼性の高い予測」, J. Am. Chem. Soc., 2015, 137(7), 2695–2703

Schrödinger リリース 2026-3:FEP+ 、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

力場

  • Lu, C.; Wu, C.; Ghoreishi, D.; Chen, W.; Wang, L.; Damm, W.; Ross, G. A.; Dahlgren, M. K.; Russell, E.; Von Bargen, C. D.; Abel, R.; Friesner, R. A.; Harder, E. D., 「OPLS4:化合物空間の困難な領域における力場の精度向上」, J. Chem. Theory Comput., 2021, 17(7), 4291–4300
  • Roos, K.; ウー, C.; ダム, W.; レブール, M.; スティーブンソン, J. M.; ルー, C.; ダールグレン, M. K.; モンダル, S.; チェン, W.; ワン, L.; アベル, R.; フライズナー, R. A.; ハーダー, E. D., 「OPLS3e: 薬物様小分子に対する力場の適用範囲の拡張」, J. Chem. Theory Comput., 2015, 15(3), 1863–1874
  • Harder, E.; Damm, W.; Maple, J.; Wu, C.; Reboul, M.; Xiang, J. Y.; Wang, L.; Lupyan, D.; Dahlgren, M. K.; Knight, J. L.; カウス, J. W.; チェルッティ, D. S.; クリロフ, G.; ヨルゲンセン, W. L.; アベル, R.; フライズナー, R. A., 「OPLS3: 薬物様低分子およびタンパク質を幅広く網羅する力場」, J. Chem. Theory Comput., 2016年, 12(1), 281–296
  • Shivakumar, D.; Williams, J.; Wu, Y.; Damm, W.; Shelley, J.; Sherman, W., 「分子動力学による自由エネルギーの摂動およびOPLS力場を用いた絶対溶媒和自由エネルギーの予測」, J. Chem. Theory Comput., 2010年, 6, 1509–1519
  • Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J., 「有機液体の立体配置エネルギーおよび物性に関するOPLS全原子力場の開発と検証」, J. Am. Chem. Soc., 1996年, 118 (45), 11225-11236
  • Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J., 「タンパク質のためのOPLS［液体シミュレーション用最適化ポテンシャル］ポテンシャル関数、環状ペプチドおよびクランビンの結晶におけるエネルギー最小化」, J. Am. Chem. Soc., 1988, 110(6), 1657-1666

Schrödinger リリース 2026-3：『Force Fields』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年.
 

 

処方 ML

  • Chew, A.K.; Afzal, M.A.F.; Kaplan, Z.; Collins, E. M.; Gattani, S.; Misra, M.; Chandrasekaran, A.; Leswing, K.; Halls, M.D., 「化学混合物の設計に向けたハイスループット分子シミュレーションと機械学習の活用」,npj Comput Mater, 2025,11(72)

Schrödinger リリース 2026-3：Formulation ML、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

Glide

  • Yang, Y; Yao, K; Repasky, M. P.; Leswing, K; Abel, R; Shoichet, B. K.; Jerome, S. V., 「ドッキングと深層学習を用いた化合物空間 の効率的な探索」, J. Chem. Theory Comput. 2021, 17(11), 7106–7119
  • Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; Greenwood, J. R.; Halgren, T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T., 「高精度Glide ：タンパク質-リガンド 複合体に対する疎水性包囲モデルを組み込んだドッキングおよびスコアリング」, J. Med. Chem., 2006, 49, 6177–6196
  • Halgren, T. A.; Murphy, R. B.; Friesner, R. A.; Beard, H. S.; Frye, L. L.; Pollard, W. T.; Banks, J. L., 「Glide ：迅速かつ正確なドッキングおよびスコアリングのための新しいアプローチ。2. データベーススクリーニングにおけるエンリッチメント係数」, J. Med. Chem., 2004, 47, 1750–1759
  • Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shaw, D. E.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Francis, P.; Shenkin, P. S., 「Glide ：迅速かつ正確なドッキングおよびスコアリングのための新しいアプローチ。1. 手法およびドッキング精度の評価」, J. Med. Chem., 2004, 47, 1739–1749

Schrödinger リリース 2026-3: 『Glide 』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

GlideEM

  • Robertson, M. J.; van Zundert, G. C. P.; Borrelli, K.; Skiniotis, G., 「GemSpot：クライオ電子顕微鏡マップへのリガンドの堅牢なモデリングのためのパイプライン」,『構造 』,2020, 28(6), 707-716

