Schrödinger の全世界のオフィスは、社員全員が休息を取り、リフレッシュするための全社的な取り組みの一環として、8月17日から21日までの1週間、休業いたします。この期間中は、お問い合わせへの対応が制限される場合がございますので、あらかじめご了承ください。科学・技術サポートチームのメンバーは、緊急のサポート案件への対応のみ行います。

JUN 25, 2024

完全に自動化された機械学習主導のワークフローにより、難易度の高いシステムにおけるFEP+ モデルの最適化を迅速化する

FEP+ これは創薬における強力な予測技術であり、ヒット化合物の発見からリード化合物の最適化に至るまで幅広く応用されています。FEP+ を導入する上で重要な第一歩は、対象とするタンパク質-リガンド 系に対してモデルを検証・最適化することです。FEP+ の既定設定で良好な結果が得られるシステムもある一方で、手動でプロトコルを微調整する必要があるシステムもあります。

本ウェビナーでは、Schrödingerの「FEP+ Protocol Builder」をご紹介します。これは、FEP+ のモデル最適化を行うための自動機械学習ワークフローです。このワークフローは、デフォルト設定では予測精度が不十分である場合や、手動による初期のプロトコル最適化を試みた後も十分な精度が得られないシステム向けに設計されています。「FEP+ Protocol Builder」は、対象システムに最適な予測モデルを効率的に特定することで、研究者の時間を節約し、FEP+ を成功させる可能性を高めます。

FEP+ Protocol Builderの主な機能をご紹介するとともに、この技術を活用してプロジェクトを加速させ、成功を収めた事例をいくつかご紹介します。ぜひご参加ください。

見どころ:

  • アクティブラーニングのワークフローを用いてプロトコルパラメータ空間を反復的に探索し、正確なFEP+ プロトコルを開発する「FEP+ Protocol Builder」技術の概要
  • 創薬プログラムにおける「FEP+ Protocol Builder」で作成されたプロトコルの効果的な将来的な活用に関する事例研究
  • FEP+ の最適化における手動と自動の時間効率の比較
  • ご自身のプログラムでこのテクノロジーを活用するための要件やサービスオプションの詳細
  • 関心のあるタンパク質-リガンド 系について、構造情報のほぼすべてのレベルでFEP+ を有効にするためのさまざまなオプションの概要

登壇者

ジェレミー・ヴァンドーム

アプリケーションサイエンス担当シニアディレクター、Schrödinger

アプリケーションサイエンス担当シニアディレクターのジェレミー・ヴァンドーム博士は、2015年にSchrödinger に入社しました。フランスのエコール・ノルマル・シュペリウールで博士号を取得後、コロンビア大学のバリー・ホーニグ教授の研究室で研修を修了し、そこで計算手法と実験を組み合わせながら、タンパク質間相互作用のエネルギー学および特異性に関する様々な課題に取り組んできました。Schrödinger に入社する以前、ジェレミー氏は産業界で計算化学者として、またコロンビア・メディカル・センターでCADD共同研究プラットフォームの責任者として、10年以上にわたる創薬経験を積んできました。Schrödinger では、責任の重い役職を歴任し、同社の最新技術開発と、実際の創薬プロジェクトへの応用との架け橋として継続的に活躍してきました。最近では、Schrödingerの研究イニシアチブ「イネーブルメント 」を主導しており、この取り組みは、当社の最新技術とワークフローを大規模な共同サービスとして提供することで、創薬プログラムを重要な段階へと推進することを目的としています。

ジョーダン・エプスタイン

プロダクトマネージャー、Schrödinger

ジョーダン・エプスタインは、ニューヨーク大学で化学を学んだ後、2017年にSchrödinger に入社しました。Schrödinger にソフトウェア開発者として入社後は、FEP+ 、Desmond 、LiveDesign などの製品開発に携わりました。その後、プロダクトマネージャーに転身し、FEP+ Protocol Builderの正式リリースを実現する一翼を担いました。

サテシュ・バット

治療薬部門 執行役員グループ,Schrödinger

グループ の創薬部門エグゼクティブ・ディレクターであるサテシュ・バット博士は、2011年にSchrödinger に入社しました。同氏は、Schrödinger において、社内および提携先との創薬プログラムにおける計算化学の取り組みを統括しています。以前は、メルク社およびイーライ・リリー社に勤務し、複数の創薬プログラムにおいて計算化学の取り組みを主導していました。同氏はマギル大学で博士号を取得しており、その研究では、結合自由エネルギーを予測するための構造 に基づく手法の開発を行いました。 サテシュは、多数の特許や論文の共著者であり、現在も計算化学の幅広い分野について論文を発表し続けている。