アイデア創出
線形リードを自動的にマクロサイクルに変換する。
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ユーザー指定または自動定義された結合点間の一般的なリンカー化学構造を列挙する、自動化されたマクロサイクリゼーション・ワークフロー
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組み込みのリンカーおよびタンパク質側鎖ライブラリ、またはご自身のものを持ち込むことも可能です
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物理法則に基づいた評価手法により、最適な候補者を同定 する
コンフォメーションサンプリング
他のサンプリング手法の限界となっている、物理的な障壁を克服する。
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プライム・マクロサイクル・サンプリング(Prime-MCS)は、多様なマクロサイクル化合物について、事前の情報に基づいて正確な立体配置アンサンブルを生成するための効率的なサンプリング手法である。
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局所的なマクロサイクル立体配置空間を堅牢に探索するためのマクロモデル
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溶質テンパリングを伴うレプリカ交換(REST)分子動力学シミュレーションにより、大規模で柔軟性の高い環状ペプチドへのサンプリングが拡大される
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Desmond マクロサイクルの安定性を予測するためのメタダイナミクスシミュレーション
バインディング姿勢の予測
大型で柔軟なリングに特化したドッキング技術 ― 低分子向けのワークフローを無理に適用したものではありません。
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Glide 特殊なマクロサイクル環のサンプリングを組み合わせることで、大規模なバーチャルスクリーニングが可能となる
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MacroDockは、専用のマクロサイクルサンプリング技術とGlide のドッキング機能を組み合わせた、高精度なマクロサイクルドッキングに特化したソリューションです。
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フォールド・アンド・ドッキング法を用いた、大きく柔軟な環状ペプチドのドッキングのためのペプチドワークフロー(未定)
結合親和性の予測
低分子化合物においてその信頼性が実証されている、厳密なFEP+ エンジンが、今回、大環状化合物およびペプチド系化合物についても検証されました。
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リガンド の配向および同属のマクロサイクル系列のシステム調製に特化したソリューションFEP+
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FEP+ 線形化合物からマクロサイクルへの遷移やその他の環閉鎖反応に対する親和性を正確に予測する
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(REST:溶質テンパリングを伴う統合レプリカ交換)による、構造的エネルギー障壁を越えたサンプリングFEP+
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新規マクロサイクル化学におけるカスタムトーションパラメータのサポート
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公開済みの複数のペプチド系および非ペプチド系マクロサイクル系列において、遡及的 が優れた性能を発揮した
透水性の予測
環を合成する前に、経口バイオアベイラビリティのスクリーニングを行ってください。
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Prime-RRCK により、実験的に得られたマクロサイクル RRCK 透過性データの高スループットモデリングが可能となる
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環状ペプチドの受動透過性と能動輸送の分類