Schrödinger リリース 2026-3: GlideEM,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

IFD-MD

  • Miller, E. B.; Murphy, R. B.; Sindhikara, D.; Borrelli, K. W.; Grisewood, M. J.; ラナリ, F., ディクソン, S. L., ジェローム, S., ボイルズ, N. A.; デイ, T.; ガナコタ, P.; モンダル, S.; ラフィ, S. B.; トロスト, D. M.; アベル, R.; フライズナー, R. A., 「タンパク質–リガンド 結合における誘導適合ドッキング問題に対する信頼性が高く正確な解法」, J. Chem. Theory Comput. 2021, 17(4), 2630–2639
  • Xu, T., Zhu, K.; Beautrait, A.; Vendome, J.; Borrelli, K. W.; Abel, R.; Friesner, R. A.; Miller, E. B., 「誘導適合ドッキングによるホモロジーモデルにおける正確な自由エネルギー摂動計算」, J. Chem. Theory Comput. 2022, 18(9), 5710–5724
  • Coskun, D.; Lihan, M.; Rodrigues, J. P. G. L. M.; Vass, M.; Robinson, D.; Friesner, R. A.; Miller, E. B., 「誘導適合ドッキングおよび自由エネルギー摂動法を用いたGPCR複合体の構造 および結合親和性の予測におけるAlphaFoldおよび実験構造の活用」, J. Chem. Theory Comput. 2023

Schrödinger リリース 2026-3: IFD-MD、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

誘導嵌合（IFD）

Schrödinger リリース 2026-3: 「Induced Fit Docking」プロトコル；Glide 、Schrödinger 、LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2024年；「Prime」、Schrödinger 、LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

Jaguar

  • Balduf, T.; Gerken, P.A.; Shelley, M.Y.; Watson, M. A.; ベネット, M. C.; スベンソン, M.; レフラー, A.E.; ボチェヴァロフ, A., 「薬物様分子のアトロピソメリズムの予測」,J. Chem. Inf. Model. 2026,66(3), 1675–1687
  • Cao, Y.; Balduf, T.; Beachy, M. D.; Bennett, M. C.; Bochevarov, A. D.; Chien, A; Dub, P. A.; Dyall, K. G.; Furness, J. W.; Halls, M. D.; Hughes, T. F.; Jacobson, L. D.; Kwak, H. S.; Levine, D. S.; Mainz, D. T.; Moore, K. B.; Svensson, M; Videla, P. E.; Watson, M. A.; Friesner R. A., 「量子化学パッケージ『Jaguar 』：最近の進展と独自の機能に関する概説」,J. Chem. Phys. 2024, 161(5), 052502
  • Bochevarov, A. D.; Harder, E.; Hughes, T. F.; Greenwood, J. R.; Braden, D. A.; Philipp, D. M.; Rinaldo, D.; Halls, M. D.; Zhang, J.; Friesner, R. A., 「Jaguar ：生命科学および材料科学分野に強みを持つ高性能量子化学ソフトウェアプログラム」, Int. J. Quantum Chem., 2013, 113(18), 2110-2142

Schrödinger リリース 2026-3:Jaguar 、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

Jaguar pKa

  • Bochevarov, A. D.; Watson, M. A.; Greenwood, J. R.; Philipp, D. M., 「多様な官能基を持つ大型で柔軟な有機分子への応用における、密度汎関数理論に基づく多構造pKa 予測」, J. Chem. Theory Comput., 2016年, 12(12), 6001–6019
  • Yu, H. S.; Watson, M. A.; Bochevarov, A. D., 「密度汎関数理論に基づくpKa 予測のための重み付き平均化スキームおよび局所原子記述子」, J. Chem. Inf. Mod., 2018, 58, 271–286
  • Klicić, J. J.; Friesner, R. A.; Liu, S.-Y.; Guida, W. C., 「密度汎関数理論および自己一貫反応場法を用いた水溶液中の酸度定数の高精度予測」, J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 1327–1335

Schrödinger リリース 2026-3:Jaguar pKa ,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

KNIME 拡張機能

Schrödinger リリース 2026-3: KNIME拡張機能、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

LigPrep

Schrödinger リリース 2026-3: 『LigPrep 』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

LiveDesign

Schrödinger リリース 2026-3:LiveDesign 、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

マクロモデル

  • Mohamadi, F.; Richard, N. G.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C., 「MacroModel – 分子力学を用いた有機および生体有機分子のモデリングのための統合ソフトウェアシステム」, J. Comput. Chem. 1990, 11, 440–467
  • Watts, K. S.; Dalal, P.; Tebben, A. J.; Cheney, D. L.; Shelley, J. C. 「MacroModel を用いたマクロサイクルのコンフォメーションサンプリング」, J. Chem. Inf. Model. 2014, 54(10), 2680–2696

Schrödinger リリース 2026-3: MacroModel,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.
 

