참고문헌

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Schrödinger 릴리스 2026-3: AutoTS, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

BioLuminate®

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캔버스

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Schrödinger 발행물 2026-3: Canvas, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

ConfGen

Schrödinger 발행물 2026-3: ConfGen, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

코어 호핑

Schrödinger 릴리스 2026-3: Core Hopping, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

CovDock

Zhu, K.; Borrelli, K. W.; Greenwood, J. R.; Day, T.; Abel, R.; Farid, R. S.; Harder, E., “공유 결합 억제제의 도킹: 자세 예측 및 점수 산정을 위한 매개변수 없는 접근법”, J. Chem. Inf. Model., 2014, 54, 1932–1940

Schrödinger 2026-3호: CovDock, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

DeepAutoQSAR

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Gion, K.; Gattani, S.; Kaplan, Z., “DeepAutoQSAR 하드웨어 벤치마크”, 전체 논문

Schrödinger 2026-3호: DeepAutoQSAR, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Desmond

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Schrödinger 릴리스 2026-3: Desmond 『분자동역학 』 시스템, D. E. Shaw Research, 뉴욕, NY, 2024. Maestro-Desmond 상호운용성 도구, Schrödinger, 뉴욕, NY, 2025.

Epik

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Schrödinger 발간물 2026-3: Epik, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

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FEP+

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Schrödinger 발간물 2026-3: FEP+, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

힘장

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Roos, K.; Wu, C.; Damm, W.; Reboul, M.; Stevenson, J. M.; Lu, C.; Dahlgren, M. K.; Mondal, S.; Chen, W.; Wang, L.; Abel, R.; Friesner, R. A.; Harder E. D., “OPLS3e: 약물 유사 소분자에 대한 힘장 적용 범위 확장”, J. Chem. Theory Comput., 2015, 15(3), 1863–1874
Harder, E.; Damm, W.; Maple, J.; Wu, C.; Reboul, M.; Xiang, J. Y.; Wang, L.; Lupyan, D.; Dahlgren, M. K.; Knight, J. L.; Kaus, J. W.; Cerutti, D. S.; Krilov, G.; Jorgensen, W. L.; Abel, R.; Friesner, R. A., “OPLS3: 약물 유사 소분자 및 단백질을 광범위하게 다루는 힘장”, J. Chem. Theory Comput., 2016, 12(1), 281–296
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Schrödinger 2026-3호: ‘Force Fields’, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025년.

처방 ML

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Schrödinger 2026-3호: 제형 ML, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Glide

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Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shaw, D. E.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Francis, P.; Shenkin, P. S., “Glide: 신속하고 정확한 도킹 및 스코어링을 위한 새로운 접근법. 1. 방법 및 도킹 정확도 평가”, J. Med. Chem., 2004, 47, 1739–1749

Schrödinger 발간물 2026-3: Glide, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

GlideEM

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Schrödinger 릴리스 2026-3: GlideEM, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

IFD-MD

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Schrödinger 발간물 2026-3: IFD-MD, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

유도형 피팅(IFD)

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Schrödinger 릴리스 2026-3: 유도 적합 도킹 프로토콜; Glide, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2024; Prime, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Jaguar

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Schrödinger 발간물 2026-3: Jaguar, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

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Schrödinger 릴리스 2026-3: Jaguar pKa , Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

KNIME 확장 기능

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Schrödinger 릴리스 2026-3: KNIME 확장 기능, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

LigPrep

Schrödinger 발간물 2026-3: LigPrep, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

LiveDesign

Schrödinger 발간물 2026-3: LiveDesign, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

MacroModel

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Schrödinger 발행물 2026-3: MacroModel, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

매크로-pKa

Cao, Y.; Balduf, T.; Beachy, M. D.; Bennett, M. D.; Bochevarov, A. D.; Chien, A.; Dub, P. A.; Dyall, K. G.; Furness, J. W.; Halls, M. D.; Hughes, T. F.; Jacobson, L. D.; Kwak, H. S.; Levine, D. S.; Mainz, D. T.; Moore, K. B.; Svensson, M.; Videla, P. E.; Watson, M. A.; Friesner, R. A., “양자화학 패키지 ‘ Jaguar ’: 최근 발전 동향 및 고유 기능에 대한 고찰”, J Chem Phys. 2024, 161(5), 052502
Johnston, R. C.; Yao, K.; Kaplan, Z.; Chelliah, M.; Lewsing, K.; 시킨스, S.; 와츠, S.; 칼킨스, D.; 엘크, J. C.; 제롬, S. V.; 레파스키, M. P.; 셸리, J. C., “Epik: 머신러닝를 통한 pKa 및 양성자화 상태 예측”. J. Chem. Theory Comput. 2023, 19(8), 2380–2388
Tang, H.; Jensen, K.; Houang, E.; McRobb, F. M.; Bhat, S.; Svensson, M.; Bochevarov, A.; Day, T.; Dahlgren, M. K.; Bell, J. A.; Frye, L.; Skene, R. J.; 루이스, J. H.; 오스본, J. D.; 티어니, J. P.; 고든, J. A.; 팔로메로, M. A.; 갈라티, C.; 채프먼, R. S. L.; 존스, D. R.; 허스트, K. L.; 셉턴, M.; 차우한, A.; 샤프, A.; 타르디아, P.; 드쇼, E. A.; 테일러, A.; 와델, R. D.; 발렌타인, A.; 얀센스, H. B.; 아지즈, O.; 블룸필드, D. E.; 라다, S.; 프레이저, I. J.; 엘라드, J. M., “ Schrödinger 계산 플랫폼을 이용한 새로운 종류의 d-아미노산 산화효소 억제제 발견”, J. Med. Chem. 2022, 65(9), 6775–6802