 

マクロ-pKa

  • Cao, Y.; Balduf, T.; Beachy, M. D.; Bennett, M. D.; Bochevarov, A. D.; Chien, A.; Dub, P. A.; Dyall, K. G.; Furness, J. W.; Halls, M. D.; Hughes, T. F.; Jacobson, L. D.; Kwak, H. S.; Levine, D. S.; Mainz, D. T.; Moore, K. B.; Svensson, M.; Videla, P. E.; Watson, M. A.; Friesner, R. A., 「量子化学パッケージ『Jaguar 』：最近の進展と独自機能の概観」,J Chem Phys. 2024,161(5), 052502
  • Johnston, R. C.; Yao, K.; Kaplan, Z.; Chelliah, M.; Lewsing, K.; シーキンス, S.; ワッツ, S.; カルキンス, D.; エルク, J. C.; ジェローム, S. V.; レパスキー, M. P.; シェリー, J. C., 「Epik：機械学習によるpKa およびプロトン化状態の予測」.J. Chem. Theory Comput.2023,19(8), 2380–2388
  • Tang, H.; Jensen, K.; Houang, E.; McRobb, F. M.; Bhat, S.; Svensson, M.; Bochevarov, A.; Day, T.; Dahlgren, M. K.; Bell, J. A.; Frye, L.; Skene, R. J.; ルイス, J. H.; オズボーン, J. D.; ティアニー, J. P.; ゴードン, J. A.; パロメロ, M. A.; ガラティ, C.; チャップマン, R. S. L.; ジョーンズ, D. R.; ハースト, K. L.; セプトン, M.; チャウハン, A.; シャープ, A.; タルディア, P.; デショー, E. A.; テイラー, A.; ワデル, R. D.; バレンタイン, A.; ヤンセン, H. B.; アジズ, O.; ブルームフィールド, D. E.; ラダ, S.; フレイザー, I. J.; エラード, J. M., 「Schrödinger 計算プラットフォームを用いた新規d-アミノ酸オキシダーゼ阻害剤クラスの発見」,J. Med. Chem.2022,65(9), 6775–6802

Schrödinger リリース 2026-3: Macro-pKa,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。
 

 

Maestro

Schrödinger リリース 2026-3:Maestro 、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

材料科学スイート

Schrödinger リリース 2026-3: 『Materials Science Suite』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

材料の粗視化

  • コシア, B. J.; Shelley, J. C.; Browning, A. R.; Sanders, J. M.; Chaudret, R.; Rozot, R.; Léonforte, F.; Halls, M. D.; Luengo, G. S. 「生体模倣表面における機能化多糖類と比較した合成ポリマーのせん断摩擦挙動：エコデザインされた配合物の性能予測モデル」, Phys. Chem. Chem. Phys.  2023, 25, 1768-1780
  • Afzal, M. A. F.; Lehmkemper, K.; Sobich, E.; Hughes, T. F.; Giesen, D. J.; Zhang, T.; Krauter, C. M.; Winget, P.; Degenhardt, M.; Kyeremateng, S. O.; Browning, A. R.; Shelley, J. C. 「非晶質固体分散体の溶解に関する分子レベルでの検討」, 『Mol. Pharmaceutics』, 2021, 18, 11, 3999–4014 

Schrödinger リリース 2026-3: 『Materials Coarse-Grain』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

材料の浸透剤の充填

  • Sanders, J. M.; Misra, M.; Mustard, T. J. L.; Giesen, D. J.; Zhang, T.; Shelley, J.; Halls, M. D. 「分子動力学法を用いた非晶質アミロースデンプンモデルにおける水分吸収および水による可塑化効果の特性評価」、 『Carbohydrate Polymers』, 2021, 252, 117161

Schrödinger リリース 2026-3: 『材料科学における浸透探傷検査』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。
 

 

Phase

  • Dixon, S. L.; Smondyrev, A. M.; Knoll, E. H.; Rao, S. N.; Shaw, D. E.; Friesner, R. A., 「PHASE ：ファーマコフォアの認識、3D QSARモデルの開発、および3Dデータベーススクリーニングのための新しいエンジン。1. 方法論と予備結果」, J. Comput. Aided Mol. Des., 2006, 20, 647-671
  • Dixon, S. L.; Smondyrev, A. M.; Rao, S. N., 「PHASE ：ファーマコフォア・モデリングおよび3Dデータベース検索への新しいアプローチ」, Chem. Biol. Drug Des., 2006, 67, 370-372

Schrödinger リリース 2026-3: 『Phase 』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

フェニックス／OPLS

  • van Zundert, G. C. P.; Moriarty, N. W.; Sobolev, O. V.; Adams, P. D.; Borrelli, K. W., 「構造 およびリガンド の品質向上のためのPhenix/OPLS3eを用いたX線および低温電子顕微鏡構造の高分子精製」,『構造 』,2021, 29(8), 913-921

Schrödinger リリース 2026-3: Phenix/OPLS、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

PIPER

  • Chuang, G-Y.; Kozakov, D.; Brenke, R.; Comeau, S. R.; Vajda, S., 「タンパク質間ドッキングのためのDARS（Decoys As the Reference State）ポテンシャル」, Biophys. J., 2008, 95, 4217-4227
  • Kozakov, D.; Brenke, R.; Comeau, S. R.; Vajda, S., 「PIPER：ペアワイズポテンシャルを用いたFFTベースのタンパク質ドッキングプログラム」, Proteins, 2006, 65, 392-406
  1. https://rosettadesigngroup.com/blog/535/capri-state-of-protein-protein-docking/
  2. https://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/

 Schrödinger リリース 2026-3: PIPER,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

 

 

プライム

Schrödinger リリース 2026-3: Prime,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

PrimeX

Schrödinger リリース 2026-3: PrimeX,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

 

 

Protein Preparation Workflow

  • Sastry, G. M.; Adzhigirey, M.; Day, T.; Annabhimoju, R.; Sherman, W., 「タンパク質およびリガンド の調製：パラメータ、プロトコル、およびバーチャルスクリーニングにおけるエンリッチメントへの影響」, 『J. Comput. Aid. Mol. Des.』, 2013, 27(3), 221-234

Schrödinger リリース 2026-3: 『Protein Preparation Workflow 』；Epik, Schrödinger , LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2024年；『Impact』,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク；『Prime』,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。
 

 

PyMOL

PyMOL の引用方法については、以下のサイトをご覧ください。 www.pymol.org/citingをご覧ください。

 

 

QikProp

Schrödinger リリース 2026-3: QikProp,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

QSite

  • Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A., 「タンパク質環境における化学反応の大規模モデリングのための量子力学／分子力学（QM/MM）混合法」, J. Comp. Chem., 2000, 21, 1442-1457
  • Philipp, D. M.; Friesner, R. A., 「凍結軌道を用いた第一原理QM/MM混合モデリングおよびアラニンジペプチドおよびテトラペプチドを用いた検証」, J. Comp. Chem., 1999, 20, 1468-1494

Schrödinger リリース 2026-3: QSite,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

 

 

半経験的NDDO

Schrödinger リリース 2026-3: 半経験的NDDOプロトコル；Jaguar 、Schrödinger 、LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2024年；MOPAC、Schrödinger 、LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

Shape 上映

  • Sastry, G. M.; Dixon, S. L.; Sherman, W., 「原子／特徴ペアの類似性および体積重なりスコアに基づく、形状に基づく高速なリガンド アラインメントおよび仮想スクリーニング法」, J. Chem. Inf. Model., 2011, 51, 2455-2466

Schrödinger リリース 2026-3: 『Phase 』、Schrödinger, LLC、ニューヨーク州ニューヨーク、2025年。

 

 

サイトマップ

Schrödinger リリース 2026-3: SiteMap,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年。

 

 

WaterMap

Schrödinger リリース 2026-3: WaterMap,Schrödinger, LLC, ニューヨーク州ニューヨーク, 2025年.

 

 

WScore

  • Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Greenwood, J. R.; Tubert-Brohman, I.; Steven Jerome, S.; Annabhimoju, R.; Boyles, N. A.; シュミッツ, C. D.; アベル, R.; ファリド, R.; および フライズナー, R. A., 「WScore：リガンド–受容体 ドッキングにおける明示的な水分子に対する柔軟かつ正確な処理法」 Med. Chem. 2016, 59(9), 4364–4384

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