Schrödinger 발간물 2026-3: Macro-pKa, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Maestro

Schrödinger 발간물 2026-3: Maestro, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

재료과학 제품군

Schrödinger 릴리스 2026-3: Materials Science Suite, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

재료의 거친 입자

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Afzal, M. A. F.; Lehmkemper, K.; Sobich, E.; Hughes, T. F.; Giesen, D. J.; 장, T.; 크라우터, C. M.; 윙겟, P.; 데겐하르트, M.; 키에레마텡, S. O.; 브라우닝, A. R.; 셸리, J. C. “비정질 고체 분산체의 용해에 대한 분자 수준 분석”, Mol. Pharmaceutics, 2021, 18, 11, 3999–4014

Schrödinger 발간물 2026-3: 『Materials Coarse-Grain』, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

침투제 주입

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Phase

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Schrödinger 발간물 2026-3: Phase, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Phenix/OPLS

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Schrödinger 발간물 2026-3: PIPER, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

프라임

Jacobson, M. P.; Pincus, D. L.; Rapp, C. S.; Day, T. J. F.; Honig, B.; Shaw, D. E.; Friesner, R. A., “전원자 단백질 루프 예측을 위한 계층적 접근법”, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 2004, 55, 351-367
Jacobson, M. P.; Friesner, R. A.; Xiang, Z.; Honig, B., “단백질 측쇄 구조 결정에 있어 결정 환경의 역할에 관하여”, J. Mol. Biol., 2002, 320, 597-608

Schrödinger 발간물 2026-3: Prime, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

PrimeX

Bell, J. A.; Cao, Y.; Gunn, J. R.; Day, T.; Gallicchio, E.; Zhou, Z.; Levy, R.; Farid, R., “PrimeX 및 ‘ Schrödinger ’ 계산 화학 프로그램 모음”, 『국제 결정학 표(International Tables for Crystallography)』, 2012, 534-538

Schrödinger 릴리스 2026-3: PrimeX, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Protein Preparation Workflow

Sastry, G. M.; Adzhigirey, M.; Day, T.; Annabhimoju, R.; Sherman, W., “단백질 및 리간드 준비: 매개변수, 프로토콜 및 가상 스크리닝 풍부도에 미치는 영향”, J. Comput. Aid. Mol. Des., 2013, 27(3), 221-234

Schrödinger 발행물 2026-3: Protein Preparation Workflow; Epik, Schrödinger , LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2024; Impact, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕; Prime, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

PyMOL

PyMOL 인용 방법에 대한 안내는 다음 사이트를 참조하십시오. www.pymol.org/citing를 방문해 주십시오.

QikProp

Schrödinger 릴리스 2026-3: QikProp, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

QSite

Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A., “단백질 환경 내 화학 현상의 대규모 모델링을 위한 양자역학/분자역학(QM/MM) 혼합 방법”, J. Comp. Chem., 2000, 21, 1442-1457
Philipp, D. M.; Friesner, R. A., “고정 궤도를 이용한 혼합 ab initio QM/MM 모델링 및 알라닌 디펩티드와 테트라펩티드를 대상으로 한 검증”, J. Comp. Chem., 1999, 20, 1468-1494

Schrödinger 발간물 2026-3: QSite, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

반경험적 NDDO

Schrödinger 릴리스 2026-3: 반경험적 NDDO 프로토콜; Jaguar, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2024; MOPAC, Schrödinger, LLC, 뉴욕주 뉴욕, 2025.

Shape 상영

Sastry, G. M.; Dixon, S. L.; Sherman, W., “원자/특성 쌍의 유사성과 부피 중첩 점수를 기반으로 한 신속한 형상 기반 리간드 정렬 및 가상 스크리닝 방법”, J. Chem. Inf. Model., 2011, 51, 2455-2466